genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24667021--24667128	25	4.2	25	95	3	180	34	4	25	36	1.77
24668717--24668838	27	4.5	27	88	1	172	18	23	23	34	1.96
24668717--24668856	54	2.6	55	87	4	187	17	22	22	36	1.95
24668715--24668856	27	5.3	26	85	9	160	17	22	23	36	1.95
24670000--24670075	40	1.9	40	89	2	118	31	3	1	63	1.21
24669998--24670086	39	2.3	38	82	5	115	28	6	1	64	1.26
24674751--24674914	71	2.3	71	98	0	319	18	27	17	35	1.94
24674751--24674948	71	2.8	70	91	3	258	20	27	17	34	1.95
24681864--24682027	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
24681864--24682061	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
24689159--24689193	14	2.5	14	90	0	52	60	0	5	34	1.21
24691778--24692051	104	2.6	103	81	3	309	27	21	27	24	1.99
24693319--24693376	10	5.7	11	82	10	63	65	3	10	20	1.38
24693319--24693376	20	2.9	19	85	10	73	65	3	10	20	1.38
24693318--24693375	30	1.9	30	86	6	82	65	3	10	20	1.38
24694004--24694030	11	2.5	11	100	0	54	0	7	0	92	0.38
24694029--24694066	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
24694053--24694251	99	2.0	101	87	2	285	32	25	14	27	1.95
24695387--24695417	15	2.1	14	94	5	53	77	0	0	22	0.77
24699100--24699148	20	2.4	21	83	10	66	69	2	8	20	1.24
24699100--24699148	10	4.9	10	79	18	57	69	2	8	20	1.24
24702038--24702087	21	2.4	21	90	6	75	24	18	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24708119--24708186	22	3.2	21	78	10	68	30	1	4	63	1.23
24708977--24709004	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24710881--24710939	27	2.1	28	93	3	102	22	37	18	22	1.94
24710881--24710950	27	2.6	27	88	6	88	22	37	18	21	1.94
24713381--24713517	39	3.5	39	89	2	213	20	21	27	30	1.98
24713498--24713537	20	2.0	20	90	9	64	22	27	20	30	1.98
24713459--24713576	59	2.0	59	93	3	202	20	23	26	29	1.99
24713518--24713657	39	3.5	40	93	2	214	19	23	27	29	1.98
24713420--24713616	98	2.0	99	93	3	335	19	22	27	29	1.98
24713381--24713642	137	1.9	137	91	1	427	19	22	27	30	1.98
24736980--24737051	35	2.1	34	97	2	135	36	5	18	40	1.74
24738445--24738875	43	10.2	43	91	2	676	11	23	33	32	1.90
24738448--24738875	127	3.4	128	91	2	677	11	23	33	32	1.90
24739032--24739190	29	5.5	28	71	10	124	22	20	28	28	1.98
24739061--24739215	29	5.4	28	70	9	89	21	18	31	27	1.97
24739029--24739197	58	2.9	58	95	0	295	22	19	29	28	1.98
24743139--24743211	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
24746227--24746287	23	2.7	23	82	5	79	24	16	19	39	1.92
24746407--24746476	29	2.4	29	90	0	104	22	27	20	30	1.98
24746430--24746499	29	2.4	29	83	4	79	22	30	22	24	1.99
24747776--24747822	21	2.2	21	84	0	58	23	12	25	38	1.90
24755848--24756065	47	4.7	46	80	9	196	22	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24755991--24756113	47	2.6	44	79	16	124	25	29	18	26	1.98
24755991--24756125	46	2.9	43	74	18	119	26	28	18	25	1.98
24756805--24756829	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
24760746--24760885	37	3.8	37	93	0	235	25	31	18	24	1.98
24761026--24761472	48	9.3	48	96	0	731	30	27	7	34	1.85
24763937--24764169	40	5.8	40	90	0	349	27	30	20	21	1.98
24765432--24765571	37	3.8	37	90	0	217	25	30	17	25	1.97
24765708--24765970	48	5.5	48	97	0	481	29	28	7	34	1.84
24765945--24765997	26	2.0	26	100	0	106	37	22	0	39	1.54
24765849--24766093	122	2.0	122	97	0	463	31	26	5	35	1.80
24765967--24766184	48	4.5	48	97	0	418	32	27	5	34	1.81
24765801--24766141	170	2.0	170	95	0	619	31	26	6	35	1.82
24765749--24766184	218	2.0	218	95	0	791	30	27	6	35	1.83
24770871--24771090	46	4.7	46	77	11	198	23	30	20	26	1.98
24770877--24771092	94	2.3	92	83	7	249	23	30	19	26	1.98
24772565--24772662	44	2.2	45	85	3	126	48	12	20	18	1.79
24777017--24777051	5	6.8	5	93	6	61	77	2	0	20	0.90
24787141--24787236	29	3.4	29	91	5	144	29	10	27	33	1.90
24794655--24794753	28	3.5	29	93	5	159	27	12	28	32	1.92
24801028--24801237	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24807343--24807509	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
24807359--24807507	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24812573--24812676	27	3.9	26	87	6	136	36	21	23	19	1.95
24813241--24813705	27	17.2	27	82	1	502	27	17	17	37	1.92
24813241--24813698	54	8.5	54	86	0	585	27	17	17	37	1.92
24814904--24814929	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
24821195--24821253	29	2.0	29	83	0	73	33	25	18	22	1.96
24821847--24821974	51	2.5	53	80	5	152	25	21	16	35	1.94
24826303--24826415	27	4.2	26	76	7	102	40	17	8	32	1.81
24826296--24826472	54	3.3	53	78	5	187	39	19	9	31	1.83
24826324--24826469	27	5.4	27	77	6	100	39	18	9	32	1.83
24826449--24826684	27	8.8	27	87	0	296	29	22	8	39	1.83
24826422--24826673	81	3.1	80	77	5	256	30	23	8	38	1.84
24826676--24826924	80	3.1	79	86	3	329	34	18	20	26	1.96
24826676--24826924	53	4.7	53	85	6	308	34	18	20	26	1.96
24826676--24826925	27	9.4	27	85	3	310	34	18	20	26	1.96
24827169--24827219	27	1.9	26	88	4	75	19	25	17	37	1.94
24827152--24827303	67	2.3	67	95	0	268	19	27	21	31	1.97
24827236--24827287	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
24827406--24827588	6	29.8	6	73	16	144	18	18	14	48	1.82
24827409--24827473	25	2.6	25	87	0	94	18	20	15	46	1.84
24827428--24827510	37	2.2	37	84	0	112	19	18	15	46	1.83
24827407--24827597	62	3.1	62	88	3	271	18	17	15	48	1.82
24827471--24827535	25	2.6	25	90	0	94	16	18	16	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24827496--24827583	37	2.4	36	86	1	122	17	19	15	47	1.82
24829986--24830021	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
24830401--24830548	67	2.2	67	83	8	176	33	17	27	21	1.96
24833424--24833579	44	3.5	44	86	4	199	23	21	30	24	1.99
24842613--24842820	40	5.2	39	85	1	227	25	25	22	26	2.00
24842613--24842820	80	2.6	80	84	1	256	25	25	22	26	2.00
24850725--24850932	40	5.2	39	85	1	227	25	25	22	26	2.00
24850725--24850932	80	2.6	80	84	1	256	25	25	22	26	2.00
24854261--24854690	213	2.0	213	100	0	860	28	13	22	36	1.92
24859251--24859303	27	2.0	27	96	0	97	24	26	9	39	1.86
24859282--24859604	131	2.5	130	83	4	375	28	16	14	41	1.87
24865164--24865287	40	3.1	40	80	4	126	25	24	28	21	1.99
24873201--24873330	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
24882209--24882339	55	2.4	54	81	9	142	29	29	23	16	1.97
24882836--24882882	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
24892289--24892341	19	2.8	19	85	0	79	18	35	30	15	1.92
24894267--24894530	49	5.6	49	75	10	203	23	28	20	28	1.99
24904915--24904964	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
24912537--24912586	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
24914437--24914471	17	2.1	17	100	0	70	22	17	25	34	1.96
24914819--24914864	23	2.0	23	91	0	74	41	4	39	15	1.67
24920970--24921013	18	2.5	17	82	7	52	72	6	6	13	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24924944--24925120	40	4.4	40	83	4	198	24	22	26	25	2.00
24924944--24925120	80	2.2	80	86	5	234	24	22	26	25	2.00
24926704--24926913	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24934838--24935047	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24943070--24943265	27	7.3	26	82	6	214	35	20	19	24	1.96
24943042--24943265	54	4.2	54	83	2	254	36	20	18	25	1.95
24943070--24943265	81	2.4	81	85	4	263	35	20	19	24	1.96
24945012--24945052	20	2.0	20	100	0	82	29	9	9	51	1.67
24949094--24949226	49	2.7	49	77	9	137	21	24	21	32	1.98
24949050--24949226	98	1.8	97	82	6	232	24	24	19	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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