genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  285  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87726255--87726509	46	5.7	45	82	9	292	38	15	23	21	1.92
87726123--87726509	84	4.5	84	90	3	562	37	16	24	22	1.93
87726123--87726469	130	2.7	130	80	15	406	36	16	24	23	1.94
87726770--87726816	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
87731466--87731512	23	2.0	23	95	0	85	34	12	25	27	1.92
87731469--87731518	23	2.2	23	89	3	75	40	12	24	24	1.88
87732280--87732325	23	2.0	23	100	0	92	60	0	21	17	1.35
87736613--87736917	150	2.0	150	92	1	513	40	5	35	18	1.75
87736877--87736938	30	2.1	30	81	0	70	48	1	38	11	1.49
87736931--87737047	36	3.2	36	88	0	171	31	9	30	28	1.88
87744707--87744742	18	2.1	17	89	5	54	41	0	16	41	1.48
87746895--87747043	43	3.4	43	82	3	165	31	26	16	26	1.96
87746929--87747043	44	2.7	43	85	5	151	33	26	16	24	1.96
87749965--87749989	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
87750308--87750346	18	2.2	18	90	0	60	69	0	5	25	1.09
87750541--87750606	34	2.1	32	86	11	91	33	3	3	60	1.27
87751557--87751595	10	3.7	10	80	12	51	53	2	0	43	1.14
87752933--87752969	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
87753020--87753054	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
87757240--87757285	22	2.1	22	100	0	92	34	19	4	41	1.71
87758404--87758522	49	2.4	49	88	0	166	29	14	27	28	1.95
87758432--87758536	49	2.1	49	89	0	156	31	12	27	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87760055--87760102	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
87760731--87760773	1	43.0	1	80	0	50	0	9	0	90	0.45
87760731--87760773	9	4.7	9	91	8	61	0	9	0	90	0.45
87760731--87760773	19	2.3	19	92	8	70	0	9	0	90	0.45
87761912--87762016	42	2.5	42	90	0	156	25	11	33	29	1.91
87762121--87762186	5	12.6	5	81	15	80	81	0	0	18	0.68
87762125--87762187	16	4.0	15	89	6	90	82	0	0	17	0.67
87765246--87765286	21	2.0	21	100	0	82	4	36	24	34	1.77
87765911--87765958	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
87766697--87766729	17	1.9	17	100	0	66	39	30	12	18	1.87
87775596--87775645	24	2.1	24	92	0	82	32	0	22	46	1.52
87793521--87793728	40	5.2	40	89	1	294	27	28	20	23	1.99
87796446--87797050	323	1.9	323	92	0	1032	40	17	13	29	1.87
87800247--87800287	6	6.7	6	85	2	55	4	17	0	78	0.93
87800248--87800287	18	2.2	18	95	0	71	5	17	0	77	0.94
87806584--87806693	37	3.0	37	78	2	96	37	13	6	42	1.70
87806603--87806704	37	2.8	37	80	5	116	38	14	7	39	1.75
87807050--87807191	40	3.6	38	72	10	108	28	23	18	29	1.98
87807568--87807641	33	2.2	35	80	9	82	28	22	14	33	1.94
87808448--87808482	18	1.9	18	88	11	54	0	22	0	77	0.78
87808522--87808557	5	7.2	5	93	0	63	58	0	2	38	1.13
87808533--87808594	12	5.3	12	75	17	60	59	1	1	37	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87810132--87810173	19	2.2	19	100	0	84	26	11	19	42	1.85
87815054--87815224	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
87815049--87815221	46	3.7	46	80	10	217	28	27	21	21	1.99
87815646--87815705	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
87821894--87822064	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
87821889--87822061	46	3.7	46	79	10	208	28	27	21	22	1.99
87822487--87822546	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
87826706--87826850	56	2.6	57	87	2	211	31	18	7	42	1.78
87826838--87826863	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
87831787--87831833	22	2.1	22	84	7	60	23	4	48	23	1.68
87833870--87833921	16	3.1	16	81	10	68	30	1	25	42	1.66
87833895--87834005	39	2.9	39	94	1	188	32	2	20	44	1.66
87837920--87838102	66	2.8	64	77	9	194	30	17	29	22	1.97
87855200--87855335	26	5.2	26	90	0	218	40	22	2	33	1.69
87860150--87860180	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
87863383--87863518	26	5.2	26	91	0	227	40	23	2	33	1.70
87868339--87868369	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
87871583--87871718	26	5.2	26	91	0	227	40	23	2	33	1.70
87876555--87876596	22	1.9	22	95	0	75	30	11	30	26	1.92
87881911--87882019	48	2.3	48	93	0	182	36	28	17	17	1.93
87882295--87882328	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
87882524--87882562	16	2.5	15	84	8	51	0	30	7	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87882602--87882681	3	27.0	3	93	2	135	66	1	0	32	1.00
87886628--87886691	13	4.8	14	78	5	53	45	1	18	34	1.59
87886615--87886687	27	2.7	27	76	6	67	41	1	20	36	1.61
87886605--87886693	40	2.2	40	88	6	135	43	1	20	34	1.59
87889395--87889421	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
87894479--87894522	19	2.4	19	80	3	54	56	0	2	40	1.11
87899784--87899849	30	2.2	29	81	7	71	56	0	3	40	1.15
87899987--87900109	17	7.2	17	64	21	53	34	1	2	61	1.19
87900023--87900132	50	2.1	51	80	11	118	35	4	0	59	1.24
87900605--87900714	54	2.0	54	98	0	211	43	10	6	39	1.65
87902551--87902735	49	3.7	49	76	4	210	28	24	18	28	1.98
87902556--87902735	100	1.8	100	92	2	308	28	24	19	27	1.99
87914136--87914230	29	3.3	28	79	5	100	22	14	32	30	1.94
87924484--87924567	34	2.5	34	81	11	102	33	22	1	42	1.61
87924513--87924561	11	4.4	11	78	14	55	38	22	0	38	1.54
87925677--87925714	17	2.2	18	81	13	53	0	15	5	78	0.91
87925683--87925719	17	2.2	17	90	0	56	2	16	2	78	0.98
87925720--87925762	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
87925765--87925821	3	19.0	3	89	7	89	63	1	0	35	1.05
87925946--87925987	15	2.9	15	79	10	52	50	0	0	50	1.00
87931039--87931077	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
87938521--87938559	21	1.9	20	84	5	51	43	20	0	35	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87952189--87952231	17	2.5	17	100	0	86	4	32	44	18	1.71
87953978--87954057	31	2.5	31	87	2	106	25	26	16	32	1.96
87954264--87954439	24	7.4	24	90	3	266	27	19	22	30	1.98
87954271--87954440	47	3.6	46	90	4	268	27	18	22	30	1.98
87954264--87954440	95	1.9	96	93	1	311	27	19	22	30	1.98
87954497--87954553	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
87954485--87954555	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
87954490--87954544	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
87954592--87954639	25	2.0	24	83	4	60	25	20	25	29	1.99
87955797--87955861	27	2.4	27	89	5	96	21	26	20	32	1.97
87955912--87956130	27	8.0	27	77	4	161	33	10	16	39	1.82
87956007--87956144	54	2.6	54	82	4	170	33	8	18	39	1.82
87956124--87956333	27	7.8	27	88	2	253	40	8	22	28	1.83
87956096--87956256	54	3.0	54	83	0	160	41	9	19	29	1.83
87956339--87956428	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
87956322--87956428	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
87956339--87956443	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
87958219--87958288	4	17.8	4	72	19	51	2	20	2	74	1.08
87958230--87958292	22	2.8	23	75	15	62	4	19	3	73	1.15
87958216--87958288	26	3.0	24	78	9	85	2	20	2	73	1.08
87958457--87958494	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
87963202--87963244	22	2.0	21	82	13	52	41	11	11	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87975515--87975544	6	5.0	6	95	0	51	33	3	50	13	1.58
87979976--87980022	23	2.0	23	95	4	85	34	8	10	46	1.69
87984669--87984702	12	2.8	12	95	0	59	50	32	14	2	1.58
87986204--87986336	46	2.9	47	89	3	189	19	19	27	33	1.96
87991743--87991786	22	2.0	22	100	0	88	27	13	31	27	1.94
87995198--87995308	57	1.9	59	85	3	154	42	0	4	53	1.21
87995438--87995527	44	2.0	46	86	4	130	37	24	5	32	1.79
87995509--87995563	16	3.4	16	85	5	76	29	25	7	38	1.83
88001491--88001543	26	2.0	26	100	0	106	11	15	30	43	1.81
88001545--88001584	16	2.4	17	83	8	55	2	22	0	75	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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