genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78746991--78747091	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
78747020--78747095	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
78748905--78748961	29	2.0	29	100	0	114	42	17	0	40	1.49
78763627--78763807	40	4.5	40	80	4	188	27	22	26	24	2.00
78771663--78771841	40	4.4	40	83	0	205	26	22	26	24	2.00
78771697--78771867	80	2.1	80	80	0	189	28	23	25	22	1.99
78775502--78775788	27	10.6	27	77	3	184	36	21	9	32	1.86
78775595--78775788	54	3.6	54	88	1	282	38	20	9	31	1.85
78775586--78775779	81	2.4	81	81	6	232	39	22	8	29	1.84
78775798--78775851	27	2.0	27	85	0	72	37	18	22	22	1.95
78775963--78776012	21	2.4	21	89	0	73	38	12	20	30	1.88
78775963--78776015	11	5.0	11	81	6	65	35	13	20	30	1.91
78775975--78776019	21	2.1	21	95	0	81	33	11	20	35	1.88
78776071--78776117	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
78777821--78777991	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
78777813--78777993	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
78780358--78780446	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
78780358--78780437	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
78780369--78780446	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
78783401--78783571	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
78783393--78783573	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
78786449--78786551	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78794469--78794571	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
78798256--78798351	27	3.5	27	85	5	122	28	28	13	30	1.94
78798256--78798351	26	3.5	27	87	5	122	28	28	13	30	1.94
78798339--78798437	29	3.5	29	82	10	116	25	32	17	25	1.97
78806039--78806139	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
78806156--78806228	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
78816358--78816743	40	9.6	40	92	2	575	27	20	25	26	1.99
78822388--78822571	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
78822428--78822616	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
78833338--78833438	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
78833367--78833438	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
78841073--78841173	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
78841102--78841173	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
78845284--78845347	31	2.1	31	87	0	92	25	21	17	35	1.95
78845554--78845707	24	6.4	24	93	5	258	27	20	20	31	1.97
78845756--78845811	11	5.5	11	71	16	57	28	19	14	37	1.91
78845756--78845822	20	3.3	20	89	0	98	29	20	13	35	1.91
78845859--78845906	25	1.9	25	82	0	60	25	16	22	35	1.95
78847027--78847060	18	1.9	17	94	5	59	64	8	17	8	1.47
78849657--78849744	27	3.3	27	90	0	140	42	20	7	29	1.80
78849674--78849858	27	6.9	27	83	4	162	42	18	7	30	1.78
78849674--78849831	80	2.0	81	84	1	210	43	18	6	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78849673--78849850	80	2.2	80	81	7	207	44	18	7	29	1.77
78849673--78849895	27	8.3	27	80	7	131	43	18	7	30	1.77
78849674--78849867	107	1.8	107	82	2	255	43	18	7	30	1.77
78850177--78850256	41	2.0	41	90	5	126	23	22	27	26	2.00
78850396--78850449	22	2.5	22	82	11	74	24	25	18	31	1.97
78850396--78850457	22	2.8	21	79	13	63	20	24	20	33	1.97
78850557--78850675	25	4.8	25	80	0	103	18	13	27	40	1.88
78850557--78850669	50	2.3	50	84	0	136	18	13	27	40	1.88
78851879--78852037	43	3.6	43	79	12	178	25	16	27	30	1.96
78851948--78852050	47	2.2	47	98	0	197	25	13	28	33	1.94
78859761--78859972	27	8.0	27	78	3	187	41	16	14	28	1.87
78859768--78859972	54	3.9	53	81	6	236	40	15	14	28	1.87
78860178--78860238	27	2.3	27	91	0	95	39	19	14	26	1.90
78865799--78865833	13	2.7	13	90	0	52	31	31	31	5	1.81
78866013--78866137	55	2.3	55	85	0	169	16	27	29	26	1.97
78872179--78872298	39	3.1	39	95	0	204	23	30	24	22	1.99
78877338--78877606	27	10.0	27	85	0	340	40	17	14	27	1.88
78880871--78881042	93	1.8	93	86	2	247	28	29	19	22	1.98
78887417--78887601	90	2.1	90	97	0	352	41	15	12	30	1.84
78893118--78893161	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
78909236--78909305	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
78909236--78909317	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78928463--78928564	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
78931513--78931722	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
78939588--78939771	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
78939628--78939816	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
78947701--78947884	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
78947741--78947929	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
78953362--78953573	40	5.3	40	90	3	281	27	20	25	26	1.99
78953360--78953606	80	3.1	79	84	8	263	27	20	25	26	1.99
78955026--78955050	9	2.8	9	100	0	50	0	12	0	88	0.53
78955851--78955880	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
78956296--78956408	27	4.2	27	75	7	104	17	23	21	37	1.94
78956298--78956404	54	2.0	54	83	7	137	18	23	20	37	1.94
78957442--78957815	27	13.9	27	77	4	254	40	21	7	30	1.81
78957610--78957844	54	4.4	54	91	1	355	40	20	8	30	1.83
78957550--78957842	81	3.6	81	79	6	292	41	20	8	28	1.82
78957825--78957887	27	2.3	27	86	2	81	39	19	19	22	1.92
78957999--78958050	11	4.9	11	81	6	63	36	9	23	30	1.87
78957999--78958048	21	2.4	21	86	0	64	38	10	22	30	1.86
78958011--78958059	21	2.3	21	89	0	71	36	8	18	36	1.81
78958107--78958153	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
78958339--78958420	29	2.7	30	77	5	94	29	20	25	24	1.99
78959974--78960069	29	3.3	29	83	0	120	28	15	29	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78963398--78963507	40	2.8	39	86	5	141	20	28	25	25	1.99
78970285--78970529	48	5.1	48	97	0	472	35	5	26	31	1.80
78975757--78975914	43	3.7	43	81	5	185	29	15	24	31	1.95
78975757--78975914	86	1.8	86	83	5	212	29	15	24	31	1.95
78979185--78979227	21	2.0	21	95	0	77	18	25	6	48	1.73
78981222--78981263	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
78984155--78984322	40	4.2	40	80	3	169	23	26	23	26	2.00
78984171--78984320	80	1.9	80	83	8	198	22	27	24	26	1.99
78988195--78988219	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
78989540--78989570	15	2.1	15	100	0	62	32	0	12	54	1.38
78991242--78991286	22	2.0	22	83	8	56	37	4	2	55	1.32
78993714--78993789	40	1.9	40	86	5	109	28	26	15	28	1.96
78994879--78994917	20	2.0	20	94	0	69	12	25	35	25	1.92
78994880--78994923	20	2.2	20	87	0	61	13	25	34	27	1.93
79008904--79009074	93	1.8	93	90	5	274	28	28	21	22	1.99
79008899--79009071	46	3.7	46	76	15	178	28	27	20	23	1.99
79018066--79018092	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
79025546--79025570	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
79031401--79031458	30	2.0	29	96	3	107	34	24	15	25	1.95
79038621--79038680	29	2.1	29	87	6	86	35	21	15	28	1.93
79041924--79041988	28	2.4	28	76	10	71	40	21	23	15	1.91
79046236--79046305	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79046333--79046545	105	2.0	106	97	1	401	30	30	6	32	1.82
79060239--79060383	67	2.2	67	80	7	174	31	15	29	23	1.96
79068655--79068733	31	2.5	31	91	0	131	26	26	17	29	1.98
79068747--79068863	58	2.0	58	100	0	234	27	23	18	29	1.98
79068815--79068906	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
79069056--79069199	26	5.6	26	89	0	220	26	22	24	27	2.00
79069056--79069199	52	2.8	52	94	2	256	26	22	24	27	2.00
79070002--79070085	27	3.1	27	89	3	125	20	25	22	32	1.98
79070137--79070189	27	2.0	27	84	0	70	35	13	15	35	1.86
79070146--79070254	27	4.0	27	73	13	87	31	9	18	41	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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