genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  287  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88380294--88380344	20	2.5	20	83	0	66	9	23	21	45	1.82
88381670--88381879	8	26.9	8	67	27	57	30	4	1	62	1.27
88381723--88381852	15	8.4	15	75	20	76	29	5	0	64	1.21
88381732--88381786	18	3.1	18	89	10	78	25	9	0	65	1.22
88381721--88381870	30	4.7	32	71	21	104	29	4	1	64	1.22
88381723--88381870	33	4.7	31	74	22	100	29	4	1	64	1.22
88381669--88381895	43	5.0	46	72	21	142	31	4	2	62	1.27
88381715--88381842	23	5.4	24	73	22	76	28	6	0	64	1.17
88381839--88381866	11	2.5	11	100	0	56	28	0	7	64	1.20
88381775--88381869	22	4.3	21	71	23	63	30	3	2	64	1.21
88381723--88381881	27	6.0	26	72	22	100	29	4	1	64	1.24
88381921--88381955	16	2.2	16	90	10	54	48	0	2	48	1.16
88383031--88383250	46	4.8	45	73	15	157	25	30	18	25	1.98
88386055--88386115	29	2.1	29	96	0	113	31	18	8	42	1.79
88389973--88390040	27	2.5	27	95	2	118	30	26	13	29	1.94
88393667--88393887	46	4.8	46	76	9	166	25	29	19	26	1.98
88396064--88396092	14	2.1	14	100	0	58	27	0	41	31	1.56
88397065--88397102	15	2.5	15	91	0	58	15	15	18	50	1.79
88398656--88398887	49	4.7	49	84	3	302	28	27	18	24	1.98
88398656--88398887	100	2.3	99	86	2	322	28	27	18	24	1.98
88403209--88403377	48	3.6	46	76	6	169	28	17	26	26	1.98
88403400--88403521	49	2.5	49	86	6	158	27	21	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88404670--88404709	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
88412081--88412118	19	2.0	20	89	5	60	57	21	5	15	1.57
88415727--88415774	16	3.0	16	79	11	53	27	0	18	54	1.44
88419072--88419235	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
88419072--88419269	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
88426651--88426814	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
88426651--88426848	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
88432727--88432811	43	2.0	43	95	0	152	32	14	22	30	1.93
88432806--88432866	18	3.3	18	65	13	52	42	8	22	26	1.81
88432801--88432875	37	2.0	37	100	0	150	41	10	21	26	1.86
88432850--88432996	54	2.7	56	82	7	185	36	17	23	22	1.95
88432850--88433046	55	3.6	54	82	6	220	37	17	23	22	1.94
88435136--88435240	28	3.7	28	79	9	106	30	28	15	25	1.96
88435135--88435250	57	2.0	57	86	3	162	31	27	13	27	1.94
88435161--88435248	29	3.1	29	93	1	151	30	28	14	26	1.95
88438090--88438343	55	4.8	52	79	9	250	35	16	25	22	1.95
88438097--88438297	108	1.8	110	87	6	302	33	17	25	23	1.96
88441912--88442073	42	3.8	42	82	8	202	29	26	16	27	1.96
88445532--88445635	28	3.7	27	76	10	86	23	25	21	30	1.99
88445558--88445719	28	5.8	29	69	11	115	24	27	16	31	1.96
88445558--88445719	54	2.9	55	84	5	220	24	27	16	31	1.96
88448690--88448789	52	2.0	51	82	4	121	40	14	13	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88451755--88451903	39	3.8	39	85	11	144	26	20	26	26	1.99
88451748--88451964	40	5.5	40	83	7	232	26	20	25	27	1.99
88451741--88451964	79	2.8	79	80	8	240	26	20	25	27	1.99
88451796--88451997	79	2.6	79	79	7	189	27	18	26	27	1.98
88459782--88459991	39	5.7	38	78	17	194	26	21	26	26	1.99
88469011--88469181	40	4.3	40	87	3	220	24	22	27	25	2.00
88468975--88469181	80	2.6	79	81	3	220	26	22	27	24	2.00
88475789--88475827	21	1.9	20	84	5	51	33	0	17	48	1.48
88497727--88497908	40	4.6	41	80	4	194	23	27	15	34	1.94
88497707--88497872	80	2.1	80	89	2	253	24	26	16	31	1.97
88498260--88498307	22	2.1	24	81	14	57	14	4	27	54	1.59
88506514--88506696	40	4.6	40	77	13	200	26	27	21	24	1.99
88506516--88506695	78	2.3	80	83	7	233	26	27	21	25	1.99
88512556--88512600	22	2.0	23	83	12	58	42	8	2	46	1.47
88512904--88512949	18	2.6	17	82	3	56	50	4	10	34	1.57
88514477--88514507	13	2.4	13	94	0	53	61	0	3	35	1.12
88516081--88516121	21	1.9	22	85	5	57	41	7	51	0	1.30
88516079--88516127	21	2.3	20	76	10	53	46	8	44	0	1.33
88522243--88522294	20	2.6	20	84	0	68	19	34	23	23	1.96
88529408--88529448	11	3.9	11	84	12	59	78	0	4	17	0.93
88529370--88529445	6	14.4	5	74	15	57	76	1	5	17	1.04
88529385--88529445	20	3.1	20	79	9	72	77	1	4	16	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88533500--88533672	93	1.9	93	93	0	301	27	30	21	20	1.98
88533493--88533668	46	3.8	46	80	10	205	28	30	21	19	1.98
88533544--88533687	46	3.1	45	73	11	130	29	29	20	20	1.98
88537591--88537615	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
88551265--88551436	49	3.5	49	82	5	172	27	21	27	23	1.99
88551346--88551606	136	1.9	136	88	0	387	26	20	25	28	1.99
88554263--88554322	26	2.3	27	76	5	68	38	21	20	20	1.94
88554302--88554416	27	4.3	27	81	0	140	27	19	17	35	1.94
88554401--88554631	27	8.6	27	77	7	177	29	9	20	39	1.85
88554316--88554443	54	2.4	54	76	10	127	28	16	18	35	1.93
88554402--88554606	54	3.8	54	81	7	220	29	9	20	40	1.84
88554400--88554631	81	2.9	79	78	3	232	29	9	20	39	1.85
88554508--88554631	26	4.7	26	78	12	128	29	10	20	39	1.86
88554510--88554628	53	2.2	53	85	5	152	29	10	21	38	1.87
88560594--88560771	39	4.5	39	90	3	225	24	20	29	25	1.99
88560541--88560771	40	5.8	40	84	6	240	24	21	29	25	1.99
88560617--88560772	79	2.0	79	86	7	219	24	21	28	25	1.99
88563605--88563769	49	3.4	49	81	5	176	26	20	29	24	1.99
88567344--88567412	35	2.0	35	94	0	120	40	18	10	30	1.84
88569591--88569945	46	7.5	45	71	16	186	29	20	26	23	1.99
88569633--88569807	48	3.7	46	82	6	199	28	20	27	24	1.99
88569593--88569808	94	2.3	94	86	4	283	29	20	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88569779--88569946	49	3.5	46	81	7	169	27	19	27	24	1.99
88580693--88580822	40	3.2	40	83	4	165	22	23	29	24	1.99
88582685--88582709	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
88583268--88583622	40	8.9	40	91	0	550	23	21	27	26	1.99
88583789--88583839	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
88595931--88596000	27	2.5	28	90	2	106	25	14	30	30	1.95
88603468--88603636	48	3.6	48	82	3	216	29	20	26	23	1.99
88603471--88603781	48	6.5	49	75	9	189	27	20	27	24	1.99
88604109--88604138	11	2.7	11	94	0	51	23	13	0	63	1.29
88619536--88619709	46	3.8	45	81	7	199	23	29	18	27	1.98
88619536--88619709	94	1.9	92	83	9	228	23	29	18	27	1.98
88623976--88624142	46	3.6	46	84	6	187	25	27	19	28	1.98
88625844--88625892	24	2.0	24	92	7	82	32	10	28	28	1.90
88639563--88639614	25	2.1	25	85	3	70	36	0	1	61	1.07
88639569--88639617	25	2.0	25	91	0	80	32	0	4	63	1.13
88642549--88642658	55	2.0	55	83	0	139	40	13	5	40	1.68
88644274--88644437	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
88644274--88644471	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
88651845--88652008	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
88651845--88652042	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
88657631--88657681	6	8.5	6	74	8	50	76	5	3	13	1.11
88668059--88668111	23	2.2	24	86	6	81	26	7	39	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88672283--88672405	62	2.0	62	96	0	228	28	7	22	41	1.80
88672372--88672422	25	2.0	25	96	0	93	23	11	11	52	1.70
88674308--88674364	29	1.9	30	82	3	71	14	22	38	24	1.91
88675543--88675613	29	2.4	30	97	2	135	38	9	22	29	1.86
88675995--88676170	46	3.8	45	79	8	176	27	18	31	22	1.97
88676000--88676261	46	5.6	46	75	15	171	27	17	30	23	1.97
88677394--88677433	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
88679117--88679161	17	2.6	17	86	10	56	77	6	0	15	0.96
88680675--88680707	16	2.0	17	94	5	59	66	6	6	21	1.35
88680773--88680814	13	3.2	13	77	16	50	69	2	4	23	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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