genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  282  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87191799--87191855	15	3.5	15	71	17	51	45	0	3	50	1.18
87191888--87191923	16	2.2	17	90	9	58	36	0	2	61	1.11
87191883--87191929	13	3.3	14	80	14	51	46	0	2	51	1.13
87194803--87194954	43	3.5	42	75	10	137	33	21	17	27	1.96
87203140--87203197	27	2.1	28	90	3	91	37	13	18	29	1.90
87211874--87211929	27	2.1	27	100	0	112	32	10	7	50	1.64
87218474--87218764	50	5.9	50	81	4	333	28	17	30	23	1.97
87218491--87218764	145	1.9	145	86	1	397	27	18	30	23	1.97
87222810--87222865	27	2.1	27	93	0	94	35	12	16	35	1.86
87222815--87222878	27	2.4	27	83	0	83	37	14	17	31	1.89
87223278--87223357	27	2.9	28	77	7	83	18	20	17	43	1.88
87223312--87223380	27	2.6	27	85	0	84	21	20	17	40	1.91
87225049--87225075	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
87226169--87226792	48	13.0	48	97	0	1104	35	6	28	30	1.82
87226837--87226944	37	2.9	37	94	0	189	24	19	32	24	1.98
87229846--87229902	25	2.3	24	90	6	87	36	5	36	21	1.76
87231302--87231413	27	4.2	26	86	5	143	16	24	20	38	1.93
87233906--87234072	48	3.5	48	85	4	239	24	26	17	31	1.97
87233906--87234121	94	2.3	93	88	5	310	24	25	18	31	1.97
87242012--87242099	26	3.4	25	73	14	88	32	18	19	29	1.95
87242030--87242109	26	3.0	27	71	8	83	27	20	18	33	1.96
87241957--87242114	53	3.0	53	89	3	230	31	15	18	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87243701--87243770	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
87245579--87245622	18	2.4	18	88	7	63	20	20	15	43	1.88
87248704--87248818	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
87248729--87248818	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
87248924--87248988	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
87249236--87249266	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
87250234--87250300	24	2.8	24	84	6	82	20	34	7	37	1.81
87255809--87255860	25	2.1	25	88	0	77	36	7	15	40	1.76
87257099--87257166	27	2.6	27	76	6	68	32	26	17	23	1.97
87257720--87257975	27	9.7	27	80	5	245	32	8	19	40	1.81
87257734--87257777	22	2.0	22	90	0	70	29	6	20	43	1.78
87258304--87258431	55	2.3	55	90	1	193	26	35	14	23	1.94
87258304--87258434	28	4.7	28	90	1	201	25	35	15	22	1.94
87261244--87261308	27	2.4	27	82	5	78	27	16	18	36	1.93
87261287--87261489	27	7.7	26	80	8	166	31	10	19	38	1.85
87261301--87261344	22	2.0	22	100	0	88	27	9	22	40	1.84
87261287--87261489	54	3.8	53	80	7	200	31	10	19	38	1.85
87261323--87261489	81	2.1	81	82	6	196	32	10	17	38	1.85
87261805--87262008	28	7.3	28	89	0	174	25	34	16	23	1.95
87261823--87262008	56	3.3	56	87	0	264	26	34	16	23	1.95
87263879--87264054	54	3.3	54	78	8	175	38	19	9	32	1.83
87263886--87264008	27	4.6	26	79	8	97	39	19	8	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87263911--87264460	27	20.3	27	80	5	216	34	20	8	36	1.83
87264032--87264476	54	8.2	54	78	5	333	32	21	7	37	1.83
87264262--87264334	28	2.6	28	91	2	112	42	20	6	30	1.78
87264032--87264488	81	5.6	81	75	4	348	32	21	8	37	1.83
87264032--87264488	27	16.9	27	80	5	296	32	21	8	37	1.83
87264481--87265086	27	22.6	27	80	5	584	35	20	18	25	1.95
87264477--87265069	107	5.5	107	77	7	400	35	20	18	25	1.95
87264425--87265023	295	2.0	296	95	0	1085	35	20	17	27	1.94
87264481--87265105	134	4.7	134	77	6	595	35	20	18	25	1.95
87265349--87265399	27	1.9	26	88	4	75	19	25	17	37	1.94
87265330--87265483	67	2.3	67	97	0	290	18	28	22	31	1.97
87265416--87265467	27	2.0	26	84	3	68	17	23	21	38	1.93
87265586--87265781	6	31.8	6	75	14	168	17	18	15	47	1.82
87265609--87265790	37	5.3	36	74	16	145	18	17	16	47	1.82
87265587--87265782	62	3.2	62	88	3	272	17	18	15	47	1.82
87267758--87267905	54	2.7	53	77	6	154	37	20	10	31	1.86
87267758--87267921	27	6.1	27	75	7	118	35	20	10	33	1.87
87267886--87268120	27	8.7	27	83	1	247	30	21	8	39	1.83
87267886--87268122	54	4.4	54	83	2	287	30	21	8	39	1.83
87268072--87268156	27	3.2	26	80	6	64	37	18	9	34	1.83
87268113--87268174	27	2.2	28	91	2	99	43	16	6	33	1.73
87268208--87268299	27	3.4	27	84	0	121	28	19	8	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87267886--87268299	81	5.1	81	72	7	300	31	20	8	38	1.83
87268304--87268667	27	13.6	27	83	3	421	35	18	19	26	1.95
87268304--87268658	134	2.7	133	84	3	455	35	18	19	26	1.95
87268304--87268658	107	3.3	108	85	3	423	35	18	19	26	1.95
87268304--87268686	161	2.4	161	84	4	488	35	18	19	26	1.95
87268304--87268667	80	4.5	80	85	4	446	35	18	19	26	1.95
87268930--87268981	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
87268911--87269064	67	2.3	67	96	0	281	18	28	23	29	1.97
87269170--87269234	25	2.6	25	85	0	85	18	18	15	47	1.82
87269167--87269392	6	36.8	6	79	12	237	18	18	15	48	1.81
87269168--87269397	62	3.7	62	88	5	324	18	17	15	48	1.81
87271364--87271511	54	2.7	53	77	6	154	37	20	10	31	1.86
87271364--87271509	27	5.4	27	77	6	118	38	19	10	32	1.85
87271492--87271904	27	15.3	27	80	4	296	32	22	7	37	1.82
87271492--87271904	54	7.6	54	78	5	343	32	22	7	37	1.82
87271717--87271835	28	4.3	27	76	6	114	40	19	9	31	1.83
87271704--87271836	55	2.4	54	79	4	142	39	20	9	31	1.83
87271623--87271981	190	1.9	189	83	2	461	33	22	9	34	1.87
87271918--87272155	27	9.0	27	81	5	234	36	19	18	25	1.95
87271909--87272155	54	4.6	55	81	6	258	36	19	18	25	1.95
87271909--87272154	132	1.9	132	81	3	298	35	19	18	26	1.95
87272380--87272533	67	2.3	67	90	0	254	18	26	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87272466--87272517	27	2.0	26	84	3	68	19	25	21	34	1.96
87272640--87272831	6	31.2	6	76	16	180	18	17	15	48	1.81
87272640--87272826	25	7.6	24	74	16	102	18	17	15	48	1.81
87272640--87272831	31	6.0	31	76	13	185	18	17	15	48	1.81
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87276201--87276387	25	7.6	24	74	16	102	18	17	15	48	1.81
87276201--87276392	31	6.0	31	76	13	185	18	17	15	48	1.81
87276201--87276401	37	5.6	36	77	14	163	18	16	15	48	1.81
87276225--87276392	62	2.7	61	86	6	232	17	17	14	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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87278919--87279220	134	2.2	134	87	4	403	36	20	18	24	1.95
87279500--87279653	67	2.3	67	94	0	272	18	27	22	31	1.97
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87279760--87279951	6	31.2	6	76	16	180	18	17	15	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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