genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  92  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26885139--26885179	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
26886610--26886639	14	2.1	14	100	0	60	33	13	0	53	1.40
26893032--26893096	26	2.5	25	82	2	67	33	9	4	52	1.54
26907319--26907352	6	5.5	6	89	6	50	79	0	5	14	0.91
26909972--26910055	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
26917200--26917302	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
26918374--26918993	44	14.0	44	68	12	304	28	17	27	27	1.97
26918417--26918714	89	3.4	87	70	10	235	29	17	26	26	1.98
26918300--26919058	178	4.3	179	84	3	989	28	17	26	27	1.98
26918304--26919058	356	2.1	354	89	1	1138	28	17	26	27	1.98
26939161--26939188	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
26939702--26939737	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
26943100--26943172	35	2.1	34	85	7	94	16	16	9	57	1.64
26944705--26944730	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26949950--26949989	8	5.1	8	87	6	55	0	22	0	77	0.77
26951600--26951648	23	2.0	25	84	7	66	59	2	0	38	1.09
26951635--26951693	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
26956859--26957082	74	3.1	73	68	13	192	34	24	20	20	1.96
26957656--26957731	37	2.1	37	100	0	152	42	21	5	31	1.75
26961697--26961734	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
26972970--26973005	18	1.9	19	88	5	56	47	2	19	30	1.64
26976490--26976660	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26987728--26987898	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
26991822--26991887	23	2.8	24	75	15	64	16	22	21	39	1.92
26991845--26991908	25	2.7	23	72	9	56	20	25	20	34	1.96
27009627--27009668	3	14.7	3	80	9	52	26	2	0	71	0.98
27009751--27009806	3	18.0	3	82	14	53	32	0	5	62	1.18
27009844--27010114	124	2.2	123	77	14	284	30	4	5	59	1.39
27015244--27015279	6	6.0	6	100	0	72	50	16	33	0	1.46
27015847--27015879	10	3.3	10	91	0	57	87	0	12	0	0.53
27015847--27015884	20	1.9	20	94	0	67	81	0	18	0	0.69
27017225--27017713	205	2.4	205	92	0	807	30	19	21	28	1.97
27017738--27018837	132	8.3	132	92	1	1409	30	18	24	26	1.98
27017833--27019046	396	3.1	396	85	5	1446	30	18	24	26	1.98
27018009--27019055	484	2.2	484	94	0	1801	30	18	25	25	1.98
27018141--27018924	352	2.2	352	94	1	1340	29	19	25	25	1.98
27018493--27019063	132	4.3	132	94	0	948	30	18	25	25	1.98
27018361--27019063	264	2.7	264	89	3	990	30	18	25	25	1.98
27018145--27019055	352	2.6	351	89	3	1327	29	18	25	25	1.98
27019325--27019383	9	6.1	9	74	14	55	37	47	0	15	1.45
27019316--27019396	31	2.6	31	94	3	137	37	46	0	16	1.47
27019343--27019446	13	7.9	13	79	17	117	36	48	0	14	1.51
27019316--27019430	31	3.9	29	79	16	105	38	45	0	15	1.53
27022148--27022229	33	2.3	38	81	12	93	51	0	13	35	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27022214--27022255	9	4.6	9	85	5	57	71	0	2	26	0.98
27022628--27022723	22	4.2	22	82	10	120	15	0	45	38	1.46
27022639--27022705	13	5.5	13	81	13	88	14	0	43	41	1.46
27022639--27022723	13	7.2	12	74	24	74	16	0	43	40	1.48
27024208--27024265	27	2.1	27	87	6	82	58	0	8	32	1.28
27025173--27025278	39	2.7	38	80	15	112	31	4	2	61	1.31
27031486--27031519	16	2.2	16	89	5	52	17	0	0	82	0.67
27034131--27034307	46	3.9	44	78	11	203	29	28	20	21	1.98
27034138--27034309	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
27035609--27035741	55	2.4	55	84	0	167	28	30	20	21	1.98
27038331--27038360	15	2.0	15	100	0	60	26	13	13	46	1.80
27046469--27046507	20	1.9	21	84	5	53	35	0	30	33	1.58
27048619--27048657	18	2.2	18	86	9	53	56	2	2	38	1.27
27048657--27048685	15	1.9	15	100	0	58	55	6	0	37	1.27
27057810--27057890	32	2.7	30	76	12	76	58	2	1	38	1.20
27060634--27060696	28	2.2	28	94	0	108	28	26	11	33	1.91
27063379--27063538	52	3.1	52	83	6	207	25	15	28	30	1.96
27064328--27064385	20	2.9	19	80	10	62	24	36	27	12	1.91
27070755--27070914	52	3.1	52	80	8	189	26	13	27	31	1.94
27071705--27071762	20	2.9	20	81	0	71	24	34	27	13	1.93
27072338--27072379	22	2.0	22	95	4	77	16	19	9	54	1.69
27078492--27078522	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27086147--27086171	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
27086425--27086454	13	2.3	13	94	0	51	46	26	10	16	1.78
27087513--27087537	10	2.5	10	100	0	50	32	8	0	60	1.26
27098120--27098531	45	8.7	46	80	9	411	25	29	18	26	1.98
27098120--27098531	186	2.2	191	87	4	586	25	29	18	26	1.98
27098120--27098540	95	4.4	95	83	5	505	25	29	18	26	1.98
27100240--27100374	24	5.6	24	93	0	207	37	25	16	20	1.93
27100218--27100374	48	3.3	48	88	1	181	36	24	16	22	1.94
27100907--27100943	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
27118349--27118409	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27119601--27119630	9	3.3	9	95	0	51	46	20	0	33	1.51
27123313--27123365	27	2.0	26	81	3	61	60	3	7	28	1.41
27123292--27123782	25	19.7	25	67	20	155	56	5	5	32	1.45
27123470--27123515	13	3.5	13	80	11	58	54	6	2	36	1.39
27123590--27123780	24	8.4	22	71	20	101	58	3	3	34	1.33
27123629--27123778	24	6.6	24	72	20	115	60	4	1	33	1.26
27123685--27123721	16	2.3	16	90	9	58	67	0	0	32	0.91
27123590--27123721	70	1.9	69	80	10	153	59	2	4	33	1.30
27123732--27123788	11	5.0	11	75	8	51	57	5	0	36	1.21
27123631--27123762	42	3.0	41	75	14	115	60	4	1	33	1.26
27123631--27123784	13	12.4	13	67	21	62	59	4	1	34	1.26
27123753--27123855	47	2.2	47	81	10	122	57	7	0	33	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27123772--27123871	47	2.1	48	82	8	118	55	12	1	32	1.43
27124470--27124512	22	2.0	22	81	9	52	20	2	2	74	1.04
27124551--27124584	13	2.5	13	90	4	50	82	0	2	14	0.79
27125660--27125847	77	2.5	76	84	4	218	32	19	15	31	1.93
27125772--27126101	90	3.9	87	79	12	339	34	19	15	30	1.93
27125769--27126021	87	2.9	87	83	8	305	35	19	15	28	1.93
27125953--27126250	75	3.9	74	82	9	350	31	19	16	32	1.94
27125985--27126250	75	3.5	74	82	7	354	30	18	16	33	1.94
27125947--27126262	153	2.1	151	88	4	487	33	18	16	31	1.94
27138355--27138407	27	2.0	27	84	0	70	62	3	5	28	1.35
27138393--27138836	25	18.1	25	68	18	183	56	5	5	32	1.45
27138452--27138511	29	2.0	30	80	3	68	63	3	8	25	1.38
27138430--27138532	31	3.6	29	68	20	65	57	4	5	32	1.44
27138511--27138576	2	33.0	2	80	11	73	51	4	1	42	1.31
27138635--27138838	23	8.8	24	69	23	86	57	3	4	34	1.37
27138742--27138776	16	2.2	16	90	10	54	68	0	0	31	0.90
27138904--27138943	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
27143211--27143318	26	4.2	26	89	0	171	31	6	25	37	1.81
27144915--27145055	27	5.2	27	80	11	164	18	22	23	35	1.96
27144913--27145055	54	2.6	54	93	2	234	18	23	23	35	1.95
27144915--27145073	81	2.0	79	80	10	180	20	23	21	35	1.96
27150146--27150179	18	1.9	17	88	5	50	38	0	20	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27152768--27152793	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27152793--27152902	2	55.0	2	100	0	220	0	0	50	50	1.00
27153000--27153048	2	25.5	2	87	8	75	48	2	0	48	1.12
27153000--27153048	13	3.8	13	94	2	82	48	2	0	48	1.12
27154788--27154968	46	3.9	46	77	7	204	21	20	29	28	1.98
27156438--27156610	40	4.3	40	83	6	217	24	22	27	26	2.00
27156431--27156584	80	1.9	80	94	0	272	24	22	27	25	2.00
27156431--27156622	80	2.4	80	87	4	264	23	22	27	26	1.99
27158109--27158142	11	3.1	11	86	0	50	38	5	0	55	1.24
27163739--27163784	22	2.1	21	84	11	58	36	2	8	52	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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