genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  215  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65762849--65762951	29	3.6	29	95	0	188	25	15	31	28	1.96
65762934--65763024	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
65762933--65763046	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
65767634--65767764	29	4.6	29	95	1	237	25	15	31	27	1.96
65767634--65767763	57	2.3	58	95	1	235	26	15	30	27	1.96
65767747--65767837	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
65767746--65767859	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
65769418--65769506	42	2.1	42	91	0	142	51	12	5	30	1.62
65773414--65773453	19	2.2	18	90	4	62	42	12	5	40	1.64
65776044--65776239	40	4.9	39	86	3	232	24	31	20	22	1.98
65776044--65776228	79	2.3	79	87	2	255	23	31	21	23	1.98
65784008--65784203	40	4.9	39	86	3	232	24	31	20	22	1.98
65784008--65784192	79	2.3	79	87	2	255	23	31	21	23	1.98
65787958--65788228	46	5.8	48	73	5	203	24	27	20	27	1.99
65788046--65788227	94	1.9	94	86	2	258	23	26	21	28	1.99
65792173--65792218	24	2.0	23	91	4	74	19	17	19	43	1.88
65798517--65798888	27	13.8	27	80	5	304	38	19	10	31	1.85
65798517--65798888	54	6.9	54	78	8	337	38	19	10	31	1.85
65798507--65798904	81	4.9	80	82	4	410	38	19	10	31	1.86
65798847--65798904	27	2.1	27	90	0	89	43	15	13	27	1.85
65813405--65813652	40	6.2	40	90	1	365	23	21	28	26	1.99
65816850--65816903	26	2.1	26	100	0	108	25	16	18	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65823670--65823851	79	2.3	80	90	0	276	23	22	28	25	1.99
65823624--65823874	40	6.3	40	84	7	246	24	22	27	25	2.00
65823670--65823874	79	2.6	79	84	5	263	23	22	28	25	1.99
65838352--65838517	40	4.2	40	79	9	162	24	28	23	24	2.00
65838368--65838516	80	1.9	79	83	4	192	22	28	24	24	2.00
65842600--65842722	45	2.7	45	92	2	194	30	27	19	22	1.98
65842551--65842722	90	1.9	89	81	8	208	28	28	18	24	1.98
65846932--65846987	20	2.8	20	78	10	60	12	32	19	35	1.89
65848523--65848726	40	5.1	40	79	8	132	25	26	21	26	2.00
65848570--65848726	40	4.0	40	82	6	169	26	25	21	27	1.99
65863215--65863265	21	2.5	20	81	15	59	11	3	5	78	1.06
65866123--65866249	40	3.2	40	75	4	123	25	24	27	22	2.00
65873732--65873809	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
65877019--65877169	40	3.8	39	77	14	132	27	23	25	22	2.00
65882100--65882150	20	2.5	20	93	0	84	35	11	21	31	1.90
65882195--65882408	24	9.0	24	89	4	310	28	23	21	27	1.99
65882196--65882408	47	4.5	47	91	3	313	28	23	21	27	1.99
65882195--65882408	71	3.0	71	92	3	342	28	23	21	27	1.99
65882601--65882695	31	3.1	31	93	0	154	35	16	23	24	1.95
65885102--65885301	59	3.3	59	61	10	134	30	7	26	37	1.83
65885010--65885470	123	3.8	123	96	0	834	29	10	25	34	1.89
65885010--65885470	245	1.9	246	95	0	834	29	10	25	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65885439--65885642	40	5.1	40	87	0	237	24	21	26	26	1.99
65892587--65892786	59	3.3	59	61	10	134	30	7	26	37	1.83
65892498--65892955	123	3.8	123	95	1	807	30	10	25	34	1.89
65892924--65893071	80	1.9	80	85	2	208	26	21	25	27	1.99
65892924--65893083	40	4.0	40	83	4	189	26	20	24	28	1.99
65897847--65898018	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
65897840--65898015	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
65910828--65910932	53	2.0	53	83	7	133	37	17	26	19	1.93
65916837--65916878	17	2.5	17	100	0	84	33	9	21	35	1.86
65918244--65918389	53	2.7	53	80	2	157	39	19	21	19	1.93
65926977--65927046	36	1.9	36	82	0	86	34	31	10	24	1.88
65936019--65936118	37	2.7	37	90	0	155	25	33	19	23	1.97
65936262--65936739	48	9.9	48	93	1	794	31	28	6	34	1.81
65939990--65940089	28	3.5	28	80	8	121	32	29	17	22	1.96
65940017--65940116	29	3.5	29	78	8	105	29	31	17	23	1.96
65939990--65940150	57	2.8	57	87	1	207	31	29	17	22	1.96
65940012--65940140	28	4.5	28	72	12	93	32	28	17	21	1.96
65940178--65940545	40	9.2	40	90	3	499	27	28	20	23	1.99
65941341--65941443	37	2.8	37	93	0	170	25	31	19	24	1.98
65941560--65941746	48	3.9	47	86	4	133	30	27	7	34	1.84
65941607--65941686	28	3.1	28	60	26	68	28	28	6	36	1.81
65941592--65941746	48	3.2	48	89	3	238	30	25	7	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65941593--65941742	50	3.0	50	92	1	232	30	25	7	36	1.83
65941724--65941773	11	4.7	11	72	18	52	40	24	0	36	1.55
65941716--65941777	31	2.0	31	96	0	115	38	24	0	37	1.56
65941666--65941921	96	3.0	80	82	11	262	33	26	5	34	1.79
65941747--65941993	48	5.1	48	97	0	467	31	28	5	33	1.81
65941619--65941876	129	2.0	128	93	1	401	32	27	5	34	1.79
65945491--65945653	42	3.9	41	74	13	118	33	27	15	23	1.95
65945510--65945660	43	3.5	43	73	15	125	33	26	15	24	1.95
65950624--65950740	39	3.0	39	98	1	227	28	15	20	35	1.93
65959059--65959181	50	2.5	50	86	0	174	33	24	20	21	1.97
65959059--65959206	75	2.0	75	90	2	235	33	23	19	22	1.97
65959059--65959182	25	5.0	25	83	0	158	33	25	20	21	1.97
65968167--65968212	18	2.7	17	87	12	60	69	0	2	28	1.00
65974250--65974408	39	4.1	39	91	0	237	27	20	22	29	1.98
65978257--65978427	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	22	1.99
65978252--65978424	46	3.7	47	77	13	205	29	27	20	22	1.99
65980823--65980878	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
65983846--65984016	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
65983841--65984013	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
65987607--65987759	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
65992291--65992332	22	1.9	22	100	0	84	28	9	23	38	1.86
65995616--65995768	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65997909--65997960	26	2.0	25	85	3	68	53	3	0	42	1.19
66000049--66000086	14	2.7	14	91	0	58	42	7	13	36	1.73
66000070--66000113	19	2.2	20	96	4	81	29	11	9	50	1.69
66000189--66000249	28	2.1	28	84	3	77	32	3	3	60	1.29
66002824--66002965	40	3.5	40	83	0	158	22	28	23	26	1.99
66010933--66011074	40	3.5	40	85	0	167	23	28	22	26	1.99
66010965--66011116	40	3.8	40	82	5	155	22	25	23	28	1.99
66015342--66015367	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
66017664--66017699	17	2.1	17	94	0	63	55	19	11	13	1.68
66029657--66029699	21	2.0	21	100	0	86	72	4	9	13	1.26
66029839--66029883	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
66031863--66032155	161	1.8	161	90	0	469	36	20	6	37	1.77
66033470--66033505	18	2.1	17	94	5	63	61	2	0	36	1.11
66033985--66034017	16	2.1	16	88	5	50	15	0	33	51	1.43
66034498--66034550	26	2.0	26	96	0	97	52	3	7	35	1.48
66034633--66034674	21	2.0	21	95	0	75	4	11	47	35	1.61
66038289--66038463	46	3.8	46	75	15	171	28	29	20	22	1.98
66038340--66038483	46	3.1	44	69	21	107	29	27	19	23	1.98
66048860--66049084	40	5.6	40	83	3	290	22	23	28	25	1.99
66048860--66049084	83	2.8	79	87	6	333	22	23	28	25	1.99
66056312--66056386	28	2.7	28	76	12	73	29	12	28	30	1.92
66059555--66059599	16	2.8	16	80	10	56	53	0	2	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66059994--66060037	14	3.1	14	83	0	52	22	0	29	47	1.51
66060000--66060048	21	2.3	20	82	6	62	24	2	32	40	1.67
66061829--66061901	36	2.0	36	100	0	146	36	21	24	16	1.94
66064039--66064400	46	7.7	47	71	14	161	24	30	17	27	1.98
66064189--66064397	46	4.5	45	77	8	181	22	29	18	29	1.98
66068507--66068669	39	4.2	39	91	0	254	23	20	33	23	1.97
66068507--66068700	39	4.9	39	88	0	244	23	21	32	22	1.98
66077020--66077105	43	2.0	43	95	0	154	25	32	19	22	1.97
66077033--66077185	43	3.6	43	81	3	130	32	30	16	20	1.95
66081177--66081240	32	2.0	32	93	6	112	37	9	18	34	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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