genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76971054--76971096	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
76973361--76973423	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
76981220--76981282	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
76985586--76985873	126	2.3	127	88	1	427	28	19	16	35	1.93
76986335--76986364	15	2.0	15	93	0	51	46	30	0	23	1.52
76986356--76986416	29	2.1	30	87	3	88	47	32	0	19	1.50
76995092--76995206	40	2.9	40	89	2	180	22	22	27	26	1.99
76995108--76995244	38	3.6	38	85	2	157	22	21	27	27	1.99
76995248--76995649	43	9.6	43	88	5	583	11	25	32	31	1.91
76995558--76995614	16	3.6	16	100	0	114	10	33	29	26	1.90
77005046--77005200	52	3.0	52	78	8	143	26	13	27	32	1.94
77005986--77006032	20	2.3	20	92	0	76	21	38	31	8	1.83
77009864--77009912	21	2.3	22	85	3	64	42	0	0	57	0.99
77009877--77009925	22	2.3	22	86	10	66	38	0	2	59	1.09
77011624--77011766	64	2.2	64	92	0	232	31	16	13	38	1.87
77011914--77012355	182	2.5	177	81	9	479	32	18	21	27	1.97
77012059--77012356	89	3.4	87	78	8	318	32	18	20	28	1.96
77012146--77012356	45	4.7	44	75	7	138	32	19	19	27	1.96
77012464--77012569	44	2.4	45	85	3	135	26	16	25	31	1.97
77012905--77012939	18	1.9	18	94	0	61	40	8	17	34	1.80
77013666--77013712	10	4.7	10	94	5	78	31	19	10	38	1.86
77013646--77013712	21	3.3	21	87	4	84	31	19	10	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77018168--77018204	10	3.7	10	92	7	58	32	18	10	37	1.86
77018134--77018198	21	3.0	21	81	2	67	32	16	12	38	1.86
77020186--77020339	44	3.5	44	77	9	134	27	20	22	29	1.98
77022150--77022262	46	2.5	46	84	7	149	34	5	0	59	1.26
77022516--77022554	21	1.9	20	85	15	53	25	2	10	61	1.41
77024445--77024479	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
77025299--77025349	12	3.8	13	82	12	50	11	5	7	74	1.21
77029380--77029415	18	2.0	18	94	0	63	33	2	27	36	1.72
77033950--77033980	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
77039398--77039598	82	2.5	82	90	1	296	48	13	10	27	1.76
77039627--77040028	87	4.6	86	78	10	404	46	9	13	30	1.75
77039715--77040076	174	2.1	174	91	0	580	46	9	12	30	1.75
77039802--77040076	87	3.2	87	73	13	276	46	9	13	30	1.74
77040265--77040305	21	1.9	22	85	5	57	60	7	0	31	1.24
77040741--77040791	20	2.7	19	85	8	68	60	7	1	29	1.36
77044021--77044102	22	3.8	22	79	12	82	37	0	2	59	1.11
77044021--77044102	3	27.7	3	77	14	73	37	0	2	59	1.11
77044040--77044124	27	3.2	27	91	6	131	34	0	4	61	1.17
77044040--77044131	13	6.9	14	73	16	72	34	0	4	60	1.16
77044896--77044929	17	1.9	18	88	5	52	44	0	20	35	1.52
77045736--77045765	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
77052483--77052518	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77057825--77057861	5	7.6	5	93	6	67	18	0	0	81	0.70
77060771--77060881	40	2.8	39	83	9	127	21	28	25	24	1.99
77060771--77060919	80	1.9	79	83	6	194	22	27	23	26	1.99
77068753--77068882	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
77068769--77068920	40	3.8	40	79	5	155	21	26	24	26	1.99
77068769--77068918	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
77076708--77076837	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
77076724--77076874	40	3.8	40	79	6	155	21	27	23	27	1.99
77076724--77076872	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
77083022--77083238	40	5.5	40	88	3	289	24	28	23	23	1.99
77092736--77092884	39	3.8	39	87	6	203	22	29	24	23	1.99
77097516--77097553	18	2.1	18	90	0	58	44	44	2	7	1.47
77097638--77097705	9	7.6	9	89	0	100	22	8	25	44	1.81
77098178--77098289	36	3.1	35	70	19	97	25	16	20	36	1.94
77098093--77098751	71	9.3	71	78	4	467	24	17	22	34	1.95
77098183--77098742	213	2.6	212	79	3	518	25	17	21	35	1.95
77098661--77098846	92	2.0	92	87	2	266	26	16	24	32	1.96
77098752--77099192	71	6.2	71	79	2	366	24	15	23	36	1.94
77098609--77098917	163	1.9	164	85	3	426	23	15	25	34	1.95
77098448--77099056	305	2.0	304	80	3	679	24	17	23	34	1.96
77098377--77099086	376	1.9	374	80	3	818	24	17	23	34	1.96
77098305--77099534	447	2.8	445	81	4	1327	24	16	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77099198--77099540	71	4.8	71	77	2	285	23	16	25	34	1.95
77101435--77101473	16	2.5	16	91	4	62	64	5	10	20	1.44
77101434--77101472	15	2.4	17	83	12	55	66	5	10	17	1.39
77102358--77102402	21	2.1	21	83	0	54	64	0	24	11	1.26
77102367--77102412	21	2.2	20	81	7	56	65	0	21	13	1.26
77103022--77103046	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
77103751--77104110	46	7.6	44	74	11	179	27	18	29	24	1.98
77103751--77104110	47	7.6	46	73	9	189	27	18	29	24	1.98
77103932--77104107	99	1.8	96	88	6	273	26	18	29	26	1.98
77107065--77107091	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
77108808--77108991	50	3.7	50	83	1	217	26	17	25	30	1.98
77114512--77114538	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
77115090--77115230	75	1.9	75	86	2	203	28	14	12	44	1.81
77120839--77120913	40	1.9	40	83	8	100	32	8	16	44	1.76
77120854--77120913	20	3.0	20	80	0	75	31	8	16	43	1.78
77120972--77121028	28	2.0	28	96	0	105	38	15	0	45	1.47
77121304--77121333	10	3.0	10	100	0	60	30	20	0	50	1.49
77122571--77122639	33	2.1	33	97	0	129	37	0	31	30	1.58
77126174--77126228	20	2.8	20	88	0	74	34	10	9	45	1.71
77139974--77140039	30	2.2	30	97	0	123	22	34	22	19	1.96
77141161--77141431	94	2.8	95	80	5	269	28	20	29	21	1.98
77141161--77141434	49	5.7	50	73	12	173	28	20	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77142471--77142607	46	3.0	46	93	0	229	26	31	8	34	1.85
77142624--77142699	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
77142581--77142959	47	8.1	47	94	0	598	25	29	11	34	1.90
77149248--77149299	27	1.9	27	96	0	95	44	21	9	25	1.82
77155810--77155854	22	2.0	22	100	0	90	22	17	17	42	1.89
77156050--77156357	153	2.0	153	97	0	580	39	10	18	31	1.85
77158001--77158172	93	1.8	93	88	0	263	30	30	18	20	1.97
77157994--77158168	46	3.8	46	77	10	176	31	29	18	21	1.97
77159552--77159636	20	4.2	20	80	4	100	30	4	14	50	1.63
77159552--77159657	40	2.6	41	80	5	126	32	4	12	50	1.60
77163964--77164112	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
77164005--77164112	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
77172034--77172182	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
77172075--77172182	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
77173848--77174100	39	6.5	40	90	5	369	24	21	27	26	1.99
77181953--77182210	40	6.5	40	95	2	398	23	23	27	25	2.00
77187111--77187180	35	2.0	35	100	0	140	34	11	31	22	1.90
77188044--77188238	49	3.9	49	83	4	248	29	26	17	26	1.98
77188044--77188236	100	1.9	100	94	2	343	29	25	18	26	1.98
77191444--77191526	37	2.2	37	93	0	139	34	28	14	21	1.93
77191444--77191539	37	2.6	37	89	0	129	34	28	14	22	1.94
77198463--77198515	22	2.4	22	81	9	54	22	3	5	67	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77204789--77204822	17	2.0	17	88	0	50	0	50	2	47	1.16
77224157--77224282	28	4.6	28	80	7	143	29	27	13	29	1.94
77224157--77224282	53	2.3	57	79	8	145	29	27	13	29	1.94
77225583--77225612	15	2.0	15	93	0	51	30	0	26	43	1.55
77225772--77225810	19	2.1	18	85	4	51	12	5	2	79	1.00
77246249--77246350	29	3.6	28	77	4	105	23	15	32	28	1.95
77251756--77251803	16	3.0	16	81	0	51	50	0	4	45	1.21
77252613--77252647	16	2.2	16	89	0	52	45	2	0	51	1.16
77258757--77258816	21	2.8	21	74	2	66	13	31	23	31	1.93
77282508--77282571	18	3.6	18	78	4	67	34	28	10	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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