genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26029136--26029190	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
26029240--26029381	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
26029240--26029381	46	3.0	47	88	7	198	28	21	22	26	1.99
26029573--26029665	31	3.1	31	93	3	154	37	16	23	22	1.93
26031875--26032022	67	2.2	66	83	8	174	32	17	28	21	1.96
26035373--26035403	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
26036377--26036479	38	2.7	38	90	0	152	22	23	26	28	1.99
26036477--26036639	43	3.8	43	91	0	263	11	24	31	32	1.90
26047589--26047627	15	2.6	15	92	8	62	53	20	20	5	1.64
26052778--26052831	26	2.1	26	100	0	108	20	11	25	42	1.85
26069483--26069513	11	2.8	11	90	0	53	70	0	9	19	1.14
26070851--26070988	43	3.2	43	75	10	122	28	24	18	27	1.98
26071325--26071370	14	3.1	15	76	20	51	28	21	8	41	1.83
26073922--26074056	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
26076885--26077002	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
26076853--26077016	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
26087742--26087790	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
26088610--26088760	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
26097504--26097548	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
26097530--26097580	19	2.9	17	83	11	66	35	17	9	37	1.83
26097501--26097558	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
26097514--26097571	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26102063--26102424	49	7.4	49	97	0	670	29	7	31	30	1.85
26102494--26102584	38	2.4	38	94	1	157	23	18	34	24	1.96
26104691--26105011	40	8.1	40	93	0	518	25	20	28	26	1.99
26108829--26109190	49	7.4	49	96	0	661	29	7	32	30	1.85
26109260--26109350	38	2.4	38	94	1	157	23	18	34	24	1.96
26115918--26116317	209	1.9	209	94	0	701	37	6	20	35	1.79
26120047--26120096	23	2.2	23	86	13	68	42	20	14	24	1.88
26120131--26120248	27	4.3	27	84	5	121	22	18	17	40	1.91
26120240--26120339	27	3.7	27	87	0	155	34	17	16	33	1.91
26120554--26120587	17	2.0	17	94	0	59	17	38	35	8	1.81
26123257--26123322	18	3.7	18	72	11	55	34	15	25	24	1.94
26123665--26123781	27	4.3	27	83	6	148	22	17	17	42	1.89
26123759--26123872	27	4.2	27	87	6	117	36	14	15	32	1.89
26127835--26127923	27	3.3	26	78	9	81	38	13	26	21	1.91
26132975--26133079	53	2.0	53	98	0	201	40	14	25	19	1.89
26135000--26135035	18	2.1	18	90	10	58	55	0	5	38	1.23
26135928--26136051	43	2.9	43	74	13	121	24	18	28	29	1.98
26140813--26140854	21	2.0	21	95	0	75	35	14	11	38	1.83
26147451--26147621	43	4.0	42	77	10	157	25	16	27	30	1.97
26153214--26153252	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
26153497--26153562	32	2.1	32	97	0	123	39	0	19	40	1.52
26154158--26154328	43	4.0	43	73	16	149	24	16	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26156031--26156274	40	6.1	40	85	2	285	25	20	26	27	1.99
26160661--26160846	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
26160714--26160869	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
26165595--26165804	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
26177540--26177662	39	3.2	38	78	15	128	23	29	22	24	1.99
26185062--26185095	17	2.0	17	94	0	59	32	0	14	52	1.42
26185535--26185584	24	2.1	24	92	0	82	22	12	32	34	1.90
26187756--26188067	46	6.9	44	75	18	261	28	17	29	25	1.97
26187756--26188071	90	3.5	90	76	15	285	27	17	29	25	1.97
26187746--26188060	137	2.3	138	89	4	503	27	18	29	25	1.98
26193048--26193104	22	2.6	22	100	0	114	14	35	29	21	1.92
26194011--26194129	43	2.8	42	82	5	125	27	15	26	31	1.95
26195588--26195626	19	2.1	19	95	0	69	33	20	23	23	1.97
26198452--26198597	31	4.7	31	95	0	249	28	26	17	28	1.97
26198621--26198712	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
26198860--26198929	25	2.8	25	89	4	97	24	24	25	25	2.00
26199854--26199961	27	3.9	28	75	14	91	31	9	17	41	1.81
26199916--26200040	27	4.7	26	78	8	117	28	9	21	40	1.84
26199941--26200082	54	2.6	54	77	9	139	28	12	21	37	1.90
26199938--26200080	27	5.3	26	71	15	94	28	12	21	37	1.90
26200072--26200163	27	3.4	27	83	5	114	41	6	22	29	1.79
26201248--26201282	18	1.9	18	88	0	52	34	8	25	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26203561--26203635	33	2.3	33	97	0	141	33	2	21	42	1.67
26205691--26205866	46	3.8	45	77	11	187	21	21	27	28	1.99
26205687--26205858	93	1.8	93	90	2	274	21	22	28	27	1.99
26208725--26208803	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
26208716--26208802	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
26214630--26214783	68	2.3	68	96	0	281	24	29	14	31	1.95
26220294--26220503	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
26226784--26226816	16	2.0	17	88	5	50	39	0	24	36	1.56
26226918--26227018	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
26226947--26227022	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
26234782--26234882	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
26234811--26234886	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
26239693--26239729	11	3.5	11	78	14	51	10	32	29	27	1.90
26239685--26239737	20	2.7	20	96	0	97	9	35	30	24	1.87
26262018--26262074	26	2.2	27	78	9	64	50	0	1	47	1.11
26261981--26262153	58	2.9	60	85	9	221	54	0	2	42	1.17
26263255--26263292	19	2.0	19	100	0	76	36	10	10	42	1.74
26264642--26264818	40	4.4	40	83	4	216	25	27	23	24	2.00
26266722--26266853	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
26271540--26271575	18	1.9	18	88	5	54	47	19	5	27	1.72
26279120--26279229	49	2.4	46	79	10	118	27	15	9	48	1.75
26279990--26280017	14	2.0	14	100	0	56	35	0	28	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26282747--26283004	39	6.6	39	87	0	311	35	30	17	16	1.92
26289660--26289699	7	5.7	7	90	0	53	30	2	50	17	1.59
26291205--26291259	21	2.6	21	94	0	92	38	3	29	29	1.74
26293576--26293760	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
26293577--26293768	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
26293576--26293793	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
26301624--26302152	96	5.5	96	85	3	566	26	20	27	25	1.99
26301625--26302151	48	10.9	48	75	5	463	26	20	27	25	1.99
26301683--26302151	144	3.2	144	80	5	514	26	20	27	25	1.99
26304751--26304853	37	2.8	37	87	0	143	25	33	19	22	1.97
26304994--26305379	48	8.0	48	91	2	614	31	26	6	35	1.81
26308330--26308422	40	2.4	39	80	7	98	27	27	22	21	1.99
26308363--26308473	40	2.8	40	77	10	120	24	27	24	23	2.00
26315236--26315814	27	21.6	27	87	3	747	27	21	9	40	1.84
26317135--26317211	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
26317144--26317215	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
26317133--26317215	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
26317269--26317435	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
26317269--26317435	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
26317269--26317434	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
26317629--26317692	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
26320568--26320720	40	3.8	40	78	5	139	26	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26323784--26324149	40	9.1	40	92	1	572	25	28	21	24	1.99
26325431--26325533	37	2.8	37	87	0	143	24	32	20	23	1.98
26325674--26326155	48	10.0	48	92	2	808	31	27	6	34	1.82
26336049--26336456	96	4.3	96	83	4	434	27	19	26	26	1.99
26336049--26336510	48	9.6	48	77	3	351	27	19	26	25	1.99
26336051--26336510	144	3.2	142	78	5	388	27	19	26	26	1.99
26345485--26345612	67	1.9	67	91	3	213	45	9	14	31	1.76
26347047--26347089	19	2.3	19	84	8	52	58	11	9	20	1.61
26347166--26347387	39	5.7	39	82	3	241	34	29	17	18	1.94
26347156--26347387	78	3.0	77	84	3	277	34	28	17	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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