genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  39  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9885493--9885546	27	2.2	26	81	15	69	35	3	3	57	1.34
9886939--9887046	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
9890522--9890667	27	5.4	27	84	0	175	36	18	19	25	1.95
9890522--9890668	54	2.7	54	86	3	197	36	18	19	25	1.94
9891408--9891464	27	2.2	26	87	3	78	22	17	19	40	1.91
9894538--9894678	40	3.5	40	77	5	124	23	30	22	23	1.99
9894651--9894760	40	2.8	40	80	2	105	25	22	21	30	1.99
9900339--9900483	27	5.4	27	87	0	182	36	20	18	24	1.95
9901199--9901281	27	2.9	27	80	8	85	22	21	18	37	1.94
9903261--9903305	19	2.4	19	96	0	81	48	17	13	20	1.80
9903393--9903434	9	4.6	9	82	14	50	50	0	4	45	1.23
9903701--9903725	11	2.3	11	100	0	50	24	28	8	40	1.83
9905377--9905407	14	2.2	14	94	0	53	32	9	19	38	1.84
9909999--9910348	46	8.0	46	84	10	446	22	24	15	37	1.93
9909999--9910348	84	4.0	88	90	4	473	22	24	15	37	1.93
9910178--9910337	38	4.0	38	86	12	239	24	25	16	33	1.96
9912464--9912511	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
9913265--9913328	32	2.0	32	87	3	94	54	4	23	17	1.61
9916964--9917002	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
9918106--9918225	37	3.3	36	74	13	111	37	13	19	30	1.90
9925135--9925185	25	2.0	25	100	0	102	41	19	11	27	1.86
9927589--9927613	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9927867--9927934	30	2.3	30	85	10	86	30	17	4	47	1.68
9939687--9939733	23	2.0	22	84	15	60	42	8	4	44	1.54
9939751--9939775	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
9940426--9940453	12	2.3	12	100	0	56	67	0	0	32	0.91
9949740--9949945	108	1.9	108	95	0	376	13	15	21	50	1.78
9954310--9954414	22	5.0	22	75	13	114	37	25	17	20	1.94
9954289--9954412	38	3.1	38	73	13	122	36	27	16	19	1.93
9963490--9963664	49	3.6	48	78	8	167	24	30	18	26	1.98
9973330--9973393	19	3.2	20	84	8	78	65	3	3	28	1.23
9974277--9974309	3	11.3	3	87	6	50	0	30	0	69	0.88
9976939--9976964	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
9981810--9981851	22	1.9	22	85	0	57	9	26	28	35	1.88
9984246--9984277	5	6.4	5	92	0	55	18	3	0	78	0.89
9984357--9984442	3	29.0	3	79	9	79	29	4	2	63	1.26
9985853--9985898	20	2.3	20	78	10	51	2	15	2	80	0.91
9986763--9986806	22	2.0	23	86	4	63	68	0	11	20	1.20
9987239--9987265	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
9987662--9987701	19	2.0	20	90	4	64	20	0	17	62	1.33
9988866--9988895	14	2.1	14	100	0	60	20	33	13	33	1.91
9990908--9990951	18	2.4	18	96	0	79	20	20	31	27	1.97
9995147--9995252	55	1.9	55	84	0	140	16	31	25	26	1.97
10007469--10007504	18	2.1	18	94	5	65	16	33	38	11	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10007966--10008033	34	2.0	34	88	0	100	35	23	22	19	1.96
10013514--10013553	19	2.0	20	90	4	64	50	5	7	37	1.53
10014668--10014742	30	2.5	30	82	4	89	29	18	20	32	1.96
10019564--10019638	34	2.2	34	97	0	141	28	5	26	40	1.78
10019657--10019722	34	1.9	34	96	0	123	37	16	19	25	1.93
10020645--10020815	86	2.0	86	96	0	315	29	21	12	36	1.91
10026595--10027036	87	5.2	87	79	6	363	42	10	13	33	1.79
10027310--10027362	25	2.1	24	80	10	61	62	3	0	33	1.13
10035102--10035177	20	3.9	19	76	10	73	48	10	2	38	1.52
10035755--10035822	20	3.4	20	73	4	66	47	5	8	38	1.59
10035874--10035928	20	2.8	20	75	8	60	49	7	0	43	1.30
10035943--10035985	20	2.2	20	87	4	61	37	11	9	41	1.74
10036141--10036190	20	2.5	19	80	6	55	36	12	6	46	1.66
10041705--10041771	33	2.0	34	94	5	118	38	8	10	41	1.71
10041868--10041903	18	2.0	18	94	0	63	38	2	5	52	1.39
10041981--10042064	42	2.0	42	95	0	150	29	13	14	42	1.83
10043735--10043810	31	2.4	31	80	10	91	40	5	15	38	1.70
10047794--10047823	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
10059028--10059070	17	2.6	17	85	3	52	34	4	16	44	1.68
10063700--10063870	47	3.6	47	82	4	184	30	28	16	24	1.97
10068169--10068197	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
10069744--10069785	15	2.8	15	82	13	59	14	11	16	57	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10078501--10078546	19	2.5	19	80	16	53	82	4	13	0	0.81
10084897--10084944	25	1.9	25	86	0	69	22	4	16	56	1.58
10086416--10086497	30	2.7	30	83	7	112	30	13	18	37	1.89
10087337--10087396	23	2.8	21	75	20	70	31	0	28	40	1.57
10088088--10088131	16	2.8	16	83	10	56	34	0	0	65	0.93
10088687--10088876	102	1.9	102	84	4	258	27	10	17	45	1.80
10103845--10103883	17	2.3	17	90	0	60	35	7	0	56	1.28
10104573--10104660	6	14.3	6	75	17	83	47	15	18	18	1.83
10104573--10104660	19	4.8	18	75	18	83	47	15	18	18	1.83
10104582--10104660	31	2.5	31	93	0	131	48	15	18	17	1.82
10104587--10104633	25	1.9	24	95	4	85	44	17	21	17	1.86
10105394--10105652	27	9.6	27	85	0	320	25	18	19	36	1.94
10105432--10105679	81	3.1	81	83	4	216	27	16	19	36	1.93
10105674--10106002	27	12.3	26	80	5	205	29	8	20	41	1.82
10105675--10106008	54	6.2	54	79	7	290	29	8	20	40	1.82
10105719--10106002	81	3.5	81	80	6	308	28	8	21	41	1.82
10109539--10109713	46	3.8	46	76	8	153	22	29	19	28	1.98
10110290--10110329	15	2.7	15	88	0	62	45	20	2	32	1.64
10116327--10116407	30	2.7	30	96	0	144	19	32	24	23	1.98
10117295--10117408	46	2.5	45	77	12	115	23	29	19	27	1.98
10118830--10118965	35	3.7	39	76	11	135	31	11	22	34	1.90
10126273--10126403	35	3.6	35	75	11	129	31	10	23	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10133716--10133846	35	3.6	35	75	11	129	31	10	23	34	1.89
10141159--10141290	35	3.6	38	78	9	141	31	11	23	34	1.90
10146352--10146414	30	2.1	30	87	0	90	55	17	1	25	1.51
10147137--10147257	63	1.9	63	86	3	172	33	14	12	40	1.83
10148015--10148066	21	2.6	21	82	11	65	67	0	0	32	0.91
10151001--10151027	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
10152793--10152832	20	2.0	20	95	0	71	40	12	25	22	1.89
10154662--10154697	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
10155116--10155159	23	1.9	23	86	9	63	22	4	4	68	1.27
10155433--10155532	3	34.0	3	90	7	161	65	1	0	34	1.00
10158376--10158421	24	2.0	24	91	8	78	58	8	13	19	1.60
10159016--10159072	28	2.0	28	100	0	114	21	24	3	50	1.64
10162721--10162843	18	6.8	18	76	17	87	35	11	14	38	1.82
10162728--10162843	35	3.2	35	93	3	187	36	12	13	37	1.82
10168566--10168609	1	44.0	1	86	0	61	93	0	6	0	0.36
10168554--10168609	13	4.4	12	84	6	67	89	1	8	0	0.56
10168566--10168609	19	2.2	20	96	4	81	93	0	6	0	0.36
10170591--10170879	82	3.4	83	84	5	409	32	23	20	22	1.98
10170591--10170875	87	3.4	86	85	7	388	31	24	21	22	1.98
10170924--10171579	207	3.2	206	92	1	1041	29	17	23	29	1.97
10171997--10172129	35	3.8	36	95	2	234	37	12	13	36	1.82
10171991--10172137	17	8.3	19	81	13	116	38	10	14	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10175193--10175236	20	2.2	20	83	0	52	54	11	25	9	1.65
10175312--10176101	389	2.0	389	98	0	1517	39	20	14	25	1.91
10185927--10185958	14	2.2	15	94	5	57	78	0	0	21	0.76
10195593--10195654	31	2.0	30	84	3	79	32	22	8	37	1.83
10200529--10200570	16	2.6	16	88	0	66	26	30	28	14	1.95
10209262--10209319	26	2.2	26	96	0	107	34	3	24	37	1.72
10213283--10213382	14	7.1	14	75	5	85	22	16	34	28	1.95
10213263--10213375	14	7.9	14	73	7	84	21	15	32	30	1.95
10213275--10213465	58	3.3	56	76	11	181	23	16	29	30	1.96
10213266--10213380	29	4.0	28	84	6	142	22	16	32	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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