genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20616683--20616737	28	2.0	28	85	7	76	16	9	0	74	1.06
20616765--20616789	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
20618648--20618676	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
20620178--20620203	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
20622741--20622801	32	1.9	32	83	6	79	44	4	6	44	1.51
20624031--20624064	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
20625044--20625076	6	5.5	6	100	0	66	51	0	33	15	1.43
20629875--20629911	11	3.4	11	89	10	58	18	0	5	75	0.99
20630710--20630744	17	2.0	18	88	5	54	31	14	0	54	1.40
20632513--20632548	18	2.0	18	94	0	63	30	8	5	55	1.52
20633367--20633460	35	2.7	35	75	6	91	35	20	13	30	1.91
20633713--20633785	38	1.9	38	88	0	110	32	15	15	36	1.88
20637091--20637158	29	2.3	28	80	7	73	38	5	8	47	1.59
20644859--20644981	46	2.7	46	83	5	133	22	27	20	29	1.98
20646776--20646816	20	2.0	20	86	9	57	43	7	14	34	1.73
20647410--20647444	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
20655232--20655308	40	1.9	40	91	0	127	40	35	11	12	1.80
20668192--20668235	17	2.5	18	85	7	63	34	4	4	56	1.40
20669250--20669323	17	4.6	16	70	14	55	35	4	1	59	1.25
20681193--20681256	22	2.8	23	78	4	67	53	3	3	40	1.33
20683049--20683112	25	2.9	23	80	17	66	65	9	0	25	1.22
20687619--20687662	21	2.0	21	86	4	61	45	22	9	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20688675--20688733	19	3.0	19	80	14	66	61	0	3	35	1.13
20690512--20690911	195	2.0	196	91	0	640	32	29	11	27	1.91
20692653--20692689	14	2.6	14	100	0	74	75	5	8	10	1.17
20695854--20696005	53	2.8	53	85	2	214	34	19	24	21	1.96
20699814--20699864	18	2.7	19	88	11	70	52	0	23	23	1.47
20700788--20700898	54	2.1	51	82	9	127	28	17	30	23	1.97
20700808--20700920	54	2.1	54	90	3	174	29	18	30	21	1.97
20700820--20700933	54	2.1	54	88	0	165	28	18	31	21	1.97
20702728--20702782	2	27.5	2	100	0	110	50	0	49	0	1.00
20707427--20707474	21	2.4	20	86	10	71	50	0	4	45	1.21
20709648--20709832	46	4.0	46	91	0	271	40	14	23	22	1.90
20709762--20709834	24	3.1	24	64	25	64	43	13	23	19	1.86
20713949--20714025	35	2.2	35	95	2	138	31	12	23	32	1.92
20715064--20715115	26	2.0	26	100	0	104	30	23	19	26	1.98
20716187--20716226	21	1.9	21	94	0	71	55	15	12	17	1.70
20720222--20720297	40	1.9	40	83	5	100	27	13	25	34	1.93
20723276--20723315	17	2.4	17	87	4	55	17	5	17	60	1.54
20728353--20728386	17	2.1	17	88	5	52	73	0	0	26	0.83
20728755--20728797	19	2.3	19	88	8	61	34	25	18	20	1.96
20729463--20729507	16	2.7	17	89	6	65	71	4	0	24	1.05
20735319--20735381	15	4.2	15	74	20	51	14	7	1	76	1.08
20735324--20735381	20	2.9	18	78	16	53	15	6	1	75	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20737867--20738092	51	4.7	51	82	12	287	38	5	13	42	1.68
20737927--20738005	39	2.0	39	100	0	158	37	5	13	43	1.67
20737876--20738056	90	2.0	90	96	0	335	37	5	14	42	1.69
20740954--20741077	38	3.2	38	87	2	158	28	27	22	21	1.99
20745638--20745748	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
20745748--20745887	46	3.0	46	96	0	253	30	27	7	35	1.84
20748590--20748694	40	2.6	40	80	8	115	24	24	23	26	2.00
20749354--20749621	40	6.7	40	94	0	439	25	28	21	25	1.99
20752176--20752286	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
20752290--20752471	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
20757035--20757064	12	2.5	12	94	0	51	16	20	0	63	1.31
20762338--20762365	14	2.0	14	100	0	56	21	21	35	21	1.96
20764028--20764338	47	6.6	46	74	12	215	25	28	18	28	1.98
20764077--20764340	94	2.8	91	78	12	284	25	28	17	28	1.98
20766663--20766886	46	4.8	48	75	7	199	24	27	18	29	1.98
20766658--20766878	94	2.3	93	81	5	248	23	27	19	28	1.98
20775706--20775730	3	8.3	3	100	0	50	0	0	36	64	0.94
20777123--20777155	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
20781196--20781228	18	1.9	18	88	11	52	36	3	3	57	1.29
20781977--20782001	3	8.3	3	100	0	50	0	0	36	64	0.94
20785549--20785614	31	2.2	30	79	15	73	48	12	12	27	1.76
20792524--20792576	4	13.2	4	75	0	52	26	7	0	66	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20792782--20792827	3	15.3	3	82	17	60	28	0	0	71	0.86
20792772--20792828	27	2.1	27	81	12	64	26	1	3	68	1.15
20792782--20792829	12	4.1	12	92	7	73	27	0	0	72	0.84
20797750--20797876	46	2.7	46	78	8	123	33	25	20	20	1.97
20804008--20804051	21	2.1	21	86	0	61	31	27	15	25	1.96
20807138--20807982	44	18.6	43	75	11	520	32	16	20	30	1.95
20807087--20807358	138	2.0	138	87	1	393	30	17	21	29	1.96
20807411--20807982	45	12.7	44	80	6	486	33	15	20	30	1.94
20807138--20807794	89	7.3	89	73	12	460	32	16	20	30	1.94
20807138--20807980	134	6.2	134	77	7	634	32	16	20	30	1.94
20809578--20809665	3	29.3	3	93	4	151	31	2	0	65	1.05
20809851--20809932	3	27.7	3	90	4	123	29	1	1	68	1.05
20811067--20811118	27	2.0	25	82	10	61	55	7	13	23	1.63
20813548--20813590	13	3.0	14	83	13	52	25	25	2	46	1.65
20815409--20815443	7	5.0	7	100	0	70	42	0	14	42	1.45
20822962--20823021	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
20823765--20823991	76	3.0	75	84	4	235	24	21	19	34	1.96
20823862--20823989	35	3.5	35	76	12	139	21	22	22	33	1.97
20823898--20824030	41	3.4	41	75	12	161	21	25	20	32	1.98
20823858--20824031	76	2.3	76	95	0	312	21	24	20	32	1.98
20826579--20826657	34	2.3	34	86	2	104	32	16	20	30	1.94
20827106--20827140	18	1.9	18	88	0	52	11	42	31	14	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20837489--20837535	13	3.8	13	83	5	53	31	6	21	40	1.78
20842241--20842289	24	2.0	25	88	4	73	34	14	22	28	1.93
20847897--20848105	38	5.5	38	81	4	233	22	19	26	32	1.97
20847884--20848103	76	2.9	76	87	0	296	22	20	25	31	1.98
20847897--20848105	114	1.8	114	85	2	294	22	19	26	32	1.97
20854403--20854434	15	2.0	17	88	11	50	31	3	18	46	1.65
20854544--20854850	47	6.6	46	71	13	200	26	20	30	22	1.98
20854547--20854711	46	3.6	44	76	14	154	26	20	29	23	1.99
20854634--20854799	46	3.7	45	76	12	128	25	18	32	22	1.97
20857139--20857178	16	2.5	16	91	0	62	37	12	17	32	1.87
20857490--20857548	21	3.0	21	69	23	56	57	3	3	35	1.32
20865161--20865222	6	10.3	6	87	6	72	75	4	3	16	1.10
20865153--20865211	18	3.3	18	79	11	59	74	3	6	15	1.16
20868093--20868154	31	2.0	31	96	0	115	19	25	14	40	1.90
20874671--20874744	33	2.2	35	87	4	107	29	18	10	40	1.85
20880415--20880582	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
20888379--20888546	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
20889963--20890014	28	2.0	24	85	14	68	76	1	15	5	1.05
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20891178--20891313	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
20897899--20897951	20	2.8	20	81	13	67	77	1	15	5	1.04
20899113--20899195	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20899109--20899244	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
20907029--20907322	38	7.0	38	72	19	219	29	13	25	31	1.94
20907070--20907277	47	4.6	47	81	11	263	29	13	24	32	1.93
20907109--20907315	85	2.4	85	95	0	369	29	13	25	31	1.94
20914192--20914273	43	1.9	42	82	2	101	30	23	17	29	1.97
20917670--20917726	26	2.1	27	83	3	71	28	21	15	35	1.94
20917675--20917747	27	2.7	27	77	8	76	30	15	15	39	1.87
20918974--20919005	5	6.2	5	92	7	55	78	0	21	0	0.76
20918950--20919005	15	3.6	16	80	7	62	69	0	26	3	1.04
20919945--20920010	25	2.5	26	82	4	80	53	6	1	39	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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