genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59003390--59003513	45	2.8	43	85	3	149	29	18	20	31	1.97
59003390--59003549	44	3.6	44	83	7	159	28	19	21	30	1.98
59009351--59009428	36	2.2	35	81	6	86	14	12	32	41	1.83
59010406--59010462	25	2.3	25	90	0	87	21	29	36	12	1.90
59010418--59010483	13	5.2	12	78	14	62	18	24	39	18	1.92
59018320--59018431	43	2.6	42	83	5	136	29	17	25	27	1.98
59023337--59023366	14	2.1	14	93	0	51	60	6	3	30	1.39
59023439--59023476	18	2.1	18	85	9	51	23	2	2	71	1.12
59023594--59023645	16	3.2	16	86	0	59	40	5	25	28	1.78
59023627--59023720	44	2.1	46	90	7	149	32	6	26	34	1.82
59023791--59023841	26	2.0	26	88	3	77	41	0	7	50	1.31
59024106--59024146	14	3.1	14	79	10	50	58	0	0	41	0.98
59024102--59024237	58	2.3	58	83	2	184	53	2	0	42	1.21
59024357--59024482	62	2.0	62	98	0	243	51	9	7	31	1.61
59031380--59031461	38	2.2	38	80	12	98	36	1	2	59	1.18
59032512--59032541	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
59033189--59033253	29	2.2	29	79	12	71	41	1	3	53	1.25
59042694--59042754	28	2.2	28	80	8	72	59	1	1	37	1.17
59050550--59050703	43	3.7	42	83	2	193	31	25	13	28	1.94
59053139--59053328	61	3.1	61	96	0	344	38	4	6	50	1.49
59053275--59053378	50	2.1	49	87	7	149	37	4	6	50	1.50
59057699--59057850	52	2.9	52	71	14	150	31	28	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59057814--59057935	45	2.7	45	82	2	138	31	27	15	25	1.96
59058831--59058888	28	2.1	28	93	0	98	29	36	8	25	1.86
59061922--59061956	18	1.9	18	88	0	52	14	48	2	34	1.58
59064196--59064224	9	3.3	9	90	9	51	34	0	10	55	1.34
59067047--59067319	132	2.1	132	99	0	537	31	19	21	27	1.97
59069812--59069852	17	2.4	17	87	0	55	19	4	0	75	0.98
59072735--59072762	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
59078983--59079043	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
59079339--59079374	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
59088277--59088359	39	2.1	39	95	0	148	37	22	9	30	1.86
59093943--59093975	17	1.9	17	88	11	50	66	6	3	24	1.28
59094374--59094419	23	2.0	23	95	0	83	54	13	0	32	1.39
59094442--59094496	21	2.7	21	81	13	69	1	32	1	63	1.15
59095205--59095275	33	2.2	33	87	5	99	26	23	26	22	2.00
59096694--59096747	6	9.0	6	100	0	108	16	0	50	33	1.46
59099044--59099121	36	2.2	36	90	0	120	14	17	41	26	1.88
59102527--59102647	48	2.5	48	89	0	188	27	28	19	23	1.99
59104300--59104449	41	3.7	41	85	1	221	20	23	28	28	1.99
59112512--59112661	41	3.7	41	85	1	221	20	23	28	28	1.99
59116565--59116785	38	5.7	38	76	3	192	34	29	18	17	1.94
59116569--59116785	76	2.8	76	78	6	213	34	29	18	17	1.94
59118332--59118406	36	2.1	35	95	2	132	41	22	8	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59119647--59119676	15	2.0	15	93	0	51	76	6	3	13	1.11
59120229--59120271	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
59122957--59123013	30	1.9	29	85	3	78	22	31	33	12	1.91
59141289--59141360	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
59141288--59141389	28	3.5	28	84	6	89	29	28	13	28	1.94
59149281--59149353	28	2.5	28	82	4	83	30	30	13	26	1.94
59152844--59152871	13	2.2	13	100	0	56	21	25	14	39	1.91
59157703--59157775	28	2.5	28	82	4	83	30	30	13	26	1.94
59160078--59160249	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
59160070--59160245	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
59167188--59167216	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
59167662--59167691	15	1.9	16	93	6	53	56	6	0	36	1.26
59167714--59167841	67	1.9	68	83	4	170	46	6	4	42	1.49
59167822--59167867	18	2.5	19	82	13	60	54	0	2	43	1.12
59173825--59173952	46	2.8	46	86	3	177	20	20	26	32	1.97
59178735--59178793	30	2.0	29	86	3	82	37	18	15	28	1.91
59183114--59183142	7	4.1	7	100	0	58	86	0	0	13	0.58
59184839--59184898	30	2.0	30	83	0	75	45	11	5	38	1.63
59186613--59186666	14	3.7	15	80	14	69	25	0	3	70	1.04
59187857--59187893	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
59199426--59199646	40	5.6	40	89	2	313	23	20	25	29	1.99
59199426--59199646	79	2.8	79	90	2	327	23	20	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59214314--59214522	40	5.2	40	91	2	307	26	27	20	25	1.99
59214314--59214578	120	2.2	120	82	7	299	26	26	21	25	1.99
59214314--59214522	80	2.6	79	90	3	339	26	27	20	25	1.99
59216484--59216667	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
59216524--59216712	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
59224607--59224789	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
59224646--59224834	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
59226408--59226445	18	2.1	19	85	5	51	2	26	0	71	1.00
59232963--59233135	40	4.3	39	85	7	206	27	26	21	25	1.99
59232963--59233173	40	5.3	40	84	6	146	27	25	19	26	1.99
59237969--59238168	40	5.0	40	86	3	240	26	26	21	26	2.00
59247455--59247504	25	1.9	27	88	8	77	76	0	22	2	0.89
59252795--59253040	43	5.7	43	85	0	305	23	28	22	25	2.00
59253216--59253347	68	1.9	68	92	0	219	35	10	18	35	1.85
59259033--59259104	9	8.0	9	72	6	65	34	2	18	44	1.64
59259033--59259144	45	2.5	46	85	8	158	34	3	16	44	1.66
59259804--59259904	41	2.5	41	93	0	166	62	2	10	23	1.42
59261998--59262099	41	2.5	41	85	6	143	28	26	12	32	1.93
59267719--59267848	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
59275586--59275810	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
59275805--59275934	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
59278936--59278995	31	1.9	32	86	10	88	26	25	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59279035--59279347	42	7.5	43	83	8	380	31	21	18	28	1.97
59279035--59279338	167	1.8	166	92	2	511	31	21	18	28	1.97
59279035--59279347	84	3.7	84	87	5	454	31	21	18	28	1.97
59279645--59279692	21	2.3	21	92	0	78	2	56	16	25	1.51
59280246--59280283	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
59285547--59285586	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
59287564--59287603	19	2.0	20	90	4	64	47	20	15	17	1.83
59288204--59288230	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
59289526--59289564	19	2.1	19	90	4	62	48	2	2	46	1.29
59290084--59290111	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
59290566--59290693	41	3.1	41	88	2	186	21	21	24	32	1.98
59290665--59290722	29	2.0	30	89	3	91	24	24	22	29	1.99
59290612--59290802	70	2.7	70	78	13	212	21	24	23	30	1.99
59298651--59298757	9	11.4	10	71	18	54	60	1	1	35	1.18
59298639--59298729	27	3.3	27	78	15	89	60	3	1	35	1.20
59298636--59298728	36	2.5	34	81	14	98	60	3	1	35	1.20
59298636--59298728	18	5.2	17	76	15	80	60	3	1	35	1.20
59298747--59298795	19	2.6	19	93	0	89	55	6	4	34	1.44
59299250--59299312	9	6.9	9	75	10	56	31	3	3	61	1.27
59299348--59299408	18	3.2	19	79	11	63	31	0	3	65	1.09
59299347--59299450	9	11.6	9	73	11	56	28	0	1	68	1.07
59299345--59299419	38	1.9	39	86	7	109	30	1	2	65	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59299404--59299452	25	1.9	26	87	4	73	28	2	0	69	1.00
59302729--59302856	65	2.0	65	98	0	247	48	9	16	25	1.76
59303331--59303358	14	2.0	14	100	0	56	50	14	21	14	1.78
59304421--59304459	19	2.1	19	85	0	51	0	12	15	71	1.14
59315482--59315522	21	2.0	21	85	0	55	46	0	17	36	1.48
59318639--59318828	40	4.8	39	78	8	172	23	23	28	24	2.00
59325255--59325446	40	4.8	39	82	5	163	23	22	28	24	1.99
59325255--59325446	79	2.4	81	83	6	232	23	22	28	24	1.99
59325255--59325472	79	2.7	77	80	8	206	24	22	27	25	2.00
59330448--59330633	40	4.7	40	88	5	236	25	22	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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