genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  165  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50305638--50305788	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
50315557--50315686	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
50315520--50315686	80	2.1	79	81	7	196	25	23	27	23	2.00
50323548--50323677	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
50323511--50323677	80	2.1	79	81	7	196	25	23	27	23	2.00
50336543--50336664	44	2.7	45	80	2	147	21	14	31	31	1.93
50340864--50340964	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
50344905--50345014	23	4.8	23	79	10	109	33	19	23	23	1.97
50344898--50345014	45	2.6	46	82	10	143	35	18	23	23	1.96
50350156--50350213	30	1.9	30	86	6	82	15	24	34	25	1.95
50362225--50362271	24	2.0	24	100	0	94	29	17	25	27	1.97
50366413--50366490	39	2.0	39	97	0	147	26	12	19	41	1.87
50370059--50370322	46	5.6	47	78	9	202	28	18	28	25	1.98
50370105--50370322	47	4.6	47	76	14	189	27	18	28	25	1.98
50373161--50373199	21	1.9	21	89	5	62	7	35	33	23	1.83
50379414--50379538	45	2.7	46	82	6	137	27	20	29	22	1.99
50379414--50379575	45	3.5	44	80	9	132	27	19	29	24	1.98
50379551--50379728	48	3.6	48	79	5	151	27	20	28	24	1.99
50387244--50387378	44	3.0	43	87	8	182	24	18	33	23	1.97
50393022--50393234	105	2.0	106	95	4	387	29	25	9	35	1.87
50394826--50395032	46	4.5	44	80	11	154	28	30	17	23	1.97
50394867--50395083	94	2.3	95	83	8	270	27	30	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50398204--50398411	40	5.2	39	85	2	247	25	27	22	24	2.00
50400162--50400243	27	3.0	27	87	5	103	34	18	26	20	1.96
50400177--50400256	27	3.0	27	88	3	108	32	20	27	20	1.97
50404256--50404349	29	3.2	29	98	0	179	26	27	15	29	1.96
50404219--50404349	58	2.3	58	85	2	165	26	32	15	25	1.95
50411354--50411492	27	5.2	26	84	6	143	36	21	24	17	1.94
50411354--50411492	54	2.6	54	83	4	163	36	21	24	17	1.94
50424874--50424913	19	2.1	19	95	0	71	35	10	12	42	1.76
50429476--50429505	12	2.5	12	94	0	51	6	23	40	30	1.80
50436833--50436866	10	3.4	10	91	0	59	61	35	0	2	1.11
50443052--50443129	24	3.2	24	90	3	113	34	3	41	20	1.71
50450772--50450860	23	3.8	24	92	4	146	32	4	41	21	1.73
50450771--50450860	47	1.9	46	93	2	153	33	4	41	21	1.73
50452283--50452393	27	4.1	27	80	7	120	18	23	22	35	1.96
50452286--50452391	54	2.0	53	86	1	149	19	23	20	35	1.96
50458664--50458714	27	1.9	26	84	4	66	17	29	17	35	1.93
50462144--50462321	40	4.4	40	82	4	198	25	24	25	24	2.00
50462144--50462321	79	2.2	81	85	4	236	25	24	25	24	2.00
50462264--50462347	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
50470203--50470298	39	2.4	40	78	3	104	26	22	27	23	2.00
50470300--50470404	40	2.6	40	83	7	124	28	23	24	22	1.99
50470203--50470386	99	1.9	99	85	4	255	27	22	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50470342--50470425	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
50472082--50472106	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
50480591--50480768	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
50482952--50483053	43	2.4	43	98	0	195	30	24	16	28	1.97
50486207--50486232	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
50487366--50487711	45	7.9	45	77	8	315	23	17	27	32	1.96
50487375--50487711	131	2.6	131	88	2	466	23	17	27	31	1.97
50487551--50487714	84	1.9	84	83	9	208	24	18	28	28	1.98
50489447--50489540	6	15.3	6	72	16	77	48	14	15	20	1.80
50489461--50489540	31	2.6	31	95	0	142	48	15	16	20	1.81
50489672--50489773	27	3.8	26	87	5	123	38	21	22	17	1.93
50490424--50490752	27	12.2	27	86	1	385	24	21	18	34	1.96
50490448--50490752	81	3.8	81	88	0	439	24	20	19	35	1.96
50490737--50491002	27	9.9	27	81	5	175	33	9	20	37	1.85
50490494--50490826	54	6.2	53	78	6	210	26	18	20	34	1.95
50490784--50491023	81	3.0	80	85	3	275	31	9	20	38	1.84
50490845--50491023	27	6.6	27	88	0	259	31	8	20	39	1.82
50493813--50493933	43	2.9	42	81	4	145	28	25	16	28	1.97
50510196--50510268	35	2.1	35	94	0	128	19	20	19	41	1.91
50518308--50518409	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
50526290--50526391	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
50529055--50529089	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50532018--50532093	38	2.0	39	92	2	127	46	3	18	31	1.67
50532778--50532824	22	2.1	22	100	0	94	38	0	17	44	1.48
50535936--50536119	40	4.6	40	85	2	244	25	26	23	25	2.00
50538519--50538728	46	4.5	46	81	11	175	27	18	29	25	1.98
50538516--50538686	46	3.7	47	82	5	179	26	19	29	23	1.98
50542548--50542576	15	1.9	15	100	0	58	37	0	41	20	1.53
50545940--50546216	46	6.0	45	71	15	149	26	18	28	25	1.98
50546047--50546165	43	2.6	45	75	10	127	26	15	29	28	1.96
50550004--50550115	43	2.6	43	83	5	129	25	16	24	33	1.95
50564415--50564443	14	2.1	14	100	0	58	31	6	20	41	1.79
50567979--50568012	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
50587151--50587198	25	1.9	25	100	0	96	33	16	4	45	1.67
50589109--50589285	46	3.8	44	78	14	155	28	18	29	23	1.98
50590290--50590368	41	1.9	41	87	10	117	17	22	43	16	1.88
50595807--50595958	79	1.9	80	84	6	202	25	23	28	23	2.00
50595860--50595973	39	2.9	39	84	3	149	26	24	27	21	2.00
50595860--50595987	40	3.2	40	81	7	145	26	25	26	21	1.99
50599361--50599434	22	3.2	22	63	29	55	31	10	29	28	1.91
50599363--50599695	47	7.1	47	95	1	578	34	12	28	24	1.91
50599840--50599989	37	4.1	37	92	0	246	25	19	29	26	1.98
50601263--50601542	40	7.0	40	90	1	411	23	21	28	26	1.99
50601705--50601755	25	2.0	25	85	7	68	29	7	33	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50603251--50603372	22	5.3	22	64	24	72	34	13	28	23	1.92
50603229--50603422	47	4.1	47	96	0	343	35	11	28	24	1.90
50603716--50603755	20	1.9	22	85	10	57	47	0	10	42	1.37
50613858--50614025	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
50613874--50614023	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
50616408--50616455	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
50616499--50616557	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
50616503--50616557	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
50616608--50616760	24	6.4	24	91	2	227	30	20	22	26	1.98
50616966--50617028	30	2.1	30	87	0	90	34	17	25	22	1.95
50617875--50617987	37	3.1	37	96	0	199	23	19	30	26	1.98
50630015--50630084	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
50632109--50632142	17	2.0	17	88	0	50	41	35	11	11	1.78
50632391--50632445	28	2.0	28	92	0	92	49	7	21	21	1.74
50632578--50632606	11	2.6	11	100	0	58	58	13	20	6	1.58
50637935--50638106	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
50637928--50638103	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
50645505--50645676	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
50645498--50645673	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
50650853--50650932	10	7.7	10	72	13	54	12	22	17	47	1.81
50650853--50650929	21	3.7	21	87	6	120	12	22	18	46	1.82
50655762--50655816	27	2.0	27	100	0	110	29	7	38	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50655773--50655829	27	2.1	27	83	3	71	35	8	35	21	1.84
50658901--50658954	21	2.7	20	86	13	83	9	22	0	68	1.17
50660298--50660451	43	3.6	43	86	3	229	31	31	24	11	1.91
50660449--50660642	75	2.6	76	90	1	309	30	23	22	23	1.99
50660449--50660651	38	5.4	38	90	2	311	31	24	21	23	1.99
50667670--50667802	50	2.6	51	78	4	151	36	12	15	34	1.86
50668203--50668248	22	2.1	21	84	15	58	19	15	2	63	1.41
50668436--50668645	58	3.6	57	83	3	217	36	22	17	24	1.95
50668420--50668662	87	2.8	86	82	2	252	38	21	16	24	1.93
50668460--50668666	29	7.1	29	89	1	227	37	22	15	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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