Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  146  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
44291936--44292048
42
2.7
43
79
5
122
30
19
21
28
1.97
44301693--44301911
78
2.8
78
88
5
300
22
22
29
25
1.99
44301693--44301911
40
5.6
41
86
7
303
22
22
29
25
1.99
44310172--44310390
78
2.8
78
88
5
300
22
22
29
25
1.99
44310172--44310390
40
5.6
41
86
7
303
22
22
29
25
1.99
44318642--44318862
40
5.6
40
85
6
272
21
23
28
26
1.99
44318646--44318862
80
2.7
79
86
4
303
21
23
29
25
1.99
44330988--44331098
27
4.1
26
79
7
114
38
21
22
17
1.93
44330989--44331095
54
2.0
54
85
3
144
39
19
23
17
1.92
44332496--44332554
25
2.4
24
86
5
82
22
38
5
33
1.76
44332498--44332561
25
2.6
25
82
2
67
20
42
4
32
1.73
44338849--44338956
27
4.0
26
81
8
117
38
20
23
17
1.93
44340358--44340409
25
2.1
24
92
3
86
23
38
3
34
1.73
44344411--44344439
7
4.1
7
100
0
58
13
0
27
58
1.36
44345309--44345381
29
2.5
29
100
0
146
28
15
28
27
1.96
44345472--44345500
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
44352368--44352396
7
4.1
7
100
0
58
13
0
27
58
1.36
44353267--44353339
29
2.5
29
100
0
146
28
15
28
27
1.96
44353430--44353458
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
44357444--44357741
40
7.5
40
92
1
449
22
22
28
26
1.99
44359086--44359209
49
2.6
47
79
3
122
25
29
16
29
1.96
44362383--44362516
51
2.7
51
89
2
191
25
19
26
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
44368385--44368419
17
2.1
17
100
0
70
34
8
17
40
1.80
44372255--44372451
98
2.0
99
98
1
387
43
17
9
29
1.80
44374027--44374110
43
2.0
43
81
9
100
29
26
16
27
1.97
44376847--44376897
25
2.0
25
92
0
84
29
1
17
50
1.57
44376847--44376897
12
4.1
13
82
7
70
29
1
17
50
1.57
44376863--44376928
9
7.8
9
69
19
52
27
0
18
54
1.44
44376864--44376996
30
4.5
30
77
15
125
27
3
15
54
1.55
44376887--44377012
30
4.3
29
80
13
125
26
3
13
56
1.55
44378384--44378524
39
3.6
39
86
1
194
43
19
4
32
1.70
44379644--44379734
45
2.0
45
100
0
182
30
13
21
34
1.92
44383954--44384138
79
2.3
81
85
7
245
24
22
27
26
2.00
44383955--44384138
40
4.6
39
84
9
221
24
22
27
26
2.00
44383955--44384171
79
2.7
78
80
12
237
25
21
26
25
2.00
44397201--44397410
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
44404341--44404382
21
2.0
21
90
0
66
45
0
14
40
1.45
44413069--44413265
30
6.7
30
76
8
154
41
11
25
21
1.87
44413077--44413265
29
6.4
29
74
8
116
40
11
26
21
1.87
44413043--44413211
88
1.9
89
82
3
216
39
11
26
22
1.88
44413048--44413337
118
2.5
119
83
2
352
37
13
27
21
1.91
44413043--44413278
89
2.7
88
80
4
253
39
12
25
22
1.89
44413254--44413323
30
2.3
30
82
0
95
32
12
31
22
1.92
44414939--44414999
21
3.0
20
79
13
61
45
1
3
49
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
44419549--44419617
29
2.3
30
85
9
88
43
0
4
52
1.21
44428462--44428628
47
3.6
44
76
13
151
25
30
16
28
1.96
44428410--44428674
94
2.8
92
74
13
256
24
30
17
27
1.97
44428870--44428987
47
2.5
46
82
6
130
22
30
18
28
1.97
44428560--44429169
310
2.0
310
96
0
1130
30
23
14
31
1.94
44431190--44431264
28
2.7
28
83
4
89
25
34
14
25
1.94
44431249--44431344
28
3.4
28
75
13
106
29
26
14
30
1.95
44431223--44431344
57
2.2
56
89
1
181
27
27
15
29
1.96
44435257--44435432
88
2.0
88
98
0
343
47
7
19
25
1.75
44439823--44439876
25
2.1
26
82
3
65
61
3
1
33
1.25
44439804--44439897
34
2.7
35
73
6
93
63
4
1
30
1.20
44440210--44440257
18
2.5
20
80
13
55
27
0
12
60
1.32
44440403--44440440
19
1.9
19
89
5
58
42
0
2
55
1.14
44441956--44442014
29
2.0
29
83
6
75
40
18
1
38
1.61
44453360--44453540
40
4.5
40
85
1
211
23
28
22
26
1.99
44453340--44453540
80
2.5
80
82
3
242
25
27
20
25
1.99
44460387--44460420
18
1.9
17
88
5
50
44
2
0
52
1.16
44462690--44462729
21
1.9
21
100
0
80
15
5
20
60
1.53
44466043--44466078
11
3.3
11
92
0
63
30
19
0
50
1.48
44468042--44468066
11
2.3
11
100
0
50
28
20
0
52
1.47
44469261--44469309
24
2.0
24
100
0
98
36
24
0
38
1.56
44471934--44472049
43
2.7
43
78
6
137
22
18
27
31
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
44471948--44472029
42
1.9
42
85
2
110
24
15
26
32
1.95
44473029--44473148
55
2.2
55
79
5
136
21
25
30
23
1.99
44478428--44478675
40
6.2
40
90
1
365
22
20
29
27
1.98
44482382--44482505
39
3.2
39
91
1
194
23
19
31
25
1.98
44482390--44482535
79
1.8
79
82
2
186
23
21
30
24
1.99
44489643--44489890
40
6.2
40
88
1
347
23
20
27
27
1.99
44498940--44499029
41
2.2
41
80
4
101
38
24
23
13
1.90
44500748--44500900
68
2.3
68
86
2
202
32
4
17
45
1.69
44500816--44500892
36
2.1
36
85
4
100
36
2
12
48
1.56
44500776--44500920
68
2.1
69
82
6
179
35
4
14
45
1.64
44503467--44503747
48
5.9
48
79
5
291
23
29
20
26
1.99
44503467--44503748
95
2.9
96
84
4
363
23
29
20
26
1.99
44508839--44508988
41
3.7
41
81
3
178
22
21
26
30
1.99
44514508--44514735
48
4.8
47
85
8
291
20
29
20
28
1.98
44514509--44514735
96
2.4
96
89
3
341
20
29
20
28
1.98
44519692--44519950
42
6.3
42
93
5
426
23
20
32
23
1.98
44519696--44519950
83
3.1
83
92
5
423
23
20
32
23
1.98
44520025--44520105
31
2.5
31
80
4
81
61
18
3
16
1.48
44520351--44520396
21
2.2
21
84
0
56
2
50
19
28
1.60
44525966--44526078
60
1.9
60
81
7
140
39
0
13
46
1.49
44526072--44526131
17
3.4
17
79
6
75
40
1
8
50
1.43
44526039--44526258
18
12.3
18
73
12
105
40
0
11
47
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
44526148--44526249
9
11.4
9
84
2
125
36
0
13
49
1.49
44526096--44526259
27
5.9
27
77
10
141
39
1
12
46
1.50
44526594--44526664
24
3.0
24
85
8
108
45
7
19
28
1.76
44526694--44528348
372
4.5
372
98
0
3210
39
10
14
36
1.80
44526694--44528348
743
2.2
743
98
0
3233
39
10
14
36
1.80
44532311--44532363
28
1.9
27
81
11
63
33
5
3
56
1.41
44532527--44532579
2
26.5
2
84
7
72
47
5
0
47
1.26
44532648--44532695
21
2.2
23
81
11
64
22
0
20
56
1.43
44532656--44532697
21
2.0
22
90
4
68
21
0
23
54
1.44
44532639--44532753
29
3.9
29
65
17
76
22
3
24
49
1.65
44533308--44533333
12
2.2
12
100
0
52
46
30
15
7
1.74
44537438--44537477
20
2.0
20
100
0
80
35
10
30
25
1.88
44540437--44540483
25
2.0
25
84
16
64
59
2
27
10
1.42
44542927--44542957
15
2.1
15
100
0
62
32
9
12
45
1.75
44545813--44545939
47
2.7
46
83
7
139
30
27
16
25
1.97
44549488--44549658
43
4.0
43
71
8
150
25
16
25
32
1.97
44554212--44554396
79
2.3
82
85
7
247
26
27
22
24
2.00
44554193--44554396
40
5.1
40
83
8
247
25
26
22
25
2.00
44562278--44562459
78
2.3
81
84
6
239
25
26
22
24
2.00
44562257--44562459
40
5.1
40
81
9
238
25
27
22
25
2.00
44565786--44565965
40
4.5
40
88
11
271
26
22
30
21
1.98
44565804--44565962
86
1.9
81
93
6
273
25
21
32
21
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
44573947--44574132
40
4.7
40
100
0
372
25
23
29
21
1.99
44579929--44579966
20
1.9
20
94
0
67
31
34
5
28
1.80
44580045--44580161
43
2.8
41
73
7
110
31
25
14
28
1.95
44586014--44586137
66
1.9
65
83
6
160
27
26
22
23
2.00
44589167--44589197
9
3.3
9
95
4
53
41
0
0
58
0.98
44591395--44591584
24
8.1
23
89
4
274
27
21
22
28
1.99
44591395--44591586
70
2.7
70
91
4
314
27
20
22
28
1.99
44591643--44591699
9
5.9
9
73
15
51
35
21
8
35
1.84
44591631--44591701
20
3.5
20
94
0
124
32
21
11
35
1.89
44591636--44591690
11
5.4
11
70
16
55
30
20
12
36
1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410