genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  167  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51011006--51011030	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
51013864--51013976	38	2.9	38	86	2	136	23	23	27	26	2.00
51013883--51013982	38	2.6	38	90	0	146	23	21	27	29	1.99
51013980--51014061	43	1.9	43	87	0	119	13	24	32	29	1.93
51039350--51039455	42	2.5	41	84	6	131	30	18	15	35	1.92
51043495--51043607	39	2.9	39	91	0	190	22	24	29	23	1.99
51048911--51049073	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
51048911--51049103	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
51056214--51056381	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
51056420--51056462	21	2.0	21	100	0	86	27	18	11	41	1.85
51060231--51060392	39	4.2	39	91	2	254	23	20	31	24	1.98
51060242--51060392	77	1.9	79	93	2	261	23	21	31	23	1.98
51060231--51060422	39	4.9	39	88	1	242	23	21	31	23	1.98
51062857--51063080	40	5.6	40	91	2	353	23	21	27	27	1.99
51063637--51063663	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
51064528--51064723	53	3.6	54	78	11	206	21	25	17	36	1.95
51065060--51065119	29	2.0	30	83	3	77	38	25	3	33	1.72
51067340--51067375	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
51070668--51070705	20	1.9	20	88	0	58	34	5	18	42	1.73
51091718--51091752	15	2.3	15	100	0	70	28	11	5	54	1.59
51092769--51092840	36	1.9	36	86	8	99	29	9	6	54	1.59
51094131--51094226	33	2.9	33	88	0	138	26	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51094991--51095075	41	2.1	41	97	0	161	43	17	12	25	1.85
51095525--51095565	19	2.1	20	95	4	75	24	14	7	53	1.66
51104613--51104834	124	1.8	122	82	3	284	31	11	24	32	1.90
51104793--51104943	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
51104794--51104943	80	1.9	80	84	5	205	26	24	27	21	1.99
51104830--51104957	40	3.2	40	78	2	150	24	24	27	24	2.00
51112622--51112840	123	1.8	120	82	6	280	31	11	23	33	1.90
51112799--51112949	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
51112836--51112965	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
51112798--51112965	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
51120298--51120343	18	2.6	17	86	3	56	26	23	4	45	1.71
51120806--51120853	18	2.8	17	80	3	51	50	2	10	37	1.49
51121246--51121275	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
51124131--51124307	88	2.0	89	91	1	284	36	11	8	43	1.72
51124157--51124399	89	2.8	86	82	8	194	36	9	11	42	1.73
51126517--51126759	25	9.7	25	76	0	243	38	26	16	18	1.92
51126518--51126761	50	4.9	50	93	0	398	38	26	15	18	1.91
51126848--51126966	41	2.9	41	92	0	202	27	29	21	21	1.98
51127221--51127278	27	2.1	27	83	0	71	36	15	15	32	1.89
51127230--51127577	27	12.9	27	78	8	214	30	8	20	39	1.83
51127208--51127542	81	4.1	80	75	7	255	30	8	21	39	1.83
51127208--51127569	54	6.7	54	74	6	268	30	8	21	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51129375--51129399	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
51144608--51144637	15	2.0	15	93	0	51	40	13	16	30	1.87
51146677--51146864	40	4.7	40	88	4	254	27	26	21	25	1.99
51157914--51157964	26	1.9	27	84	4	68	17	7	17	56	1.63
51158729--51158928	27	7.4	27	86	0	229	35	17	20	26	1.95
51158729--51158926	81	2.4	81	85	0	252	35	16	20	26	1.94
51160457--51160482	6	4.3	6	100	0	52	46	15	19	19	1.85
51161061--51161117	9	6.2	9	83	8	62	12	12	0	75	1.05
51161089--51161113	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
51163992--51164115	41	2.9	43	81	8	128	30	26	16	25	1.97
51176314--51176345	16	1.9	17	93	6	57	18	21	12	46	1.82
51178752--51178792	21	2.0	21	95	0	73	70	7	14	7	1.31
51181612--51181690	24	3.4	24	89	3	108	27	2	21	48	1.63
51184868--51184959	42	2.2	42	82	2	103	35	21	15	27	1.93
51184889--51184969	42	1.9	42	89	0	126	34	22	17	25	1.95
51197242--51197495	68	3.9	63	73	16	189	24	29	16	29	1.97
51206683--51206767	32	2.7	32	88	0	125	31	27	16	24	1.96
51208872--51208955	38	2.2	38	86	0	114	36	25	17	20	1.94
51209705--51209737	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
51214169--51214338	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
51215817--51215985	58	2.9	58	91	0	268	28	27	18	24	1.98
51215826--51215982	29	5.5	28	67	11	102	29	26	19	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51215998--51216174	43	4.1	43	91	0	264	32	33	23	11	1.90
51217647--51217719	36	2.0	36	97	0	137	32	19	12	35	1.89
51217741--51217870	38	3.4	38	80	2	143	33	26	20	19	1.96
51217756--51217906	38	3.9	38	82	5	151	29	25	22	22	1.99
51217756--51217906	78	1.9	78	81	7	182	29	25	22	22	1.99
51222647--51222851	79	2.6	80	82	7	240	25	20	26	26	1.99
51222640--51222847	40	5.2	40	83	7	253	25	21	26	25	2.00
51224573--51224641	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
51226430--51226473	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
51228855--51228923	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
51230015--51230084	34	2.1	34	100	0	140	52	8	30	8	1.61
51230749--51230792	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
51233175--51233243	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
51235046--51235089	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
51237469--51237537	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
51239329--51239372	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
51241743--51241811	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
51243604--51243647	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
51248132--51248263	29	4.6	29	92	0	201	25	15	32	26	1.95
51253819--51253958	48	2.9	48	79	2	165	35	30	15	19	1.92
51254511--51254550	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
51266369--51266540	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51266361--51266536	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
51268921--51269008	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
51268921--51268999	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
51268932--51269008	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
51271944--51272115	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
51271936--51272111	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
51274496--51274584	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
51274496--51274575	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
51274507--51274584	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
51277522--51277693	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
51277514--51277689	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
51290601--51290673	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
51298520--51298592	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
51301274--51301333	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
51302090--51302261	27	6.4	27	84	2	202	26	20	16	35	1.94
51311591--51311691	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
51311620--51311695	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
51314642--51314668	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
51314733--51314901	47	3.6	47	98	0	320	25	31	13	29	1.93
51323087--51323187	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
51323116--51323191	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
51325672--51325892	40	5.6	40	92	1	347	25	30	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51333662--51333881	40	5.6	40	91	2	338	25	30	20	22	1.99
51333662--51333878	79	2.7	80	90	3	332	25	30	21	22	1.98
51340934--51341241	49	6.4	49	90	4	459	29	31	8	30	1.87
51348161--51348377	48	4.5	46	77	13	190	25	27	19	28	1.99
51351006--51351105	28	3.6	28	82	5	130	28	33	12	27	1.92
51351092--51351182	40	2.3	40	90	0	137	32	28	15	23	1.95
51351153--51351236	41	2.1	41	86	2	116	32	28	15	23	1.95
51355457--51355535	37	2.1	37	81	4	88	41	2	37	17	1.63
51357942--51358070	40	3.2	40	81	5	156	23	24	28	24	1.99
51359890--51360041	29	5.3	29	82	6	168	27	14	31	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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