genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23083935--23084093	85	1.9	85	82	5	205	26	26	21	25	1.99
23090557--23090581	7	3.6	7	100	0	50	16	16	12	56	1.68
23096461--23096495	17	2.1	17	100	0	70	28	5	25	40	1.78
23098450--23098585	67	2.0	67	100	0	272	41	17	4	36	1.70
23099622--23099670	22	2.1	24	85	7	66	40	2	2	55	1.23
23099622--23099667	23	2.0	22	83	4	56	39	2	2	56	1.24
23099655--23099700	15	2.9	16	77	9	58	32	0	0	67	0.91
23099655--23099719	23	2.8	24	81	13	73	35	0	0	64	0.94
23099671--23099719	25	2.0	25	88	8	73	36	0	0	63	0.95
23101551--23101689	53	2.6	54	82	5	167	24	25	17	33	1.96
23101554--23101708	54	2.9	52	78	7	159	25	23	16	34	1.96
23112895--23112920	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
23116269--23116442	53	3.3	52	73	9	154	24	22	17	34	1.96
23116310--23116461	54	2.8	53	75	8	148	25	21	17	36	1.94
23121783--23121825	22	2.0	22	100	0	86	41	16	4	37	1.69
23123700--23123753	26	2.2	25	83	9	67	48	0	1	50	1.11
23123721--23123765	23	2.0	23	81	0	54	48	0	2	48	1.13
23125177--23125268	30	3.1	30	98	0	175	23	33	21	20	1.97
23125192--23125245	17	3.4	17	67	27	55	24	35	22	18	1.96
23125473--23125512	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
23129427--23129462	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
23132149--23132199	10	5.0	10	79	11	59	23	11	0	64	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23132852--23132891	21	1.9	21	85	10	55	27	12	2	57	1.48
23137205--23137237	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
23138274--23138342	28	2.5	28	88	4	95	33	24	13	28	1.93
23149704--23149797	8	12.0	8	75	22	76	22	2	2	73	1.05
23149704--23149799	20	4.5	21	82	12	115	21	2	2	73	1.03
23149704--23149786	13	6.3	13	79	18	91	21	1	2	74	1.00
23149704--23149804	46	2.2	45	92	1	166	20	1	2	74	1.05
23149725--23149804	25	3.4	25	84	13	123	21	2	1	75	1.00
23165004--23165041	19	2.0	19	94	0	67	15	39	23	21	1.92
23172050--23172119	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
23180051--23180120	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
23182110--23182158	23	2.1	23	96	0	89	55	0	8	36	1.30
23184410--23184485	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
23184446--23184536	35	2.5	37	89	8	141	36	16	10	36	1.84
23184460--23184515	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
23184446--23184536	19	4.9	19	89	8	152	36	16	10	36	1.84
23184902--23185071	44	3.8	46	88	2	215	28	30	11	30	1.91
23184888--23185077	44	4.3	45	82	5	206	26	29	11	32	1.91
23185245--23185554	45	6.9	45	79	7	272	26	28	13	30	1.94
23185236--23185461	44	5.0	46	84	5	257	26	29	11	31	1.92
23184893--23185568	133	5.1	134	73	13	492	26	28	14	31	1.95
23185494--23186021	78	6.8	78	88	1	727	25	23	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23185410--23186021	234	2.6	233	86	5	809	25	23	17	32	1.97
23186099--23186459	44	8.2	44	88	2	456	28	27	13	29	1.94
23190807--23190961	27	5.7	27	84	0	103	32	21	7	38	1.82
23190832--23190962	54	2.4	55	88	2	185	29	20	7	41	1.80
23190832--23190962	27	4.9	27	86	1	156	29	20	7	41	1.80
23190859--23191218	27	13.3	27	76	9	144	37	20	8	33	1.83
23190859--23191026	54	3.1	54	80	3	160	35	21	6	36	1.79
23190954--23191132	80	2.2	80	81	5	209	43	20	7	29	1.78
23190954--23191132	54	3.3	53	81	5	198	43	20	7	29	1.78
23190954--23191160	54	3.8	52	74	11	175	42	20	7	28	1.80
23191276--23191340	27	2.4	27	84	0	85	36	18	26	18	1.94
23192143--23192265	26	4.8	26	91	1	187	26	21	23	29	1.99
23192410--23192501	42	2.2	42	88	0	139	29	13	21	35	1.91
23192525--23192601	31	2.5	31	89	2	129	33	16	22	27	1.95
23196691--23196898	40	5.2	40	81	2	202	25	23	25	24	2.00
23196693--23196898	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
23199877--23199935	21	2.9	21	80	12	61	40	16	8	33	1.79
23199887--23199986	35	2.7	36	87	10	139	37	17	10	36	1.83
23199910--23199965	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
23199874--23199986	19	5.9	19	84	11	151	38	16	9	35	1.82
23200009--23200141	66	2.0	67	97	1	250	32	18	17	32	1.94
23200986--23201083	41	2.4	41	94	0	178	31	15	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23204086--23204123	19	2.0	19	85	10	51	44	15	0	39	1.47
23204655--23204712	30	1.9	31	89	3	91	25	24	15	34	1.95
23208524--23208602	39	2.0	39	85	0	104	26	3	21	48	1.67
23210253--23210434	39	4.6	39	90	0	247	24	31	20	23	1.98
23210272--23210434	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
23216555--23216581	12	2.2	12	100	0	54	92	0	7	0	0.38
23216679--23216709	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
23220476--23220520	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
23226049--23226089	12	3.4	12	82	0	55	26	9	17	46	1.79
23226966--23227001	17	2.1	17	100	0	72	44	11	22	22	1.84
23241704--23241758	12	4.7	12	75	25	55	50	1	0	47	1.11
23241691--23241745	15	3.9	14	81	15	69	47	1	1	49	1.23
23241727--23241763	10	3.7	10	85	0	56	54	0	0	45	1.00
23241765--23241884	55	2.1	58	83	6	156	45	0	1	51	1.16
23242063--23242114	16	3.2	16	86	0	77	32	25	1	40	1.67
23242908--23242947	20	2.0	20	85	14	55	45	0	0	55	0.99
23245325--23245375	18	2.8	18	88	5	68	5	37	0	56	1.23
23252139--23252164	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
23265681--23265711	15	2.1	15	93	0	53	29	0	6	64	1.18
23269299--23269344	23	2.0	23	95	0	83	47	15	13	23	1.80
23270731--23270994	94	2.8	94	83	9	313	27	19	29	23	1.98
23270731--23270992	142	1.8	142	86	4	377	27	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23270731--23270992	46	5.5	47	77	9	255	27	19	29	23	1.98
23273343--23273442	50	2.0	50	94	0	173	38	14	21	27	1.91
23276683--23276707	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23282206--23282294	27	3.3	27	85	1	108	35	15	21	26	1.94
23282948--23282999	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
23283015--23283078	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
23283040--23283098	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
23285233--23285524	42	6.9	42	79	6	313	29	15	24	30	1.96
23285229--23285524	85	3.5	84	81	5	337	29	15	24	30	1.96
23285229--23285520	127	2.3	127	91	2	462	29	15	24	30	1.95
23285764--23285828	19	3.2	21	67	20	66	35	10	12	41	1.78
23285763--23285841	39	2.0	39	100	0	158	32	10	12	44	1.76
23287143--23287200	30	1.9	30	89	0	89	32	10	25	31	1.89
23287593--23287709	46	2.5	46	84	5	155	27	19	31	21	1.97
23291024--23291052	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
23293357--23293420	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
23293613--23293806	25	8.0	23	83	10	228	27	23	20	27	1.99
23293852--23293935	20	4.2	20	95	0	150	32	21	11	34	1.90
23293857--23293931	11	7.4	11	68	17	63	30	20	13	36	1.91
23293979--23294026	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
23295187--23295249	25	2.4	27	81	5	76	19	25	20	34	1.96
23295288--23295532	27	9.0	27	76	7	160	31	8	19	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23295510--23295719	27	7.9	27	85	6	232	39	9	23	28	1.85
23295484--23295706	54	4.1	54	79	4	166	39	8	21	30	1.84
23295391--23295543	81	1.9	81	80	0	180	32	7	21	37	1.82
23295725--23295814	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
23295709--23295814	54	2.0	54	81	9	128	31	10	19	38	1.86
23295725--23295829	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
23300451--23300508	30	1.9	30	82	0	71	31	8	27	32	1.87
23303242--23303271	15	1.9	16	93	6	53	36	16	0	46	1.47
23305261--23305336	36	2.1	36	97	0	143	27	15	21	35	1.94
23305637--23305723	42	2.1	42	97	0	165	28	20	16	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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