genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.319.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99090971--99091195	49	4.7	48	74	10	181	28	17	27	26	1.98
99093063--99093272	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
99095749--99095899	42	3.6	42	74	1	115	30	19	24	25	1.98
99098150--99098204	5	11.0	5	100	0	110	40	0	0	60	0.97
99099629--99099690	31	2.0	31	96	0	115	33	16	20	29	1.94
99100269--99100311	23	2.0	21	86	9	59	13	34	30	20	1.92
99100406--99100443	19	2.0	20	84	5	51	34	0	18	47	1.49
99108294--99108434	63	2.2	63	81	2	158	29	31	7	31	1.86
99113653--99113781	48	2.7	48	85	1	170	32	21	13	31	1.93
99115040--99115244	27	7.6	27	85	2	259	29	21	9	39	1.85
99115115--99115288	81	2.1	81	79	2	188	30	21	9	38	1.85
99116480--99116527	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
99116565--99116641	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
99116574--99116645	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
99116563--99116645	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
99116696--99116909	24	9.0	24	90	4	319	28	22	21	27	1.99
99116697--99116909	47	4.5	47	92	3	322	28	22	21	27	1.99
99116696--99116909	71	3.0	71	93	3	351	28	22	21	27	1.99
99117100--99117162	30	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
99120002--99120205	27	7.6	27	86	3	268	29	22	8	39	1.84
99120076--99120249	81	2.1	81	79	2	188	29	22	9	37	1.86
99121437--99121484	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99121522--99121598	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
99121531--99121602	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
99121520--99121602	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
99121653--99121866	24	9.0	24	90	4	319	28	22	21	27	1.99
99121654--99121866	47	4.5	47	92	3	322	28	22	21	27	1.99
99121653--99121866	71	3.0	71	93	3	351	28	22	21	27	1.99
99124894--99124933	15	2.7	15	88	0	62	55	10	17	17	1.69
99127982--99128011	14	2.1	15	93	6	53	50	20	0	30	1.49
99128186--99128329	38	3.6	38	73	18	137	31	22	15	30	1.95
99151102--99151155	21	2.6	21	81	0	72	29	31	5	33	1.80
99152752--99152777	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
99152801--99153010	41	5.1	41	90	2	298	34	21	24	19	1.96
99153627--99153675	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
99153958--99154110	7	21.6	7	73	7	67	20	0	34	44	1.56
99154009--99154089	21	3.8	21	77	11	85	18	0	40	40	1.51
99154239--99154298	14	4.2	14	87	4	75	40	5	15	40	1.68
99154232--99154299	14	4.8	14	83	3	64	42	4	14	38	1.66
99154445--99154475	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
99154443--99154507	13	4.9	13	77	9	60	47	0	0	52	1.00
99154883--99154929	22	2.2	21	88	11	69	68	2	2	27	1.13
99154940--99155048	38	2.8	40	84	5	159	41	18	21	19	1.91
99155148--99155182	16	2.1	18	89	10	56	14	45	0	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99157572--99157732	43	3.8	42	84	1	178	26	25	19	27	1.99
99159285--99159548	138	1.9	138	85	1	368	41	8	5	44	1.59
99162901--99162938	18	2.1	18	90	0	58	15	31	39	13	1.86
99170507--99170611	40	2.7	40	93	1	185	19	19	26	35	1.95
99177283--99177373	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
99177282--99177395	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
99184793--99184883	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
99184792--99184905	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
99187953--99188311	94	3.8	94	76	11	371	28	18	28	23	1.98
99187950--99188311	47	7.7	45	72	13	180	28	19	29	23	1.98
99187950--99188311	141	2.6	140	75	9	362	28	19	29	23	1.98
99195692--99195801	43	2.5	43	77	12	118	22	20	20	36	1.95
99201769--99201885	9	12.3	9	77	10	117	31	0	22	45	1.58
99201773--99201885	39	3.0	38	75	20	119	30	0	22	46	1.58
99201769--99201891	48	2.6	48	82	2	140	30	0	21	47	1.57
99201771--99201883	57	2.0	57	89	0	172	30	0	23	46	1.58
99202704--99202753	23	2.2	23	96	0	91	34	14	16	36	1.88
99205950--99206038	3	29.7	3	100	0	178	32	0	0	67	0.91
99206565--99206607	21	2.0	21	86	8	61	32	2	20	44	1.65
99207065--99207181	40	2.9	38	72	9	99	26	22	17	33	1.96
99212618--99212656	20	1.9	21	84	5	53	25	5	23	46	1.73
99213489--99213523	16	2.2	16	100	0	70	34	5	11	48	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99214419--99214526	26	4.2	26	92	0	189	32	6	25	36	1.81
99216111--99216250	27	5.2	27	87	7	189	17	24	24	34	1.96
99216111--99216250	54	2.6	53	93	3	228	17	24	24	34	1.96
99216111--99216268	27	5.9	27	82	12	184	18	24	22	34	1.96
99221118--99221225	26	4.2	26	95	0	198	31	6	25	36	1.82
99222811--99222951	27	5.2	27	75	10	110	17	22	22	36	1.94
99222814--99222951	54	2.5	52	81	9	161	18	22	22	36	1.95
99241216--99241482	133	2.0	133	96	0	489	37	12	19	30	1.89
99243524--99243574	25	2.0	25	96	0	93	49	19	1	29	1.60
99246036--99246128	44	2.1	42	79	16	100	38	6	2	52	1.39
99246492--99246545	28	1.9	28	85	7	74	53	1	5	38	1.35
99248334--99248378	18	2.5	18	88	0	63	44	4	11	40	1.60
99255847--99255873	13	2.1	13	100	0	54	14	29	7	48	1.71
99264398--99264561	81	2.0	83	86	3	233	50	6	18	25	1.69
99268423--99268480	30	1.9	30	89	0	89	32	10	25	31	1.89
99268866--99268989	46	2.7	46	85	13	157	28	19	29	23	1.98
99271404--99271485	40	2.0	40	88	0	119	32	26	10	29	1.91
99277074--99277099	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
99278662--99278822	30	5.5	30	89	6	231	32	13	25	27	1.94
99278662--99278822	58	2.8	58	89	4	227	32	13	25	27	1.94
99285391--99285601	48	4.5	48	74	8	209	28	23	20	27	1.99
99288442--99288516	34	2.2	32	76	19	89	28	22	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99307189--99307452	40	6.6	40	82	8	299	27	28	20	24	1.99
99307191--99307451	119	2.2	120	86	6	368	27	27	20	24	1.99
99316929--99317017	42	2.1	42	89	0	133	21	25	22	30	1.99
99321378--99321475	41	2.3	43	81	11	114	36	23	13	26	1.92
99325190--99325327	71	1.9	71	92	0	231	34	18	10	36	1.86
99327331--99327368	16	2.2	18	86	9	53	50	0	2	47	1.15
99331184--99331239	28	2.0	28	89	0	85	32	26	8	32	1.87
99331227--99331341	40	2.9	41	84	2	135	31	24	20	24	1.98
99347757--99347807	24	2.0	25	85	7	68	50	0	21	27	1.48
99350441--99350478	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
99353115--99353180	33	2.0	33	100	0	132	30	27	15	27	1.96
99357563--99357595	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
99366811--99366835	12	2.1	12	100	0	50	60	32	0	8	1.26
99368486--99368523	19	2.0	20	89	5	60	71	0	0	28	0.87
99368949--99368977	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
99369434--99369485	22	2.4	21	75	15	52	48	0	21	30	1.51
99370252--99370336	29	3.2	25	75	20	59	34	1	16	48	1.54
99370287--99370342	14	3.9	14	88	6	85	35	0	12	51	1.40
99370724--99370784	21	2.8	21	85	5	86	13	24	27	34	1.93
99370723--99370796	21	3.4	21	81	3	76	13	21	27	37	1.91
99374154--99374178	6	4.2	6	100	0	50	16	36	0	48	1.46
99375907--99375949	13	3.5	13	75	18	56	60	6	4	27	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99375905--99375951	23	2.0	23	100	0	94	61	8	4	25	1.43
99377414--99377461	19	2.5	19	86	6	62	35	6	4	54	1.45
99377414--99377465	18	2.7	19	88	5	70	34	7	3	53	1.48
99378622--99378674	21	2.5	21	87	0	79	26	5	35	32	1.80
99383435--99383494	3	20.0	3	100	0	120	66	0	33	0	0.92
99394732--99394756	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
99411892--99411946	19	2.9	19	84	12	62	54	5	0	40	1.23
99414378--99414445	29	2.3	30	80	12	70	63	2	29	4	1.29
99418360--99418431	21	3.3	22	77	7	85	13	31	30	23	1.94
99426760--99426789	15	2.1	15	93	6	53	63	0	0	36	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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