genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.151.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  151  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45714234--45714500	92	2.9	92	78	8	292	24	27	18	29	1.98
45714188--45714502	46	6.7	46	73	17	208	24	27	18	29	1.98
45719320--45719356	13	2.8	13	87	0	56	67	2	0	29	1.04
45720751--45720973	54	4.2	54	78	5	220	20	23	17	39	1.93
45739775--45739945	39	4.3	40	91	3	233	24	21	29	25	1.99
45748979--45749180	40	5.1	40	89	3	275	26	26	22	24	2.00
45752728--45753089	50	7.2	50	78	5	363	26	17	25	30	1.98
45752806--45753046	101	2.4	100	80	2	259	26	18	25	29	1.98
45752728--45753090	151	2.4	150	88	2	523	26	18	25	30	1.98
45753656--45753990	180	1.9	178	86	2	483	37	10	19	33	1.86
45757998--45758127	40	3.2	40	80	2	154	24	27	23	23	2.00
45758014--45758163	80	1.9	80	84	2	203	21	27	25	26	1.99
45766010--45766177	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
45766026--45766175	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
45768807--45768981	46	3.8	44	76	13	165	22	20	27	29	1.98
45768804--45768974	93	1.8	93	88	0	261	22	21	27	29	1.99
45776378--45776542	46	3.6	46	75	15	169	23	18	27	30	1.98
45776371--45776541	93	1.8	93	89	2	272	22	19	27	29	1.98
45779500--45779532	12	2.8	12	95	0	57	12	33	15	39	1.84
45780959--45780984	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
45781252--45781606	27	13.2	27	84	3	383	40	7	21	29	1.82
45781595--45781725	27	4.9	27	77	6	115	30	9	22	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45783578--45783784	40	5.2	39	81	4	193	25	26	23	25	2.00
45783578--45783783	80	2.6	80	81	4	229	25	26	23	25	2.00
45797695--45797824	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
45799767--45799974	40	5.2	39	80	3	193	25	25	23	25	2.00
45799767--45799973	80	2.6	80	80	5	231	26	26	23	24	2.00
45803212--45803271	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
45803268--45803309	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
45803561--45803943	27	14.2	27	86	0	469	39	7	22	31	1.81
45803561--45803943	81	4.7	81	87	0	523	39	7	22	31	1.81
45803932--45804068	27	5.1	26	78	3	139	32	8	19	40	1.81
45803561--45803997	81	5.4	79	83	3	462	37	7	22	32	1.81
45803922--45804089	54	3.1	52	77	11	169	30	7	20	41	1.80
45803932--45804089	27	5.9	25	77	6	109	31	7	20	41	1.80
45804301--45804325	10	2.5	10	100	0	50	8	52	32	8	1.60
45807489--45807708	40	5.6	39	81	11	236	25	21	27	25	1.99
45811324--45811403	30	2.7	30	82	7	99	56	15	17	11	1.67
45811324--45811394	15	4.7	15	81	6	90	57	12	18	11	1.64
45811326--45811403	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
45814305--45814476	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
45814297--45814472	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
45816433--45816634	39	5.2	38	79	6	172	24	24	25	25	2.00
45816512--45816634	38	3.2	38	83	5	165	23	24	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45824465--45824622	40	4.0	40	78	4	151	27	23	25	23	2.00
45824465--45824652	80	2.3	80	78	12	206	27	23	26	23	2.00
45826089--45826248	39	4.1	39	92	0	266	20	21	31	26	1.98
45858954--45859055	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
45862777--45862816	10	4.2	9	84	9	53	67	0	5	27	1.11
45862847--45862875	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
45864482--45864546	33	2.0	33	93	0	112	27	23	20	29	1.98
45883765--45883859	43	2.2	43	83	7	113	35	22	15	26	1.94
45891897--45892004	29	4.0	26	69	16	76	23	17	26	32	1.97
45896055--45896170	29	4.1	29	80	7	123	28	17	18	35	1.94
45899440--45899554	42	2.7	42	79	0	140	32	24	12	31	1.92
45899403--45899574	84	2.0	84	80	4	186	29	25	15	29	1.96
45901436--45901497	28	2.3	27	91	2	97	62	4	17	14	1.48
45908522--45908546	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
45908612--45908667	27	2.1	26	90	9	87	33	8	17	39	1.81
45909895--45909925	12	2.6	12	100	0	62	19	0	6	74	1.03
45909895--45909936	12	3.7	11	87	6	50	16	2	7	73	1.15
45910597--45910642	21	2.1	22	84	11	60	26	26	17	30	1.97
45911210--45911265	27	2.1	26	90	9	87	39	17	8	33	1.81
45911223--45911280	27	2.1	27	84	6	73	41	18	10	29	1.84
45913449--45913554	30	3.5	30	72	7	90	38	23	17	19	1.93
45922083--45922299	40	5.5	40	88	3	280	25	28	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45924432--45924628	40	5.2	40	73	15	168	25	22	27	24	2.00
45924469--45924527	30	1.9	31	96	3	111	25	27	27	20	1.99
45932574--45932781	40	5.2	39	85	6	240	24	22	27	25	2.00
45936872--45937119	40	6.2	39	87	3	216	27	26	20	25	1.99
45936872--45937119	120	2.1	120	83	2	311	27	26	20	25	1.99
45936872--45937119	80	3.1	79	86	2	327	27	26	20	25	1.99
45942494--45942531	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
45944158--45944226	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
45953217--45953389	93	1.9	93	88	2	267	28	28	21	21	1.98
45953214--45953385	46	3.7	45	77	13	170	30	27	21	20	1.98
45954106--45954198	46	2.0	46	100	0	186	24	21	17	36	1.94
45955199--45955287	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
45955199--45955278	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
45955210--45955287	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
45964129--45964286	41	3.9	39	78	14	146	25	29	22	21	1.99
45964129--45964272	40	3.6	41	82	6	170	26	29	22	21	1.99
45967515--45967686	93	1.8	93	92	0	290	26	29	20	22	1.99
45967507--45967682	46	3.8	46	79	10	196	27	28	20	22	1.99
45970436--45970617	39	4.6	39	87	2	240	24	22	30	23	1.99
45977851--45978033	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
45986939--45987130	40	4.8	40	82	7	223	23	22	28	25	2.00
45987379--45987408	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45988244--45989012	384	2.0	385	95	0	1396	28	22	21	27	1.99
45990830--45990993	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
45990830--45991027	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
45997862--45998049	40	4.7	40	81	8	222	24	22	27	25	2.00
45998284--45998313	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
46006263--46006308	24	1.9	24	86	0	65	30	21	6	41	1.78
46027898--46028024	43	3.0	42	76	11	150	29	25	14	30	1.94
46033878--46033919	21	2.0	21	86	4	59	26	26	35	11	1.91
46035377--46035548	93	1.8	93	88	4	267	29	29	19	22	1.98
46035368--46035544	46	3.8	46	76	11	182	29	28	19	22	1.98
46037458--46037546	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
46037458--46037537	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
46037469--46037546	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
46040446--46040575	46	2.8	48	80	15	164	29	28	20	22	1.98
46042555--46042724	47	3.6	46	75	8	148	25	28	18	27	1.98
46051726--46051788	26	2.4	26	94	0	108	47	14	4	33	1.65
46068642--46068711	35	2.0	35	97	0	131	38	25	12	22	1.90
46072979--46073058	34	2.4	34	78	0	88	40	5	17	37	1.72
46075632--46075756	40	3.1	39	78	6	128	28	23	24	23	1.99
46078999--46079172	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
46079007--46079177	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
46081556--46081644	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46081556--46081635	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
46081567--46081644	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
46084547--46084720	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
46084555--46084725	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
46084552--46084739	46	4.1	45	75	12	168	29	28	21	20	1.98
46090118--46090191	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
46090059--46090191	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
46097932--46098063	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
46100382--46100421	19	2.2	18	90	4	62	45	12	2	40	1.56
46114296--46114340	13	3.3	14	81	12	58	68	0	24	6	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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