genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59605182--59605241	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
59608128--59608259	27	4.9	27	79	10	128	29	24	9	36	1.88
59608135--59608259	53	2.3	54	78	8	139	29	24	10	35	1.89
59609331--59609384	27	2.0	27	92	0	90	27	24	12	35	1.92
59616942--59616998	18	3.2	18	76	0	69	36	12	14	36	1.83
59616949--59617005	18	3.2	18	76	0	69	36	15	12	35	1.85
59617015--59617082	18	3.7	19	76	5	68	45	14	8	30	1.76
59617198--59617228	6	5.2	6	100	0	62	51	16	16	16	1.77
59617210--59617330	53	2.3	53	95	0	215	43	21	16	18	1.87
59617204--59617340	53	2.4	59	82	14	205	43	20	17	18	1.88
59618431--59618475	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
59623180--59623236	18	3.2	18	76	0	69	36	12	14	36	1.83
59623187--59623243	18	3.2	18	73	9	62	36	15	10	36	1.82
59623253--59623323	18	3.9	18	69	10	54	43	14	9	32	1.78
59623269--59623320	18	2.8	19	79	5	70	50	9	7	32	1.64
59623442--59623572	53	2.5	53	89	1	208	44	20	16	18	1.87
59624665--59624705	20	2.2	18	91	8	64	0	29	0	70	0.87
59631159--59631199	21	2.0	21	85	0	55	36	14	14	34	1.87
59631321--59631544	27	8.3	27	84	1	216	25	18	19	37	1.94
59631502--59631599	27	3.7	26	80	5	106	28	8	21	41	1.81
59633465--59633528	33	2.0	32	87	3	92	35	18	23	21	1.95
59634254--59634343	27	3.3	27	84	0	99	27	20	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59640003--59640082	27	3.0	27	88	0	133	23	17	20	38	1.93
59642281--59642319	7	5.6	7	93	0	69	56	2	25	15	1.52
59645963--59646004	19	2.2	19	100	0	84	19	9	7	64	1.46
59647646--59647770	47	2.7	47	78	13	132	31	17	28	22	1.97
59647691--59647865	48	3.7	47	78	9	198	28	17	30	24	1.97
59662411--59662457	23	2.0	23	100	0	94	38	4	4	53	1.40
59664212--59664249	18	2.1	18	100	0	76	23	10	26	39	1.87
59673393--59673452	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
59680363--59680536	46	3.8	46	77	14	205	29	29	20	21	1.98
59680371--59680540	92	1.8	93	93	1	297	28	29	20	21	1.98
59680958--59681017	30	2.0	30	90	0	93	31	25	6	36	1.82
59686393--59686456	28	2.3	28	94	0	110	32	28	7	31	1.85
59687269--59687309	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
59687432--59687566	39	3.4	38	72	8	92	28	27	20	23	1.99
59687806--59687844	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
59689149--59689205	5	11.4	5	100	0	114	59	0	0	40	0.97
59689557--59689636	27	2.9	28	83	5	99	21	25	21	32	1.98
59689557--59689647	27	3.2	28	81	4	85	21	26	19	31	1.98
59690099--59690137	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
59692408--59692445	18	2.1	18	100	0	76	44	0	28	26	1.54
59695120--59695168	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
59695991--59696157	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59703132--59703180	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
59704003--59704169	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
59712670--59712694	12	2.1	12	100	0	50	32	32	8	28	1.86
59717723--59717982	46	5.6	47	78	9	223	25	30	17	26	1.97
59722587--59722625	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
59737175--59737363	48	3.9	47	76	5	182	26	20	30	22	1.98
59737184--59737359	96	1.8	96	88	0	271	27	20	29	22	1.98
59737653--59737685	16	2.1	16	100	0	66	24	12	6	57	1.57
59740289--59740443	42	3.7	42	78	5	143	28	24	17	29	1.97
59742768--59742943	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
59742765--59742935	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
59745886--59745954	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
59745877--59745964	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
59747099--59748566	734	2.0	734	99	0	2920	33	11	19	34	1.88
59749080--59749255	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
59749077--59749247	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
59754165--59754447	53	5.3	54	80	7	308	21	23	19	36	1.95
59754155--59754548	108	3.7	108	85	5	486	23	22	17	36	1.95
59754165--59754550	53	7.3	53	70	12	265	23	22	17	36	1.95
59754434--59754609	47	3.6	47	71	13	147	26	22	14	37	1.92
59754144--59754609	108	4.5	100	85	6	415	23	23	16	36	1.94
59754530--59754745	95	2.3	94	79	10	237	23	23	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59754748--59754833	44	2.0	44	86	4	120	26	25	13	33	1.94
59763792--59764005	106	2.0	106	91	0	347	34	30	14	21	1.93
59764715--59765154	45	10.1	45	82	7	374	29	28	17	24	1.97
59764715--59765154	90	5.1	90	80	8	509	29	28	17	24	1.97
59764715--59765154	135	3.4	127	80	9	430	29	28	17	24	1.97
59764802--59765122	168	1.9	168	88	0	480	30	27	16	24	1.97
59764745--59765154	213	1.9	212	87	1	597	30	27	16	24	1.97
59766913--59767059	40	3.7	40	91	2	217	23	21	29	25	1.99
59766913--59767079	80	2.1	79	83	4	212	23	20	28	26	1.99
59774972--59775173	40	5.1	40	87	3	275	22	20	29	27	1.98
59774968--59775177	79	2.7	80	87	5	302	23	20	28	27	1.99
59776725--59777164	45	10.1	45	83	7	527	29	28	17	23	1.97
59776812--59777132	168	1.9	168	91	0	525	30	28	17	23	1.97
59776764--59777164	213	1.9	213	89	1	624	30	27	17	23	1.97
59778927--59779073	40	3.7	40	89	2	208	24	21	29	25	1.99
59778927--59779093	80	2.1	79	82	4	203	23	20	28	26	1.99
59785171--59785301	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
59791690--59791831	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
59791729--59791841	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
59799495--59799636	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
59799534--59799646	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
59810590--59810627	17	2.2	18	85	4	51	81	0	18	0	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59811859--59812037	40	4.5	40	95	1	297	21	23	28	26	1.99
59814330--59814364	17	2.1	17	94	0	61	14	20	5	60	1.54
59824011--59824194	40	4.7	40	82	8	225	25	27	21	25	1.99
59824013--59824194	78	2.3	80	83	6	219	25	27	21	25	2.00
59826430--59826494	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
59834230--59834352	29	4.2	29	98	0	237	30	15	27	26	1.96
59834231--59834389	58	2.7	58	90	1	212	27	15	31	25	1.96
59834230--59834389	87	1.8	87	86	2	232	26	15	31	26	1.96
59834230--59834418	87	2.2	87	83	3	229	26	16	31	25	1.96
59834453--59834479	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
59843042--59843222	78	2.3	80	85	7	246	25	27	22	24	2.00
59843040--59843222	40	4.7	40	85	9	234	25	27	22	24	2.00
59845198--59845381	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
59845238--59845426	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
59847841--59847976	41	3.2	41	74	10	123	33	19	15	31	1.93
59856600--59857510	457	2.0	457	95	0	1653	34	16	14	34	1.90
59868156--59868212	24	2.4	24	85	5	71	22	15	28	33	1.95
59881802--59881861	23	2.6	23	100	0	120	13	33	33	20	1.91
59884624--59884840	40	5.5	40	91	3	289	22	24	28	24	1.99
59884624--59884840	79	2.7	79	89	6	307	22	24	28	24	1.99
59892748--59892965	40	5.5	40	92	2	316	22	24	28	24	1.99
59899065--59899158	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59899061--59899195	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
59899259--59899283	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
59907046--59907161	29	4.0	29	96	0	214	31	12	27	29	1.92
59907048--59907206	58	2.7	58	86	1	176	28	14	30	27	1.95
59907046--59907204	87	1.8	87	83	2	212	27	13	30	27	1.94
59907046--59907234	87	2.2	87	81	3	211	27	15	30	26	1.96
59907269--59907298	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
59912711--59912801	43	2.1	43	82	10	105	59	2	2	36	1.22
59915480--59915537	20	2.9	21	82	10	77	34	3	1	60	1.24
59916853--59916880	12	2.3	12	100	0	56	50	0	32	17	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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