genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.384.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116598365--116598420	26	2.2	26	90	6	69	55	1	0	42	1.10
116600056--116600098	19	2.3	19	76	4	52	46	0	0	53	1.00
116600175--116600202	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
116605271--116605309	17	2.4	16	83	8	51	53	2	2	41	1.28
116607029--116607074	2	24.0	2	86	8	69	52	0	0	47	1.00
116613485--116613514	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
116624557--116624717	80	2.0	80	96	0	295	34	9	24	31	1.88
116635804--116635863	30	2.0	30	100	0	120	6	20	23	50	1.71
116646048--116646111	21	3.2	20	73	13	69	10	25	21	42	1.85
116646030--116646118	39	2.3	39	92	0	142	12	23	23	40	1.88
116646205--116646325	58	2.1	58	98	0	233	44	4	9	40	1.59
116650532--116650694	47	3.5	47	78	11	208	20	19	31	28	1.97
116650476--116650740	93	2.8	93	93	0	431	22	20	29	27	1.98
116650480--116650748	46	5.8	46	75	5	245	22	20	28	28	1.98
116653504--116653572	15	4.6	15	79	0	75	13	17	11	57	1.64
116653495--116653582	30	3.0	30	78	8	90	11	17	14	56	1.66
116653504--116653583	15	5.4	14	77	4	61	11	17	12	58	1.62
116655969--116656237	46	5.8	45	76	13	260	21	19	29	29	1.98
116656021--116656183	47	3.5	47	76	14	201	20	19	30	28	1.97
116655965--116656229	93	2.8	93	95	0	467	21	20	30	28	1.98
116657540--116657617	29	2.6	29	81	4	84	52	11	10	25	1.69
116658477--116658511	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116658585--116658636	20	2.5	20	84	3	77	30	13	7	48	1.71
116664069--116664164	48	2.0	48	85	4	131	51	6	0	42	1.27
116674346--116674383	19	2.0	20	94	5	69	68	0	31	0	0.90
116674357--116674389	12	2.7	13	86	13	52	69	0	30	0	0.88
116676037--116676116	41	1.9	42	82	7	101	21	25	33	20	1.97
116677261--116677312	15	3.5	15	72	15	54	34	3	5	55	1.42
116677822--116677846	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
116680938--116680962	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
116681237--116681308	21	3.2	21	69	27	67	30	2	4	62	1.28
116681239--116681315	25	3.2	25	68	20	83	32	2	3	61	1.28
116681231--116681323	46	2.0	46	100	0	186	32	2	4	61	1.27
116681246--116681316	21	3.2	21	67	21	63	33	2	4	59	1.31
116688184--116688297	33	3.5	33	78	3	115	27	22	14	35	1.94
116688283--116688421	33	4.3	33	78	5	122	29	20	12	37	1.89
116691748--116691786	16	2.4	17	82	4	53	41	0	0	58	0.98
116691842--116691929	39	2.2	39	89	2	131	53	3	2	40	1.30
116692039--116692105	29	2.3	30	78	19	79	52	1	0	46	1.09
116695669--116695737	29	2.4	29	79	11	79	33	4	17	44	1.68
116696392--116696448	29	2.0	29	82	0	69	47	12	5	35	1.64
116697559--116697613	27	2.0	29	82	7	69	61	1	0	36	1.06
116698908--116698953	22	2.1	22	95	0	83	67	4	13	15	1.38
116699001--116699045	17	2.6	17	92	0	72	42	6	8	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116699138--116699167	10	3.0	10	95	0	51	76	0	20	3	0.92
116699143--116699192	16	3.0	17	74	14	59	72	0	28	0	0.86
116703692--116703730	13	2.9	13	85	7	51	28	2	0	69	1.02
116706605--116706645	20	2.0	22	85	9	59	39	7	29	24	1.82
116707005--116707034	16	1.9	16	93	6	53	16	20	0	63	1.31
116708738--116709143	219	1.9	219	92	0	686	16	28	18	36	1.93
116710513--116710692	55	3.3	54	79	3	191	27	7	16	48	1.74
116713305--116713384	37	2.2	37	95	0	142	31	21	16	31	1.95
116713797--116713833	19	2.0	19	89	5	58	54	2	0	43	1.14
116713796--116713857	25	2.3	27	81	10	74	53	1	0	45	1.10
116713990--116714020	16	1.9	16	93	0	53	29	6	16	48	1.70
116718720--116718841	50	2.6	46	81	5	127	27	21	14	36	1.92
116718837--116718861	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
116721657--116721804	63	2.3	63	80	12	165	23	27	16	31	1.96
116722307--116722367	30	2.0	30	84	6	79	29	24	6	39	1.80
116724390--116724450	27	2.3	26	79	17	72	31	1	8	59	1.37
116724396--116724448	27	1.9	28	85	11	74	32	1	9	56	1.42
116728868--116728945	38	2.1	38	97	0	147	39	11	12	35	1.80
116737072--116737112	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
116738626--116738753	67	1.9	67	96	0	238	37	17	10	33	1.85
116749030--116749080	25	2.1	24	82	13	61	43	1	1	52	1.23
116749498--116749567	24	2.9	23	79	12	70	47	2	0	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116759878--116759918	20	2.1	19	86	13	57	24	0	2	73	0.96
116763020--116763199	40	4.6	40	88	3	249	25	22	26	26	2.00
116763020--116763199	79	2.3	80	87	3	249	25	22	26	26	2.00
116771163--116771343	40	4.6	40	89	3	251	25	22	25	26	2.00
116777101--116777134	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
116780396--116780509	19	6.4	18	70	16	69	55	0	0	43	1.05
116781760--116781789	13	2.3	13	94	0	51	33	3	6	56	1.42
116789333--116789374	20	2.1	20	82	8	50	38	2	19	40	1.64
116789501--116789533	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
116790493--116790524	7	4.7	7	96	3	57	31	46	0	21	1.52
116790493--116790559	14	4.9	14	80	10	68	34	44	0	20	1.52
116790528--116790589	32	1.9	32	83	0	79	43	37	0	19	1.51
116790960--116791119	41	3.9	40	85	4	187	21	23	21	33	1.97
116790960--116791110	82	1.8	82	84	5	207	22	23	21	33	1.98
116791101--116791140	20	2.0	20	95	0	71	30	30	17	22	1.97
116801550--116801597	23	2.1	23	96	0	87	16	8	18	56	1.65
116803870--116803935	32	2.1	32	97	0	123	24	21	19	34	1.96
116807040--116807080	18	2.2	19	91	4	66	60	7	4	26	1.43
116812682--116812867	46	4.0	46	85	1	230	40	13	22	23	1.90
116812682--116812862	92	2.0	92	86	2	256	40	13	22	22	1.89
116820994--116821585	46	12.8	46	89	1	799	20	24	14	40	1.89
116820994--116821585	139	4.3	139	87	1	821	20	24	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116821031--116821582	185	3.0	185	96	0	996	20	25	14	40	1.90
116827463--116827496	15	2.4	14	95	5	59	58	5	0	35	1.22
116827453--116827494	16	2.7	15	82	17	50	57	4	0	38	1.20
116828114--116828140	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
116831051--116831099	24	2.0	24	96	0	89	34	4	28	32	1.76
116832674--116833265	300	2.0	298	83	4	762	31	15	19	34	1.92
116833629--116833675	23	2.0	23	87	8	67	19	17	0	63	1.30
116836786--116836820	13	2.8	12	87	12	52	25	17	14	42	1.86
116842680--116842722	7	6.3	7	94	2	70	16	0	0	83	0.64
116846789--116846902	40	2.8	40	82	5	133	27	18	23	30	1.98
116848205--116848241	19	1.9	19	94	0	65	16	32	21	29	1.95
116848380--116848419	17	2.4	17	95	0	71	27	0	32	40	1.57
116849311--116849363	26	2.0	26	96	0	97	28	9	16	45	1.79
116849311--116849352	13	3.2	13	77	12	50	28	7	16	47	1.73
116849323--116849363	13	3.2	13	80	13	57	26	12	17	43	1.84
116849316--116849375	26	2.3	26	85	2	77	25	11	20	43	1.85
116851129--116851275	43	3.4	42	76	7	118	25	19	23	31	1.98
116851129--116851243	44	2.7	42	76	9	117	24	20	22	32	1.98
116851129--116851253	42	2.9	42	73	15	123	24	20	24	31	1.98
116855142--116855332	65	2.8	66	90	6	276	21	28	16	33	1.95
116862671--116862853	66	2.8	63	89	9	228	18	28	18	34	1.94
116862694--116862886	66	2.8	66	90	5	278	20	29	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116862689--116862954	68	3.9	67	82	7	180	21	27	17	33	1.96
116864172--116864234	17	3.6	17	76	16	58	36	19	14	30	1.91
116864318--116864361	22	2.0	21	82	4	52	43	2	20	34	1.64
116868935--116869037	51	2.0	51	96	0	188	34	8	20	35	1.84
116872205--116872233	6	4.8	6	100	0	58	17	17	17	48	1.82
116872358--116872416	18	3.3	18	72	25	54	37	15	13	33	1.86
116872487--116872530	22	2.0	21	82	4	52	43	2	20	34	1.64
116878274--116878549	23	11.8	24	68	27	109	34	2	1	61	1.18
116878270--116878554	3	93.0	3	66	23	93	34	3	1	61	1.19
116878213--116878525	47	6.4	51	68	20	154	32	2	1	62	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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