genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  46  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11774982--11775054	26	2.8	28	83	14	109	31	1	2	64	1.16
11779339--11779396	30	1.9	30	86	6	82	22	37	25	13	1.91
11793993--11794208	46	4.7	46	75	15	194	26	17	30	25	1.97
11795324--11795371	21	2.3	21	88	0	69	16	37	22	22	1.94
11795334--11795373	21	1.9	21	100	0	80	10	35	27	27	1.89
11795743--11795788	3	15.7	3	78	13	51	32	2	0	65	1.05
11795751--11795780	11	2.6	12	94	5	53	30	3	0	66	1.07
11795732--11795793	17	3.2	19	77	13	56	29	1	0	69	0.98
11795735--11795796	18	3.8	17	70	20	51	29	1	0	69	0.98
11797394--11797446	19	2.8	20	80	11	58	24	1	1	71	1.06
11799555--11799682	28	4.6	28	88	0	193	33	28	13	24	1.93
11807022--11807083	31	2.0	31	100	0	124	35	9	19	35	1.85
11807126--11807163	17	2.2	17	86	9	51	47	21	0	31	1.51
11808893--11808995	52	2.0	51	81	5	118	32	23	20	24	1.98
11810519--11810561	19	2.3	19	84	8	52	62	9	0	27	1.25
11810870--11810910	18	2.3	18	86	0	55	58	0	7	34	1.26
11810871--11810911	15	2.7	15	84	0	55	60	0	7	31	1.24
11810923--11810956	16	2.1	16	88	0	50	61	5	8	23	1.47
11811231--11811601	3	122.7	3	69	16	180	60	4	4	30	1.35
11811434--11811474	16	2.6	16	84	3	57	60	4	7	26	1.43
11811543--11811572	14	2.1	14	93	0	51	70	0	6	23	1.11
11815340--11815402	29	2.2	29	83	11	76	28	3	1	66	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11818507--11818596	46	2.0	46	90	0	144	26	21	7	44	1.79
11825695--11825727	15	2.1	16	88	5	50	45	24	0	30	1.53
11832793--11833181	47	8.3	47	93	0	634	34	8	29	27	1.86
11835623--11835688	32	2.1	32	100	0	132	53	22	6	18	1.66
11839903--11839943	19	2.1	20	86	4	57	43	2	53	0	1.13
11847688--11847754	26	2.6	26	95	2	118	35	20	13	29	1.91
11849726--11849787	25	2.5	25	97	0	115	27	19	30	22	1.98
11849920--11849970	26	2.0	26	88	0	75	41	17	19	21	1.91
11859009--11859070	32	1.9	32	90	0	97	29	14	14	41	1.85
11867543--11867700	27	5.9	27	80	10	173	35	23	23	17	1.95
11867561--11867700	53	2.6	53	89	3	219	35	25	22	16	1.95
11869312--11869419	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
11875663--11875795	27	5.0	27	85	6	173	35	22	24	18	1.96
11875673--11875795	54	2.3	54	95	0	219	34	23	25	17	1.96
11879926--11879966	15	2.8	14	88	7	55	14	2	0	82	0.76
11879917--11879966	23	2.1	24	82	10	59	16	2	0	82	0.77
11879917--11879966	18	2.8	18	84	6	66	16	2	0	82	0.77
11883309--11883410	30	3.5	30	82	10	129	29	26	13	30	1.94
11891060--11891161	30	3.5	30	82	10	129	29	26	13	30	1.94
11893576--11893835	131	2.0	130	90	0	412	27	17	18	36	1.94
11897302--11897339	16	2.3	17	95	4	69	65	5	7	21	1.38
11897360--11897410	26	1.9	27	96	4	95	11	31	29	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11903217--11903279	23	2.7	23	72	5	63	31	4	4	58	1.39
11903028--11904162	135	8.7	133	90	6	1692	28	8	6	56	1.54
11903361--11903414	23	2.3	23	78	9	56	33	7	3	55	1.45
11903028--11904162	268	4.4	266	88	7	1717	28	8	6	56	1.54
11903489--11903850	118	3.0	118	94	2	627	29	8	6	56	1.53
11903028--11904117	371	2.8	376	88	8	1531	28	8	6	56	1.54
11903927--11904128	63	3.1	63	63	22	146	27	9	6	55	1.57
11903028--11903614	133	4.4	128	84	7	624	28	8	5	56	1.52
11904207--11904253	24	1.9	25	91	4	78	25	2	4	68	1.19
11904250--11904328	16	4.9	16	74	9	70	17	8	3	69	1.30
11904638--11904667	11	2.8	11	95	5	53	60	6	0	33	1.23
11904639--11904672	11	3.2	10	91	8	50	61	8	0	29	1.26
11904796--11904845	22	2.3	20	83	12	64	4	28	0	68	1.08
11905018--11905054	19	1.9	19	88	0	56	13	13	5	67	1.39
11906044--11906101	26	2.2	25	79	11	64	50	8	22	18	1.74
11907886--11907924	18	2.2	18	100	0	78	38	5	5	51	1.46
11908448--11908549	52	2.0	50	94	3	177	40	15	16	27	1.89
11909333--11909410	37	2.1	37	83	4	95	57	6	1	34	1.32
11909357--11909410	18	2.9	18	83	2	72	57	5	0	37	1.22
11911007--11911047	8	5.0	8	85	5	55	36	2	0	60	1.10
11911006--11911044	17	2.3	17	86	0	51	30	2	0	66	1.05
11918773--11918846	21	3.5	21	71	10	62	44	18	21	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11920369--11920404	19	1.9	18	88	5	54	41	0	0	58	0.98
11920755--11920820	31	2.1	31	100	0	132	40	21	9	28	1.83
11924613--11924680	13	5.2	13	72	0	55	47	5	10	36	1.62
11924613--11924680	26	2.6	26	78	0	73	47	5	10	36	1.62
11924868--11924923	24	2.3	24	74	17	62	57	1	0	41	1.09
11930149--11930182	11	3.1	11	86	0	50	14	8	11	64	1.49
11936568--11936642	23	3.2	23	98	1	141	24	30	4	41	1.73
11938243--11938314	33	2.2	32	85	11	94	38	0	6	54	1.28
11938413--11938440	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
11939298--11939444	39	3.8	39	85	0	186	37	12	14	36	1.83
11939301--11939448	78	1.9	78	88	0	224	36	12	14	36	1.84
11939368--11939436	21	3.5	20	68	11	52	37	15	14	31	1.88
11943127--11943321	55	3.6	54	83	4	241	21	24	17	36	1.95
11944127--11944183	30	1.9	30	85	0	78	29	21	8	40	1.83
11948965--11949073	53	2.1	52	92	1	182	55	7	6	31	1.53
11948965--11949044	26	3.0	26	63	3	70	53	7	6	32	1.54
11950002--11950035	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
11951740--11951765	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
11952934--11952963	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
11956614--11956651	20	1.9	20	88	0	58	55	0	0	44	0.99
11956636--11956688	20	2.7	20	79	2	63	62	1	3	32	1.24
11956643--11956707	18	3.6	18	70	15	53	63	3	3	30	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11956643--11956707	28	2.4	27	77	10	69	63	3	3	30	1.25
11956681--11956716	18	1.9	19	94	5	65	63	5	2	27	1.30
11956656--11956717	28	2.2	29	80	8	74	62	4	3	29	1.31
11956928--11957025	29	3.4	30	79	14	125	32	9	3	55	1.47
11956926--11957051	57	2.2	57	83	9	159	33	7	3	56	1.42
11957123--11957178	26	2.2	24	77	17	60	35	1	0	62	1.06
11957128--11957177	26	1.9	26	84	8	66	36	2	0	62	1.07
11957149--11957215	19	3.6	19	73	15	50	32	0	1	65	1.02
11957137--11957232	29	3.4	29	77	17	78	32	2	1	64	1.12
11957315--11957521	85	2.4	85	83	4	236	42	6	15	34	1.73
11962967--11963022	29	1.9	29	88	0	85	26	23	21	28	1.99
11962969--11963033	29	2.2	29	83	0	76	23	26	24	26	2.00
11964706--11964765	25	2.5	24	84	10	70	13	11	5	70	1.33
11965510--11965550	22	1.9	21	85	5	55	17	14	4	63	1.47
11965508--11965556	21	2.3	20	76	10	53	16	12	4	67	1.37
11965643--11965686	3	14.7	3	86	9	63	29	4	0	65	1.12
11965643--11965698	27	2.1	27	86	6	78	30	3	0	66	1.09
11965643--11965698	24	2.3	24	84	6	78	30	3	0	66	1.09
11972838--11972871	12	2.8	12	91	8	52	52	5	35	5	1.50
11975942--11975981	21	2.0	21	85	5	55	10	40	27	22	1.86
11977096--11977120	13	1.9	13	100	0	50	16	16	40	28	1.89
11977486--11977515	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11984083--11984364	40	7.1	40	89	0	393	25	29	22	21	1.99
11986224--11986714	47	10.4	47	90	0	748	27	30	8	33	1.86
11986368--11986446	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
11986224--11986711	141	3.5	141	93	0	832	28	30	8	32	1.87
11992430--11992469	21	1.9	21	89	0	62	12	45	25	17	1.83
11997087--11997584	44	10.9	44	73	9	270	32	16	21	29	1.95
11997889--11997922	17	2.0	17	88	0	50	58	14	5	20	1.57
11998128--11998170	20	2.0	21	91	8	70	18	51	11	18	1.76
11999288--11999337	3	16.7	3	91	8	84	30	2	0	68	1.01
11999730--11999996	131	2.0	131	83	3	333	37	16	14	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410