genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24420569--24420621	18	3.1	18	68	26	51	32	30	3	33	1.76
24420520--24420680	81	2.0	82	85	4	218	28	32	6	32	1.82
24420598--24420823	49	4.7	47	91	4	371	30	30	7	31	1.85
24420598--24420823	96	2.4	94	91	5	373	30	30	7	31	1.85
24426908--24427054	68	2.2	67	80	5	167	32	14	30	22	1.93
24430043--24430221	90	2.0	90	96	0	331	34	10	25	30	1.89
24433227--24433320	27	3.4	27	88	5	136	22	6	24	46	1.75
24436729--24436786	29	2.0	29	100	0	116	24	3	24	48	1.66
24440123--24440178	16	3.4	16	69	26	53	32	32	3	32	1.75
24440114--24440183	34	2.1	34	97	0	131	28	34	5	31	1.81
24440121--24440173	18	3.1	18	68	26	51	32	30	3	33	1.76
24440072--24440232	81	2.0	82	85	4	218	28	32	6	32	1.82
24440150--24440375	49	4.7	47	91	4	371	30	30	7	31	1.85
24440150--24440375	96	2.4	94	91	5	373	30	30	7	31	1.85
24444113--24444460	43	8.1	43	94	1	601	32	32	21	13	1.92
24444113--24444460	170	2.0	172	93	1	601	32	32	21	13	1.92
24444443--24444654	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
24446633--24446688	16	3.4	16	69	26	53	32	32	3	32	1.75
24446624--24446693	34	2.1	34	97	0	131	28	34	5	31	1.81
24446631--24446683	18	3.1	18	68	26	51	32	30	3	33	1.76
24446582--24446742	81	2.0	82	85	4	218	28	32	6	32	1.82
24446660--24446885	49	4.7	47	91	4	371	30	30	7	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24446660--24446885	96	2.4	94	91	5	373	30	30	7	31	1.85
24451774--24451819	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
24451781--24451825	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
24456177--24456220	16	2.9	16	90	6	65	79	6	2	11	1.01
24456176--24456223	14	3.3	14	83	11	69	81	6	2	10	0.95
24460470--24460577	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
24466607--24466714	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
24468131--24468253	64	1.9	64	86	0	174	32	14	13	39	1.86
24468434--24468765	176	1.9	175	89	3	515	28	16	27	28	1.97
24468646--24468912	147	1.8	147	87	4	342	31	16	26	26	1.96
24468456--24469236	323	2.4	322	87	3	1149	29	17	25	27	1.97
24469148--24469234	44	2.0	44	86	4	122	32	16	27	24	1.96
24468953--24469345	147	2.7	145	88	5	567	31	18	24	26	1.97
24470492--24470529	18	2.1	18	85	9	51	36	2	0	60	1.11
24489894--24489954	32	1.9	32	93	6	106	24	21	19	34	1.96
24495263--24495304	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
24495350--24495423	21	3.4	21	75	17	71	9	2	33	54	1.47
24495368--24495474	21	4.7	23	75	19	89	12	1	28	57	1.46
24495776--24495861	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
24495775--24495861	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
24495776--24495865	18	4.7	18	80	13	92	31	3	1	64	1.17
24498679--24498725	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24501524--24501552	8	3.6	8	100	0	58	79	20	0	0	0.74
24501523--24501562	8	4.7	9	90	6	57	82	17	0	0	0.67
24501516--24501563	8	6.0	8	85	9	53	83	16	0	0	0.65
24502705--24502831	66	1.9	66	96	0	236	33	19	11	35	1.88
24504125--24504232	44	2.4	44	81	3	126	30	23	13	32	1.93
24515657--24515840	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
24515697--24515885	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
24523774--24523957	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
24523814--24524002	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
24526915--24527401	131	3.7	130	80	5	473	34	19	18	26	1.95
24529733--24529762	15	2.0	15	93	0	51	40	6	16	36	1.75
24533426--24533480	16	3.4	16	92	0	92	34	7	29	29	1.84
24533462--24533555	44	2.1	46	88	4	138	31	6	25	36	1.81
24533632--24533677	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
24534245--24534291	23	2.0	23	100	0	94	53	8	12	25	1.67
24534962--24535005	18	2.4	18	85	11	54	18	2	6	72	1.17
24538808--24539012	39	5.2	40	81	6	190	26	21	26	25	1.99
24538809--24539012	79	2.6	79	79	6	193	26	21	26	25	1.99
24546942--24547156	47	4.6	46	75	12	165	31	16	27	24	1.96
24546988--24547151	46	3.5	45	79	8	143	30	16	28	24	1.96
24554467--24554508	22	1.9	22	90	9	68	40	7	11	40	1.69
24556650--24556788	40	3.5	40	81	6	140	30	28	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24561521--24561566	24	1.9	24	82	8	58	30	28	15	26	1.96
24561637--24561669	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24564322--24564600	137	2.0	138	92	0	461	41	7	5	46	1.53
24573421--24573529	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
24573676--24573968	48	6.1	48	98	0	550	30	27	6	36	1.81
24575045--24575075	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
24585529--24585561	17	1.9	17	93	0	57	27	0	18	54	1.44
24590099--24590221	29	4.3	29	82	2	142	22	14	32	30	1.94
24598609--24598659	24	2.1	24	100	0	102	70	3	9	15	1.29
24598664--24598691	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
24600353--24600484	44	3.0	44	80	7	142	28	19	19	32	1.96
24600647--24600962	44	7.1	44	74	4	195	29	23	15	31	1.95
24600647--24600939	133	2.2	133	78	3	311	29	22	16	31	1.96
24600686--24600962	89	3.1	89	76	6	274	28	23	15	31	1.96
24605128--24605189	31	2.0	31	96	0	115	37	24	6	32	1.81
24606999--24607069	33	2.2	33	87	5	99	38	11	19	30	1.87
24607024--24607094	33	2.2	33	82	2	81	42	12	19	25	1.87
24607077--24607193	33	3.6	32	78	8	121	29	14	25	29	1.95
24613349--24613375	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
24613603--24613711	54	2.0	54	98	0	209	41	14	6	37	1.72
24614742--24615027	137	2.1	137	96	0	520	31	24	19	24	1.98
24614904--24614966	34	1.9	34	83	6	85	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24616803--24616938	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
24620724--24621008	136	2.1	136	95	1	518	31	24	18	25	1.98
24621260--24621315	26	2.2	26	83	3	69	30	14	19	35	1.91
24621268--24621343	26	2.8	27	80	7	84	28	13	21	36	1.91
24621270--24621343	28	2.8	26	79	8	78	29	10	21	37	1.88
24622787--24622922	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
24623720--24623931	33	6.5	33	75	8	164	33	12	22	31	1.91
24623848--24623962	33	3.5	33	79	1	124	32	15	23	28	1.95
24631769--24631869	49	2.1	49	100	0	202	39	17	15	26	1.90
24631955--24631991	18	2.1	18	100	0	74	37	10	27	24	1.88
24632640--24632685	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
24634405--24634468	29	2.2	29	79	15	71	20	4	3	71	1.17
24634445--24634521	18	4.2	18	72	12	50	41	0	2	55	1.13
24635238--24635289	22	2.3	22	78	15	54	38	0	3	57	1.17
24635572--24635618	24	2.0	24	91	4	78	42	4	4	48	1.42
24635748--24635803	29	1.9	29	82	7	69	25	12	16	46	1.81
24636394--24636462	28	2.4	29	80	7	79	47	14	13	24	1.79
24636594--24636624	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
24638824--24638928	27	3.9	26	83	5	120	20	24	20	33	1.97
24638825--24638928	54	1.9	53	84	5	138	21	24	21	33	1.97
24645263--24645313	26	2.0	26	81	14	61	5	19	1	72	1.15
24646151--24646189	20	2.0	20	89	0	60	79	0	20	0	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24648768--24648838	18	3.9	18	71	14	56	43	8	12	35	1.73
24654521--24654833	73	4.3	72	84	3	400	54	14	5	24	1.62
24654521--24654837	145	2.2	143	83	6	406	54	14	5	25	1.62
24655262--24655309	18	2.7	18	83	0	60	39	14	10	35	1.80
24657885--24657917	15	2.2	15	94	0	57	51	12	15	21	1.75
24661197--24661306	26	4.2	26	96	0	184	34	5	24	35	1.79
24662921--24663042	27	4.5	27	87	1	163	19	24	22	32	1.97
24662921--24663060	54	2.6	55	86	2	176	19	23	22	35	1.96
24663122--24663161	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
24667021--24667128	51	2.1	51	94	0	189	34	4	25	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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