genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.410.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  410  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123750759--123750787	7	4.1	7	100	0	58	58	0	13	27	1.36
123764203--123764228	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
123774307--123774477	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
123774310--123774475	35	4.6	35	84	8	174	31	11	23	33	1.90
123775848--123775905	31	1.9	30	86	10	82	37	8	1	51	1.43
123785555--123785587	6	5.5	6	100	0	66	84	15	0	0	0.61
123789608--123789653	21	2.2	21	100	0	92	4	21	4	69	1.24
123800963--123800997	3	11.7	3	87	0	52	34	5	0	60	1.21
123828868--123828892	13	1.9	13	100	0	50	56	0	40	4	1.18
123838078--123838179	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
123845925--123846026	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
123853748--123853849	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
123855885--123856062	40	4.5	40	83	3	200	24	28	23	23	1.99
123864002--123864214	39	5.4	39	87	4	277	25	28	23	23	1.99
123864002--123864217	40	5.5	40	88	4	289	25	28	23	22	1.99
123867922--123868106	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
123867921--123868127	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
123867920--123868127	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
123875532--123875738	80	2.6	80	83	4	238	26	21	26	25	2.00
123875533--123875738	40	5.2	40	83	4	209	26	21	26	25	2.00
123887544--123887761	40	5.5	40	89	4	293	25	28	23	22	1.99
123888906--123888941	13	2.8	13	91	8	56	86	0	0	13	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123889815--123889953	42	3.2	43	82	5	147	27	19	25	27	1.99
123898749--123898835	44	2.0	43	88	2	129	29	17	20	32	1.95
123898732--123898935	47	4.6	47	77	15	227	29	16	23	30	1.96
123898823--123898967	38	3.6	38	80	15	182	30	14	25	29	1.95
123898776--123898977	85	2.4	85	91	3	331	29	14	24	31	1.95
123901603--123901833	48	4.9	48	77	9	251	29	23	19	27	1.98
123905121--123905154	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
123906358--123906884	48	11.0	48	91	0	829	35	6	27	31	1.82
123906919--123907015	37	2.6	37	98	0	185	24	16	32	25	1.96
123910878--123910907	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
123920348--123920391	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
123922181--123922249	28	2.5	28	90	6	106	44	27	7	20	1.77
123924629--123924672	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
123926465--123926533	28	2.5	28	90	6	106	44	27	7	20	1.77
123928073--123928113	20	2.0	20	100	0	82	41	4	19	34	1.73
123935825--123935858	16	2.1	17	88	5	52	58	0	8	32	1.29
123937376--123937513	66	2.1	66	98	1	269	18	10	13	57	1.64
123942183--123942358	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
123942180--123942351	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
123949726--123949900	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
123952266--123952370	28	3.8	28	88	0	156	31	30	11	26	1.91
123952357--123952452	40	2.4	39	82	1	111	36	23	15	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123952372--123952452	39	2.0	40	83	2	101	35	23	16	24	1.94
123954727--123954752	12	2.2	12	100	0	52	15	23	34	26	1.94
123963361--123963453	43	2.2	42	82	7	107	26	13	25	33	1.94
123965329--123965476	51	2.9	51	93	0	260	29	25	14	31	1.95
123965512--123965635	24	5.0	24	87	9	178	25	20	15	38	1.91
123965512--123965644	52	2.6	52	88	6	195	26	21	15	36	1.93
123968232--123968438	47	4.4	46	76	8	170	28	18	28	23	1.98
123968232--123968438	94	2.2	93	83	5	256	28	18	28	23	1.98
123974564--123974666	29	3.6	28	77	10	100	29	33	16	20	1.94
123976270--123976297	12	2.3	12	100	0	56	25	14	17	42	1.87
123976474--123976505	14	2.3	14	94	0	55	43	0	15	40	1.47
123978506--123978545	21	1.9	21	94	0	71	35	15	22	27	1.94
123988143--123988258	41	2.9	39	75	12	101	22	19	26	31	1.98
123990688--123990861	46	3.8	46	81	6	183	25	17	31	25	1.97
123994514--123994709	43	4.6	43	83	7	204	23	29	19	28	1.98
123994543--123994710	43	3.9	43	89	0	239	22	29	19	27	1.98
123998935--123999082	40	3.7	39	85	5	163	23	27	22	25	2.00
124001324--124001364	22	1.9	21	85	5	55	17	36	21	24	1.94
124016756--124016890	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
124016702--124016891	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
124019929--124020112	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
124019969--124020157	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124032231--124032390	29	5.5	29	86	6	198	26	25	13	33	1.94
124032231--124032390	30	5.5	30	86	8	204	26	25	13	33	1.94
124032231--124032390	59	2.8	57	86	4	205	26	25	13	33	1.94
124040273--124040429	29	5.5	29	82	11	171	27	25	14	33	1.94
124040273--124040429	57	2.8	56	82	6	183	27	25	14	33	1.94
124040361--124040429	30	2.4	29	85	7	88	30	26	14	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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The End!