genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  264  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81570560--81570597	10	3.7	10	86	13	51	5	15	0	78	0.91
81570607--81570634	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
81574033--81574170	46	3.0	46	92	0	213	21	22	17	39	1.93
81576343--81576378	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
81580661--81580822	42	3.8	43	73	13	120	23	18	25	32	1.97
81582898--81582949	16	3.2	16	86	0	68	50	17	21	11	1.77
81583160--81583284	29	4.3	29	81	1	153	24	14	29	31	1.95
81586733--81586978	49	4.9	50	78	2	235	27	17	26	28	1.98
81592248--81592300	27	2.0	27	85	3	72	39	5	15	39	1.70
81592546--81592689	50	2.8	51	82	1	173	27	20	25	27	1.99
81596068--81596103	17	2.1	17	100	0	72	16	41	0	41	1.48
81596374--81596400	11	2.5	11	100	0	54	33	7	22	37	1.82
81603938--81604117	55	3.3	53	77	10	161	23	25	17	34	1.96
81603919--81604126	54	3.9	54	76	6	188	23	25	16	34	1.96
81616514--81616670	27	5.8	27	87	1	190	31	22	6	39	1.79
81616501--81616682	54	3.4	54	81	1	177	34	23	6	36	1.79
81616622--81616954	27	12.3	27	77	5	199	39	20	9	31	1.84
81616501--81616682	81	2.2	81	77	1	204	34	23	6	36	1.79
81616636--81616843	80	2.6	80	83	3	240	40	21	8	29	1.83
81616985--81617076	27	3.4	27	89	3	123	33	19	26	20	1.96
81616948--81617086	27	5.1	27	76	8	97	34	20	22	22	1.97
81617869--81617974	24	4.4	24	92	3	160	28	23	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81618180--81618351	31	5.5	31	91	0	263	28	16	24	30	1.97
81618680--81618718	18	2.2	19	86	9	55	33	7	0	58	1.26
81618680--81618719	19	2.1	19	86	9	55	35	7	0	57	1.27
81621031--81621362	50	6.8	49	82	5	368	27	20	28	23	1.99
81632861--81632889	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
81635824--81635867	6	7.5	6	82	5	54	79	0	6	13	0.92
81645899--81645982	30	2.8	30	98	1	161	40	27	5	26	1.79
81652209--81652241	14	2.4	14	94	0	57	18	0	0	81	0.68
81654017--81654050	17	1.9	18	94	5	61	52	0	5	41	1.25
81658132--81658374	96	2.4	101	81	10	275	40	1	17	40	1.59
81658425--81658944	126	4.1	126	90	1	790	34	18	20	26	1.95
81661983--81662361	116	3.3	116	94	0	652	48	8	2	40	1.48
81662749--81662791	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
81663307--81663333	7	3.9	7	100	0	54	59	14	0	25	1.36
81663299--81663332	14	2.4	14	90	0	50	64	8	0	26	1.22
81664435--81664465	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
81664496--81664534	11	3.5	11	92	0	60	48	0	28	23	1.51
81665353--81665447	35	2.7	34	76	12	93	42	1	5	51	1.31
81665375--81665447	35	2.1	35	84	7	94	39	0	6	53	1.28
81665644--81665692	21	2.3	21	89	0	71	32	32	8	26	1.86
81668615--81668798	91	2.0	91	96	0	341	40	17	7	34	1.79
81669278--81669358	20	4.1	20	77	6	74	48	18	24	8	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81670151--81670236	43	2.0	43	100	0	172	34	11	13	39	1.82
81673170--81673347	27	6.6	27	82	6	184	40	19	10	29	1.84
81673165--81673347	80	2.3	81	91	0	287	39	19	9	31	1.84
81673194--81673376	54	3.4	53	80	12	180	38	17	11	32	1.85
81673248--81673525	27	10.3	27	82	6	296	39	15	12	33	1.85
81673195--81673525	81	4.1	82	83	8	342	39	16	12	32	1.85
81673575--81673665	34	2.7	34	89	0	137	19	9	26	43	1.82
81673962--81674033	27	2.7	27	80	6	74	20	18	18	43	1.89
81675477--81675584	26	4.0	25	77	12	99	37	22	23	17	1.94
81676998--81677048	24	2.1	24	92	0	84	23	39	1	35	1.66
81683978--81684032	28	2.0	28	100	0	110	21	10	20	47	1.80
81685850--81685893	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
81686555--81686665	27	4.2	25	77	12	105	36	22	23	17	1.94
81686555--81686665	54	2.1	53	84	5	143	36	22	23	17	1.94
81688082--81688132	24	2.1	24	92	0	84	23	39	1	35	1.66
81705047--81705139	46	2.0	48	82	4	118	30	29	16	24	1.96
81705047--81705246	52	4.0	52	78	11	193	30	29	16	24	1.97
81706050--81706078	10	2.9	10	100	0	58	62	0	20	17	1.33
81707476--81707521	21	2.1	22	92	4	76	32	23	32	10	1.90
81714736--81714844	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
81714985--81715812	48	17.0	48	93	3	1390	31	26	5	36	1.80
81714985--81715812	146	5.7	146	95	1	1425	31	26	5	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81714985--81715812	98	8.5	96	94	2	1390	31	26	5	36	1.80
81723504--81723567	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
81723774--81723903	24	5.4	24	92	7	219	27	21	20	30	1.98
81723961--81724017	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
81723957--81724019	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
81724056--81724103	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
81727113--81727163	25	2.0	25	92	0	84	39	1	37	21	1.65
81727435--81727476	12	3.3	13	77	16	52	76	0	4	19	0.96
81730070--81730220	43	3.5	42	74	9	119	29	23	19	28	1.98
81742249--81742339	30	3.2	30	62	23	77	20	27	8	42	1.82
81742234--81742348	56	2.1	56	98	0	221	19	26	8	46	1.78
81749566--81749598	14	2.2	16	89	10	52	24	30	3	42	1.70
81752521--81752746	40	5.7	40	85	8	282	27	21	26	24	1.99
81754323--81754353	16	1.9	16	93	0	53	19	3	0	77	0.90
81757679--81757781	42	2.4	43	76	20	101	31	22	14	32	1.94
81758914--81758938	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
81760754--81761001	96	2.5	101	82	9	294	39	1	18	40	1.61
81760934--81760963	15	2.0	15	93	0	51	16	0	36	46	1.47
81761046--81761569	126	4.2	126	90	1	825	34	18	20	26	1.96
81764598--81764980	116	3.3	116	96	0	694	47	8	3	39	1.52
81765341--81765383	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
81765998--81766024	7	3.9	7	100	0	54	59	14	0	25	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81765990--81766023	14	2.4	14	90	0	50	64	8	0	26	1.22
81767125--81767155	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
81767186--81767233	11	4.5	11	84	10	64	45	0	29	25	1.53
81767192--81767232	20	2.0	20	95	0	73	43	0	26	29	1.55
81767186--81767245	31	1.9	31	83	6	77	45	0	26	28	1.54
81768051--81768145	35	2.7	34	76	12	93	42	1	5	51	1.31
81768073--81768145	35	2.1	35	84	7	94	39	0	6	53	1.28
81768342--81768390	21	2.3	21	89	0	71	32	28	10	28	1.90
81769104--81769158	21	2.6	21	85	0	65	29	36	9	25	1.87
81770227--81770410	91	2.0	91	96	0	341	39	19	7	33	1.80
81770928--81770966	20	2.0	20	94	0	69	51	25	17	5	1.66
81771753--81771836	42	2.0	42	93	4	143	36	11	14	36	1.83
81773273--81773404	48	2.8	47	82	3	156	28	18	23	29	1.98
81773380--81773489	43	2.6	42	72	18	102	26	21	26	25	2.00
81774796--81774968	46	3.7	46	76	13	174	22	20	27	29	1.98
81774793--81774963	93	1.8	93	89	0	270	22	20	28	28	1.98
81782344--81782515	46	3.7	46	78	13	201	21	20	28	29	1.98
81782341--81782510	93	1.8	92	93	1	295	21	20	29	28	1.98
81785203--81785279	31	2.5	31	95	0	136	22	35	27	15	1.94
81804652--81804734	39	2.1	39	100	0	166	51	12	7	28	1.65
81805609--81805679	33	2.2	33	100	0	142	11	14	8	66	1.45
81807762--81807939	27	6.6	27	80	2	153	41	18	10	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81807757--81807939	80	2.3	80	86	2	251	40	18	9	31	1.83
81807757--81807968	54	4.0	53	74	15	159	39	17	10	32	1.84
81807840--81808117	27	10.3	27	81	7	289	39	14	12	33	1.83
81807787--81808117	81	4.1	83	81	8	335	39	15	12	32	1.85
81808167--81808259	34	2.7	34	89	0	141	19	10	25	44	1.83
81808736--81808773	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
81810267--81810313	22	2.2	21	84	3	58	14	42	19	23	1.88
81810278--81810323	21	2.1	22	88	4	67	10	34	23	30	1.89
81812563--81812717	52	3.0	53	76	11	149	26	14	27	31	1.95
81812582--81812717	53	2.6	52	79	8	143	26	16	27	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410