genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  68  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19011150--19011352	57	3.5	57	89	0	298	24	14	32	28	1.95
19012082--19012149	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
19023430--19023630	100	2.0	100	100	0	402	27	10	26	34	1.90
19023435--19023659	47	4.7	47	78	9	229	25	12	27	34	1.92
19030807--19030866	19	3.3	19	64	17	54	35	20	20	25	1.96
19030806--19030877	36	2.0	36	100	0	144	33	19	22	25	1.97
19034108--19034219	40	2.8	39	81	10	120	24	23	28	24	2.00
19039497--19039608	40	2.8	40	82	8	138	23	24	28	24	2.00
19048376--19048400	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
19052127--19052152	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
19054190--19054216	13	2.1	13	100	0	54	40	14	29	14	1.86
19056082--19056254	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
19056079--19056249	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
19060637--19060675	11	3.5	11	85	3	51	53	0	2	43	1.14
19061848--19061887	20	2.0	20	85	5	53	40	0	15	45	1.46
19077945--19077996	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
19082980--19083049	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
19090970--19091039	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
19096972--19097086	29	4.0	29	83	6	137	28	29	14	26	1.95
19096963--19097073	58	1.9	58	87	1	161	27	30	15	26	1.96
19098436--19098468	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
19101235--19101335	28	3.5	29	83	6	125	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19109110--19109210	28	3.5	29	83	6	125	29	13	26	29	1.94
19110721--19110813	29	3.3	28	76	16	77	27	29	15	27	1.96
19111023--19111072	16	3.2	16	85	2	66	12	22	16	50	1.77
19112054--19112094	20	2.0	20	95	0	73	34	9	2	53	1.47
19112200--19112235	16	2.2	16	100	0	72	13	5	27	52	1.63
19123661--19123720	31	1.9	31	100	0	120	25	10	16	48	1.77
19129949--19130008	28	2.1	29	96	3	113	18	26	0	55	1.43
19130936--19131022	43	2.0	43	85	12	117	28	29	18	22	1.97
19139608--19139752	38	3.8	38	83	3	166	17	11	26	44	1.82
19146766--19146835	27	2.5	28	88	2	97	25	15	30	28	1.96
19149296--19149471	50	3.5	49	80	6	185	29	26	17	27	1.97
19150845--19151012	40	4.2	40	87	5	216	25	28	22	23	1.99
19159044--19159357	47	6.7	47	74	10	245	29	19	28	22	1.98
19159044--19159357	46	6.7	45	74	13	185	29	19	28	22	1.98
19159044--19159308	140	1.9	141	83	6	349	29	19	27	23	1.98
19162607--19162636	10	3.0	10	100	0	60	20	0	20	60	1.37
19162908--19163320	47	8.7	46	73	14	256	28	16	29	24	1.97
19162945--19163175	94	2.5	96	82	12	284	28	18	30	22	1.97
19163138--19163319	96	1.9	97	81	5	224	27	16	30	25	1.97
19164750--19165069	47	6.9	47	76	11	191	28	18	29	24	1.98
19166849--19166979	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
19166848--19166979	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19174802--19174932	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
19174801--19174932	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
19176792--19176918	6	20.8	6	74	18	111	48	14	18	19	1.82
19176792--19176893	30	3.4	31	85	10	124	49	13	17	19	1.80
19176833--19176912	19	4.7	18	76	20	82	46	15	20	18	1.84
19176803--19176915	49	2.3	49	93	3	192	46	15	18	19	1.83
19177038--19177109	27	2.7	26	85	6	90	37	19	25	18	1.94
19177060--19177117	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
19177274--19177332	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
19177420--19177502	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
19177701--19177816	27	4.3	27	78	8	119	26	20	18	34	1.96
19177702--19177817	54	2.1	55	84	4	155	26	21	17	34	1.95
19177820--19178634	27	30.2	27	87	3	1124	39	9	23	27	1.86
19181461--19181575	57	2.0	57	98	0	221	43	5	28	22	1.75
19181464--19181554	28	3.2	28	68	20	80	40	5	31	21	1.76
19187632--19187700	33	2.1	33	97	0	129	42	2	10	44	1.53
19187979--19188245	47	5.7	47	72	16	196	29	19	28	21	1.98
19196202--19196331	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
19203217--19203325	36	3.0	34	85	10	130	19	14	26	39	1.90
19207890--19207923	16	2.1	16	100	0	68	47	11	5	35	1.65
19208656--19208696	22	1.9	22	85	5	57	73	7	14	4	1.22
19210011--19210049	19	2.1	19	95	0	69	28	15	10	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19212348--19212420	29	2.5	29	97	0	137	32	15	27	24	1.95
19212407--19212479	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
19221382--19221409	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19221628--19221820	35	5.5	35	68	17	139	25	18	20	35	1.95
19221603--19221833	71	3.3	71	91	0	347	25	19	22	32	1.97
19223201--19223381	46	3.9	46	79	9	215	20	22	29	27	1.99
19223203--19223373	93	1.8	93	93	0	297	20	22	29	27	1.99
19226515--19226540	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
19227116--19227153	19	2.0	19	100	0	76	15	10	36	36	1.82
19227290--19227450	40	4.0	40	85	3	182	36	17	26	20	1.94
19230145--19230256	40	2.8	40	88	0	170	34	16	28	20	1.94
19232173--19232342	43	4.0	42	74	9	128	35	26	13	24	1.93
19236478--19236820	48	6.9	48	79	10	314	25	28	18	27	1.98
19236518--19236750	98	2.4	98	84	7	314	26	28	19	25	1.99
19236479--19236750	146	1.9	146	87	3	404	25	28	19	26	1.99
19236690--19236808	58	2.1	58	93	0	202	26	26	16	29	1.97
19238970--19239151	40	4.5	39	86	5	206	28	26	19	25	1.99
19247053--19247271	76	2.9	76	83	11	268	26	26	21	25	1.99
19247034--19247271	40	6.1	39	85	9	258	25	26	21	26	1.99
19253828--19254004	40	4.5	40	92	4	272	24	28	23	23	2.00
19253828--19254004	79	2.2	80	90	5	272	24	28	23	23	2.00
19261786--19262003	40	5.5	40	93	4	345	25	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19266061--19266129	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
19266052--19266139	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
19268523--19268695	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
19271648--19271716	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
19271639--19271726	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
19274110--19274285	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
19274106--19274277	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
19275768--19275811	15	2.9	15	90	6	63	13	20	13	52	1.74
19275768--19275826	30	2.0	30	83	6	75	13	20	13	52	1.74
19278800--19279173	50	7.4	50	72	9	294	28	16	23	32	1.96
19278789--19279181	151	2.6	151	89	0	588	27	16	23	31	1.96
19278941--19279123	101	1.8	101	86	2	269	27	16	23	32	1.96
19282238--19282494	27	9.6	26	78	9	196	43	20	5	31	1.73
19282288--19282494	81	2.6	80	83	6	231	43	20	4	30	1.72
19282238--19282556	54	5.9	54	79	4	259	42	19	6	31	1.77
19282238--19282551	27	11.7	27	78	11	157	42	19	6	31	1.75
19282815--19282936	41	3.0	41	85	0	172	25	22	26	26	2.00
19283084--19283154	25	2.8	25	80	0	70	16	12	29	40	1.86
19286995--19287028	17	2.0	17	100	0	68	23	11	23	41	1.87
19291167--19291270	53	2.0	53	88	3	156	51	8	10	28	1.66
19293372--19293405	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19293820--19293849	11	2.9	10	90	9	51	20	0	10	70	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19294083--19294196	56	2.0	56	91	0	183	27	15	17	39	1.90
19304704--19304755	20	2.7	20	81	3	61	30	7	0	61	1.24
19304719--19304758	20	2.0	20	95	0	71	25	7	0	67	1.16
19305288--19305331	16	2.8	15	80	10	52	29	2	2	65	1.16
19308325--19308430	42	2.5	42	73	8	99	36	25	16	21	1.94
19309212--19309282	35	2.0	35	94	0	124	18	46	9	25	1.79
19309665--19309704	12	3.3	12	92	0	71	75	7	2	15	1.14
19309805--19309839	11	3.2	11	92	8	54	0	54	0	45	0.99
19310315--19310354	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
19310456--19310509	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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