genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  201  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61486616--61486899	141	2.0	141	87	1	408	30	17	23	27	1.97
61489343--61489421	26	3.2	25	75	8	81	51	0	18	29	1.46
61490537--61490568	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
61491046--61491127	42	2.0	42	82	4	103	15	20	39	24	1.92
61492694--61492794	34	3.0	34	89	2	150	25	21	26	25	2.00
61492773--61492823	26	1.9	26	84	11	68	35	15	25	23	1.94
61507267--61507663	47	8.3	48	95	1	579	30	8	31	28	1.87
61509471--61509571	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
61517278--61517378	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
61526540--61526691	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
61526540--61526691	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
61528475--61528548	29	2.6	29	82	4	87	25	32	16	25	1.96
61533477--61533610	47	2.8	50	85	7	179	23	28	20	27	1.99
61534707--61534871	39	4.2	39	91	0	249	23	26	19	30	1.98
61560583--61560724	51	2.8	50	82	6	162	27	16	21	34	1.95
61561238--61561299	23	2.7	23	76	0	70	37	9	8	45	1.67
61565988--61566136	41	3.7	41	83	8	173	23	26	24	24	2.00
61565988--61566136	81	1.8	81	80	8	178	23	26	24	24	2.00
61572789--61572975	40	4.7	40	82	0	140	28	22	24	24	1.99
61572827--61572997	40	4.3	39	81	8	186	25	22	25	26	2.00
61576245--61576319	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
61584099--61584172	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61586784--61587020	39	6.1	39	91	0	375	22	23	29	24	1.99
61586784--61587020	117	2.0	117	95	0	429	22	23	29	24	1.99
61590149--61590329	6	29.3	6	65	18	61	45	14	20	19	1.85
61590149--61590301	37	4.1	37	68	15	109	46	15	19	18	1.84
61590185--61590348	25	6.6	25	82	1	186	45	14	20	20	1.85
61590188--61590348	50	3.2	50	91	0	261	45	13	20	20	1.85
61590469--61590554	27	3.2	26	82	11	102	38	20	22	18	1.94
61590469--61590576	54	2.0	53	82	5	128	38	20	22	18	1.93
61590469--61590576	27	4.0	26	77	14	94	38	20	22	18	1.93
61591143--61591277	27	5.0	27	87	0	171	24	21	18	35	1.95
61592242--61592448	45	4.7	45	76	4	176	34	26	16	23	1.95
61594079--61594168	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
61594079--61594185	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
61594174--61594276	27	3.8	27	82	5	118	28	24	8	38	1.85
61594255--61594394	54	2.6	54	81	8	176	39	21	7	31	1.82
61594270--61594424	81	1.9	81	85	7	217	40	20	9	30	1.83
61594268--61594485	27	8.0	27	73	10	140	40	18	9	32	1.82
61594525--61594602	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
61595762--61595809	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
61595846--61595912	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
61595962--61596084	24	5.2	24	95	2	205	27	20	21	30	1.98
61595963--61596082	23	5.1	23	93	3	195	26	20	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61595962--61596084	47	2.6	48	92	5	214	27	20	21	30	1.98
61596247--61596306	31	1.9	31	86	0	84	35	15	21	28	1.93
61599178--61599250	27	2.6	28	91	2	112	27	16	27	28	1.97
61606098--61606209	58	1.9	58	85	7	156	37	17	16	28	1.91
61607403--61607569	40	4.2	40	78	6	153	25	22	28	23	1.99
61611698--61611767	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
61619699--61619768	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
61623139--61623228	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
61623223--61623281	27	2.2	27	87	0	82	33	23	6	35	1.82
61623237--61623337	27	3.8	27	82	11	127	27	24	7	39	1.83
61623288--61623537	27	9.2	27	75	12	102	38	20	8	33	1.81
61623328--61623544	27	8.0	27	77	10	167	40	17	8	33	1.80
61623584--61623661	27	2.9	27	74	11	79	37	20	20	21	1.95
61624821--61624868	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
61624916--61624971	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
61624905--61624971	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
61625021--61625124	23	4.4	24	87	3	140	27	20	24	27	1.99
61625022--61625117	47	2.1	46	90	2	147	27	20	22	29	1.99
61625331--61625394	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
61626571--61626599	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
61631968--61632173	43	4.8	41	79	7	205	25	17	23	33	1.96
61631971--61632173	85	2.4	85	90	0	325	25	17	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61639631--61639783	43	3.6	42	79	6	155	25	17	23	33	1.96
61642329--61642503	79	2.2	79	87	5	248	24	21	28	26	1.99
61642329--61642494	39	4.2	39	83	6	219	23	21	28	27	1.99
61642731--61642772	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
61650191--61650352	40	4.1	40	82	3	200	24	20	27	27	1.99
61650196--61650367	80	2.2	79	85	5	222	25	20	26	26	1.99
61650595--61650636	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
61653960--61654008	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
61654831--61654981	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
61654867--61654997	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
61660852--61660933	27	3.0	28	92	3	141	35	20	25	18	1.95
61661024--61661082	26	2.2	27	88	8	86	28	6	25	38	1.81
61664604--61664706	27	3.8	27	76	8	102	36	20	21	21	1.95
61664599--61664706	54	2.0	53	85	8	148	37	21	21	20	1.95
61664814--61664877	26	2.4	26	89	2	74	29	10	23	35	1.89
61666952--61667024	34	2.1	34	87	0	101	32	24	6	35	1.82
61668892--61669025	29	4.6	29	81	10	130	23	29	15	30	1.96
61668896--61669018	58	2.1	58	81	3	149	24	30	14	30	1.95
61668916--61669026	29	3.8	29	91	0	159	24	29	14	31	1.94
61671254--61671315	33	1.9	32	83	6	81	48	14	4	32	1.65
61676564--61676682	57	2.1	58	83	9	147	28	11	32	26	1.92
61676564--61676682	29	4.2	29	83	5	136	28	11	32	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61687727--61687932	40	5.2	40	88	2	281	22	28	22	26	1.99
61687727--61687974	120	2.1	120	82	3	302	24	26	21	27	1.99
61690816--61690873	30	1.9	30	86	6	82	39	8	25	25	1.84
61693739--61693778	17	2.4	17	100	0	80	5	27	47	20	1.70
61693858--61693984	29	4.4	29	84	3	152	26	15	33	24	1.95
61693858--61693984	57	2.2	57	83	8	152	26	15	33	24	1.95
61702254--61702510	47	5.5	47	72	12	206	29	28	17	24	1.97
61702206--61702564	93	3.9	93	87	1	477	28	27	19	24	1.98
61702199--61702466	46	5.8	45	70	15	170	29	27	19	23	1.98
61702206--61702564	186	1.9	186	88	0	538	28	27	19	24	1.98
61702199--61702560	46	7.8	45	68	15	166	29	27	19	24	1.98
61705586--61705782	50	4.0	49	84	3	241	27	27	19	25	1.99
61705600--61705783	101	1.8	99	88	2	278	28	27	19	25	1.98
61709651--61709769	34	3.6	33	80	5	141	27	21	24	26	1.99
61727869--61727992	27	4.6	27	83	4	162	42	19	7	30	1.78
61727869--61727992	54	2.3	53	91	1	194	42	19	7	30	1.78
61727869--61728018	53	2.8	53	84	5	151	42	18	9	30	1.82
61727975--61728036	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
61727869--61728038	80	2.1	81	82	7	204	40	18	11	30	1.85
61728691--61728774	27	3.1	27	94	3	150	47	22	9	20	1.78
61732049--61732173	27	4.7	27	81	3	139	41	19	8	31	1.80
61732056--61732170	54	2.1	54	90	1	178	42	18	7	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61732049--61732199	81	1.9	79	83	8	198	41	18	9	31	1.82
61732153--61732214	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
61732070--61732196	54	2.4	54	83	2	148	43	18	9	29	1.81
61732049--61732216	81	2.1	80	81	8	191	40	17	11	30	1.85
61732868--61732963	28	3.5	28	91	4	142	45	23	9	20	1.80
61738494--61738675	40	4.6	40	78	8	167	23	28	24	24	2.00
61738525--61738675	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
61738896--61738924	11	2.6	11	100	0	58	17	27	27	27	1.97
61740670--61740746	31	2.5	31	93	0	136	25	25	18	29	1.98
61740770--61740861	42	2.2	42	90	0	139	35	20	14	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410