genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  122  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36716920--36717086	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
36724059--36724107	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
36724925--36725091	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
36726943--36727214	80	3.4	80	93	0	436	25	27	22	24	1.99
36726943--36727207	40	6.6	40	84	1	361	26	27	22	24	2.00
36729341--36729563	47	4.7	47	87	3	293	28	30	8	33	1.86
36729341--36729563	96	2.3	94	85	3	293	28	30	8	33	1.86
36736510--36736618	54	2.0	54	100	0	218	30	27	9	33	1.88
36736805--36736888	43	2.0	43	87	0	123	27	29	20	22	1.98
36742231--36742323	40	2.3	40	86	0	132	33	23	18	24	1.97
36746771--36746799	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
36747013--36747057	25	1.9	23	82	13	56	55	4	4	35	1.40
36748071--36748113	15	2.8	15	92	3	68	18	25	27	27	1.98
36758930--36758983	24	2.2	24	83	6	65	22	16	27	33	1.95
36762191--36762226	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
36763568--36763699	29	4.5	29	97	1	237	37	14	23	24	1.92
36763568--36763699	59	2.3	58	95	1	237	37	14	23	24	1.92
36763538--36763699	88	1.8	89	90	1	263	36	14	24	25	1.93
36768794--36768829	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
36770175--36770306	29	4.5	29	97	1	237	37	14	23	24	1.92
36770175--36770306	59	2.3	58	95	1	237	37	14	23	24	1.92
36770145--36770306	88	1.8	89	90	1	263	36	14	24	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36776696--36776749	24	2.2	24	83	6	65	22	16	27	33	1.95
36786741--36786780	17	2.3	18	91	4	64	20	7	7	65	1.43
36791426--36791670	49	4.9	49	79	4	251	25	17	25	31	1.97
36791428--36791658	101	2.3	98	81	5	259	25	17	25	31	1.97
36795465--36795678	47	4.3	49	83	11	247	32	7	30	28	1.86
36795587--36795611	9	2.8	9	100	0	50	36	0	32	32	1.58
36795541--36795656	56	2.1	56	90	0	178	31	7	32	28	1.85
36797946--36798048	50	2.1	50	98	0	197	41	3	24	30	1.73
36800704--36800787	29	2.9	29	85	3	107	21	27	13	38	1.90
36803755--36803780	12	2.2	12	100	0	52	34	42	15	7	1.75
36807328--36807358	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
36807325--36807364	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
36807553--36807804	55	4.8	53	80	9	223	22	25	16	35	1.95
36814006--36814054	20	2.5	20	96	0	89	36	12	18	32	1.88
36814006--36814066	20	3.0	20	88	4	61	37	13	16	32	1.87
36814339--36814453	31	3.7	31	91	1	187	34	16	25	23	1.95
36826515--36826598	30	2.8	31	75	8	84	26	26	13	34	1.93
36829881--36829931	25	2.0	25	100	0	102	37	7	7	47	1.62
36835543--36835582	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
36838109--36838432	48	6.8	49	75	10	230	25	28	20	26	1.99
36838065--36838382	141	2.2	142	84	7	398	25	28	19	25	1.99
36846633--36846704	26	2.8	26	91	2	110	26	20	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36846771--36846829	11	5.7	11	69	15	54	32	18	10	38	1.84
36846754--36846831	40	2.0	40	94	0	138	32	20	10	37	1.86
36846754--36846831	20	3.9	20	89	0	120	32	20	10	37	1.86
36847183--36847224	17	2.5	17	96	0	75	14	33	33	19	1.91
36850812--36850932	60	2.0	60	96	0	224	28	9	19	42	1.82
36853493--36853695	40	5.1	40	92	1	311	22	23	28	25	1.99
36853493--36853695	79	2.5	80	90	2	320	22	23	28	25	1.99
36860479--36860708	118	1.9	120	86	6	335	23	23	27	25	2.00
36860479--36860720	40	6.1	41	89	6	331	23	23	28	25	2.00
36871614--36871716	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
36879414--36879516	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
36886618--36886806	30	6.1	29	78	14	173	48	14	16	19	1.81
36886639--36886781	6	23.8	6	80	13	170	49	13	16	20	1.79
36887091--36887181	27	3.4	27	90	3	139	25	19	21	32	1.97
36887174--36887522	27	13.1	27	76	9	166	32	7	24	35	1.84
36887327--36887498	80	2.1	81	93	3	294	37	6	26	29	1.82
36887327--36887498	54	3.2	54	87	6	260	37	6	26	29	1.82
36887327--36887543	80	2.7	80	86	2	229	36	6	24	32	1.82
36888409--36888490	27	3.1	26	87	5	101	34	24	23	18	1.96
36904925--36904961	19	1.9	19	88	0	56	29	5	16	48	1.68
36905311--36905696	50	7.8	49	74	10	275	26	17	24	31	1.97
36905459--36905642	101	1.8	101	91	0	305	26	17	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36905309--36905696	149	2.6	150	91	2	615	26	17	25	31	1.97
36905309--36905748	149	3.0	144	75	15	389	26	17	25	30	1.97
36913153--36913198	19	2.3	20	81	7	58	28	4	17	50	1.65
36913553--36913946	50	7.9	50	76	5	391	27	16	24	31	1.96
36913552--36913943	150	2.6	151	90	2	601	27	16	24	31	1.96
36913552--36913935	101	3.8	100	80	7	325	27	16	24	31	1.96
36924920--36925024	37	2.8	36	85	7	120	21	30	24	22	1.99
36933028--36933132	36	2.8	35	85	8	120	21	29	24	23	1.99
36936766--36936812	18	2.6	18	86	3	58	46	10	19	23	1.80
36943165--36943380	50	4.3	50	81	4	238	29	12	19	38	1.88
36943165--36943380	100	2.2	100	83	4	274	29	12	19	38	1.88
36957132--36957196	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
36960665--36960848	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
36960705--36960893	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
36967107--36967168	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
36968334--36968398	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
36972319--36972506	50	3.8	50	81	4	202	32	11	18	37	1.87
36974057--36974197	27	5.2	27	84	3	176	28	19	16	35	1.94
36974045--36974153	54	2.0	54	80	0	119	29	20	18	32	1.96
36974182--36974631	27	16.6	27	77	7	261	31	8	20	39	1.82
36974051--36974228	81	2.2	81	78	4	198	31	17	16	34	1.93
36974236--36974631	54	7.3	53	78	7	332	30	8	20	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36974263--36974639	81	4.7	81	78	4	359	31	8	20	39	1.83
36974667--36974734	28	2.4	28	100	0	136	29	30	19	20	1.97
36982644--36982682	20	2.0	20	84	0	51	43	12	2	41	1.56
36986192--36986266	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
36986250--36986323	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
36994063--36994137	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
36994121--36994194	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
36995738--36995788	26	2.0	26	84	0	66	41	11	7	39	1.71
36997889--36998044	27	5.8	27	90	0	215	27	24	10	37	1.88
36997996--36998243	27	9.1	27	77	8	119	39	20	8	32	1.82
36997862--36998055	54	3.6	54	81	0	183	29	24	9	36	1.88
36997862--36998055	81	2.4	80	77	0	208	29	24	9	36	1.88
36998023--36998161	54	2.6	54	88	1	190	40	23	7	29	1.81
36997996--36998243	54	4.6	53	74	12	173	39	20	8	32	1.82
36998038--36998188	81	1.9	80	80	4	178	41	21	7	29	1.81
36997969--36998251	27	10.4	27	78	5	95	36	19	9	34	1.83
36998305--36998395	27	3.4	27	84	6	114	34	18	26	20	1.96
36999712--36999902	24	8.0	24	86	5	255	28	24	21	25	1.99
36999712--36999881	47	3.6	47	91	1	268	29	24	20	25	1.99
36999712--36999902	71	2.7	72	87	5	255	28	24	21	25	1.99
37000096--37000159	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
37001913--37002031	24	4.9	24	88	7	170	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37001913--37002031	49	2.5	47	89	6	168	26	22	20	30	1.98
37002081--37002147	20	3.3	20	91	0	107	34	19	11	34	1.88
37010724--37010909	40	4.7	40	85	5	200	26	20	26	26	1.99
37012605--37012761	25	6.4	24	86	7	201	29	21	19	29	1.98
37012605--37012761	49	3.2	47	87	8	215	29	21	19	29	1.98
37012811--37012857	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
37020397--37020440	18	2.4	18	96	3	79	40	0	9	50	1.34
37024324--37024392	6	11.3	6	71	20	54	47	14	18	18	1.82
37024350--37024442	25	3.7	25	85	0	123	47	15	19	18	1.83
37024706--37024758	22	2.4	22	75	12	63	33	20	22	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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