genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  116  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34661289--34661468	40	4.6	40	75	9	138	24	25	27	23	2.00
34661368--34661503	40	3.5	40	78	8	120	23	25	27	24	2.00
34669348--34669524	40	4.5	39	77	8	153	24	24	27	23	2.00
34669347--34669524	78	2.2	80	81	6	202	24	24	27	23	2.00
34672710--34672778	30	2.3	30	89	0	102	21	21	33	23	1.97
34683661--34683695	11	3.2	11	95	0	61	74	2	0	22	0.95
34687174--34687212	20	2.0	20	90	10	62	25	23	33	17	1.96
34698360--34698490	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
34698359--34698490	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
34704027--34704157	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
34704026--34704157	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
34706791--34706824	18	1.9	18	88	5	52	29	0	32	38	1.58
34708565--34708722	68	2.3	69	83	7	196	20	27	15	36	1.93
34714277--34714451	68	2.5	69	80	9	196	21	28	16	34	1.95
34722108--34722311	40	5.1	40	89	1	284	22	21	29	26	1.99
34722104--34722315	80	2.7	80	89	2	320	23	21	28	26	1.99
34730170--34730353	39	4.7	39	88	4	239	24	21	28	25	1.99
34730170--34730372	78	2.6	79	85	4	270	24	20	28	27	1.99
34733986--34734116	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
34733986--34734116	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
34738850--34738874	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
34747082--34747160	29	2.7	29	86	0	104	27	16	32	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34754928--34755006	29	2.7	29	86	0	104	27	16	32	22	1.96
34758856--34759006	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
34758893--34759022	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
34759463--34760036	286	2.0	285	98	1	1123	30	14	24	30	1.95
34764656--34764806	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
34764693--34764822	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
34768426--34768466	16	2.6	16	92	0	64	29	24	31	14	1.95
34768445--34768563	43	2.7	44	85	3	168	33	30	26	10	1.89
34769834--34769867	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
34775955--34776125	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
34775950--34776122	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
34793444--34793474	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
34793573--34793666	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
34793535--34793666	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
34804156--34804341	40	4.7	40	88	5	236	25	22	26	25	2.00
34804156--34804374	80	2.8	80	80	11	245	26	21	26	25	2.00
34811766--34811973	40	5.2	40	84	0	218	25	22	26	25	2.00
34811768--34811973	80	2.6	80	84	1	243	25	22	26	25	2.00
34815478--34815607	40	3.3	40	86	6	167	27	20	26	25	1.99
34815585--34815632	25	1.9	25	91	0	78	22	27	29	20	1.99
34819862--34819928	33	2.0	33	94	0	116	23	26	29	19	1.98
34822973--34823131	43	3.7	44	80	9	184	32	24	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34822999--34823123	44	2.9	42	82	9	155	31	27	18	23	1.97
34825561--34825730	46	3.7	46	79	4	207	30	29	19	20	1.97
34825569--34825739	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
34825612--34825755	46	3.1	45	73	21	120	28	28	20	22	1.98
34827264--34827366	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
34837107--34837153	22	2.1	23	84	4	60	38	19	0	42	1.51
34852841--34853343	254	2.0	254	84	1	650	19	27	25	28	1.99
34863523--34863609	45	1.9	45	95	0	156	24	12	26	36	1.91
34872263--34872349	44	2.0	44	93	0	147	32	24	6	36	1.82
34879563--34879827	27	9.9	27	75	9	188	39	18	10	31	1.85
34879566--34879829	54	4.9	53	77	8	214	39	18	10	31	1.85
34879813--34879906	27	3.5	27	84	8	129	31	18	23	26	1.97
34879585--34879830	134	1.8	135	83	0	305	38	19	10	31	1.85
34880461--34880529	32	2.2	32	81	0	75	31	20	17	30	1.95
34882659--34882760	44	2.4	44	84	11	131	30	25	18	25	1.98
34882605--34882768	43	3.8	43	77	4	134	31	25	17	25	1.97
34887209--34887377	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
34895132--34895300	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
34901651--34901802	39	3.9	38	82	6	155	23	25	21	29	1.99
34901622--34901804	79	2.3	80	80	9	198	24	26	21	27	1.99
34901653--34901802	40	3.8	38	83	5	158	24	25	22	28	1.99
34908150--34908318	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34914333--34914441	42	2.6	42	82	4	130	33	24	16	25	1.96
34914322--34914441	43	2.8	43	80	6	138	32	25	17	24	1.97
34923774--34923867	27	3.4	28	79	5	93	20	24	22	32	1.97
34923792--34923886	27	3.5	26	83	8	118	18	23	20	37	1.94
34927089--34927311	48	4.8	48	72	11	201	27	25	19	26	1.99
34932954--34933171	40	5.5	40	92	1	332	24	28	22	23	1.99
34947801--34947930	40	3.3	40	78	7	149	24	23	27	24	2.00
34951131--34951237	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
34954622--34954721	29	3.6	29	72	8	116	28	38	18	16	1.91
34954568--34954751	55	3.2	56	89	5	264	29	34	17	18	1.94
34954568--34954751	57	3.3	55	89	5	253	29	34	17	18	1.94
34956720--34956826	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
34966037--34966280	40	6.1	40	87	1	321	25	26	23	24	2.00
34970382--34970939	47	11.7	49	94	3	901	32	8	30	29	1.86
34977156--34977202	15	3.2	15	71	17	53	53	14	8	23	1.69
34977157--34977225	29	2.3	29	85	5	84	53	15	11	18	1.72
34977914--34977954	21	1.9	22	85	5	57	60	14	4	19	1.51
34980232--34980415	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
34980272--34980460	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
34988350--34988533	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
34988390--34988578	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
34991718--34991759	21	2.0	21	90	0	66	61	2	0	35	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34994576--34994646	25	2.9	24	81	10	81	57	2	1	38	1.22
35003515--35003632	44	2.8	41	83	8	148	22	16	27	33	1.95
35003515--35003659	42	3.4	43	80	8	154	22	16	27	33	1.95
35003515--35003676	43	3.8	42	79	8	148	22	16	27	33	1.95
35003517--35003679	85	1.9	85	81	8	197	23	15	27	33	1.95
35012017--35012059	23	1.9	22	85	4	59	18	6	25	48	1.73
35012601--35012642	21	1.9	23	85	9	61	33	4	14	47	1.65
35013544--35013627	40	2.1	41	90	2	134	33	7	13	46	1.70
35019009--35019152	24	6.0	24	86	8	186	27	20	21	30	1.98
35019211--35019287	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
35019207--35019289	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
35019207--35019278	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
35019326--35019373	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
35025968--35026143	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
35025965--35026136	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
35033545--35033720	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
35033542--35033713	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
35037491--35037632	24	6.0	24	92	4	227	28	21	20	28	1.98
35037491--35037632	47	3.0	48	91	6	227	28	21	20	28	1.98
35037690--35037766	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
35037678--35037768	20	4.6	20	95	0	164	32	20	10	35	1.88
35037683--35037757	11	7.4	11	71	17	72	32	20	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35037803--35037850	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
35045566--35045686	47	2.6	49	89	9	198	29	19	19	31	1.96
35045545--35045686	24	6.0	24	84	12	186	28	21	19	30	1.98
35045741--35045803	20	3.2	20	93	0	108	31	17	14	36	1.90
35047976--35048005	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
35055021--35055230	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
35063232--35063380	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
35063273--35063380	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
35071347--35071495	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
35071388--35071495	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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