Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  62  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16984275--16984353
32
2.5
32
100
0
158
20
44
27
7
1.78
16996303--16996402
42
2.3
43
84
3
121
34
25
16
25
1.95
16998427--16998513
44
2.0
44
88
8
133
33
17
16
33
1.92
17016189--17016257
32
2.2
32
100
0
138
31
8
24
34
1.86
17018192--17018255
25
2.5
24
75
9
65
54
1
3
40
1.25
17018795--17018828
17
1.9
18
88
5
52
38
5
5
50
1.51
17018983--17019024
22
1.9
22
90
9
68
50
0
4
45
1.23
17019076--17019133
30
2.0
30
86
3
82
44
15
8
31
1.76
17023879--17023932
27
2.0
27
85
3
74
35
20
22
22
1.96
17023934--17023997
27
2.4
27
84
5
76
28
21
15
34
1.94
17029073--17029214
40
3.5
40
85
0
167
23
28
22
26
1.99
17029105--17029256
40
3.8
40
82
5
155
22
25
23
28
1.99
17037176--17037316
40
3.5
40
83
1
158
22
28
22
26
1.99
17039044--17039180
40
3.5
39
79
3
141
26
22
27
23
1.99
17039044--17039135
39
2.3
39
84
1
121
28
21
27
22
1.99
17045286--17045345
27
2.3
26
85
2
75
35
20
23
21
1.96
17045342--17045369
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
17050087--17050347
40
6.6
40
92
3
377
22
22
26
27
1.99
17054411--17054552
71
2.0
71
98
0
275
27
16
23
32
1.96
17057380--17057561
40
4.6
40
91
1
285
23
20
26
29
1.99
17057380--17057629
80
3.2
80
84
3
301
23
22
26
27
2.00
17062730--17062798
27
2.5
27
95
2
120
30
26
14
28
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17071560--17071738
96
1.8
96
85
5
252
26
19
29
25
1.99
17074166--17074387
49
4.5
49
86
2
282
28
27
18
25
1.98
17074153--17074398
101
2.5
99
83
2
314
28
27
19
25
1.98
17075511--17075565
29
1.9
28
85
10
76
16
21
43
18
1.88
17078042--17078094
26
2.1
24
82
6
61
35
20
3
39
1.71
17078182--17078528
46
7.8
46
79
10
335
18
23
15
42
1.89
17078182--17078356
47
3.7
47
88
0
244
18
24
15
41
1.89
17078182--17078521
94
3.8
93
79
11
305
18
23
16
42
1.89
17078321--17078390
34
2.1
34
94
0
122
20
24
15
40
1.91
17080638--17080685
11
4.2
11
79
10
60
64
0
0
35
0.94
17080632--17080687
24
2.3
24
87
3
76
60
1
0
37
1.07
17084893--17084965
26
2.7
27
74
2
67
39
20
20
19
1.92
17085635--17085670
16
2.2
17
90
5
56
33
41
5
19
1.75
17097982--17098030
19
2.4
20
80
13
55
14
26
2
57
1.48
17099642--17099755
39
2.9
39
93
1
183
24
28
21
26
1.99
17107654--17107795
39
3.7
39
88
4
225
22
29
21
26
1.99
17114025--17114203
39
4.5
39
86
4
207
26
22
26
24
2.00
17114025--17114224
40
5.1
39
82
7
206
25
22
26
26
2.00
17114028--17114224
79
2.5
78
81
6
225
25
21
25
26
1.99
17119678--17119777
40
2.5
40
78
0
110
21
34
19
26
1.96
17119678--17119777
20
5.0
20
67
11
53
21
34
19
26
1.96
17121965--17122162
26
7.9
26
71
15
116
19
20
20
40
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17122019--17122163
25
5.9
25
75
14
106
18
20
20
41
1.91
17122077--17122158
23
3.3
23
85
11
110
13
20
23
42
1.87
17124120--17124165
22
2.1
22
84
8
58
41
2
6
50
1.40
17126392--17126539
27
5.5
27
82
4
165
29
25
14
30
1.95
17142214--17142247
11
3.0
11
87
8
50
17
26
0
55
1.42
17143472--17143514
21
2.0
21
95
0
77
55
11
9
23
1.64
17143716--17143806
45
2.0
45
95
0
164
30
15
30
23
1.95
17145011--17145055
2
22.5
2
100
0
90
48
0
0
51
1.00
17146312--17146748
50
8.7
50
75
6
346
30
25
16
26
1.97
17146312--17146643
101
3.3
100
78
5
285
30
25
16
27
1.96
17146312--17146702
151
2.6
151
85
1
516
30
26
16
26
1.97
17146512--17146746
101
2.3
101
82
2
276
33
27
15
23
1.95
17152589--17152730
29
5.0
28
85
6
171
27
15
28
28
1.96
17155967--17156081
31
3.7
31
89
3
178
25
23
16
34
1.95
17156301--17156396
26
3.8
25
93
2
140
25
22
26
26
2.00
17156439--17156474
19
2.0
18
89
10
56
36
16
11
36
1.84
17159958--17159988
16
1.9
16
93
0
53
54
29
3
12
1.53
17161027--17161059
16
2.1
16
88
5
50
48
21
15
15
1.81
17161034--17161069
16
2.2
16
90
9
56
47
16
22
13
1.82
17161279--17161421
28
5.0
28
81
6
137
28
16
25
28
1.97
17161439--17161492
27
2.0
27
100
0
108
7
0
44
48
1.31
17164167--17164212
23
2.0
23
100
0
92
26
26
17
30
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17168536--17168594
22
2.6
23
84
10
68
55
20
5
18
1.61
17176238--17176309
31
2.3
30
80
19
78
45
6
16
30
1.74
17178750--17178779
14
2.1
14
93
0
51
56
3
6
33
1.42
17184957--17184995
20
1.9
21
89
5
62
28
2
23
46
1.65
17190856--17190903
18
2.6
18
86
3
69
31
14
16
37
1.89
17192019--17192063
23
2.0
22
86
4
63
31
0
20
48
1.49
17198301--17198443
43
3.3
43
83
11
179
28
16
23
31
1.96
17198715--17198755
20
2.0
20
95
0
73
19
7
19
53
1.68
17202543--17202684
40
3.5
40
82
1
124
27
24
26
21
1.99
17202581--17202710
40
3.3
39
78
11
147
23
24
26
24
2.00
17206010--17206054
23
2.0
22
82
4
54
28
2
20
48
1.61
17206401--17206478
26
3.1
26
75
10
81
19
21
20
38
1.94
17213977--17214009
13
2.5
13
100
0
66
18
39
36
6
1.75
17221065--17221166
30
3.5
29
74
15
79
49
1
2
46
1.28
17227560--17227625
9
7.2
9
79
14
73
54
0
0
45
0.99
17227751--17227810
28
2.1
28
87
0
84
30
8
16
45
1.77
17228360--17228448
46
1.9
47
88
2
135
41
3
40
14
1.62
17231902--17231938
18
2.1
18
100
0
74
32
10
10
45
1.74
17232635--17232693
22
2.7
22
81
0
73
42
0
10
47
1.37
17237729--17237755
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
17240902--17241109
40
5.2
40
82
2
202
25
23
25
25
2.00
17240904--17241109
80
2.6
80
83
3
236
25
23
26
24
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17243914--17243947
2
17.5
2
93
6
61
50
0
0
50
1.00
17245399--17245467
27
2.6
27
86
6
95
21
43
17
17
1.88
17248002--17248162
46
3.4
47
80
10
163
21
30
19
28
1.97
17250590--17250808
79
2.7
79
82
8
257
26
27
21
24
1.99
17250604--17250808
40
5.1
41
83
8
237
25
28
21
23
1.99
17251518--17251543
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
17257389--17257588
27
7.4
27
86
0
265
35
19
20
25
1.96
17258274--17258332
27
2.2
26
84
3
73
22
23
18
35
1.96
17259895--17260118
40
5.6
40
83
6
283
25
26
24
24
2.00
17259895--17260118
83
2.8
80
84
4
290
25
26
24
24
2.00
17259895--17260118
123
1.8
119
88
3
340
25
26
24
24
2.00
17267598--17267715
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
17267566--17267729
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
17278292--17278393
29
3.6
29
89
5
145
26
32
14
26
1.95
17280361--17280398
15
2.6
15
80
19
53
44
34
0
21
1.52
17280355--17280403
22
2.3
20
80
13
53
46
28
0
24
1.53
17282507--17282540
16
2.1
16
88
0
50
26
20
20
32
1.97
17282587--17282633
17
2.7
18
77
9
53
31
25
19
23
1.98
17290876--17290937
25
2.5
25
81
0
70
20
32
16
30
1.95
17291269--17291324
26
2.2
26
100
0
112
30
7
26
35
1.83
17306597--17306780
49
3.8
49
78
10
200
23
26
17
32
1.97
17313600--17313754
43
3.7
42
78
10
181
24
18
28
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17313923--17313960
18
2.1
19
90
5
60
50
0
15
34
1.45
17318207--17318350
39
3.7
39
90
0
234
26
21
29
22
1.99
17318208--17318390
78
2.3
79
89
1
269
24
22
29
22
1.99
17323122--17323169
24
2.0
24
84
15
64
50
8
14
27
1.71
17325439--17325533
29
3.2
29
80
7
95
53
6
2
37
1.38
17325451--17325533
29
2.7
30
79
7
96
53
7
1
38
1.37
17326469--17326557
44
2.0
44
100
0
178
43
13
6
35
1.70
17330092--17330200
26
4.2
26
96
1
184
33
5
24
36
1.79
17331680--17331731
25
2.0
26
85
3
70
38
23
13
25
1.91
17335848--17335956
26
4.2
26
96
2
184
33
5
24
35
1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410