genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  241  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74540304--74540353	22	2.3	22	96	3	93	28	12	18	42	1.85
74541607--74541634	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
74547212--74547242	6	5.2	6	96	0	53	51	16	12	19	1.76
74554886--74554932	18	2.6	19	83	12	64	19	4	0	76	0.95
74554886--74554929	17	2.6	16	82	13	52	18	4	0	77	0.94
74559458--74559678	40	5.6	40	91	2	340	27	26	23	22	1.99
74567410--74567538	40	3.3	39	84	4	170	23	28	25	22	1.99
74567724--74567757	16	2.1	16	88	0	50	38	23	0	38	1.55
74572546--74572602	28	2.0	29	82	3	71	40	3	24	31	1.72
74572547--74572611	28	2.3	28	81	2	67	41	3	24	30	1.70
74575527--74575558	13	2.3	15	89	10	50	37	9	34	18	1.83
74580071--74580127	28	2.0	29	82	3	71	45	3	19	31	1.67
74582281--74582309	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
74587702--74587753	18	2.9	18	85	0	77	25	7	32	34	1.84
74587721--74587780	27	2.2	27	84	0	84	28	11	30	30	1.92
74599996--74600038	18	2.4	18	80	7	52	27	39	0	32	1.57
74606103--74606311	46	4.5	46	77	8	167	24	29	16	29	1.97
74606052--74606319	94	2.9	91	76	11	258	25	30	16	27	1.97
74606053--74606311	140	1.8	140	82	8	330	24	29	16	28	1.97
74607930--74607978	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
74608801--74608967	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
74615932--74615980	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74616802--74616968	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
74619272--74619372	29	3.6	29	74	10	84	21	15	33	28	1.95
74623336--74623502	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
74623352--74623502	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
74630371--74630542	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
74630363--74630538	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
74633720--74633882	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
74633720--74633916	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
74641251--74641413	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
74641251--74641447	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
74643840--74643947	26	4.2	26	82	0	108	38	23	15	22	1.92
74644478--74644524	22	2.1	22	100	0	94	29	23	0	46	1.52
74650874--74650931	27	2.1	27	87	0	80	27	22	27	22	1.99
74658656--74659060	203	2.0	202	84	4	521	30	5	7	56	1.50
74663290--74663336	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
74665223--74665367	48	3.0	48	94	0	263	35	20	22	20	1.96
74673559--74673729	46	3.7	46	76	13	188	23	19	26	29	1.98
74673555--74673724	93	1.8	92	92	1	286	22	20	27	29	1.98
74679400--74679572	46	3.7	46	77	13	201	23	20	26	29	1.99
74679397--74679567	93	1.8	93	94	0	306	22	21	27	28	1.99
74681007--74681093	44	2.0	44	84	8	115	31	13	28	26	1.94
74681073--74681120	24	2.0	24	100	0	96	41	12	29	16	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74680896--74681258	201	1.8	201	86	3	525	31	16	25	25	1.97
74681119--74681361	132	1.8	132	82	3	310	29	19	23	27	1.98
74681372--74681453	42	2.0	42	95	0	146	32	19	18	29	1.95
74681523--74681574	26	2.0	27	88	3	79	80	3	1	13	0.93
74682725--74683126	202	2.0	200	83	4	506	29	5	7	57	1.49
74688687--74688750	26	2.4	27	81	2	76	32	25	14	28	1.94
74689124--74689229	28	3.7	28	68	19	74	27	17	27	27	1.98
74691797--74692037	41	5.9	41	82	0	241	34	19	18	26	1.95
74692552--74692581	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
74693049--74693150	40	2.5	40	91	0	159	34	17	19	28	1.95
74693206--74693283	40	2.0	40	84	0	102	33	20	24	21	1.97
74693206--74693555	165	2.1	165	84	3	436	35	17	22	24	1.95
74693357--74693448	40	2.3	39	79	5	103	35	18	21	23	1.95
74697550--74697588	19	2.1	18	85	9	51	58	7	0	33	1.26
74697663--74697767	49	2.1	49	92	0	174	38	9	6	45	1.63
74697751--74697971	9	24.6	9	79	6	225	45	22	0	32	1.53
74703054--74703082	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
74703867--74703953	43	2.0	43	88	2	131	24	19	24	32	1.98
74710154--74710195	21	2.0	21	85	0	57	47	7	26	19	1.74
74715584--74715767	95	1.9	95	83	2	235	25	17	19	38	1.93
74721989--74722066	38	2.1	38	97	0	147	34	14	15	35	1.87
74724182--74724249	34	2.0	34	85	5	93	20	26	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74725286--74725350	28	2.3	28	91	0	103	18	21	43	16	1.88
74727065--74727134	32	2.3	29	75	20	70	30	5	2	61	1.34
74728197--74728443	41	6.0	41	87	5	277	33	21	23	21	1.97
74728199--74728442	123	2.0	122	84	4	321	32	20	24	22	1.98
74728197--74728443	82	3.0	82	85	2	311	33	21	23	21	1.97
74728688--74728738	15	3.5	15	75	2	50	23	1	27	47	1.63
74734582--74734719	43	3.2	43	93	5	226	26	21	27	23	1.99
74735328--74735382	24	2.3	24	81	6	58	45	5	7	41	1.55
74735457--74735517	13	4.8	13	74	10	54	60	0	4	34	1.18
74736972--74737210	98	2.4	98	94	0	406	34	27	18	19	1.96
74737261--74737342	27	3.1	26	85	5	101	39	19	20	20	1.93
74737520--74737663	27	5.3	27	88	0	198	24	23	18	33	1.97
74738977--74739074	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
74740532--74740719	80	2.3	81	86	4	256	28	18	15	38	1.91
74740537--74740719	27	6.8	27	83	7	221	27	18	15	38	1.91
74740703--74740882	27	6.7	26	80	12	197	33	8	17	40	1.81
74740532--74740857	54	6.1	52	75	10	189	30	15	15	38	1.89
74740703--74740882	53	3.4	50	84	11	209	33	8	17	40	1.81
74742540--74742595	24	2.4	24	72	3	60	28	5	30	35	1.80
74742926--74743073	44	3.4	44	90	0	242	26	26	15	31	1.96
74742960--74743499	220	2.4	220	84	4	680	27	22	17	32	1.96
74750951--74751008	30	1.9	31	89	3	91	41	8	24	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74755395--74755558	40	4.1	40	79	6	170	25	21	28	25	1.99
74761415--74761447	10	3.3	10	100	0	66	51	0	9	39	1.34
74763841--74763905	11	5.2	12	70	15	51	3	23	0	73	0.97
74766779--74766853	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
74774627--74774700	28	2.6	29	80	2	87	21	36	20	21	1.95
74779085--74779195	42	2.5	42	76	11	107	36	27	12	23	1.91
74796268--74796317	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
74796353--74796468	27	4.3	26	82	4	97	20	18	18	42	1.90
74796353--74796468	54	2.1	54	83	0	142	20	18	18	42	1.90
74796562--74796625	30	2.1	30	94	0	110	23	31	31	14	1.94
74801565--74801623	18	3.3	18	76	9	66	38	15	20	25	1.91
74801882--74801926	23	2.0	22	87	12	65	44	15	13	26	1.83
74801982--74802109	27	4.7	27	86	3	168	22	19	19	38	1.94
74804572--74804614	22	1.9	23	90	4	70	23	53	2	20	1.57
74804808--74804874	23	2.8	25	76	17	63	44	19	11	23	1.84
74804920--74805060	27	5.2	26	86	0	138	20	17	19	41	1.90
74804920--74805060	54	2.6	54	79	2	167	20	17	19	41	1.90
74805055--74805479	27	15.7	27	90	1	438	38	15	14	31	1.87
74804921--74805075	81	1.9	81	79	7	172	22	17	20	39	1.92
74805055--74805478	54	7.9	54	89	1	517	38	15	14	31	1.87
74805055--74805478	81	5.2	81	89	1	625	38	15	14	31	1.87
74805583--74805616	17	1.9	18	94	5	61	17	41	26	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74805582--74805623	18	2.3	18	84	8	59	23	40	23	11	1.88
74809151--74809275	27	4.6	27	78	10	130	20	17	21	40	1.92
74809269--74809419	27	5.8	27	80	7	177	39	14	12	33	1.84
74809270--74809419	54	2.9	53	87	4	209	38	14	12	34	1.84
74810832--74810883	12	4.3	12	77	0	50	21	50	0	28	1.49
74816671--74816838	46	3.6	46	77	10	180	22	27	21	27	1.99
74822586--74822892	48	6.3	48	96	0	515	36	6	26	30	1.81
74827990--74828287	47	6.4	45	71	13	185	23	28	20	27	1.99
74829747--74829865	42	2.8	42	79	8	143	31	15	24	28	1.95
74832153--74832183	16	1.9	16	93	0	53	19	19	16	45	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410