genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.405.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  405  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122144087--122144143	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
122144290--122144354	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
122144374--122144431	24	2.4	24	82	2	71	60	0	3	36	1.14
122144440--122144511	22	3.2	22	74	16	60	58	2	2	36	1.27
122144466--122144511	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
122144994--122145142	30	5.0	30	92	0	244	22	3	48	24	1.65
122147185--122147228	19	2.4	19	88	3	63	34	4	0	61	1.16
122147523--122147561	18	2.2	18	86	4	53	35	5	5	53	1.45
122149089--122149147	31	1.9	31	86	6	84	23	10	13	52	1.71
122149553--122149587	16	2.3	15	95	5	61	14	25	8	51	1.70
122154582--122154622	14	2.9	14	89	7	57	73	7	9	9	1.26
122154659--122154727	26	2.6	27	93	4	122	18	30	34	15	1.93
122154821--122154863	10	4.3	10	81	18	54	65	0	34	0	0.93
122154822--122154861	21	2.0	20	90	5	62	62	0	37	0	0.95
122159159--122159227	33	2.1	33	83	5	86	15	15	47	20	1.82
122159275--122159415	72	2.0	72	90	2	221	34	19	25	20	1.96
122161278--122161308	12	2.5	13	94	5	55	22	0	3	74	0.96
122161278--122162322	154	7.2	145	73	15	772	29	8	6	55	1.54
122161277--122162173	290	3.1	294	82	11	1048	30	7	6	55	1.54
122161654--122162172	145	3.6	145	74	12	539	29	8	6	55	1.55
122161866--122162173	144	2.0	143	81	10	348	29	7	6	55	1.54
122161286--122162322	290	3.6	280	81	11	1016	29	8	6	55	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122162274--122162321	25	1.9	25	83	8	62	25	4	0	70	1.04
122162762--122162824	14	4.4	14	74	14	58	0	31	0	68	0.90
122162773--122162819	19	2.6	18	78	15	51	0	36	0	63	0.94
122162872--122162920	3	16.7	3	79	12	57	0	34	0	65	0.93
122162876--122162920	8	5.9	8	77	17	51	0	35	0	64	0.94
122162871--122162921	16	3.1	16	81	13	59	0	33	0	66	0.92
122164120--122164231	57	2.0	57	96	0	206	33	10	19	35	1.87
122165135--122165175	20	2.0	21	90	4	66	58	0	7	34	1.26
122166345--122166375	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
122170583--122170633	17	2.9	17	80	11	59	64	5	0	29	1.17
122170894--122170976	41	2.0	41	97	0	157	54	2	25	18	1.56
122171136--122171165	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
122171748--122171788	21	1.9	21	85	5	55	41	0	0	58	0.98
122177166--122177255	46	2.0	46	97	0	171	36	6	14	42	1.72
122177671--122177701	13	2.3	14	94	5	55	45	0	6	48	1.28
122184608--122184656	21	2.3	20	79	6	53	55	6	2	36	1.37
122186045--122186402	131	2.7	131	85	4	486	32	10	14	41	1.80
122194632--122194669	18	2.1	18	100	0	76	36	21	15	26	1.93
122198112--122198144	16	2.0	17	94	5	59	48	12	6	33	1.65
122224633--122224925	150	1.9	151	93	0	507	32	12	12	41	1.82
122225685--122225731	17	2.6	17	83	12	51	72	4	2	21	1.12
122226337--122226362	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122226663--122226744	30	2.8	30	75	1	76	43	2	1	52	1.22
122240284--122240484	109	1.8	110	88	7	311	44	18	13	23	1.85
122243995--122244063	29	2.5	28	86	6	95	44	2	4	47	1.37
122244000--122244093	29	3.2	28	83	8	82	43	5	4	46	1.45
122253955--122254072	61	1.9	61	82	0	146	26	16	3	54	1.58
122254458--122254505	11	4.4	11	81	0	60	27	4	2	66	1.21
122254462--122254504	22	2.0	22	95	0	77	27	4	2	65	1.25
122256686--122256782	29	3.3	29	76	11	97	44	17	9	28	1.80
122258635--122258869	59	3.9	59	81	7	240	40	19	17	22	1.91
122258647--122258869	122	1.8	122	83	3	297	40	18	17	22	1.91
122266064--122266132	34	2.0	34	100	0	138	26	23	11	39	1.88
122266277--122266309	15	2.2	15	100	0	66	48	27	6	18	1.71
122266930--122266996	33	2.0	33	88	0	98	31	10	13	44	1.77
122267679--122267715	18	2.1	18	89	0	56	35	8	18	37	1.81
122271455--122271562	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
122277407--122277514	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
122279646--122279702	20	2.8	20	83	0	78	28	10	19	42	1.84
122291835--122291867	16	2.1	16	94	0	57	36	21	6	36	1.78
122300187--122300213	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
122302946--122302971	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
122304862--122304995	29	4.5	29	68	13	76	44	2	6	47	1.42
122306324--122306356	14	2.4	14	94	0	57	69	12	0	18	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122306672--122306696	8	3.1	8	100	0	50	24	52	12	12	1.72
122307482--122307532	2	26.5	2	82	7	61	41	0	3	54	1.19
122307482--122307533	15	3.5	15	82	12	63	40	0	3	55	1.18
122309587--122309622	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
122309595--122309626	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
122317735--122317877	72	2.0	72	87	2	207	23	17	20	37	1.94
122317828--122318309	140	3.5	140	94	3	834	24	17	20	37	1.94
122318147--122318180	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
122318229--122318454	72	3.0	72	84	11	285	30	16	19	33	1.94
122318408--122318503	49	2.0	49	93	0	165	29	15	20	34	1.94
122318276--122318657	200	1.9	202	92	1	642	32	15	18	33	1.93
122318336--122318582	128	2.0	121	88	5	359	32	15	18	33	1.92
122318460--122318739	75	3.7	75	88	4	375	30	16	20	32	1.95
122318661--122318832	93	1.8	93	84	7	233	27	20	19	32	1.97
122318733--122319327	88	7.2	77	72	17	369	27	16	18	36	1.93
122318732--122318946	79	2.7	77	87	5	279	30	17	17	34	1.93
122318754--122318971	79	2.8	79	83	4	264	30	16	19	33	1.95
122318513--122319327	254	3.3	241	83	7	909	28	16	19	35	1.94
122319098--122319159	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
122320834--122320880	2	24.5	2	80	8	53	40	0	4	55	1.19
122320840--122320881	15	2.8	15	85	7	59	38	0	4	57	1.20
122322701--122322731	10	3.0	10	90	9	53	38	0	3	58	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122322733--122322769	19	2.0	19	89	5	58	35	0	8	56	1.29
122322733--122322785	18	2.9	17	83	10	61	39	0	7	52	1.30
122324727--122324832	54	1.9	57	88	5	164	25	7	35	31	1.84
122324802--122325899	120	9.1	120	84	0	1190	20	9	41	28	1.83
122324784--122325888	30	36.7	30	82	0	1022	20	9	41	28	1.83
122326357--122326432	38	2.0	38	97	0	143	36	13	17	32	1.88
122331443--122331612	21	7.0	27	65	23	108	22	4	50	23	1.66
122331423--122333696	48	47.4	48	82	2	2013	25	3	49	21	1.66
122331447--122331727	27	11.5	27	64	22	93	23	3	50	22	1.64
122332022--122332168	78	1.9	78	85	0	204	23	3	50	23	1.64
122332026--122332188	78	2.1	78	81	0	182	24	3	50	21	1.62
122332216--122332396	27	7.4	27	59	20	83	28	4	44	22	1.72
122332650--122332731	27	3.3	27	65	19	77	26	6	50	17	1.69
122332917--122332998	27	3.3	26	63	19	66	18	3	62	15	1.47
122333080--122333163	27	3.3	27	66	19	72	29	3	42	23	1.71
122333324--122333405	27	3.3	27	67	22	88	24	0	50	25	1.50
122333335--122333409	24	3.2	24	71	17	84	24	0	45	30	1.53
122333315--122333385	23	3.0	23	69	18	65	21	0	50	28	1.49
122333348--122333425	24	3.3	23	71	18	79	21	0	53	24	1.46
122333656--122333708	27	2.0	27	81	7	63	26	7	39	26	1.83
122338774--122339485	48	14.8	48	80	2	692	27	5	48	19	1.70
122340704--122340827	44	2.7	45	80	5	124	33	13	22	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122341497--122341690	98	2.0	97	95	1	352	33	11	21	32	1.90
122349031--122349061	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
122349097--122349145	21	2.3	20	83	16	64	65	2	0	32	1.04
122349097--122349157	21	2.8	21	76	16	54	62	3	1	32	1.21
122349618--122349651	14	2.2	16	85	15	54	47	0	52	0	1.00
122349899--122350176	138	2.0	138	99	0	547	21	17	14	46	1.84
122350804--122350919	44	2.6	44	86	2	151	35	13	23	27	1.93
122350804--122350938	46	3.0	45	82	4	155	34	14	24	26	1.93
122354950--122356401	48	29.9	48	81	3	1418	25	4	48	21	1.68
122354971--122356401	144	9.8	144	86	3	1808	25	4	48	21	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410