genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34287678--34287713	3	12.3	3	94	5	65	33	0	0	66	0.92
34287814--34287858	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
34288074--34288143	33	2.2	30	80	9	77	38	7	2	51	1.44
34288535--34288573	16	2.4	16	87	8	53	30	10	5	53	1.56
34295283--34295320	14	2.5	15	83	16	51	39	13	0	47	1.42
34295293--34295321	14	2.1	14	100	0	58	34	13	0	51	1.42
34295939--34296022	21	4.0	20	80	11	89	28	19	48	3	1.65
34295928--34296022	42	2.3	42	80	10	113	30	18	47	3	1.65
34296258--34296337	31	2.5	33	81	8	101	15	3	18	62	1.46
34296533--34296765	129	1.8	129	97	0	439	28	24	16	30	1.96
34297795--34297836	2	20.5	2	95	4	75	47	0	2	50	1.14
34298384--34298425	22	1.9	22	100	0	84	33	0	4	61	1.17
34301653--34301683	14	2.2	14	94	0	53	38	45	6	9	1.63
34310177--34310360	40	4.6	40	80	5	165	28	21	26	23	1.99
34318733--34318788	29	1.9	30	88	3	87	23	30	16	30	1.96
34321396--34321579	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
34321436--34321607	80	2.2	80	77	6	177	25	22	28	23	1.99
34325931--34326115	40	4.6	40	88	5	234	25	26	21	25	2.00
34332101--34332186	24	3.6	24	95	3	147	36	30	12	20	1.90
34332053--34332183	48	2.7	48	81	4	138	35	28	11	24	1.90
34332052--34332186	72	1.9	72	84	0	180	35	28	11	23	1.90
34340693--34340750	23	2.5	22	78	13	64	41	18	18	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34342100--34342220	62	2.0	62	89	0	188	17	26	18	38	1.92
34348451--34348502	23	2.3	23	80	3	61	40	13	23	23	1.89
34352361--34352799	51	8.8	49	72	10	271	24	17	25	32	1.97
34352361--34352795	148	2.9	148	84	4	523	24	17	25	32	1.97
34352999--34353028	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
34367227--34367269	18	2.4	18	85	11	61	20	13	0	65	1.27
34367593--34367633	22	1.9	21	85	5	55	41	21	2	34	1.67
34368471--34368519	23	2.1	23	100	0	98	44	4	12	38	1.61
34369740--34369864	6	20.3	6	70	16	87	50	14	16	18	1.78
34369749--34369842	37	2.5	37	87	0	134	51	13	17	18	1.77
34369761--34369864	31	3.4	31	73	15	106	50	14	17	18	1.79
34369785--34369864	25	3.2	25	80	5	101	48	15	17	18	1.81
34370088--34370132	20	2.2	20	88	0	63	46	33	8	11	1.70
34370129--34370183	22	2.5	22	77	11	67	32	21	25	20	1.97
34370699--34370866	27	6.2	27	84	5	196	28	20	15	35	1.93
34370700--34370866	81	2.1	81	88	2	246	28	20	14	35	1.93
34370700--34370866	54	3.1	54	86	3	237	28	20	14	35	1.93
34370724--34370895	81	2.1	81	81	2	202	30	18	16	34	1.93
34372746--34372852	27	4.0	27	78	9	96	40	14	10	35	1.79
34372747--34372852	54	2.0	54	84	3	142	40	14	9	35	1.78
34375537--34375681	40	3.7	40	78	6	125	26	27	23	22	2.00
34383552--34383704	40	3.8	40	77	5	139	25	28	23	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34394229--34394367	48	2.9	48	88	1	190	30	15	22	32	1.94
34400033--34400081	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
34400903--34401069	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
34405762--34405892	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
34405761--34405892	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
34413703--34413833	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
34413702--34413833	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
34421649--34421779	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
34421648--34421779	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
34429616--34429746	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
34429615--34429746	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
34435047--34435095	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
34435917--34436083	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
34438932--34438961	14	2.1	14	100	0	60	23	16	26	33	1.96
34440037--34440065	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
34440649--34440891	45	5.5	44	86	4	310	22	21	29	26	1.99
34440649--34440905	89	2.9	89	86	4	344	22	21	29	26	1.99
34442598--34442666	21	3.0	23	68	20	63	37	24	13	24	1.91
34447160--34447191	13	2.5	13	100	0	64	6	15	46	31	1.71
34451910--34452083	45	3.8	47	77	15	202	29	28	20	21	1.98
34451918--34452086	92	1.8	92	93	2	295	28	28	21	21	1.98
34452509--34452568	30	2.0	30	83	0	75	30	25	5	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34456238--34456445	40	5.2	39	79	5	186	25	25	23	25	2.00
34456242--34456444	80	2.5	80	82	3	230	26	25	22	25	2.00
34462732--34462904	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
34463353--34463412	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
34467177--34467220	20	2.1	22	87	8	65	56	13	22	6	1.61
34474317--34474359	15	2.6	17	82	10	54	20	6	2	69	1.23
34492833--34492863	15	2.1	15	100	0	62	25	32	19	22	1.97
34494518--34494551	18	1.9	18	88	5	52	38	0	55	5	1.24
34497920--34498101	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
34498105--34498215	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
34500776--34501039	40	6.6	40	95	0	429	25	21	28	25	1.99
34501699--34501803	40	2.6	42	82	11	114	27	23	23	24	2.00
34504506--34504731	46	5.0	46	97	1	411	34	7	27	31	1.84
34504506--34504761	138	1.9	137	90	3	406	33	7	27	30	1.84
34504735--34504845	47	2.4	47	89	3	161	36	9	27	27	1.87
34514928--34514954	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
34518437--34518502	28	2.4	28	92	2	107	43	25	9	21	1.81
34535526--34535709	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
34535566--34535754	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
34543639--34543822	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
34543683--34543867	80	2.3	80	79	3	185	22	24	29	22	1.99
34547197--34547236	21	2.0	21	90	5	64	25	27	35	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34548950--34549123	46	3.7	45	77	7	134	22	25	20	31	1.98
34548947--34549123	92	1.9	93	84	5	241	22	25	20	31	1.98
34558100--34558316	40	5.5	40	88	3	273	23	23	28	24	2.00
34558100--34558316	79	2.7	79	86	6	280	23	23	28	24	2.00
34568103--34568258	43	3.7	41	76	10	136	32	26	17	23	1.96
34576568--34578064	741	2.0	741	96	0	2751	31	22	17	29	1.96
34579444--34579619	46	3.8	46	81	14	209	21	19	28	30	1.98
34579441--34579612	93	1.8	93	91	2	283	21	20	29	29	1.98
34584627--34584711	41	2.1	41	97	0	161	37	18	2	41	1.64
34589630--34589821	79	2.4	81	83	6	232	23	28	23	24	2.00
34589630--34589821	40	4.8	40	81	7	194	23	28	23	24	2.00
34597712--34597904	40	4.8	40	82	6	214	24	27	23	24	2.00
34597712--34597904	79	2.4	82	82	7	227	24	27	23	24	2.00
34602168--34602343	46	3.8	46	81	10	223	20	21	29	28	1.98
34602164--34602335	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
34607113--34607162	26	1.9	26	88	8	75	42	10	18	30	1.82
34611234--34611400	43	3.9	43	78	6	151	32	25	13	28	1.94
34614809--34614885	27	2.9	27	92	0	127	38	18	14	28	1.89
34616089--34616119	15	2.1	15	93	0	53	29	9	6	54	1.57
34619191--34619239	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
34620059--34620209	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
34620095--34620225	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34627199--34627247	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
34628066--34628232	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
34631293--34631510	40	5.5	41	86	7	308	28	26	21	23	1.99
34631293--34631510	78	2.8	79	90	4	325	28	26	21	23	1.99
34635509--34635536	12	2.3	12	100	0	56	17	7	42	32	1.77
34639882--34640060	40	4.5	40	88	3	256	26	25	23	24	2.00
34639882--34640060	79	2.3	79	86	6	254	26	25	23	24	2.00
34649514--34649644	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
34653331--34653481	80	1.9	80	83	2	196	23	29	23	22	1.99
34653372--34653481	40	2.7	39	87	2	139	22	29	24	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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