genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26348106--26348169	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
26348361--26348503	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
26348361--26348502	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
26348360--26348503	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
26348554--26348613	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
26349939--26350283	27	12.8	27	87	3	399	40	8	22	28	1.83
26350207--26350511	27	11.3	26	84	4	188	32	8	20	37	1.84
26350280--26350490	81	2.6	80	82	4	244	31	8	20	39	1.82
26350361--26350528	27	6.3	26	87	2	174	31	7	19	41	1.78
26351511--26351628	39	3.0	39	89	0	182	33	31	18	16	1.93
26355856--26356104	27	8.8	27	77	11	185	27	22	8	40	1.84
26355907--26356032	65	1.9	65	86	0	180	25	24	7	42	1.82
26355934--26356006	38	1.9	38	88	0	110	24	30	5	39	1.78
26355880--26356060	92	2.0	92	86	2	256	25	23	9	41	1.84
26355856--26356086	119	1.9	119	90	0	363	26	23	9	40	1.84
26356091--26356250	27	5.9	27	79	7	101	43	21	6	28	1.78
26356002--26356121	54	2.2	54	80	2	134	32	20	7	40	1.80
26355971--26356131	81	2.0	81	80	2	180	32	20	8	39	1.82
26356091--26356222	54	2.5	53	81	6	158	43	21	6	28	1.76
26356261--26356312	27	1.9	27	84	7	70	42	11	9	36	1.74
26356365--26356457	27	3.4	27	88	2	125	35	20	24	19	1.96
26357701--26357777	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26357710--26357781	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
26357699--26357781	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
26357835--26357952	23	5.0	24	90	7	163	27	20	22	29	1.98
26358145--26358208	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
26360383--26360541	81	2.0	82	85	1	221	33	25	14	26	1.94
26360383--26360541	41	3.9	41	84	0	203	33	25	14	26	1.94
26360389--26360575	81	2.3	81	82	1	205	35	24	14	25	1.94
26363899--26364112	40	5.4	40	84	2	236	25	21	26	26	1.99
26370819--26370958	29	4.5	29	84	15	190	25	22	13	38	1.91
26370833--26370909	38	2.0	38	95	5	138	27	18	10	44	1.82
26379647--26379988	90	3.8	90	81	1	337	36	14	21	27	1.92
26379737--26380030	89	3.3	87	75	6	259	35	14	21	28	1.93
26382614--26382661	24	2.0	24	100	0	96	25	16	29	29	1.97
26387568--26387771	80	2.5	78	81	4	219	24	26	23	25	2.00
26387568--26387771	40	5.1	40	83	1	185	24	26	23	25	2.00
26390118--26390340	47	4.8	46	77	9	197	28	19	28	23	1.98
26390122--26390340	93	2.3	93	83	7	257	28	19	28	23	1.98
26398185--26398236	25	2.1	25	88	0	77	36	7	15	40	1.76
26400650--26400950	149	2.0	150	97	1	568	43	21	12	22	1.86
26406009--26406199	39	4.8	40	79	10	185	24	27	22	25	2.00
26406016--26406200	79	2.3	81	82	7	227	25	26	22	25	2.00
26414068--26414249	79	2.3	80	84	8	230	25	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26414066--26414249	40	4.6	41	81	9	213	25	28	22	23	1.99
26417743--26417854	27	4.2	26	87	7	152	36	23	24	16	1.94
26417743--26417854	54	2.1	54	89	3	172	36	23	24	16	1.94
26418272--26418303	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
26419245--26419345	24	4.2	24	93	0	148	25	40	1	31	1.67
26421567--26421674	40	2.7	41	80	11	116	24	24	26	25	2.00
26424771--26424869	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
26430606--26430648	12	3.7	12	75	6	52	53	16	20	9	1.70
26430607--26430652	23	2.0	23	100	0	92	56	13	21	8	1.63
26432723--26432840	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
26432691--26432854	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
26444068--26444095	13	2.2	13	100	0	56	14	32	35	17	1.90
26452398--26452565	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
26459312--26459479	40	4.2	39	79	8	169	25	26	22	26	2.00
26459328--26459479	80	1.9	80	83	5	200	24	26	22	26	2.00
26469070--26469237	45	3.7	47	80	10	154	29	18	28	23	1.98
26469162--26469284	48	2.7	45	82	9	135	27	17	29	25	1.98
26469257--26469383	49	2.6	50	81	8	145	26	16	28	28	1.97
26476847--26477112	47	5.6	46	76	9	180	27	19	28	24	1.99
26476889--26477116	97	2.4	99	80	6	263	26	19	30	23	1.98
26476889--26477116	47	4.7	48	75	8	205	26	19	30	23	1.98
26480234--26480334	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26488188--26488288	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
26492465--26492657	43	4.5	43	90	0	269	27	31	18	22	1.97
26493468--26493501	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
26496864--26496913	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
26497537--26497665	7	18.1	7	69	15	59	37	41	0	20	1.58
26497954--26498245	41	7.1	41	89	3	392	19	22	20	36	1.95
26498960--26498990	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
26499180--26499215	14	2.6	14	95	0	63	33	30	8	27	1.86
26510183--26510229	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
26511577--26511665	6	15.2	6	95	4	155	17	0	0	82	0.68
26513655--26513695	13	3.2	13	89	0	64	19	31	31	17	1.95
26521566--26521590	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
26522189--26522220	12	2.6	13	90	9	50	0	0	9	90	0.45
26522591--26522624	14	2.6	13	90	9	52	17	2	5	73	1.16
26527903--26527946	23	1.9	23	90	9	72	61	0	9	29	1.27
26528038--26528071	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
26528063--26528143	23	3.7	22	76	12	69	48	1	19	30	1.57
26528179--26528586	3	139.3	3	71	11	193	59	1	9	29	1.39
26537451--26537484	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
26537688--26537804	35	3.3	35	81	4	146	13	14	30	41	1.85
26538306--26538332	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
26542456--26542505	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26544719--26544891	40	4.3	40	80	2	179	24	27	21	25	2.00
26549341--26549390	25	2.0	25	88	7	75	42	0	20	38	1.52
26550753--26550803	24	2.2	23	83	13	61	35	7	31	25	1.85
26557229--26557257	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
26558495--26558669	43	4.1	43	74	7	162	29	25	18	26	1.98
26568176--26568296	47	2.6	47	79	11	131	28	19	29	22	1.98
26569748--26569776	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
26570928--26571035	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
26572658--26572798	54	2.6	53	94	2	237	17	24	24	34	1.95
26572658--26572816	27	5.9	27	83	11	193	18	24	22	34	1.96
26573860--26574368	44	11.6	44	76	2	425	32	18	20	29	1.96
26575848--26575888	18	2.2	18	91	4	64	14	14	0	70	1.16
26577178--26577242	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
26578726--26578778	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
26582094--26582180	39	2.2	39	93	0	147	27	26	24	21	1.99
26588954--26589055	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
26593899--26594007	55	2.0	55	89	3	166	32	29	13	24	1.94
26599852--26599970	46	2.5	46	82	5	141	28	19	27	24	1.98
26599844--26600162	142	2.2	140	82	7	360	26	20	28	25	1.99
26606262--26606324	30	2.1	30	84	0	81	36	11	20	31	1.88
26606829--26606949	46	2.6	46	82	5	145	31	19	26	22	1.98
26606967--26607095	49	2.6	49	85	4	170	27	18	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26606926--26607147	98	2.3	94	79	8	236	25	18	28	27	1.98
26606824--26607139	142	2.2	138	79	9	341	27	18	27	26	1.98
26606967--26607141	49	3.6	48	77	8	158	27	18	28	26	1.98
26609955--26609998	19	2.3	19	88	0	61	4	2	31	61	1.28
26610963--26611029	29	2.3	29	90	7	102	29	8	16	44	1.78
26613655--26613693	15	2.6	14	80	11	51	51	7	0	41	1.31
26613788--26613825	20	1.9	19	89	5	58	55	0	7	36	1.29
26614012--26614039	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
26615231--26615265	7	4.9	7	86	6	52	40	0	2	57	1.14
26615815--26615898	31	2.8	31	72	15	77	30	5	5	57	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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