genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  132  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39918118--39918229	50	2.3	49	84	1	143	33	18	21	26	1.97
39918149--39918229	25	3.3	24	83	11	92	37	17	20	24	1.94
39919508--39919537	14	2.1	14	93	0	51	26	10	20	43	1.83
39924362--39924463	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
39931424--39931608	48	3.8	50	82	5	182	29	19	28	23	1.98
39938750--39938967	79	2.8	80	80	8	232	25	27	22	24	2.00
39938776--39938967	40	4.8	39	79	8	190	24	28	22	23	1.99
39941833--39941901	25	2.7	26	90	4	104	50	8	0	40	1.33
39942584--39942633	25	2.0	25	100	0	100	24	16	24	36	1.94
39952186--39952305	29	4.2	28	71	12	102	25	32	14	28	1.94
39958656--39958801	29	5.1	28	79	9	118	26	32	13	27	1.94
39958656--39958801	57	2.6	55	81	11	152	26	32	13	27	1.94
39976045--39976139	38	2.5	38	94	0	163	40	42	9	8	1.68
39980842--39980909	27	2.5	28	90	2	111	27	14	25	32	1.95
39980842--39980921	27	2.9	27	81	9	65	28	16	22	32	1.95
39982942--39982986	23	2.0	22	82	4	54	31	4	22	42	1.73
39983138--39983267	47	2.8	47	81	0	143	23	15	26	34	1.94
39985272--39985314	23	1.9	23	90	4	70	34	0	2	62	1.08
39988832--39988868	1	37.0	1	94	0	65	0	2	0	97	0.18
39990268--39990311	16	2.8	16	78	0	52	54	4	0	40	1.21
39990399--39990449	21	2.4	22	80	12	61	56	7	1	33	1.39
39994477--39994608	49	2.7	50	82	8	162	27	19	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39996715--39996778	32	2.0	32	84	0	83	20	23	18	37	1.94
40004321--40004377	23	2.5	22	73	15	62	24	17	19	38	1.93
40015140--40015238	28	3.5	28	86	5	146	23	13	35	28	1.92
40016495--40016529	18	2.0	18	88	5	54	42	11	17	28	1.83
40019757--40019898	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
40019795--40019924	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
40026846--40026976	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
40026863--40027013	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
40036537--40036588	24	2.2	24	86	6	72	26	17	30	25	1.97
40037396--40037454	31	1.9	31	100	0	118	30	16	16	35	1.92
40040946--40041161	39	5.5	39	91	1	342	27	28	24	20	1.99
40041154--40041246	39	2.4	39	89	3	143	23	25	19	31	1.98
40040944--40041210	117	2.3	119	84	3	362	26	27	23	22	2.00
40046047--40046177	30	4.5	30	87	6	162	32	13	25	28	1.94
40046047--40046177	58	2.2	59	85	6	169	32	13	25	28	1.94
40067781--40067806	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
40068853--40068969	43	2.8	42	76	5	110	29	15	23	31	1.95
40073332--40073515	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
40073372--40073560	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
40081449--40081632	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
40081489--40081677	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
40085272--40085455	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40085312--40085500	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
40093390--40093573	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
40093430--40093618	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
40095145--40095215	24	3.0	23	77	8	79	38	19	25	16	1.93
40103487--40103557	35	2.0	35	97	0	133	28	22	28	21	1.99
40109178--40109203	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
40109274--40109344	29	2.6	27	76	10	72	53	0	1	45	1.09
40109502--40109541	21	1.9	21	85	10	55	30	2	5	62	1.29
40110746--40110771	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
40113002--40113079	39	2.0	39	97	0	147	34	23	16	25	1.95
40114630--40114716	24	3.6	24	98	0	165	35	25	17	21	1.95
40117808--40117933	3	42.7	3	68	9	55	59	0	8	31	1.28
40118172--40118219	23	2.1	23	100	0	96	25	16	20	37	1.93
40122381--40122424	5	9.0	5	92	2	72	38	0	20	40	1.53
40125711--40126768	352	3.0	352	99	0	2107	35	10	7	46	1.66
40127051--40127178	61	2.1	61	85	2	168	40	5	11	42	1.64
40131515--40131650	50	2.8	49	88	1	191	25	16	26	31	1.97
40131515--40131651	49	2.8	50	88	1	195	24	16	26	32	1.96
40133567--40133681	29	4.0	29	84	6	146	29	30	13	26	1.94
40133558--40133673	57	2.0	57	85	3	153	28	31	14	25	1.95
40136078--40136110	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
40136691--40136880	43	4.4	43	90	0	299	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40141001--40141033	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
40141597--40141841	43	5.7	43	90	0	366	25	27	20	26	1.99
40145490--40145604	29	4.0	29	83	6	137	28	29	14	26	1.95
40145481--40145591	58	1.9	58	87	1	161	27	30	15	26	1.96
40145823--40145861	16	2.4	16	86	0	51	10	17	20	51	1.74
40149886--40150068	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
40149887--40150070	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
40149939--40150103	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
40157971--40158153	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
40157972--40158155	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
40158024--40158188	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
40159656--40159710	28	2.0	28	100	0	110	50	3	9	36	1.51
40160114--40160161	21	2.3	21	88	0	78	31	31	25	12	1.92
40161109--40161134	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
40161314--40161390	3	27.0	3	70	15	56	58	3	0	37	1.17
40168719--40169083	46	7.7	48	77	10	271	24	29	19	26	1.98
40168716--40169081	140	2.6	143	80	10	430	24	29	19	26	1.98
40171922--40172025	42	2.4	44	80	6	124	26	17	22	33	1.96
40173089--40173336	50	4.9	50	81	2	291	32	25	16	26	1.96
40173089--40173331	101	2.4	100	82	4	267	32	25	16	26	1.96
40173092--40173376	151	1.9	151	88	3	430	33	25	15	25	1.95
40175193--40175388	48	4.1	48	97	0	365	35	5	27	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40175507--40175615	37	2.9	37	93	2	184	23	18	31	26	1.97
40178486--40178572	43	2.0	43	100	0	174	34	4	25	35	1.77
40180302--40180486	79	2.3	82	85	7	247	26	27	22	24	2.00
40180283--40180486	40	5.1	40	83	8	247	25	26	22	25	2.00
40183024--40183081	21	2.7	22	89	10	93	32	29	24	13	1.94
40183008--40183091	21	3.9	22	81	9	84	34	26	21	17	1.96
40184042--40184095	27	2.0	26	86	13	74	51	0	1	46	1.11
40184218--40184251	15	2.3	15	94	0	59	55	8	0	35	1.31
40184547--40184623	3	25.7	3	71	10	59	59	1	2	36	1.19
40184562--40184623	27	2.3	27	86	8	81	59	1	3	35	1.23
40189648--40189830	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
40189627--40189830	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
40197713--40197895	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
40197692--40197895	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
40200763--40200970	40	5.2	40	81	1	175	21	25	24	28	1.99
40200817--40200970	80	1.9	80	86	0	218	22	26	22	27	1.99
40205037--40205219	77	2.3	80	82	10	225	26	26	21	24	2.00
40205018--40205219	40	5.1	40	81	9	229	26	26	21	25	2.00
40213187--40213369	40	4.6	40	83	8	207	26	26	21	24	2.00
40213187--40213369	78	2.3	80	84	7	223	26	26	21	24	2.00
40218781--40218877	28	3.5	28	90	4	144	20	8	24	46	1.78
40219498--40219559	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40219512--40219694	27	6.8	27	73	1	143	31	11	20	37	1.88
40219552--40219708	54	2.9	54	81	2	172	32	10	21	35	1.87
40219512--40219694	81	2.3	81	77	3	190	31	11	20	37	1.88
40219686--40219918	27	8.6	27	81	5	184	40	8	22	28	1.83
40219686--40219917	54	4.3	54	79	7	220	40	8	22	28	1.83
40219684--40219937	81	3.1	80	75	5	233	38	8	22	30	1.83
40222547--40222597	16	3.2	16	75	5	50	68	5	0	25	1.12
40238760--40238799	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
40243243--40243414	46	3.7	46	80	6	193	27	20	27	23	1.99
40243243--40243414	94	1.8	94	85	0	245	27	20	27	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410