genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  189  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57682260--57682676	54	7.9	54	78	10	394	23	23	17	35	1.95
57682271--57682669	109	3.8	107	78	10	469	22	23	17	35	1.95
57682283--57682728	209	2.1	208	95	0	802	23	23	16	35	1.95
57689082--57689311	49	4.6	49	81	4	255	27	18	23	30	1.98
57691120--57691154	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
57691199--57691230	16	1.9	17	93	6	57	31	12	0	56	1.37
57697623--57697666	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
57702339--57702375	18	2.1	18	100	0	74	48	13	10	27	1.75
57703602--57703685	34	2.5	34	80	7	91	34	8	14	42	1.75
57703728--57703786	9	6.4	9	82	3	73	23	1	20	54	1.54
57703728--57703786	27	2.1	27	87	9	84	23	1	20	54	1.54
57708924--57708992	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
57716600--57716650	11	4.9	11	76	13	54	39	15	9	35	1.81
57716600--57716637	20	1.9	20	94	0	67	39	15	7	36	1.77
57722701--57722872	43	4.0	44	78	10	180	29	29	17	23	1.97
57722696--57722864	42	4.0	43	77	11	145	30	29	17	23	1.97
57722696--57722860	86	1.9	84	83	7	208	29	29	17	23	1.97
57734148--57734546	48	8.3	48	95	1	683	35	5	27	31	1.79
57734690--57734789	37	2.7	37	92	0	164	25	19	31	25	1.98
57739286--57739472	40	4.7	40	91	2	279	27	26	21	24	1.99
57747289--57747507	40	5.5	40	93	2	363	25	28	23	22	1.99
57756164--57756203	21	2.0	21	85	5	55	30	22	32	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57763687--57763857	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
57763679--57763854	46	3.8	46	79	12	216	29	28	21	20	1.98
57766889--57766927	21	1.9	20	84	5	51	28	23	33	15	1.95
57772055--57772143	39	2.3	39	80	9	110	24	28	23	23	2.00
57780067--57780234	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
57785468--57785584	42	2.8	43	73	12	107	23	17	26	32	1.97
57790087--57790212	46	2.7	46	95	0	216	28	28	22	20	1.98
57790089--57790231	46	3.1	45	87	4	137	27	29	21	20	1.98
57796460--57796619	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
57804478--57804665	29	6.5	29	85	4	229	26	16	30	26	1.97
57808832--57809006	46	3.8	46	73	13	160	29	26	20	24	1.99
57809431--57809490	30	2.0	30	86	0	84	31	25	6	36	1.82
57812587--57812836	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
57820761--57820970	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
57822789--57822954	42	3.9	42	80	4	192	24	17	25	31	1.97
57831395--57831557	46	3.6	45	74	9	154	21	17	28	32	1.96
57834471--57834575	29	3.6	29	80	2	95	25	32	17	24	1.97
57834530--57834600	29	2.4	29	100	0	142	26	28	15	29	1.96
57842252--57842356	29	3.6	29	80	2	95	25	32	17	24	1.97
57842311--57842381	29	2.4	29	100	0	142	26	28	15	29	1.96
57850613--57850662	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
57853023--57853198	46	3.8	46	80	10	214	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57853020--57853190	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
57855889--57855938	15	3.4	15	83	2	57	10	18	10	62	1.54
57858312--57858484	46	3.7	46	79	11	201	21	20	27	30	1.98
57858309--57858479	93	1.8	93	92	2	290	21	21	28	29	1.98
57861411--57861456	15	3.1	15	87	3	58	10	17	13	58	1.62
57872091--57872263	46	3.7	46	76	10	181	23	20	26	30	1.98
57872088--57872258	93	1.8	93	89	0	270	22	20	27	29	1.99
57888321--57888433	43	2.6	43	77	10	131	22	18	29	30	1.97
57888822--57888856	18	2.0	17	88	5	52	34	0	17	48	1.47
57890971--57890999	14	2.1	14	100	0	58	44	0	27	27	1.54
57892518--57892613	37	2.6	37	98	0	183	22	32	20	23	1.98
57892763--57892853	46	2.0	46	86	0	128	28	31	6	32	1.83
57892833--57893264	47	9.0	47	84	6	578	26	30	12	31	1.92
57892833--57893264	98	4.5	98	93	1	712	26	30	12	31	1.92
57892833--57893264	195	2.2	192	92	2	704	26	30	12	31	1.92
57897529--57897625	37	2.6	37	98	0	185	23	32	18	24	1.97
57897659--57898473	48	17.0	48	92	0	1326	31	26	6	35	1.82
57899855--57900383	188	2.8	188	95	1	927	27	23	8	40	1.84
57899857--57900383	27	19.6	27	87	3	713	27	22	8	40	1.84
57901629--57901676	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
57901715--57901771	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
57901713--57901783	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57901724--57901778	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
57901830--57901995	23	7.1	23	90	2	260	27	22	21	28	1.99
57901830--57901997	47	3.6	47	93	0	275	27	22	22	27	1.99
57901828--57901995	70	2.4	71	91	2	268	27	22	21	27	1.99
57905074--57905601	27	19.6	27	86	3	625	28	22	8	40	1.83
57906848--57906895	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
57906934--57906990	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
57906932--57907002	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
57906943--57906997	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
57907049--57907215	23	7.1	23	91	1	235	28	22	20	27	1.99
57907048--57907217	47	3.6	48	89	3	256	29	22	21	27	1.99
57907047--57907217	24	7.2	24	88	4	249	29	22	21	26	1.99
57913324--57913495	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
57913317--57913492	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57920870--57921040	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
57920865--57921037	46	3.7	46	79	13	210	28	27	21	21	1.99
57938485--57938555	35	2.0	35	100	0	142	14	29	19	36	1.91
57943564--57943730	40	4.2	40	78	6	169	26	21	26	25	1.99
57945141--57945239	27	3.6	27	83	6	94	38	18	10	33	1.84
57945245--57945562	27	11.8	27	84	2	271	28	22	8	40	1.83
57945245--57945562	81	3.9	82	87	2	412	28	22	8	40	1.83
57945541--57945626	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57945245--57945562	54	5.9	54	89	1	442	28	22	8	40	1.83
57945555--57945681	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
57945555--57945653	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
57945580--57945699	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
57949537--57949626	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
57949537--57949642	54	2.0	53	81	9	126	38	19	10	31	1.86
57949632--57949949	27	11.8	27	86	2	417	28	21	8	41	1.83
57949928--57950013	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
57949942--57950068	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
57949942--57950040	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
57949967--57950086	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
57955688--57955712	11	2.3	11	100	0	50	48	28	8	16	1.74
57957931--57957963	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
57960881--57960943	6	11.4	5	85	6	54	76	0	4	19	0.96
57960891--57960933	12	3.7	12	93	3	70	81	0	2	16	0.79
57961943--57961983	21	2.0	20	85	4	55	17	24	26	31	1.97
57968722--57968863	40	3.5	40	82	3	117	28	22	26	23	1.99
57968761--57968889	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
57970667--57970771	52	2.0	52	96	0	192	20	29	19	30	1.97
57979406--57979572	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	25	2.00
57989633--57989711	28	2.8	28	98	0	149	32	11	26	29	1.91
57991901--57992067	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57991901--57992067	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
57992892--57992937	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
58002465--58002631	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
58002465--58002631	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
58003456--58003501	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
58005966--58005995	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
58022251--58022304	27	2.0	28	85	3	74	42	3	27	25	1.72
58028249--58028366	43	2.8	42	73	8	114	23	17	25	33	1.97
58035287--58035560	140	2.0	140	98	0	530	39	12	5	42	1.66
58039712--58039808	23	4.2	24	81	6	87	34	19	21	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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