genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21699788--21699817	13	2.2	14	94	5	53	43	0	0	56	0.99
21699818--21699900	32	2.7	32	85	7	100	43	2	1	53	1.21
21708792--21708930	40	3.5	39	81	8	156	23	30	23	23	1.99
21712681--21712800	46	2.6	43	82	12	134	29	18	29	23	1.98
21712829--21712864	11	3.3	11	100	0	72	19	27	27	25	1.99
21719836--21720060	62	3.6	62	80	5	238	24	24	27	23	2.00
21725639--21725688	25	2.0	25	100	0	100	40	28	12	20	1.87
21728416--21728521	55	1.9	55	82	0	131	23	30	21	24	1.99
21728437--21728540	55	1.9	55	82	4	129	24	30	21	24	1.99
21738626--21738793	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
21742129--21742184	28	2.0	28	96	3	105	35	32	3	28	1.74
21744907--21744958	24	2.2	24	83	13	63	17	25	23	34	1.96
21745002--21745068	23	2.7	25	75	6	66	19	19	19	41	1.90
21747236--21747412	85	2.1	85	93	0	300	37	19	14	27	1.91
21757948--21758077	26	5.1	26	85	1	176	29	22	21	26	1.99
21757948--21758077	52	2.6	51	92	6	212	29	22	21	26	1.99
21758127--21758183	20	2.8	20	86	0	78	33	17	12	36	1.87
21758229--21758278	25	2.0	25	88	0	73	28	20	20	32	1.97
21762038--21762219	26	7.1	26	93	1	289	29	21	20	28	1.98
21762269--21762325	20	2.8	20	89	0	87	31	17	14	36	1.89
21762271--21762335	20	3.2	20	82	4	69	32	18	13	35	1.90
21764183--21764222	15	2.7	15	96	0	71	22	2	47	27	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21765681--21765759	39	2.0	40	87	2	115	43	21	2	32	1.66
21767255--21767658	199	2.0	201	98	0	785	37	24	12	26	1.90
21777013--21777272	40	6.6	40	93	1	427	22	20	30	26	1.98
21784721--21785044	40	8.1	40	93	1	526	22	20	30	27	1.98
21784721--21785044	159	2.0	159	90	1	524	22	20	30	27	1.98
21787885--21788096	40	5.3	39	85	5	264	24	18	28	27	1.98
21787885--21788096	80	2.7	79	90	0	325	24	18	28	27	1.98
21790468--21790517	21	2.5	20	83	6	73	38	16	14	32	1.88
21799792--21799999	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
21799793--21799999	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
21807800--21808007	40	5.2	40	85	0	227	25	22	25	25	2.00
21818616--21818718	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
21821398--21821527	40	3.2	40	79	9	149	24	26	24	23	2.00
21821414--21821564	40	3.8	40	79	6	137	22	26	24	26	2.00
21828798--21828927	40	3.2	40	79	9	149	26	26	23	23	2.00
21828814--21828961	40	3.7	40	79	5	147	22	27	23	25	2.00
21837235--21837267	14	2.3	15	89	5	50	63	3	27	6	1.32
21839253--21839291	20	2.0	20	100	0	78	51	23	5	20	1.67
21842568--21842610	18	2.4	18	88	7	61	23	34	11	30	1.90
21850474--21850725	45	5.6	45	88	0	380	23	21	28	27	1.99
21852499--21852637	40	3.5	39	77	12	122	46	7	25	20	1.76
21852607--21852676	24	2.9	24	84	0	86	51	11	24	12	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21862298--21862332	15	2.3	15	95	0	61	20	25	37	17	1.94
21863935--21863988	18	2.9	17	73	21	54	59	1	7	31	1.36
21867604--21867806	79	2.6	79	88	2	300	27	28	20	23	1.99
21867597--21867802	39	5.2	40	85	4	267	27	28	20	23	1.99
21875572--21875758	40	4.7	40	79	6	175	25	28	20	25	1.99
21875552--21875762	80	2.6	81	82	5	268	26	27	20	25	1.99
21875608--21875757	40	3.8	39	81	9	178	26	29	19	24	1.98
21877858--21877941	29	3.0	28	82	6	98	20	23	20	35	1.96
21877855--21877944	28	3.2	28	84	6	110	18	23	22	35	1.96
21885599--21885689	28	3.2	28	80	11	96	19	24	21	34	1.97
21886687--21886760	29	2.6	29	84	2	96	24	29	17	28	1.97
21886945--21886981	19	1.9	19	100	0	74	16	32	21	29	1.95
21888246--21888277	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
21893788--21893826	19	2.1	19	90	0	60	23	17	38	20	1.93
21895119--21895236	42	2.8	40	73	6	101	31	16	22	29	1.96
21896816--21896885	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
21904740--21904809	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
21910545--21910704	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
21918505--21918664	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
21919951--21919995	24	1.9	23	86	4	63	6	17	0	75	1.01
21930705--21930805	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
21933756--21933805	22	2.3	22	79	3	57	44	22	2	32	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21935164--21935188	12	2.1	12	100	0	50	40	20	16	24	1.91
21937833--21937999	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
21937833--21937999	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
21938825--21938870	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
21945840--21946006	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
21945840--21946006	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
21946833--21946878	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
21947323--21947606	142	2.0	141	99	0	559	25	20	16	37	1.93
21948905--21949079	47	3.7	47	75	11	160	24	30	19	26	1.98
21948811--21949124	94	3.4	93	78	5	321	24	29	19	26	1.98
21948905--21949112	47	4.4	46	74	16	142	23	31	19	25	1.98
21955120--21955238	55	2.2	55	84	6	161	26	29	21	21	1.99
21956085--21956347	47	5.7	44	79	10	249	23	29	19	26	1.98
21956034--21956348	93	3.4	93	78	7	325	23	28	20	27	1.99
21963133--21963447	157	2.0	157	99	0	621	23	9	21	44	1.81
21964488--21964546	32	1.9	32	86	6	86	45	3	10	40	1.54
21977466--21977523	29	2.0	29	96	0	107	43	3	22	31	1.70
21983152--21983306	40	3.9	40	87	0	222	29	29	18	22	1.98
21984111--21984159	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
21984978--21985144	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
21991919--21991967	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
21992781--21992946	40	4.2	40	78	7	160	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22002354--22002600	40	6.2	40	90	2	365	26	29	21	23	1.99
22002354--22002600	79	3.1	79	90	2	363	26	29	21	23	1.99
22011371--22012144	110	7.1	110	84	3	1010	32	21	12	33	1.91
22016451--22016663	39	5.4	39	94	2	356	23	23	27	25	2.00
22016451--22016663	79	2.7	79	94	2	367	23	23	27	25	2.00
22024485--22024662	40	4.5	40	93	3	281	23	23	28	24	2.00
22027886--22028083	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
22027952--22028069	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
22027920--22028083	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
22035456--22035653	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
22035522--22035639	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
22035490--22035653	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
22041402--22041481	39	2.1	39	90	0	124	47	10	13	28	1.75
22052242--22052391	6	24.3	6	71	15	101	49	14	18	18	1.80
22052262--22052328	25	2.7	25	88	0	107	49	11	20	17	1.79
22052287--22052379	37	2.5	37	87	1	132	47	15	20	17	1.83
22052251--22052390	62	2.3	62	89	0	208	50	13	19	17	1.79
22052313--22052391	25	3.2	25	83	1	106	49	15	18	16	1.80
22052293--22052360	19	3.6	19	78	11	86	47	14	20	17	1.83
22052287--22052391	31	3.4	31	76	10	106	47	15	20	17	1.82
22052566--22052591	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22052624--22052675	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22052920--22053085	27	6.1	27	82	2	190	24	19	19	36	1.95
22052919--22053089	81	2.1	81	91	2	272	23	19	19	37	1.94
22052920--22053085	54	3.1	54	84	0	215	24	19	19	36	1.95
22053108--22053367	27	9.6	27	78	6	132	31	8	21	38	1.84
22053146--22053366	81	2.7	81	81	1	255	30	9	21	38	1.84
22053146--22053374	54	4.2	54	81	0	233	31	9	21	38	1.85
22053216--22053367	27	5.6	27	88	0	223	30	8	21	39	1.83
22055319--22055498	6	29.3	6	67	16	75	50	12	18	18	1.78
22055328--22055411	36	2.3	37	85	6	109	54	9	16	19	1.69
22055379--22055498	25	4.6	25	76	12	107	48	13	19	19	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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