genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  130  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39123550--39123616	3	21.3	3	92	6	107	64	1	1	32	1.12
39124486--39124600	29	4.0	29	78	2	108	27	27	15	28	1.96
39124812--39124853	8	5.2	8	91	0	66	9	21	23	45	1.81
39131115--39131143	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
39131142--39131183	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
39132065--39132150	28	3.0	28	81	3	100	26	26	16	30	1.97
39132369--39132407	8	4.9	8	90	0	60	12	23	23	41	1.88
39132369--39132412	16	2.8	16	86	3	63	11	20	22	45	1.83
39137189--39137258	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
39137189--39137270	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
39145116--39145185	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
39145116--39145197	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
39150221--39150342	47	2.6	47	96	0	217	35	13	25	25	1.93
39150321--39150517	55	3.6	54	85	4	254	36	18	24	21	1.95
39153630--39153712	42	2.0	42	92	0	139	34	16	7	40	1.76
39155080--39155423	49	6.9	49	82	4	404	29	25	18	27	1.98
39155080--39155423	100	3.5	98	82	4	404	29	25	18	27	1.98
39155093--39155424	150	2.2	150	91	2	535	28	25	18	27	1.98
39161741--39161788	20	2.4	20	100	0	96	25	0	20	54	1.45
39162010--39162185	46	3.8	45	79	10	212	21	21	30	27	1.98
39162007--39162177	93	1.8	93	94	0	306	21	21	30	26	1.98
39170846--39170963	43	2.8	40	80	11	137	24	24	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39173035--39173127	32	2.9	32	95	0	168	32	4	23	39	1.74
39176320--39176362	12	3.6	12	100	0	86	9	25	51	13	1.71
39181199--39181295	32	3.0	32	95	0	176	31	5	23	39	1.77
39184156--39184362	24	8.6	24	97	0	360	20	17	25	36	1.95
39192058--39192216	24	6.6	24	97	0	264	20	18	25	35	1.95
39192058--39192238	48	3.8	48	91	1	256	22	18	24	34	1.96
39192058--39192238	72	2.5	72	88	3	222	22	18	24	34	1.96
39197729--39197841	43	2.6	43	77	14	115	27	14	25	32	1.94
39198554--39198669	43	2.7	42	85	4	135	32	28	15	23	1.95
39198557--39198677	42	2.8	43	83	4	147	33	27	14	24	1.95
39207085--39207249	86	1.9	84	81	11	194	32	24	17	26	1.97
39208232--39208271	20	2.0	22	85	14	59	50	22	5	22	1.68
39209653--39209843	56	3.4	56	90	0	283	34	22	14	29	1.93
39210749--39210786	15	2.4	16	86	4	51	39	5	0	55	1.23
39214910--39214954	12	3.8	11	80	13	54	28	0	51	20	1.48
39214910--39214960	12	4.2	12	80	5	50	29	0	49	21	1.50
39216320--39216442	27	4.7	27	82	6	126	38	20	19	21	1.94
39216342--39216442	26	3.8	26	84	6	89	41	19	17	20	1.90
39216325--39216471	27	5.6	26	76	8	100	38	19	20	21	1.93
39216461--39216669	27	7.7	27	84	0	238	24	14	20	40	1.90
39216464--39216669	81	2.5	81	85	1	270	24	15	19	40	1.90
39216943--39216987	23	1.9	24	95	4	83	22	0	51	26	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39217001--39217053	18	2.9	17	78	10	52	28	22	9	39	1.85
39219312--39219347	18	1.9	19	88	5	56	36	16	0	47	1.47
39219578--39219767	56	3.4	56	89	2	283	34	23	14	27	1.94
39219746--39219814	31	2.2	31	92	0	111	26	24	15	33	1.95
39221819--39222035	40	5.4	40	83	7	237	26	22	27	23	1.99
39224606--39224848	29	8.4	29	81	8	237	20	15	25	38	1.92
39224606--39224849	57	4.2	57	84	3	276	20	15	25	38	1.92
39224608--39224849	86	2.8	87	79	9	264	20	15	25	38	1.91
39228172--39228288	41	2.9	40	76	12	123	21	19	27	31	1.97
39235451--39235661	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
39235417--39235703	137	2.1	137	98	0	556	31	25	19	24	1.98
39237472--39237606	26	5.2	26	94	1	227	36	25	5	33	1.78
39237472--39237606	51	2.6	52	96	1	245	36	25	5	33	1.78
39241358--39241643	136	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
39243409--39243544	26	5.2	26	93	0	227	36	24	5	33	1.78
39245537--39245712	46	3.8	46	78	4	192	21	20	29	28	1.98
39245533--39245704	93	1.8	93	89	0	272	21	20	30	27	1.98
39247411--39247458	25	1.9	25	100	0	96	25	25	4	45	1.71
39247415--39247468	25	2.2	25	86	0	72	24	31	7	37	1.83
39252671--39252760	28	3.3	28	85	4	121	17	22	24	35	1.95
39252671--39252781	27	4.1	26	85	9	125	19	23	20	36	1.95
39256257--39256384	40	3.2	40	86	2	177	21	27	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39259068--39259138	20	3.5	20	96	0	124	33	14	19	32	1.92
39259059--39259138	40	2.0	40	90	0	124	33	13	20	32	1.91
39259063--39259138	11	7.5	11	66	16	56	34	14	19	31	1.92
39259189--39259331	24	6.0	24	90	7	202	28	22	23	25	1.99
39259189--39259331	47	3.0	47	89	7	200	28	22	23	25	1.99
39259189--39259332	71	2.0	72	88	6	213	29	22	22	25	1.99
39259523--39259586	31	2.1	31	87	0	92	35	14	25	25	1.93
39268242--39268425	40	4.6	40	82	4	237	23	27	23	25	2.00
39280585--39280769	40	4.6	40	82	3	237	23	27	23	24	2.00
39286033--39286144	43	2.6	43	82	1	145	30	24	18	26	1.98
39286033--39286173	43	3.3	42	79	10	144	30	24	18	26	1.98
39286078--39286196	44	2.8	44	79	6	118	31	26	17	24	1.97
39289476--39289536	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
39296305--39296511	40	5.2	40	88	2	285	27	28	20	23	1.99
39311814--39311984	43	4.0	43	70	8	123	32	24	16	26	1.96
39314004--39314175	85	2.0	85	95	0	308	42	6	23	27	1.79
39317050--39317186	46	3.0	46	86	0	193	25	30	8	35	1.86
39317160--39317304	47	3.1	47	91	0	218	26	29	11	33	1.91
39320148--39320177	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
39320347--39320500	42	3.7	40	80	8	155	32	24	13	29	1.93
39323025--39323083	16	3.7	15	80	15	57	67	0	5	27	1.11
39323110--39323151	21	2.0	22	90	4	68	73	2	2	21	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39323562--39323604	23	2.0	22	86	9	61	53	2	2	41	1.26
39327353--39327422	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
39327353--39327434	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
39334261--39334490	40	5.8	39	85	6	250	23	22	28	25	1.99
39334301--39334484	79	2.3	80	90	0	280	22	23	28	25	1.99
39334261--39334484	119	1.9	120	87	2	335	22	22	28	25	1.99
39334301--39334507	79	2.6	79	86	3	274	23	23	28	25	2.00
39339917--39340083	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
39344012--39344054	21	2.0	21	95	0	77	32	18	9	39	1.83
39347969--39348136	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
39349993--39350039	24	2.1	23	84	11	62	44	27	0	27	1.55
39351413--39351575	43	3.8	42	78	6	148	33	25	15	24	1.95
39357627--39357738	55	2.0	55	92	0	188	42	21	10	25	1.85
39357713--39357759	24	2.1	23	84	11	62	44	27	0	27	1.55
39359142--39359263	43	2.8	44	80	4	151	36	22	14	26	1.93
39374601--39374681	43	1.9	42	82	7	101	32	27	18	22	1.97
39380195--39380231	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
39383177--39383254	22	3.3	22	65	25	59	30	30	15	23	1.95
39383093--39383387	50	5.9	50	86	2	369	29	27	17	25	1.97
39389659--39389839	40	4.6	40	90	2	267	25	23	25	25	2.00
39401709--39401774	33	2.0	33	100	0	132	30	24	15	30	1.95
39413495--39413541	9	5.3	9	77	12	53	10	2	2	85	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39427583--39427631	24	2.0	24	100	0	98	32	20	8	38	1.82
39429353--39429451	28	3.5	28	79	9	112	29	24	16	30	1.96
39438186--39438287	40	2.5	40	83	1	123	32	27	13	26	1.94
39440616--39440722	56	1.9	56	83	7	137	27	16	25	30	1.97
39443834--39443933	50	2.0	50	94	3	175	26	12	17	45	1.83
39447179--39447238	27	2.3	27	82	8	79	25	18	20	36	1.94
39448117--39448271	79	2.0	79	87	2	222	28	18	21	31	1.97
39451641--39451707	25	2.7	25	77	9	73	31	22	16	29	1.96
39451711--39451773	25	2.5	25	92	0	90	31	20	20	26	1.98
39454942--39455065	47	2.5	47	80	14	135	21	16	25	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410