genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  103  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30443727--30444069	41	8.4	41	77	8	272	26	16	18	38	1.92
30443727--30444068	82	4.2	81	82	7	406	26	16	19	38	1.92
30443787--30444068	123	2.3	123	79	5	320	27	14	18	39	1.90
30443727--30444068	163	2.1	163	84	5	451	26	16	19	38	1.92
30445664--30445835	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
30445657--30445832	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
30451895--30451964	26	2.7	26	72	10	63	60	2	7	30	1.38
30455284--30455409	40	3.2	39	78	6	130	28	23	25	22	1.99
30455284--30455471	80	2.3	80	78	12	197	26	23	27	23	2.00
30463835--30464058	40	5.6	40	85	7	294	25	26	23	24	2.00
30463835--30464058	83	2.8	79	84	8	290	25	26	23	24	2.00
30466988--30467131	39	3.7	39	87	0	216	22	28	22	27	1.99
30466948--30467128	78	2.3	79	88	1	256	22	28	23	25	2.00
30469435--30469461	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
30469764--30469812	21	2.2	23	78	7	57	48	2	2	46	1.25
30471570--30471727	38	3.9	38	78	13	172	29	24	15	29	1.96
30471577--30471783	85	2.4	84	94	1	351	30	23	15	30	1.95
30471619--30471822	47	4.5	47	79	11	255	30	23	15	30	1.95
30471695--30471825	48	2.8	46	82	5	172	31	21	14	32	1.93
30476964--30477128	30	5.5	30	88	1	208	26	48	3	21	1.67
30477697--30477753	14	4.1	13	77	18	53	33	3	0	63	1.12
30477691--30477748	25	2.4	24	85	2	80	36	3	0	60	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30477785--30477833	25	2.0	25	87	0	71	36	8	4	51	1.51
30477979--30478040	16	3.8	15	79	12	61	33	1	1	62	1.14
30489681--30489978	75	3.9	75	80	8	309	27	19	20	32	1.97
30489681--30489959	74	3.7	75	81	7	296	28	18	21	30	1.97
30490064--30490095	14	2.3	14	100	0	64	18	12	6	62	1.50
30489905--30490098	105	1.9	104	83	7	259	27	15	18	38	1.91
30490153--30490201	14	3.6	13	78	8	53	26	8	2	63	1.34
30489886--30490323	192	2.3	193	84	5	539	27	15	17	39	1.89
30490973--30491137	30	5.5	30	91	1	226	26	49	3	21	1.66
30491697--30491767	15	4.8	15	72	14	58	35	2	0	61	1.10
30491674--30491756	25	3.2	24	79	10	76	34	4	1	59	1.27
30491798--30491846	25	2.0	25	87	0	71	36	8	4	51	1.51
30492000--30492047	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
30492000--30492051	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
30494857--30494896	19	2.1	19	86	9	55	27	37	25	10	1.88
30496445--30496502	29	2.0	29	96	0	107	12	24	29	34	1.91
30505210--30505326	49	2.4	49	82	2	155	23	28	20	27	1.99
30507257--30507354	30	3.3	30	75	0	97	29	16	26	27	1.97
30509562--30509644	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
30509595--30509650	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
30509620--30509644	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
30509647--30509677	12	2.6	12	94	0	53	29	16	9	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30509725--30509781	5	11.0	5	75	20	55	1	17	3	77	1.00
30509725--30509781	16	3.7	14	82	15	60	1	17	3	77	1.00
30509725--30509792	21	3.2	21	76	15	61	1	17	4	76	1.03
30512400--30512497	30	3.3	30	75	0	97	29	16	26	27	1.97
30512897--30513282	196	2.0	196	85	4	528	33	12	21	31	1.91
30519762--30519809	2	24.0	2	86	0	69	43	0	6	50	1.27
30520147--30520220	36	2.1	36	100	0	148	39	5	13	41	1.67
30529592--30529759	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
30529608--30529759	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
30535375--30535444	35	2.0	35	97	0	131	32	17	18	31	1.94
30546119--30546191	29	2.5	29	93	0	119	24	30	16	28	1.96
30547364--30547422	25	2.4	24	85	5	73	6	18	1	72	1.15
30555152--30555297	27	5.4	27	87	0	202	35	20	20	23	1.96
30562513--30562657	54	2.7	54	89	2	211	36	20	19	24	1.95
30562512--30562658	27	5.5	26	87	1	177	36	19	19	23	1.95
30563309--30563360	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
30563393--30563428	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
30568702--30568946	49	5.0	49	82	3	294	29	27	18	24	1.98
30568704--30568945	99	2.4	99	86	3	335	29	26	18	24	1.98
30572289--30572329	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
30574227--30574341	25	4.6	25	85	0	140	33	19	24	22	1.97
30574227--30574339	50	2.3	50	85	3	156	34	19	23	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30582320--30582402	25	3.4	25	67	14	64	38	16	22	21	1.93
30582407--30582452	24	1.9	24	95	0	83	41	19	21	17	1.90
30585244--30585456	40	5.3	40	87	0	264	26	23	25	24	2.00
30585244--30585470	120	1.9	121	84	2	305	27	22	25	23	2.00
30585399--30585482	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
30585305--30585482	80	2.2	80	81	0	185	27	24	26	21	1.99
30591448--30591596	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
30591489--30591596	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
30599549--30599697	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
30599590--30599697	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
30607661--30607809	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
30607702--30607809	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
30610819--30611081	119	2.2	121	81	7	322	27	19	25	26	1.99
30610817--30611081	40	6.7	40	86	4	308	27	20	25	27	1.99
30610870--30611088	79	2.7	79	83	5	237	27	19	25	27	1.99
30616854--30617094	47	5.1	47	90	1	340	33	11	28	26	1.91
30616883--30616954	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
30617064--30617346	48	5.8	48	87	6	426	35	6	26	31	1.82
30617065--30617346	98	2.9	98	92	2	471	35	6	26	31	1.82
30617064--30617329	146	1.8	147	91	4	448	35	6	26	31	1.82
30617494--30617599	37	2.9	37	91	1	169	24	17	31	26	1.97
30618870--30619061	40	4.8	39	92	3	303	25	19	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30618870--30619061	79	2.4	79	92	0	321	25	19	28	26	1.99
30619046--30619077	16	2.0	16	100	0	64	31	18	25	25	1.98
30618870--30619084	79	2.7	79	87	2	236	25	20	27	26	1.99
30619010--30619117	56	1.9	56	92	0	180	25	20	26	26	1.99
30619066--30619354	40	7.2	40	87	2	393	24	22	26	25	2.00
30618969--30619157	96	2.0	96	93	0	324	24	20	27	26	1.99
30623252--30623492	47	5.1	47	92	0	365	32	11	29	26	1.91
30623281--30623399	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
30623346--30623420	23	3.2	23	66	23	66	29	10	32	28	1.90
30623463--30623744	98	2.9	97	93	3	471	35	6	26	30	1.82
30623462--30623744	48	5.8	48	88	8	437	35	6	26	31	1.82
30623892--30623998	37	2.9	37	85	0	151	25	18	30	25	1.98
30637630--30637742	33	3.5	32	77	9	104	38	11	23	26	1.89
30637630--30637730	33	3.1	32	81	7	114	35	12	23	27	1.92
30637735--30637939	31	6.5	31	86	2	277	29	17	28	25	1.97
30638003--30638064	27	2.3	27	85	0	79	40	9	25	24	1.85
30638056--30638180	56	2.2	56	88	2	189	32	13	27	27	1.94
30640720--30640790	27	2.6	28	88	2	99	19	28	21	30	1.97
30640719--30640828	27	4.0	27	80	2	87	21	23	19	35	1.96
30640719--30640828	55	2.0	54	84	5	141	21	23	19	35	1.96
30644296--30644353	27	2.1	27	83	0	71	46	10	22	20	1.81
30653507--30653714	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30653509--30653714	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
30661559--30661766	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
30661561--30661766	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
30667799--30667875	25	3.2	24	83	7	84	28	20	24	25	1.99
30667812--30667878	25	2.7	25	88	2	91	26	22	26	23	2.00
30667927--30667965	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
30667927--30667966	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
30668303--30668340	17	2.2	17	90	0	58	23	39	23	13	1.90
30675706--30675775	25	2.8	25	93	0	113	27	21	25	25	1.99
30675822--30675860	10	3.8	10	80	6	51	33	15	15	35	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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