genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22055400--22055498	31	3.4	30	74	16	109	47	15	19	18	1.83
22055388--22055498	56	2.0	56	92	0	186	46	13	20	18	1.83
22056849--22057012	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
22056849--22057046	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
22060785--22060968	81	2.3	80	86	3	255	24	21	17	36	1.94
22060782--22060972	27	7.1	27	82	3	215	25	20	17	36	1.94
22060935--22061002	35	1.9	35	96	0	127	19	17	20	42	1.89
22060942--22061002	19	3.4	19	66	13	56	19	18	21	40	1.91
22060995--22061307	27	11.7	26	78	8	168	30	8	21	38	1.83
22061127--22061307	27	6.7	27	87	0	245	30	7	21	40	1.80
22061101--22061307	54	3.8	54	84	5	265	31	7	20	40	1.81
22061101--22061316	81	2.7	81	82	0	270	31	7	20	39	1.82
22061479--22061521	17	2.5	17	100	0	86	11	30	34	23	1.90
22071429--22071529	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
22071458--22071533	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
22076309--22076411	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
22084238--22084339	29	3.6	29	85	2	134	25	32	15	26	1.96
22088002--22088216	49	4.4	49	96	0	367	28	9	32	29	1.88
22088318--22088439	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
22090492--22090655	29	5.7	29	98	0	301	26	15	32	25	1.96
22091139--22091237	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
22093959--22094222	49	5.4	49	97	0	465	28	9	32	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22094324--22094408	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
22096110--22096178	27	2.5	28	92	2	113	26	14	28	30	1.95
22096110--22096190	27	3.0	27	83	8	67	27	16	25	30	1.96
22101424--22101627	40	5.1	40	83	2	239	27	27	20	24	1.99
22106089--22106271	63	2.8	65	80	9	180	22	29	17	30	1.97
22107005--22107065	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
22120033--22120146	43	2.7	42	78	10	133	27	14	24	33	1.95
22125907--22125964	30	1.9	30	92	0	98	20	39	27	12	1.88
22136169--22136203	13	2.7	13	95	0	61	20	31	28	20	1.97
22139701--22139780	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
22147604--22147683	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
22151762--22151879	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
22151730--22151893	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
22158831--22158994	71	2.3	71	97	0	310	35	17	28	18	1.93
22166907--22167025	5	22.8	5	69	21	52	21	4	0	73	1.06
22167074--22167131	31	1.9	31	82	10	75	12	3	6	77	1.09
22168068--22168097	16	1.9	15	93	6	51	86	0	13	0	0.57
22170701--22170760	25	2.4	25	94	0	102	41	16	1	40	1.58
22177186--22177269	43	2.0	43	82	0	105	29	26	17	26	1.98
22185601--22185798	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
22185667--22185784	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
22185635--22185798	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22193172--22193369	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
22193238--22193355	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
22193206--22193369	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
22196605--22196664	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
22204502--22204619	45	2.6	45	85	10	143	19	21	29	29	1.97
22208096--22208133	19	2.1	19	85	5	51	44	0	13	42	1.43
22208734--22208802	22	3.1	22	79	6	77	36	20	26	17	1.94
22212009--22212033	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22212946--22213006	30	2.0	30	100	0	122	32	29	9	27	1.89
22214061--22214121	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
22215077--22215191	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
22215102--22215191	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
22215300--22215361	28	2.2	28	91	0	97	29	12	25	32	1.93
22219925--22219971	22	2.1	22	100	0	94	23	31	10	34	1.89
22222960--22223029	27	2.5	28	81	4	79	34	25	21	18	1.96
22222960--22223049	28	3.2	27	76	7	83	32	25	22	20	1.98
22223158--22223219	28	2.2	28	91	0	97	30	9	25	33	1.88
22225834--22225867	17	1.9	18	88	5	52	35	11	2	50	1.54
22226566--22226622	22	2.6	22	81	10	71	31	21	26	21	1.98
22228321--22228487	43	3.9	42	80	11	153	32	25	15	26	1.96
22228321--22228477	86	1.8	85	81	9	194	31	26	16	26	1.97
22243414--22243463	26	1.9	26	83	0	64	36	22	22	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22245298--22245347	6	8.3	6	93	0	82	14	30	18	38	1.89
22245674--22245708	18	1.9	19	88	11	56	48	8	2	40	1.49
22247440--22247500	30	2.0	30	100	0	122	37	9	29	22	1.87
22262137--22262263	38	3.3	38	77	3	121	11	15	26	45	1.81
22263601--22264188	27	21.8	27	84	1	471	38	20	8	32	1.83
22264089--22264324	54	4.4	54	80	7	187	37	22	13	26	1.91
22264092--22264526	134	3.2	134	84	3	511	35	20	17	25	1.95
22264173--22264554	161	2.4	161	89	3	583	34	20	20	25	1.96
22264180--22264536	27	13.3	27	87	2	495	34	20	20	24	1.96
22265166--22265229	27	2.4	27	86	2	85	21	26	15	35	1.94
22265378--22265435	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
22265367--22265486	6	19.3	6	73	19	95	18	17	15	48	1.82
22265367--22265477	31	3.5	31	95	1	177	18	18	15	48	1.81
22267452--22268070	27	22.9	27	81	3	487	37	21	8	32	1.83
22268052--22268326	27	10.3	27	88	1	374	33	19	21	25	1.97
22267452--22268258	81	10.0	81	78	5	455	36	20	11	30	1.88
22267998--22268326	81	4.1	81	83	2	369	35	19	18	26	1.95
22268955--22269021	27	2.5	27	90	2	100	19	25	19	35	1.95
22269181--22269345	6	26.8	6	73	16	133	18	16	16	48	1.81
22269158--22269331	31	5.6	31	93	0	267	18	15	15	50	1.79
22269200--22269257	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
22274900--22274944	20	2.2	20	96	0	81	28	15	22	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22275654--22275744	44	2.1	44	97	0	173	34	21	20	23	1.97
22281244--22281304	17	3.7	16	72	14	52	78	1	13	6	1.01
22281250--22281304	20	3.0	17	75	17	56	80	1	12	5	0.97
22282462--22282593	29	4.6	29	86	0	156	25	15	33	25	1.95
22290356--22290515	29	5.6	29	83	0	160	25	16	33	25	1.95
22304584--22304628	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
22307043--22307096	22	2.5	21	82	8	63	37	5	9	48	1.59
22307637--22307814	91	1.9	94	90	5	290	28	11	10	49	1.72
22308596--22308629	13	2.6	13	86	13	52	44	0	0	55	0.99
22311079--22311120	21	2.0	22	85	4	59	33	30	0	35	1.58
22311345--22311445	44	2.3	44	84	5	125	34	26	15	22	1.95
22315723--22315748	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
22318053--22318107	17	2.9	18	84	15	67	72	0	20	7	1.07
22325763--22325938	46	3.8	45	74	12	160	22	18	28	30	1.98
22325760--22325930	93	1.8	93	87	2	254	22	19	28	29	1.98
22328839--22328894	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
22331267--22331396	46	2.8	48	76	16	148	21	19	29	30	1.97
22336345--22336452	56	1.9	56	96	0	198	26	19	25	28	1.99
22337563--22337614	27	1.9	27	96	0	95	36	23	15	25	1.93
22340496--22340712	40	5.4	40	93	1	348	23	23	28	24	1.99
22348532--22348749	40	5.5	40	86	1	287	24	22	27	25	2.00
22354429--22354502	29	2.6	29	84	4	87	27	31	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22362887--22362923	17	2.2	17	95	0	65	59	10	8	21	1.56
22363734--22363766	17	1.9	17	88	11	50	12	6	21	60	1.53
22367364--22367555	39	4.9	39	93	0	303	24	20	31	22	1.98
22369217--22369347	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
22369216--22369347	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
22374334--22374379	6	7.5	6	85	2	56	41	26	15	17	1.88
22377911--22377958	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
22380151--22380337	55	3.5	55	80	5	195	20	22	18	37	1.94
22380151--22380339	54	3.5	53	80	6	186	21	22	17	38	1.94
22380324--22380445	47	2.6	47	85	5	165	25	24	13	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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