genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.142.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  142  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43140555--43140653	29	3.4	29	73	8	112	32	26	18	23	1.97
43140822--43141075	43	5.9	43	71	14	191	33	33	22	11	1.89
43140876--43140937	27	2.3	27	97	0	115	38	35	19	6	1.77
43140929--43140974	16	2.8	16	93	3	74	23	28	34	13	1.92
43140810--43141073	86	3.1	86	73	12	261	33	33	21	12	1.90
43146001--43146039	17	2.3	17	100	0	78	17	33	28	20	1.96
43146300--43146347	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
43146390--43146430	20	2.0	20	95	0	73	34	9	21	34	1.87
43146480--43146668	24	8.0	24	93	1	310	29	23	20	26	1.99
43146887--43146950	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
43148805--43148995	40	4.8	39	77	4	134	24	23	27	24	2.00
43148859--43148995	40	3.5	39	82	3	150	25	22	28	23	1.99
43148859--43149021	79	2.1	79	82	4	195	25	22	28	24	1.99
43160382--43160518	42	3.3	42	82	0	166	30	13	25	30	1.93
43166222--43166301	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
43166294--43166461	43	3.9	43	88	0	237	13	23	31	30	1.93
43166273--43166448	86	2.1	84	89	2	262	13	23	31	31	1.93
43166778--43166885	45	2.5	42	82	11	112	23	22	27	26	1.99
43174004--43174051	21	2.3	21	82	13	55	25	8	18	47	1.76
43180794--43180873	5	15.8	5	78	17	69	76	0	2	21	0.91
43180826--43180876	13	3.7	14	84	10	70	78	0	0	21	0.75
43180794--43180874	35	2.3	35	87	6	110	76	0	2	20	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43180814--43180876	6	10.8	6	86	10	69	77	0	1	20	0.85
43180804--43180873	17	4.4	16	80	14	74	75	0	2	21	0.93
43197269--43197367	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
43203415--43203461	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
43203501--43203564	20	3.2	20	95	0	110	34	10	21	32	1.89
43203505--43203559	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
43203611--43203749	23	6.0	23	92	5	210	28	22	21	28	1.99
43203609--43203749	47	3.0	47	90	6	216	28	22	21	27	1.99
43203609--43203749	70	2.0	71	94	4	250	28	22	21	27	1.99
43203962--43204024	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
43204851--43205092	40	6.1	40	91	3	364	21	22	29	26	1.99
43207268--43207303	19	1.9	18	88	5	54	25	16	41	16	1.89
43207396--43207522	28	4.5	29	82	5	145	26	14	33	25	1.94
43211949--43212083	29	4.8	28	81	9	150	28	15	31	25	1.96
43211944--43212083	57	2.4	58	82	9	155	27	15	31	25	1.95
43214608--43214667	30	2.0	30	83	0	75	40	5	28	26	1.77
43214887--43214933	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
43215288--43215665	50	7.5	50	76	5	359	27	17	24	30	1.97
43215281--43215672	151	2.6	151	92	0	631	27	17	25	30	1.97
43215282--43215679	101	4.0	100	74	5	336	27	17	25	30	1.97
43217113--43217137	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
43220509--43220673	43	3.9	42	76	9	145	32	24	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43220787--43220877	40	2.2	40	88	1	146	50	18	2	28	1.59
43229638--43230040	53	7.6	54	77	9	386	23	24	16	35	1.94
43229650--43230093	209	2.1	208	95	1	793	24	24	15	35	1.94
43230857--43230913	30	1.9	30	92	0	96	29	24	10	35	1.89
43233495--43233564	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
43233495--43233576	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
43237909--43237968	11	5.5	11	71	25	56	51	0	0	48	1.00
43237989--43238040	20	2.8	18	76	21	54	51	3	1	42	1.31
43239984--43240154	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
43239976--43240156	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
43242517--43242604	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
43242517--43242595	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
43242528--43242604	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
43245550--43245720	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
43245542--43245722	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
43250469--43250568	23	4.3	23	82	3	112	25	21	19	35	1.96
43250969--43251058	40	2.2	40	86	0	126	32	21	21	25	1.98
43251118--43251210	40	2.3	40	90	0	141	35	18	19	26	1.95
43251003--43251435	154	2.8	153	85	2	573	31	17	21	30	1.96
43251259--43251365	40	2.7	40	84	5	144	28	16	24	30	1.97
43251744--43251770	14	1.9	14	100	0	54	22	3	29	44	1.70
43251812--43251855	15	3.0	15	86	3	63	18	0	36	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43251807--43251853	22	2.2	21	84	3	58	21	0	31	46	1.51
43251865--43251901	15	2.6	14	87	8	56	21	0	37	40	1.54
43251807--43251939	64	2.1	65	80	7	146	24	0	32	43	1.54
43254088--43254123	18	2.0	18	100	0	72	33	11	27	27	1.91
43254815--43254850	19	1.9	18	88	5	54	22	8	22	47	1.77
43256496--43256653	43	3.7	43	79	4	158	27	15	23	32	1.95
43259681--43259714	15	2.2	16	89	5	52	41	0	2	55	1.15
43259724--43259851	61	2.1	61	85	2	168	37	3	14	44	1.63
43262259--43262288	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
43263103--43263163	18	3.4	17	72	19	52	44	0	32	22	1.54
43263828--43263883	27	2.1	27	96	0	103	39	23	16	21	1.92
43263828--43263876	15	3.5	15	70	16	50	32	26	18	22	1.97
43263990--43264022	17	1.9	17	93	0	57	36	27	24	12	1.91
43264094--43264176	31	2.6	31	82	3	94	60	19	4	15	1.53
43264408--43264483	21	3.6	21	80	7	91	3	50	15	30	1.63
43270064--43270361	9	33.4	9	82	4	318	37	1	13	47	1.53
43270064--43270343	62	4.5	62	89	2	366	37	1	13	47	1.53
43270198--43270387	62	3.1	62	85	3	177	38	1	12	47	1.50
43270473--43270530	15	3.9	15	79	20	77	53	0	0	46	1.00
43270485--43270549	29	2.2	29	94	0	112	50	0	1	47	1.10
43270717--43270787	24	3.0	24	89	0	115	43	8	18	29	1.79
43270835--43271017	64	2.9	64	94	0	314	46	2	10	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43273293--43273330	13	2.9	14	88	11	62	44	0	28	26	1.54
43273293--43273330	14	2.8	13	92	8	58	44	0	28	26	1.54
43274662--43274839	39	4.6	39	91	0	275	31	26	20	21	1.98
43282453--43282591	39	3.6	39	95	0	242	30	27	21	20	1.98
43284840--43284910	16	4.4	16	83	0	88	36	4	26	32	1.76
43284841--43284910	32	2.2	32	86	0	104	37	2	27	32	1.72
43284892--43284985	44	2.1	44	84	7	118	34	4	24	37	1.75
43285337--43285379	20	2.2	20	87	4	61	30	4	11	53	1.57
43285708--43285742	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
43285735--43285782	24	2.0	24	100	0	96	33	12	8	45	1.72
43285770--43285923	40	3.8	40	98	0	290	33	15	10	40	1.81
43286996--43287038	22	2.0	22	85	0	59	46	0	11	41	1.40
43287696--43287746	14	3.6	14	78	0	57	27	45	0	27	1.54
43287720--43287763	21	2.2	20	87	4	61	38	34	0	27	1.57
43288431--43288532	41	2.5	41	84	10	138	26	24	18	30	1.98
43289241--43289302	21	3.0	21	86	4	83	41	17	22	17	1.90
43291587--43291656	27	2.5	28	83	2	88	32	24	14	28	1.94
43291664--43291770	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
43294141--43294330	30	6.5	29	85	5	233	32	15	26	25	1.95
43294141--43294330	59	3.2	60	86	6	248	32	15	26	25	1.95
43302110--43302299	30	6.5	29	86	5	240	33	14	25	26	1.95
43302110--43302299	89	2.2	87	87	7	269	33	14	25	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43309962--43310031	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
43310039--43310145	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
43319478--43319519	21	2.0	21	81	9	50	23	7	19	50	1.72
43331325--43331580	40	6.5	39	89	3	313	22	23	28	25	1.99
43331325--43331580	79	3.2	79	89	2	354	22	23	28	25	1.99
43336439--43336619	79	2.3	81	82	12	216	25	25	22	25	2.00
43336439--43336619	40	4.6	40	81	10	212	25	25	22	25	2.00
43337989--43338022	17	2.0	17	100	0	68	23	11	5	58	1.55
43338464--43338495	16	2.0	16	93	0	55	46	25	3	25	1.67
43343141--43343165	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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