genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  261  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80576249--80576304	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
80579261--80579435	46	3.8	46	78	7	210	30	25	20	23	1.99
80579266--80579436	93	1.8	93	92	0	288	29	26	20	22	1.98
80590703--80590874	93	1.8	93	93	2	301	27	30	20	20	1.98
80590695--80590870	46	3.8	46	80	11	216	28	30	20	20	1.98
80590746--80590889	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
80594402--80594442	20	2.0	20	100	0	82	39	24	9	26	1.86
80601922--80602104	50	3.7	50	92	2	305	25	25	19	29	1.99
80601871--80602244	100	3.8	98	82	4	353	24	25	20	30	1.99
80601842--80602244	48	8.3	48	83	2	349	24	25	19	30	1.98
80609975--80610017	13	3.4	13	83	3	52	23	9	13	53	1.69
80627419--80627569	39	3.9	39	93	2	250	23	21	31	22	1.98
80627419--80627569	77	1.9	79	91	2	252	23	21	31	22	1.98
80627419--80627599	39	4.6	39	88	2	229	23	22	31	22	1.98
80635392--80635542	39	3.9	39	92	1	241	23	22	31	21	1.98
80635398--80635572	78	2.2	78	86	3	235	23	24	32	20	1.98
80637383--80637462	40	2.0	40	100	0	160	27	35	10	27	1.89
80639031--80639076	24	2.0	23	83	12	58	67	6	10	15	1.40
80640422--80640446	13	1.9	13	100	0	50	28	24	32	16	1.96
80644971--80645122	39	3.9	39	93	0	250	23	22	31	22	1.98
80652981--80653125	39	3.9	39	82	14	189	24	22	31	22	1.98
80653022--80653086	31	2.1	32	97	2	123	26	24	32	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80652983--80653125	70	2.0	72	91	2	236	23	22	32	21	1.98
80653057--80653154	40	2.5	40	80	3	110	22	22	32	22	1.98
80658122--80658297	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
80658119--80658289	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
80661231--80661299	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
80661222--80661301	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
80663681--80663854	45	3.8	45	79	13	203	21	21	28	28	1.99
80663678--80663846	92	1.8	92	92	2	286	21	22	28	27	1.99
80665546--80665707	45	3.6	45	84	6	197	22	20	28	28	1.99
80690807--80690852	22	2.1	22	91	0	74	32	13	23	30	1.93
80691390--80691541	35	4.3	35	78	8	130	39	29	11	19	1.86
80691381--80691541	70	2.3	70	81	4	191	39	30	10	19	1.85
80692279--80692309	15	2.1	15	100	0	62	48	0	6	45	1.28
80705727--80705757	16	1.9	16	93	0	53	19	22	6	51	1.69
80705725--80705771	24	2.0	24	91	0	76	19	21	6	53	1.67
80708166--80708228	32	2.0	32	90	6	101	36	26	15	20	1.93
80709898--80709994	50	1.9	50	100	0	194	38	22	9	29	1.85
80709894--80710006	50	2.3	50	92	3	165	39	22	7	30	1.82
80711777--80711813	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
80719040--80719291	42	6.0	42	88	0	360	20	18	23	36	1.95
80727783--80727852	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
80727783--80727864	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80735721--80735790	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
80735721--80735802	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
80738296--80738492	56	3.7	55	79	14	234	31	22	17	27	1.97
80738296--80738489	101	1.9	101	92	0	325	31	22	18	28	1.97
80741724--80741867	28	5.1	29	77	9	113	27	29	13	29	1.94
80741718--80741842	56	2.2	56	77	8	130	25	28	15	30	1.96
80745851--80745968	27	4.4	27	86	0	128	35	19	19	25	1.95
80745850--80745964	54	2.1	54	87	1	160	35	18	20	25	1.95
80746618--80746668	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
80749801--80749936	35	3.9	35	88	1	175	39	33	8	17	1.81
80749815--80749923	35	3.1	35	93	1	184	38	33	10	18	1.84
80751877--80751915	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
80751877--80751916	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
80761538--80761686	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
80761579--80761686	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80769637--80769785	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
80769678--80769785	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80780894--80781006	42	2.7	42	78	10	115	29	28	19	23	1.98
80784539--80784731	40	4.8	40	81	2	190	25	24	25	23	2.00
80784581--80784731	80	1.9	80	86	5	216	25	25	27	21	2.00
80787870--80787970	29	3.4	29	82	4	114	42	18	13	24	1.87
80795679--80795724	21	2.2	21	96	0	83	50	8	4	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80797591--80797643	25	2.1	25	89	0	79	33	16	11	37	1.85
80798899--80798989	30	3.0	30	81	1	101	12	37	31	18	1.88
80800906--80800947	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
80804989--80805105	27	4.3	27	82	3	137	32	22	17	28	1.96
80808683--80808842	41	3.9	41	96	0	302	26	15	25	33	1.95
80810780--80810852	27	2.7	27	85	2	85	26	23	10	39	1.87
80810952--80811062	27	4.1	27	77	6	100	32	23	10	33	1.89
80813254--80813404	66	2.3	66	80	4	178	30	16	23	29	1.96
80815917--80816032	42	2.8	42	81	2	135	30	26	16	26	1.97
80819477--80819510	6	5.7	6	96	0	59	20	44	0	35	1.52
80829068--80829186	57	2.1	56	89	7	179	49	6	15	28	1.69
80829158--80829187	7	4.4	7	91	8	53	73	0	13	13	1.10
80829158--80829187	13	2.2	14	94	5	53	73	0	13	13	1.10
80830122--80830152	16	1.9	16	93	0	53	58	3	19	19	1.53
80830771--80830927	42	3.6	42	72	16	138	27	21	26	24	1.99
80837778--80837880	51	2.0	51	96	0	188	28	21	12	37	1.90
80837982--80838016	18	1.9	18	94	0	61	65	2	14	17	1.38
80839104--80839153	23	2.2	23	100	0	100	30	22	8	40	1.82
80839792--80839917	23	5.3	23	74	10	96	29	20	16	33	1.95
80843125--80843300	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
80843122--80843293	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
80850705--80850880	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80850702--80850873	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
80854295--80854430	26	5.2	25	89	7	209	37	23	5	33	1.77
80858220--80858494	137	2.0	137	94	0	478	32	24	17	25	1.97
80858742--80858794	26	2.0	27	82	13	67	26	15	22	35	1.93
80862565--80862740	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
80862562--80862733	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
80864871--80864900	15	2.0	15	100	0	60	46	6	20	26	1.75
80870149--80870324	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
80870146--80870317	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
80882660--80882779	46	2.6	45	82	11	138	23	27	18	30	1.97
80886903--80887044	49	2.9	48	84	4	185	25	22	25	26	2.00
80892788--80892928	72	2.0	72	100	0	282	41	8	17	33	1.79
80904378--80904503	48	2.6	48	82	0	135	23	16	26	34	1.95
80911590--80911779	40	4.8	39	76	7	152	23	28	24	23	2.00
80919601--80919790	40	4.8	39	78	7	161	23	28	24	24	2.00
80927588--80927778	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
80927628--80927778	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
80930374--80930584	40	5.2	40	87	2	298	25	24	28	21	1.99
80938513--80938722	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
80946579--80946629	11	4.5	11	78	11	50	64	0	0	35	0.94
80946572--80946631	23	2.7	23	76	16	65	65	0	0	35	0.93
80946566--80946641	31	2.4	31	80	6	82	61	2	0	35	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80947488--80947516	14	2.1	14	100	0	58	20	13	31	34	1.92
80952431--80952956	27	19.4	27	84	0	561	39	20	9	30	1.84
80952431--80952983	81	6.8	81	84	2	653	39	20	9	30	1.84
80952968--80953095	27	4.7	27	81	0	157	32	18	20	28	1.96
80953497--80953561	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
80953720--80953827	27	4.0	27	80	5	121	19	23	21	36	1.95
80953722--80953827	54	2.0	53	84	1	140	19	23	20	35	1.96
80953945--80954048	6	16.8	6	72	16	79	19	20	13	47	1.82
80953948--80954009	25	2.5	25	86	0	79	19	20	14	45	1.85
80953945--80954048	31	3.4	31	74	15	106	19	20	13	47	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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