genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20923684--20923715	5	6.2	5	92	7	55	78	0	21	0	0.76
20923660--20923715	15	3.6	16	80	7	62	69	0	26	3	1.04
20925734--20925821	44	2.0	44	88	0	131	31	30	18	19	1.95
20929039--20929250	46	4.6	46	79	8	216	27	16	30	25	1.97
20929039--20929300	46	5.6	46	77	11	194	27	17	30	25	1.97
20932117--20932244	40	3.2	40	79	2	123	24	25	21	28	1.99
20940091--20940239	40	3.8	39	77	14	146	22	27	23	26	1.99
20940091--20940238	79	1.9	78	84	6	201	21	27	23	27	1.99
20945355--20945455	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
20945384--20945459	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
20948699--20948850	39	3.9	39	93	0	250	23	22	31	22	1.98
20954147--20954339	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
20954177--20954339	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
20961113--20961305	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
20961143--20961305	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
20964512--20964551	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
20973860--20973914	21	2.6	21	80	5	67	29	27	25	18	1.98
20974217--20974283	33	2.0	33	97	0	125	40	22	8	28	1.84
20977540--20977613	37	2.0	37	86	0	103	27	16	28	28	1.97
20977577--20977743	48	3.5	48	93	0	271	23	17	28	29	1.97
20985275--20985431	40	3.9	40	84	5	201	23	22	28	25	1.99
20985275--20985425	80	1.9	80	88	2	232	23	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20987894--20987958	30	2.2	30	97	0	121	20	29	27	23	1.98
20989109--20989197	20	4.5	20	72	8	67	34	14	10	40	1.80
20989099--20989196	20	4.9	20	72	5	65	35	15	10	38	1.81
20989099--20989216	40	3.0	40	78	12	118	35	16	9	38	1.80
20989182--20989227	20	2.3	20	96	0	83	36	19	4	39	1.72
20989382--20989544	23	6.9	23	76	14	145	34	18	21	25	1.96
20989485--20989569	26	3.4	26	76	15	97	30	18	20	30	1.96
20989465--20989602	49	2.8	49	89	0	213	33	18	21	26	1.96
20989465--20989592	23	5.3	23	66	17	80	33	18	20	27	1.96
20995821--20995899	6	13.2	6	81	10	99	63	0	1	35	1.03
20995829--20995917	30	3.0	30	79	9	76	58	1	2	38	1.18
20996821--20996856	11	3.2	11	96	4	63	25	0	47	27	1.52
20999688--20999954	40	6.7	40	78	5	261	22	25	17	33	1.96
20999691--20999954	80	3.3	79	81	6	291	22	26	17	33	1.96
20999688--20999954	120	2.2	119	82	4	313	22	25	17	33	1.96
21017618--21017654	15	2.5	15	100	0	74	18	37	13	29	1.90
21022817--21022962	40	3.7	40	84	5	163	25	26	22	26	2.00
21025094--21025176	29	2.9	28	78	8	96	27	16	30	25	1.97
21025552--21025576	11	2.3	11	100	0	50	36	28	8	28	1.85
21027035--21027196	43	3.8	43	80	8	168	32	24	17	25	1.97
21027035--21027196	86	1.9	85	83	6	211	32	24	17	25	1.97
21030496--21030703	40	5.2	40	83	2	211	25	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21030497--21030703	80	2.6	80	82	6	240	25	23	26	25	2.00
21040787--21040928	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
21040826--21040938	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
21048729--21048839	40	2.8	40	83	9	129	21	27	26	25	2.00
21056888--21057054	40	4.2	40	80	5	169	23	27	23	25	2.00
21065039--21065168	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
21068512--21068649	40	3.5	40	82	2	116	26	24	27	21	1.99
21068546--21068675	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
21073862--21074024	46	3.5	44	80	13	136	26	16	31	25	1.97
21095908--21095951	19	2.3	19	100	0	88	25	0	18	56	1.41
21096352--21096404	26	2.0	26	100	0	106	41	7	3	47	1.50
21111913--21111946	17	2.0	17	88	0	50	20	14	8	55	1.65
21117209--21117234	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
21117586--21117628	20	2.2	20	100	0	86	13	11	13	60	1.59
21121553--21121802	40	6.5	40	87	9	324	25	28	22	23	1.99
21121553--21121802	74	3.2	76	87	9	323	25	28	22	23	1.99
21121588--21121801	114	1.9	115	89	4	335	26	28	22	22	1.99
21129657--21129913	40	6.5	40	91	3	369	25	28	23	22	2.00
21129657--21129913	79	3.2	80	89	3	378	25	28	23	22	2.00
21129657--21129913	119	2.2	119	88	4	376	25	28	23	22	2.00
21140345--21140556	46	4.6	46	80	8	209	23	29	17	28	1.97
21140286--21140553	46	5.8	47	76	14	188	23	29	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21140286--21140561	94	3.0	93	73	13	255	23	29	17	28	1.97
21147310--21147373	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
21148073--21148155	27	3.1	27	85	0	94	22	22	22	31	1.99
21155077--21155171	28	3.5	27	87	5	129	23	18	21	36	1.95
21159500--21159631	71	1.9	71	100	0	264	19	28	18	33	1.95
21167041--21167204	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
21167041--21167238	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
21169864--21169933	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
21172012--21172050	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
21172484--21172538	27	2.0	27	85	0	74	21	25	3	49	1.66
21172526--21172610	43	2.0	42	86	6	118	23	22	0	54	1.45
21176134--21176159	11	2.4	11	100	0	52	26	26	11	34	1.91
21177993--21178049	13	4.3	13	75	4	60	43	1	21	33	1.63
21180550--21180764	102	2.0	107	88	7	323	29	8	6	55	1.56
21187905--21188105	88	2.3	89	95	0	368	35	15	16	31	1.91
21189989--21190019	16	1.9	16	93	0	53	64	3	0	32	1.09
21191228--21191260	13	2.4	14	85	5	50	42	0	0	57	0.98
21191855--21191883	11	2.7	11	94	5	51	27	6	0	65	1.18
21193292--21193318	12	2.2	12	100	0	54	14	33	0	51	1.43
21193580--21193605	9	2.9	9	100	0	52	57	0	7	34	1.27
21195362--21195417	20	2.8	20	84	10	71	35	0	10	53	1.36
21196424--21196487	31	2.1	31	96	0	119	37	9	14	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21197037--21197086	26	2.0	25	84	4	64	24	0	16	60	1.36
21199265--21199309	14	2.9	16	77	16	58	44	2	6	46	1.42
21199274--21199344	2	36.5	2	74	16	60	46	2	2	47	1.31
21199367--21199491	63	2.0	63	87	4	180	51	3	8	36	1.49
21203048--21203089	20	2.0	21	90	4	68	73	0	26	0	0.83
21205810--21205993	93	2.0	93	90	0	287	32	12	21	34	1.90
21211358--21211544	40	4.7	40	88	2	234	24	27	22	25	2.00
21213374--21213474	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
21213403--21213478	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
21220802--21220870	26	2.5	28	95	4	124	28	14	27	28	1.95
21223559--21223676	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
21223527--21223690	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
21231138--21231255	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
21231106--21231269	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
21238980--21239049	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
21238980--21239061	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
21253197--21253249	14	3.4	16	74	12	56	41	1	1	54	1.22
21260405--21260563	79	2.0	79	91	4	259	51	4	6	37	1.49
21269655--21269681	12	2.2	12	100	0	54	40	7	33	18	1.78
21273173--21273276	40	2.6	40	84	1	129	29	22	26	21	1.99
21273173--21273299	40	3.2	41	80	11	124	27	22	25	24	2.00
21281121--21281262	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21281160--21281272	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
21289563--21289663	24	4.2	24	92	0	157	32	2	40	23	1.70
21292481--21292554	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
21292538--21292613	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
21300350--21300423	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
21300407--21300482	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
21302082--21302192	27	4.1	27	85	1	143	16	24	20	38	1.92
21307791--21307887	24	4.0	24	94	0	158	32	2	38	26	1.68
21309295--21309405	27	4.1	27	83	1	134	15	22	20	41	1.90
21327792--21327989	27	7.3	27	83	2	227	28	24	8	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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