genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73661849--73661917	36	1.9	36	100	0	138	42	0	23	34	1.54
73663452--73663600	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
73663493--73663600	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
73667559--73667697	43	3.3	43	76	9	158	25	17	25	30	1.98
73667548--73667789	43	5.7	41	73	12	143	26	19	25	28	1.99
73667546--73667789	85	2.9	84	85	6	314	26	19	25	28	1.99
73669515--73669679	43	3.9	43	84	5	176	25	20	30	23	1.99
73671826--73672076	27	9.3	27	84	6	294	28	23	9	39	1.85
73672069--73672220	27	5.6	27	85	0	214	39	21	7	31	1.82
73671826--73672075	54	4.6	54	91	0	401	28	23	9	39	1.85
73671826--73672076	81	3.1	81	85	4	371	28	23	9	39	1.85
73672069--73672219	54	2.8	54	93	0	257	39	21	7	31	1.82
73672855--73672923	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
73681822--73681888	34	2.0	34	93	0	116	26	10	14	47	1.77
73681999--73682113	26	4.4	26	73	6	90	24	17	23	34	1.96
73684589--73685213	47	13.3	47	94	0	1036	32	9	29	27	1.89
73685331--73685413	37	2.2	37	89	0	121	25	22	31	20	1.98
73695933--73696109	39	4.5	39	84	0	201	28	6	21	43	1.78
73698303--73698383	37	2.2	36	77	14	85	18	28	7	45	1.76
73700306--73700474	46	3.6	45	76	10	153	28	18	28	23	1.98
73700345--73700522	94	1.9	94	82	5	225	26	20	30	22	1.98
73701352--73701383	16	2.0	16	100	0	64	37	31	25	6	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73705301--73705486	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
73705301--73705519	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
73713285--73713470	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
73713285--73713503	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
73713982--73714153	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
73713975--73714150	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
73721551--73721722	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
73721544--73721719	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
73730681--73730714	17	2.0	17	88	11	52	70	0	29	0	0.87
73732473--73732524	20	2.6	20	93	0	86	17	40	32	9	1.82
73733103--73733188	25	3.4	25	78	9	77	27	20	18	32	1.96
73738636--73738671	7	5.1	7	100	0	72	0	69	0	30	0.89
73756800--73756967	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
73764854--73765021	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
73770382--73770446	29	2.3	29	82	12	73	44	0	24	30	1.54
73770932--73771098	43	3.9	43	79	6	160	28	14	24	32	1.94
73774325--73774420	46	2.1	46	100	0	192	25	12	25	37	1.91
73778165--73778219	29	1.9	29	81	3	67	47	1	21	29	1.61
73780204--73780362	27	5.9	27	80	10	173	32	21	25	20	1.97
73780204--73780365	54	3.0	54	87	2	229	32	21	25	19	1.97
73780598--73780630	18	1.9	17	88	11	50	12	36	18	33	1.88
73791833--73791861	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73795584--73795816	47	5.0	47	90	0	358	31	12	29	26	1.92
73795979--73796123	37	3.9	37	88	0	209	23	17	31	26	1.97
73813596--73813639	22	2.0	22	86	0	61	43	0	2	54	1.12
73817423--73817492	37	1.9	36	85	2	95	34	15	22	27	1.95
73831709--73831850	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
73831747--73831876	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
73836684--73836859	46	3.8	45	77	10	185	22	20	28	28	1.98
73836680--73836851	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
73839801--73839850	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
73842237--73842412	46	3.8	45	77	10	185	22	20	28	28	1.98
73842233--73842404	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
73845549--73845601	18	2.7	19	80	11	63	18	39	3	37	1.69
73845555--73845602	18	2.7	18	90	0	69	16	39	6	37	1.74
73854094--73854241	43	3.4	43	76	13	153	32	27	17	22	1.97
73855250--73855274	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
73858957--73859049	43	2.2	43	83	7	111	26	26	19	26	1.99
73859058--73859157	45	2.2	45	90	0	164	35	28	15	22	1.94
73864830--73865116	49	5.9	49	95	1	506	33	9	27	29	1.88
73864830--73865121	145	2.0	146	92	2	469	33	9	27	29	1.88
73865108--73865259	48	3.2	48	95	0	268	33	6	26	32	1.82
73865299--73865426	37	3.4	37	96	1	229	23	17	32	25	1.97
73866866--73866911	23	2.0	23	91	0	74	26	30	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73867488--73867518	15	2.1	15	93	0	53	54	22	3	19	1.58
73870640--73870685	23	2.0	23	86	0	65	34	19	13	32	1.90
73875472--73875498	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
73876792--73876821	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
73878558--73878779	45	5.0	44	83	4	243	33	27	16	23	1.95
73878558--73878779	89	2.5	88	83	2	250	33	27	16	23	1.95
73879327--73879357	15	2.1	15	100	0	62	51	29	0	19	1.47
73879871--73879899	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
73884582--73884657	25	3.2	25	62	24	63	27	13	34	25	1.93
73884674--73884751	22	3.4	22	65	22	61	33	12	29	24	1.92
73884508--73884787	47	6.0	47	89	0	416	32	11	28	27	1.91
73884950--73885138	37	5.1	37	94	0	297	21	19	33	25	1.97
73895417--73895583	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
73903443--73903609	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
73908705--73908863	68	2.3	70	88	9	247	34	17	28	18	1.94
73916221--73916384	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
73917811--73917857	20	2.4	19	76	16	51	34	6	12	46	1.67
73919568--73919743	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
73919564--73919735	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
73924498--73924669	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
73924491--73924666	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
73932078--73932249	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73932071--73932246	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
73937169--73937250	26	3.2	26	81	6	103	23	14	21	40	1.90
73938472--73938684	47	4.5	46	77	10	152	27	16	30	24	1.97
73940258--73940448	39	4.9	39	95	0	346	21	24	30	23	1.99
73957054--73957266	47	4.5	46	77	12	186	30	17	27	24	1.97
73959850--73960016	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
73959866--73960016	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
73960841--73960886	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
73967806--73967973	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
73970589--73970670	29	2.8	29	98	0	155	29	14	30	25	1.95
73978467--73978548	29	2.8	29	98	0	155	29	14	30	25	1.95
73980631--73980663	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
73980629--73980663	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
73981092--73981133	17	2.4	17	80	15	50	23	26	0	50	1.50
73983629--73983838	75	2.8	75	79	4	235	36	22	20	20	1.95
73983827--73983913	36	2.5	34	77	7	86	32	21	21	24	1.98
73984241--73984301	32	1.9	32	86	0	86	27	16	19	36	1.93
73990163--73990242	37	2.2	37	88	0	115	12	10	30	47	1.74
73999834--73999871	18	2.1	18	90	0	58	31	10	15	42	1.81
74001189--74001315	47	2.7	47	85	1	164	22	16	29	32	1.96
74002884--74002918	18	1.9	18	88	0	52	0	17	0	82	0.66
74006721--74006863	51	2.8	51	86	2	180	18	29	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74009239--74009365	63	2.0	62	86	4	175	45	11	15	26	1.81
74013894--74013948	20	2.8	21	74	20	64	38	0	5	56	1.23
74019535--74019566	17	1.9	17	93	6	57	81	0	0	18	0.70
74021440--74021505	31	2.1	31	88	0	96	53	21	9	16	1.71
74022218--74022246	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
74027651--74027721	24	3.0	24	83	4	90	46	5	16	30	1.70
74029586--74029653	36	1.9	35	88	8	102	30	5	36	26	1.80
74029630--74029671	15	2.8	15	92	0	66	40	4	26	28	1.76
74030510--74030580	7	9.9	7	72	6	52	49	25	0	25	1.51
74030514--74030551	15	2.6	15	87	4	60	44	31	0	23	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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