genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  236  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73012617--73012773	28	5.5	28	75	6	145	30	29	18	21	1.97
73012644--73012745	29	3.6	29	80	7	118	29	31	16	22	1.96
73012617--73012777	57	2.8	57	91	0	241	30	29	18	21	1.97
73012805--73013056	40	6.3	40	94	0	441	26	28	20	23	1.99
73014551--73014757	48	4.3	48	94	0	351	30	27	6	35	1.82
73017434--73017471	2	19.0	2	88	0	58	44	2	2	50	1.30
73023747--73023945	50	4.0	50	82	3	211	29	27	18	24	1.98
73024064--73024307	43	5.7	42	86	2	274	31	21	17	29	1.96
73024064--73024307	86	2.9	85	83	3	303	31	21	17	29	1.96
73030205--73030309	53	2.1	49	83	7	129	45	3	5	44	1.45
73030972--73031000	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
73035043--73035317	27	9.8	27	78	8	174	28	21	8	41	1.83
73035016--73035317	54	5.4	54	75	8	237	28	22	8	40	1.84
73035090--73035273	92	2.0	92	82	0	224	26	22	8	42	1.82
73035063--73035309	119	2.1	119	85	0	323	26	21	9	42	1.83
73035043--73035317	146	1.9	145	86	0	397	28	21	8	41	1.83
73035215--73035344	54	2.4	54	77	2	127	33	19	7	39	1.80
73035188--73035445	81	3.2	81	78	4	207	35	20	8	36	1.82
73035269--73035521	27	9.3	27	77	7	145	39	20	8	32	1.82
73035578--73035670	27	3.4	27	94	2	152	34	20	24	20	1.96
73037385--73037458	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
73037326--73037458	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73045261--73045334	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
73045202--73045334	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
73050315--73050490	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
73050312--73050483	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
73057896--73058071	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
73057893--73058064	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
73063077--73063252	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
73063074--73063245	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
73070654--73070829	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
73070651--73070822	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
73083297--73083341	21	2.1	21	100	0	90	24	17	35	22	1.95
73084476--73084506	14	2.2	14	94	0	53	54	6	9	29	1.57
73086088--73086117	15	2.0	15	93	0	51	30	16	13	40	1.87
73088137--73088353	46	4.7	46	78	11	187	29	19	28	23	1.98
73093902--73093938	15	2.3	17	86	9	51	32	5	0	62	1.18
73093915--73093957	21	2.0	21	86	8	61	39	2	0	58	1.11
73094508--73094573	30	2.2	30	94	2	114	60	22	4	12	1.50
73094788--73094813	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
73094849--73094893	20	2.2	21	92	4	74	15	11	6	66	1.42
73098303--73098398	48	2.0	48	95	0	174	36	27	8	28	1.85
73110529--73110598	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
73117364--73117433	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73117364--73117445	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
73125188--73125257	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
73125188--73125269	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
73128336--73128517	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
73128336--73128517	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
73130597--73130640	19	2.3	19	100	0	88	9	13	22	54	1.67
73133216--73133285	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
73141846--73141975	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
73149908--73150037	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
73152765--73152958	47	4.1	47	91	0	289	33	11	28	26	1.91
73152794--73152912	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
73153163--73153271	37	2.9	37	93	0	173	22	19	31	26	1.98
73158633--73158659	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
73167121--73167150	9	3.3	9	95	0	51	46	3	0	50	1.18
73167486--73167757	123	2.3	118	82	7	311	34	10	9	45	1.71
73167550--73167811	123	2.1	125	81	4	298	33	10	7	48	1.65
73168419--73168552	26	5.2	26	94	0	232	33	7	23	35	1.83
73174748--73174781	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
73174922--73174953	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
73177111--73177185	24	3.0	25	79	15	91	24	13	6	56	1.61
73177405--73177435	12	2.5	13	94	5	55	22	3	6	67	1.28
73181708--73181777	32	2.2	32	82	5	79	35	4	15	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73182479--73182528	23	2.2	23	85	0	64	52	4	0	44	1.20
73182899--73182957	26	2.1	28	81	9	68	44	1	5	49	1.34
73198081--73198292	94	2.3	94	80	4	257	19	21	21	37	1.95
73204647--73204727	42	2.0	41	90	2	126	40	17	25	16	1.89
73206407--73206474	33	2.1	33	88	5	102	32	22	14	30	1.94
73222372--73222418	3	15.7	3	86	0	58	61	4	29	4	1.34
73222731--73222821	46	2.0	46	95	0	164	25	7	16	50	1.71
73237267--73237308	22	1.9	22	85	0	57	47	7	0	45	1.30
73237840--73237955	57	2.1	56	98	1	223	42	12	15	29	1.84
73239753--73239803	26	2.0	26	84	0	66	43	9	3	43	1.56
73241471--73241519	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
73241483--73241547	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
73241509--73241547	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
73241999--73242052	27	2.0	27	96	0	99	18	16	37	27	1.93
73242004--73242074	27	2.6	27	82	4	81	19	14	39	26	1.90
73245811--73245933	47	2.6	47	97	0	237	29	27	19	23	1.98
73245761--73245979	47	4.8	45	80	13	182	29	27	20	22	1.98
73256231--73256277	19	2.3	20	78	10	51	51	4	8	36	1.52
73256241--73256279	19	2.1	19	85	9	53	46	5	7	41	1.55
73258993--73259024	14	2.1	16	88	11	50	75	3	6	15	1.14
73259647--73259696	26	1.9	26	83	0	64	38	6	4	52	1.45
73261207--73261300	40	2.4	39	80	7	102	14	12	36	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73262779--73262803	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
73262746--73262826	34	2.4	34	85	6	101	64	3	3	28	1.28
73263793--73263844	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
73264809--73264851	20	2.2	20	82	0	50	53	9	11	25	1.67
73264807--73264867	14	4.4	14	80	0	50	54	6	11	27	1.61
73267735--73267785	21	2.5	20	84	9	66	19	5	5	68	1.31
73267746--73267790	21	2.1	21	91	0	72	17	4	4	73	1.17
73267761--73267806	23	2.0	23	91	0	74	17	2	0	80	0.81
73267918--73267962	16	2.7	16	82	6	54	31	2	4	62	1.27
73268635--73268756	40	3.1	38	79	9	129	32	20	19	27	1.97
73269048--73269102	28	1.9	29	82	10	69	34	0	7	58	1.26
73269450--73269517	22	3.1	22	75	8	68	27	0	36	35	1.58
73269456--73269534	29	2.8	28	84	9	97	27	0	36	35	1.57
73270578--73270611	13	2.6	13	90	0	59	23	38	0	38	1.55
73270658--73270722	27	2.3	27	81	5	67	15	40	20	24	1.91
73273750--73274371	242	2.6	242	98	0	1201	35	17	14	32	1.90
73274396--73274512	9	12.3	9	75	10	108	44	22	0	32	1.59
73274402--73274477	39	1.9	39	97	0	143	46	21	0	32	1.52
73274398--73274510	57	2.0	57	87	0	163	45	23	0	30	1.59
73280513--73280730	85	2.6	85	90	3	323	24	32	18	24	1.97
73280513--73280730	43	5.1	43	88	6	309	24	32	18	24	1.97
73280890--73280932	22	1.9	23	86	13	63	13	9	6	69	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73284518--73284575	27	2.1	27	96	0	107	62	25	6	5	1.42
73285286--73285320	16	2.1	17	89	5	54	68	0	5	25	1.11
73285286--73285334	15	3.2	15	85	2	53	61	0	10	28	1.29
73290485--73290518	18	1.9	17	88	5	50	64	14	8	11	1.49
73292250--73292305	26	2.2	26	100	0	112	26	14	33	25	1.94
73293045--73293105	6	9.8	6	74	13	52	75	4	3	16	1.11
73294711--73294817	3	36.0	3	78	12	105	67	2	1	28	1.15
73294773--73294819	7	6.4	7	84	15	60	74	0	0	25	0.82
73301199--73301249	13	3.9	13	78	17	61	74	1	0	23	0.92
73301200--73301259	25	2.5	23	83	5	75	75	1	0	23	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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