genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65113508--65113708	40	5.0	40	96	0	357	27	30	21	19	1.98
65121803--65122320	126	4.1	126	85	4	672	28	16	16	38	1.90
65121803--65122320	251	2.1	251	85	5	690	28	16	16	38	1.90
65122487--65122539	28	1.9	27	84	3	70	37	15	5	41	1.70
65123440--65123618	89	2.0	89	93	3	308	40	17	13	27	1.88
65124638--65124743	55	1.9	55	100	0	212	47	18	3	30	1.67
65126579--65126611	17	1.9	17	100	0	66	27	18	24	30	1.98
65127852--65128067	46	4.6	46	76	9	179	28	19	28	23	1.98
65127857--65128122	47	5.7	48	72	14	132	28	20	28	22	1.99
65131204--65131358	39	3.9	39	85	0	184	22	21	32	23	1.98
65131204--65131358	79	2.0	79	84	2	204	22	21	32	23	1.98
65137059--65137094	14	2.5	15	90	4	56	5	2	0	91	0.49
65140120--65140184	30	2.2	30	100	0	130	27	18	27	26	1.98
65140563--65140602	11	3.6	11	86	0	62	50	32	0	17	1.47
65144543--65144682	6	23.3	6	97	0	262	49	16	15	18	1.80
65145520--65145555	11	3.3	11	88	0	54	0	19	0	80	0.71
65146513--65146606	46	2.0	46	95	0	170	15	22	12	48	1.79
65152107--65152144	6	6.3	6	87	0	58	47	13	15	23	1.81
65152982--65153016	11	3.3	11	88	4	54	0	20	0	80	0.72
65152995--65153064	15	4.5	15	67	13	52	4	24	1	70	1.14
65153063--65153104	20	2.2	19	86	4	57	23	4	2	69	1.20
65158345--65158504	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65158345--65158504	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
65166135--65166294	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
65166135--65166294	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
65173857--65173930	28	2.6	29	86	4	96	29	28	13	28	1.94
65176326--65176497	46	3.7	46	79	11	190	22	20	27	29	1.98
65183753--65183925	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
65183750--65183920	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
65190815--65191018	40	5.1	39	84	7	223	24	22	28	24	1.99
65190815--65191018	80	2.5	79	85	4	266	24	22	28	24	1.99
65199272--65199388	39	3.0	38	77	10	121	30	25	21	22	1.98
65203100--65203307	40	5.2	40	80	4	195	25	25	23	25	2.00
65203100--65203306	80	2.6	80	80	3	220	25	26	23	25	2.00
65218890--65218992	29	3.6	29	90	0	152	27	15	33	24	1.95
65226844--65226946	29	3.6	29	90	0	152	27	15	33	24	1.95
65229988--65230105	42	2.8	42	82	10	141	21	17	26	34	1.95
65232310--65232403	40	2.3	41	83	7	113	30	28	14	25	1.95
65241102--65241253	40	3.8	40	81	6	157	23	27	23	26	2.00
65241102--65241253	80	1.9	80	82	8	193	23	27	23	26	2.00
65242927--65243014	40	2.2	41	85	4	117	29	25	17	28	1.97
65256699--65256839	43	3.3	43	78	8	142	33	24	15	26	1.95
65263411--65263467	27	2.1	27	96	0	105	36	36	8	17	1.81
65267284--65267377	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65267280--65267414	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
65267478--65267504	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
65275124--65275246	29	4.2	29	98	0	237	30	15	27	26	1.96
65275125--65275283	58	2.7	58	90	1	212	27	15	31	25	1.96
65275124--65275283	87	1.8	87	86	2	232	26	15	31	26	1.96
65275124--65275312	87	2.2	87	83	3	229	26	16	31	25	1.96
65275347--65275373	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
65277241--65277305	30	2.2	30	94	0	112	20	12	40	27	1.88
65278612--65278638	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
65278837--65278890	30	1.9	30	82	14	71	53	9	5	31	1.56
65280152--65280238	39	2.2	39	93	0	147	22	22	26	27	2.00
65280152--65280251	39	2.6	39	85	6	132	23	22	27	28	1.99
65286975--65287139	39	4.2	39	93	0	276	23	21	25	29	1.99
65287590--65287666	38	2.0	38	100	0	154	33	12	10	42	1.77
65290088--65290275	40	4.7	40	90	3	290	26	27	21	24	1.99
65300283--65300314	13	2.5	13	94	0	55	15	31	34	18	1.93
65303421--65303552	59	2.3	58	95	1	237	37	14	24	23	1.92
65303391--65303552	88	1.8	89	90	1	263	36	14	24	24	1.93
65303421--65303552	29	4.5	29	95	1	237	37	14	24	23	1.92
65315549--65315694	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
65315581--65315732	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
65318011--65318035	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65318128--65318191	29	2.2	29	91	0	101	26	32	15	25	1.95
65318136--65318198	29	2.2	29	97	0	117	25	26	17	30	1.97
65325186--65325258	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
65328306--65328408	29	3.6	29	77	2	82	26	34	16	22	1.95
65335235--65335307	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
65344923--65344965	23	1.9	23	85	4	61	41	4	11	41	1.62
65346127--65346250	39	3.2	39	85	0	167	26	28	20	24	1.99
65352248--65352456	53	3.9	53	82	5	222	20	24	16	38	1.93
65352435--65352556	47	2.6	47	93	0	199	26	23	13	36	1.91
65352571--65352692	45	2.6	47	81	10	151	20	23	19	36	1.95
65355652--65355744	38	2.4	38	85	0	114	21	23	26	27	1.99
65355727--65355859	43	3.1	43	86	8	175	11	27	30	30	1.91
65355778--65355872	43	2.2	43	88	0	136	13	24	32	29	1.93
65357389--65357492	48	2.2	48	82	6	122	29	22	30	17	1.96
65361051--65361146	38	2.5	38	81	0	102	21	20	27	30	1.98
65362568--65362698	40	3.3	40	79	2	147	24	28	22	25	1.99
65363558--65363603	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
65364420--65364519	43	2.3	43	96	0	182	11	25	33	31	1.90
65371534--65371719	55	3.5	53	84	5	230	21	24	18	36	1.95
65371534--65371727	54	3.6	54	84	4	248	21	24	17	36	1.94
65371706--65371827	47	2.6	47	93	0	208	27	22	13	36	1.91
65371801--65371918	47	2.5	48	80	4	132	22	21	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65374122--65374365	40	6.1	40	86	1	296	25	21	27	25	1.99
65374923--65374957	16	2.2	16	100	0	70	20	0	17	62	1.32
65382356--65382599	40	6.1	40	85	1	287	25	21	27	25	1.99
65386393--65386426	6	5.7	6	85	0	50	23	26	0	50	1.50
65386812--65386854	21	2.1	21	95	4	79	23	20	4	51	1.66
65396076--65396229	40	3.8	40	81	10	156	25	26	22	25	2.00
65398639--65398684	20	2.3	20	96	0	83	21	21	36	19	1.95
65399045--65399094	11	4.7	11	75	7	50	34	14	22	30	1.93
65399045--65399102	21	2.8	20	78	5	62	34	12	20	32	1.90
65411072--65411224	40	3.8	39	82	3	146	25	22	28	23	2.00
65411033--65411217	79	2.3	82	83	7	229	24	22	27	25	2.00
65411033--65411240	79	2.6	78	79	8	197	24	22	27	25	2.00
65420775--65420945	93	1.8	93	93	0	297	28	26	21	22	1.99
65420770--65420942	46	3.7	46	79	10	208	29	26	21	23	1.99
65428215--65428385	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
65428210--65428382	46	3.7	46	78	10	190	30	27	20	22	1.98
65438375--65438659	40	7.2	40	93	1	448	29	27	20	23	1.98
65442939--65442963	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
65448468--65448669	38	5.3	38	86	2	278	22	22	25	29	1.99
65448468--65448669	78	2.6	76	83	3	242	22	22	25	29	1.99
65448662--65448773	43	2.6	43	95	0	206	10	25	33	30	1.90
65449103--65449210	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65457461--65457537	39	2.0	39	97	0	145	32	7	19	40	1.80
65457877--65457990	9	13.1	8	72	13	75	57	0	1	39	1.15
65457876--65457912	8	4.3	9	86	13	60	54	0	0	45	1.00
65457937--65457990	28	1.9	28	88	0	81	64	0	1	33	1.04
65460832--65460897	3	22.3	3	93	3	116	68	0	30	1	0.99
65462980--65463111	40	3.3	40	87	5	180	25	29	21	23	1.99
65466488--65466520	12	2.8	12	95	0	57	15	39	21	24	1.91
65467206--65467334	46	2.7	47	82	7	156	20	29	21	28	1.98
65470404--65470473	36	1.9	36	100	0	140	31	28	18	21	1.97
65473216--65473390	46	3.8	46	78	10	203	28	28	21	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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