genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  225  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69141770--69141918	81	1.8	81	88	5	230	28	6	20	44	1.77
69141768--69141918	27	5.6	27	85	4	198	27	6	21	43	1.77
69141950--69142144	27	7.2	27	88	2	257	41	7	22	29	1.80
69155807--69155948	40	3.6	40	92	2	225	24	21	28	25	1.99
69163772--69163952	40	4.6	40	76	6	163	24	22	27	24	2.00
69181421--69181579	43	3.7	42	74	4	120	33	25	16	23	1.96
69185815--69185990	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
69185812--69185983	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
69193389--69193564	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
69193386--69193557	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
69197506--69197561	29	1.9	29	96	0	103	37	12	12	37	1.81
69208323--69208544	40	5.6	40	89	4	211	25	26	20	27	1.99
69208351--69208542	80	2.4	80	89	6	300	25	25	20	28	1.99
69220488--69220653	40	4.2	40	80	3	167	24	26	22	26	2.00
69220504--69220613	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
69224529--69224668	40	3.5	40	74	3	138	24	25	22	27	1.99
69229690--69229747	15	3.9	15	75	8	64	60	13	12	13	1.60
69231144--69231332	94	2.0	94	95	0	342	41	15	18	24	1.90
69231488--69231537	19	2.6	19	83	0	73	16	36	30	18	1.92
69237253--69237303	25	2.1	24	85	10	68	43	0	7	49	1.32
69240481--69240526	24	1.9	24	86	0	65	32	23	15	28	1.95
69240637--69240720	26	3.4	25	85	8	100	26	21	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69240759--69240850	38	2.4	38	98	0	175	15	11	39	33	1.84
69249295--69249477	40	4.6	40	84	4	244	25	23	26	25	2.00
69249295--69249513	79	2.8	80	84	5	259	24	23	26	25	2.00
69257483--69257664	40	4.6	40	84	6	235	25	23	26	24	2.00
69257483--69257664	80	2.3	80	88	3	260	25	23	26	24	2.00
69260126--69260172	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
69260220--69260351	24	5.4	24	87	3	158	24	21	21	33	1.97
69267981--69268188	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
69267982--69268188	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
69269680--69269918	24	10.0	24	88	5	342	26	19	23	30	1.98
69269975--69270031	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
69269971--69270033	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
69271275--69271352	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
69271483--69271622	54	2.6	54	82	4	183	31	7	21	39	1.82
69271370--69271676	27	11.3	27	78	6	156	33	9	19	37	1.84
69271601--69271938	27	12.6	27	85	4	416	39	10	22	28	1.86
69281012--69281167	38	4.1	38	92	0	240	22	21	24	31	1.98
69286213--69286410	40	4.9	40	92	4	296	27	21	26	24	1.99
69286266--69286457	40	4.8	40	90	5	121	27	20	26	25	1.99
69286213--69286445	120	1.9	120	82	10	289	27	21	26	24	1.99
69294066--69294290	40	5.7	41	88	5	270	25	25	21	27	1.99
69300360--69300531	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69300352--69300527	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
69302889--69302977	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
69302889--69302968	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
69302900--69302977	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
69305927--69306097	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
69305919--69306094	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
69309578--69309821	40	6.1	39	87	5	215	26	26	20	26	1.99
69309597--69309821	80	2.8	79	86	6	294	26	26	20	25	1.99
69311412--69311657	27	9.1	27	79	8	209	41	19	8	30	1.82
69311412--69311691	27	10.4	27	78	11	195	40	20	8	30	1.83
69311413--69311693	54	5.2	54	78	10	247	39	20	9	30	1.84
69311453--69311693	107	2.2	108	77	9	262	38	20	9	31	1.85
69311413--69311690	81	3.4	79	75	10	258	39	20	8	30	1.83
69312121--69312195	27	2.8	27	72	8	71	20	18	18	42	1.89
69313111--69313377	54	5.0	53	80	9	244	40	18	9	31	1.83
69313114--69313373	106	2.4	106	79	6	285	40	18	9	31	1.82
69313113--69313379	27	10.0	27	77	11	207	40	18	9	31	1.83
69316344--69316532	55	3.5	53	84	5	236	21	24	18	34	1.96
69316498--69316727	47	5.0	45	71	11	176	23	23	18	34	1.96
69320177--69320311	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
69320123--69320312	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
69328140--69328274	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69328144--69328275	58	2.3	58	83	0	174	23	31	15	29	1.96
69334417--69334455	14	2.6	16	88	8	55	33	23	2	41	1.68
69338068--69338286	39	5.6	39	86	1	269	28	24	17	29	1.97
69338069--69338288	117	1.9	117	85	1	307	28	25	16	29	1.97
69342086--69342112	14	1.9	14	100	0	54	40	7	22	29	1.81
69344313--69344385	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
69352372--69352444	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
69355998--69356114	59	2.0	59	100	0	234	29	3	30	35	1.74
69356975--69357030	27	2.1	27	93	0	94	28	14	21	35	1.92
69362636--69362737	29	3.6	29	82	5	118	21	16	33	28	1.95
69370397--69370499	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
69380663--69380695	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
69386106--69386208	29	3.6	28	78	5	98	21	16	33	29	1.95
69396380--69396412	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
69400472--69400510	21	1.9	20	84	5	51	35	5	5	53	1.45
69421057--69421242	40	4.7	40	80	2	185	25	26	22	25	2.00
69421093--69421278	80	2.3	80	84	5	241	24	26	22	27	2.00
69432963--69432995	16	2.1	16	100	0	66	48	33	6	12	1.65
69434475--69434560	28	3.0	28	83	3	109	26	15	29	29	1.96
69435622--69435656	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
69439596--69439757	40	4.1	40	79	6	177	24	21	28	25	1.99
69447676--69447879	80	2.5	80	82	6	259	25	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69447676--69447879	40	5.1	40	82	4	216	25	22	28	24	1.99
69449439--69449541	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
69449555--69449730	48	3.6	48	93	1	289	30	26	6	35	1.83
69451241--69451286	24	1.9	24	82	8	58	41	23	10	23	1.86
69453024--69453217	40	4.8	40	94	0	325	25	31	22	20	1.98
69454496--69454598	37	2.8	37	92	0	170	25	31	19	24	1.98
69454748--69455413	48	13.9	48	95	0	1145	30	27	6	35	1.83
69457244--69457307	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
69457496--69457638	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
69457496--69457637	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
69457495--69457638	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
69457689--69457742	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
69457689--69457747	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
69457790--69457837	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
69465343--69465406	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
69465597--69465715	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
69465597--69465715	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
69465766--69465825	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
69465766--69465820	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
69465868--69465915	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
69469814--69469932	40	3.0	40	96	0	211	26	31	21	20	1.98
69471209--69471311	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69471461--69472418	48	19.9	48	94	1	1632	29	28	7	34	1.84
69477303--69477338	18	2.0	18	94	0	63	13	11	27	47	1.77
69484959--69485008	25	2.0	25	100	0	100	16	48	24	12	1.79
69486450--69486598	43	3.5	44	76	14	175	28	27	16	27	1.97
69495917--69496034	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
69495940--69496034	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
69496226--69496415	24	8.0	24	91	6	280	26	21	22	29	1.99
69496471--69496527	20	2.8	20	94	0	105	33	19	12	35	1.89
69496527--69496678	24	6.4	24	94	3	254	26	22	21	29	1.99
69496738--69496814	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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