genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76151748--76151914	35	4.6	35	81	8	181	30	10	24	34	1.90
76151770--76151919	75	2.0	75	82	2	185	31	12	22	34	1.91
76153177--76153216	19	2.1	19	100	0	80	60	10	10	20	1.57
76159951--76160058	26	4.2	26	92	0	189	35	25	7	31	1.84
76160976--76161015	19	2.0	21	85	9	57	55	7	10	27	1.60
76163892--76163916	7	3.6	7	100	0	50	72	0	16	12	1.13
76165296--76165335	2	20.0	2	100	0	80	50	50	0	0	1.00
76165882--76165941	18	3.4	18	71	15	54	73	3	3	20	1.12
76165912--76165945	6	5.7	6	100	0	68	85	0	0	14	0.60
76167127--76167233	26	4.2	26	95	2	198	30	6	27	35	1.82
76167127--76167233	51	2.1	52	96	1	198	30	6	27	35	1.82
76172215--76172239	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
76187225--76187250	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
76188908--76188967	21	3.0	20	83	9	77	58	1	5	35	1.30
76189393--76189458	28	2.2	30	81	7	73	42	0	1	56	1.08
76191133--76191302	46	3.7	45	79	7	180	22	29	20	27	1.98
76191133--76191305	94	1.9	92	84	7	233	22	29	20	27	1.99
76196626--76196792	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
76200479--76200650	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
76200472--76200647	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
76208056--76208227	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
76208049--76208224	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76212214--76212244	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
76217578--76217804	46	5.0	46	87	2	314	39	14	24	21	1.91
76218084--76218116	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
76224636--76224671	17	2.1	17	89	0	54	86	0	8	5	0.72
76230302--76230361	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
76230308--76230355	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
76234456--76234496	19	2.2	19	86	8	57	29	19	26	24	1.98
76237341--76237372	16	2.0	16	93	0	55	43	15	6	34	1.72
76240923--76240988	33	2.0	33	100	0	132	36	21	27	15	1.93
76243480--76243516	20	1.9	18	89	10	56	70	0	2	27	1.01
76244891--76244957	17	3.7	17	77	14	80	28	1	23	46	1.61
76247931--76248005	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
76247989--76248062	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
76255885--76255959	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
76255943--76256016	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
76257221--76257245	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
76259427--76259495	24	3.0	23	79	12	77	21	20	23	34	1.96
76259437--76259495	23	2.5	24	81	13	77	22	20	22	35	1.96
76259675--76259832	20	8.0	20	75	2	131	32	6	18	41	1.78
76259669--76259817	40	3.8	40	84	1	212	33	8	20	38	1.82
76263372--76263406	2	18.0	2	88	5	54	45	0	2	51	1.16
76264466--76264642	42	4.2	43	95	2	322	10	24	35	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76264466--76264642	85	2.1	85	95	2	320	10	24	35	29	1.89
76265866--76266179	46	6.8	45	90	4	432	20	24	13	41	1.88
76266019--76266219	92	2.2	92	81	7	203	25	26	11	36	1.91
76265953--76266219	138	1.9	138	81	4	324	23	25	13	38	1.91
76268938--76268962	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
76270172--76270250	39	2.0	39	97	0	149	31	12	13	41	1.82
76270667--76270728	25	2.5	25	97	0	115	25	32	11	30	1.91
76270689--76270825	24	5.6	24	77	9	109	25	30	16	27	1.97
76270689--76270781	49	1.9	49	89	6	145	24	31	16	27	1.96
76270714--76270825	49	2.3	48	81	4	127	25	30	17	25	1.98
76272081--76272124	17	2.4	19	82	17	58	15	15	0	68	1.22
76278307--76278417	24	4.7	23	73	10	89	27	32	14	25	1.94
76286354--76286413	31	2.0	31	83	9	79	65	0	1	33	1.03
76297276--76297359	41	2.1	41	95	2	152	32	15	10	41	1.81
76299196--76299238	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
76301505--76301543	19	2.1	19	95	0	69	41	5	12	41	1.65
76305107--76305149	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
76305529--76305564	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
76306239--76306290	26	2.0	26	81	11	61	36	3	0	59	1.16
76306748--76306784	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
76309256--76309314	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
76314182--76314211	7	4.3	7	91	0	51	30	16	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76314148--76314254	49	2.2	49	89	3	171	29	16	20	32	1.95
76314967--76315023	30	1.9	30	100	0	114	26	21	24	28	1.99
76320200--76320238	13	2.9	14	88	11	64	53	0	0	46	1.00
76320235--76320284	20	2.3	22	83	16	77	42	10	4	44	1.56
76320242--76320283	20	2.1	20	100	0	84	42	9	4	42	1.58
76325081--76325371	46	6.2	45	70	11	169	29	20	28	21	1.98
76328462--76328494	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
76328740--76328791	16	3.2	16	91	0	77	34	26	0	38	1.57
76335531--76335847	45	6.7	50	73	13	230	27	20	30	21	1.98
76340067--76340176	38	2.9	38	73	4	105	34	26	19	20	1.96
76340100--76340146	19	2.5	19	85	0	58	40	27	14	17	1.89
76340114--76340206	19	4.8	19	68	2	60	34	26	17	21	1.95
76340119--76340261	58	2.5	58	75	1	144	32	25	22	20	1.98
76341495--76341554	30	2.0	30	87	6	86	18	16	13	51	1.76
76341506--76341568	30	2.0	31	81	9	74	20	19	12	47	1.81
76341642--76341704	32	1.9	33	84	9	85	63	0	0	36	0.95
76342709--76342758	17	2.9	17	82	5	57	72	0	16	12	1.13
76345786--76345827	19	2.3	18	80	12	50	35	2	21	40	1.66
76348173--76348225	25	2.2	24	86	3	70	15	20	22	41	1.89
76350710--76350747	20	2.0	19	85	10	51	60	5	2	31	1.33
76350980--76351006	14	1.9	14	100	0	54	40	14	7	37	1.74
76351840--76351915	40	1.9	40	97	0	143	18	35	7	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76351819--76351927	40	3.1	34	78	17	125	14	37	6	41	1.72
76355355--76355397	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
76355483--76355520	14	2.7	14	91	0	58	44	2	0	52	1.14
76355483--76355525	15	2.9	15	86	10	54	46	2	0	51	1.13
76359824--76359853	15	1.9	16	93	6	53	63	0	3	33	1.11
76359824--76359858	16	2.1	16	89	5	52	62	0	2	34	1.10
76362613--76362764	26	5.9	26	70	10	89	32	8	3	55	1.46
76362837--76362884	21	2.3	21	96	3	89	22	4	4	68	1.24
76365100--76365250	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
76365137--76365266	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
76366809--76367045	127	1.9	127	83	3	316	29	14	17	38	1.90
76367950--76367987	20	1.9	19	89	5	58	52	2	0	44	1.14
76375718--76375842	57	2.2	58	81	11	150	27	16	20	36	1.94
76377216--76377367	52	2.9	51	80	8	180	30	26	17	25	1.97
76383410--76383448	20	2.0	20	90	10	62	20	20	41	17	1.91
76383565--76383643	41	1.9	41	89	5	124	17	40	22	18	1.91
76384613--76384884	47	5.7	47	72	13	202	25	29	18	26	1.98
76384617--76384928	94	3.3	93	77	12	291	25	28	18	27	1.98
76384713--76384928	47	4.6	45	73	15	154	24	29	18	28	1.98
76386318--76386359	20	2.1	20	95	0	75	35	16	21	26	1.94
76387753--76387814	32	1.9	32	93	0	106	40	24	6	29	1.80
76388863--76388922	29	2.1	29	100	0	120	36	6	5	51	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76394663--76394766	43	2.4	43	91	0	172	25	31	22	21	1.98
76395015--76395055	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
76394981--76395054	31	2.4	31	78	13	82	64	4	4	27	1.29
76400462--76400531	21	3.3	20	75	13	61	38	41	0	20	1.52
76400590--76400689	7	13.7	7	71	8	56	44	27	1	28	1.61
76400590--76400694	14	7.2	14	72	8	75	44	25	0	28	1.60
76400579--76400683	53	2.0	53	82	0	129	41	27	1	28	1.66
76400852--76401147	41	7.2	41	92	2	427	20	24	21	33	1.97
76401254--76401289	14	2.6	14	86	0	54	75	2	0	22	0.94
76406028--76406135	39	2.8	39	88	0	153	24	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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