genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67223931--67224033	29	3.6	29	90	0	152	24	33	15	27	1.95
67230252--67230379	40	3.2	40	76	0	130	25	21	28	25	1.99
67237488--67237540	24	2.2	24	89	0	79	16	16	18	47	1.83
67237527--67237570	23	2.0	22	86	4	61	15	22	20	40	1.90
67239952--67240013	31	2.0	32	96	3	117	59	12	11	16	1.61
67241925--67241955	16	1.9	16	93	0	53	35	9	0	54	1.33
67262236--67262333	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
67269763--67269860	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
67274575--67274608	18	1.9	18	88	5	52	23	17	8	50	1.74
67276085--67276119	18	1.9	18	94	0	61	54	0	40	5	1.24
67276570--67280614	759	5.4	758	91	2	6669	34	15	13	36	1.87
67282449--67284043	759	2.1	759	93	0	2726	33	14	13	37	1.86
67285190--67285266	40	1.9	40	84	5	102	23	15	24	36	1.94
67285188--67285281	40	2.3	40	76	3	100	22	14	26	36	1.93
67296115--67296297	40	4.6	40	78	11	171	24	27	24	24	2.00
67296114--67296297	79	2.3	81	84	7	234	24	27	23	24	2.00
67299335--67299465	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
67302967--67302999	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
67303273--67303304	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
67305144--67305242	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
67308637--67308683	21	2.2	22	96	3	87	29	12	12	44	1.80
67309538--67309586	23	2.1	23	100	0	98	20	32	0	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67312414--67312461	19	2.6	19	93	3	80	35	0	14	50	1.44
67312478--67312566	42	2.1	42	91	0	142	28	6	14	50	1.68
67316311--67316358	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
67316375--67316461	42	2.1	42	88	0	129	29	5	13	50	1.65
67319998--67320087	44	2.0	44	95	0	162	34	17	11	36	1.86
67328883--67329079	50	3.9	50	77	2	198	30	10	17	41	1.83
67328883--67329092	100	2.1	100	83	3	253	31	11	16	40	1.85
67330979--67331165	71	2.7	68	92	5	263	19	28	18	34	1.95
67331002--67331165	71	2.3	71	98	0	319	19	28	17	34	1.95
67331002--67331199	71	2.8	70	91	3	267	20	28	17	33	1.96
67338079--67338265	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
67338102--67338265	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
67338102--67338299	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
67339385--67339419	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
67341685--67341712	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
67347481--67347799	46	6.7	49	76	12	196	26	17	31	24	1.97
67347621--67347795	47	3.6	48	81	8	160	25	17	32	24	1.97
67348669--67348796	40	3.2	40	93	0	220	22	20	40	16	1.91
67357526--67357569	21	2.1	21	91	4	72	22	18	25	34	1.96
67366999--67367178	49	3.7	49	81	9	190	26	18	30	25	1.98
67366956--67367178	49	4.7	47	74	14	174	26	17	30	25	1.98
67371235--67371409	46	3.8	46	77	10	194	30	30	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67371242--67371411	93	1.8	93	93	0	295	30	30	19	20	1.97
67373799--67373875	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
67373796--67373875	29	2.7	30	81	9	92	55	16	17	11	1.70
67376804--67376978	46	3.8	46	77	10	194	29	30	19	20	1.97
67376811--67376983	93	1.9	93	93	0	301	28	30	19	20	1.97
67389759--67389982	40	5.6	40	82	6	265	26	26	21	25	2.00
67389759--67389982	83	2.8	80	84	4	272	26	26	21	25	2.00
67393611--67393818	40	5.2	40	84	2	240	25	21	26	26	1.99
67398721--67398783	24	2.6	24	97	0	117	22	17	25	34	1.95
67401150--67401462	49	6.5	49	92	2	494	29	30	7	32	1.85
67408511--67408766	49	5.3	49	91	2	385	30	30	7	31	1.86
67414346--67414432	24	3.6	24	100	0	174	20	17	26	35	1.95
67414346--67414454	48	2.3	48	90	3	166	23	17	24	33	1.96
67419655--67419725	29	2.4	29	88	4	99	26	30	15	26	1.96
67421523--67421694	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
67421515--67421690	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
67424071--67424158	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
67424071--67424149	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
67424082--67424158	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
67427105--67427276	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
67427097--67427272	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
67429475--67429626	40	3.8	40	81	3	162	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67434445--67434700	49	5.3	49	94	0	412	30	8	31	29	1.86
67437977--67438063	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
67438132--67438487	49	7.1	49	94	4	613	29	28	8	32	1.88
67438132--67438468	154	2.2	154	94	3	598	29	28	8	32	1.88
67442976--67443148	46	3.7	46	77	13	192	23	20	26	30	1.98
67442973--67443143	93	1.8	93	92	0	288	22	20	26	29	1.98
67452717--67452792	38	2.0	38	100	0	152	28	13	23	34	1.92
67455517--67455617	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
67475017--67475065	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
67475885--67476027	40	3.6	39	79	8	119	27	23	27	21	1.99
67475923--67476034	40	2.8	39	84	6	136	23	23	29	24	1.99
67475885--67476049	39	4.2	40	78	6	151	26	22	27	23	1.99
67483865--67484031	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
67490964--67491037	29	2.5	28	84	4	85	31	33	14	20	1.93
67494134--67494280	74	2.0	74	98	0	285	37	21	6	34	1.79
67496358--67496526	92	1.8	92	94	2	304	21	21	29	27	1.98
67496361--67496531	45	3.7	46	79	14	210	21	21	28	28	1.98
67510625--67510711	43	2.0	43	82	8	106	31	27	14	26	1.95
67515518--67515624	55	1.9	55	80	10	121	28	22	28	19	1.98
67517992--67518022	10	2.9	11	90	9	55	19	25	0	54	1.44
67529648--67529819	46	3.7	46	79	14	210	21	20	27	30	1.98
67529645--67529813	92	1.8	92	94	0	302	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67536136--67536277	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
67536175--67536303	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
67552187--67552554	67	5.5	68	75	10	258	38	16	20	25	1.92
67552187--67552579	134	2.9	134	73	10	363	38	16	20	25	1.92
67555641--67555812	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	21	1.98
67555642--67555810	46	3.7	46	79	4	187	28	28	20	21	1.98
67557589--67557777	40	4.7	40	90	2	290	25	25	21	26	2.00
67557556--67557777	80	2.8	78	88	3	293	24	26	22	27	2.00
67559795--67559998	43	4.8	43	79	3	207	32	25	16	25	1.96
67559797--67560026	43	5.4	42	75	8	142	33	26	15	24	1.95
67562702--67562895	48	4.0	48	91	0	307	36	6	25	31	1.81
67563040--67563145	37	2.9	37	92	0	176	25	17	31	25	1.97
67564418--67564496	23	3.4	23	91	0	131	41	18	2	36	1.65
67566738--67566789	27	1.9	27	88	7	79	30	26	25	17	1.97
67566931--67566980	22	2.3	22	79	6	57	32	24	30	14	1.94
67566997--67567207	95	2.2	95	88	1	307	37	20	23	17	1.93
67569060--67569100	18	2.2	19	87	12	59	41	7	4	46	1.53
67581720--67581767	21	2.3	21	88	0	69	39	8	25	27	1.84
67582437--67582583	72	2.0	73	84	3	190	51	4	34	10	1.57
67583048--67583081	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
67583500--67583546	21	2.2	20	82	10	58	34	40	0	25	1.56
67583569--67583628	7	8.3	7	77	5	57	50	28	0	21	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67583498--67583608	7	15.9	7	74	10	50	40	37	0	21	1.54
67584110--67584243	40	3.4	39	77	2	115	29	16	20	33	1.94
67584160--67584256	40	2.5	39	77	5	97	30	19	18	30	1.96
67584012--67584431	194	2.2	195	81	2	486	28	20	19	31	1.97
67584301--67584448	40	3.7	40	70	8	120	27	22	18	31	1.97
67599248--67599316	28	2.5	28	90	2	104	21	10	26	42	1.84
67602511--67602615	43	2.4	43	88	0	165	21	28	21	27	1.99
67603600--67603638	9	4.2	9	93	3	60	51	10	0	38	1.36
67605596--67605665	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
67611570--67611620	21	2.4	21	86	0	75	43	15	23	17	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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