genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.326.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  326  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101243434--101243460	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
101254585--101254817	122	1.9	122	100	0	466	26	12	24	36	1.91
101260435--101260466	16	2.0	16	93	0	55	62	9	0	28	1.26
101273146--101273185	20	2.0	20	100	0	80	50	10	10	30	1.69
101277105--101277380	76	3.6	76	85	1	322	25	23	19	32	1.97
101277123--101277326	40	5.3	39	66	9	132	25	23	20	30	1.99
101277121--101277418	152	2.0	152	79	4	323	25	22	19	32	1.98
101278561--101278590	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
101279577--101279689	45	2.6	45	83	8	126	25	27	23	23	2.00
101280010--101280173	43	3.8	43	95	0	292	29	34	24	11	1.91
101280019--101280193	86	2.1	86	92	2	291	30	33	24	12	1.91
101281221--101281409	23	8.1	23	94	1	315	28	20	22	28	1.99
101281221--101281409	70	2.7	70	93	0	326	28	20	22	28	1.99
101282780--101283040	27	9.7	27	84	5	307	40	8	22	28	1.83
101282781--101283040	81	3.2	80	85	5	355	40	8	22	28	1.83
101282782--101283040	54	4.8	54	85	3	344	40	8	22	28	1.83
101286135--101286323	24	8.0	24	92	4	296	28	21	22	28	1.99
101286156--101286322	23	7.1	23	95	2	280	28	20	22	28	1.99
101286156--101286323	47	3.6	47	93	3	293	28	20	22	28	1.98
101287689--101287948	27	9.7	27	83	3	301	40	7	22	30	1.81
101287689--101287948	81	3.2	81	85	3	337	40	7	22	30	1.81
101291014--101291061	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101293545--101293580	3	12.0	3	100	0	72	33	33	0	33	1.58
101311648--101311744	46	2.1	48	92	3	162	41	3	7	48	1.46
101313480--101313526	23	2.0	23	83	4	58	36	19	0	44	1.51
101317449--101317642	48	4.0	48	93	0	334	34	5	28	31	1.79
101317783--101317922	37	3.8	37	96	0	253	24	20	31	24	1.98
101319027--101319181	43	3.7	41	80	6	168	31	27	16	23	1.96
101325839--101326047	104	2.0	104	99	0	409	35	20	6	37	1.79
101331677--101331724	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
101331763--101331819	9	5.9	9	73	15	51	33	7	22	36	1.81
101331761--101331831	20	3.5	20	86	0	97	33	9	22	33	1.87
101331876--101332113	24	10.0	24	92	3	358	28	22	21	27	1.99
101333107--101333145	21	2.0	21	90	10	64	48	12	12	25	1.77
101338314--101338374	28	2.2	28	78	0	68	21	19	32	26	1.97
101339974--101340027	21	2.6	21	76	5	56	40	11	0	48	1.39
101340617--101340679	30	2.1	30	90	0	99	23	1	14	60	1.43
101351564--101351599	18	1.9	19	88	5	56	61	13	5	19	1.52
101360945--101361066	48	2.6	47	80	7	131	26	14	27	31	1.95
101361151--101361203	27	2.0	27	100	0	106	28	18	3	49	1.65
101361658--101361759	49	2.1	49	84	0	132	30	27	16	25	1.97
101362185--101362252	33	2.1	33	88	0	100	33	13	32	20	1.91
101365868--101365916	18	2.8	17	84	3	62	75	4	4	16	1.11
101371509--101371544	6	6.0	6	93	0	63	19	16	47	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101372246--101372298	22	2.5	20	72	6	52	56	0	5	37	1.23
101373416--101373528	60	1.9	60	81	3	138	46	13	16	23	1.82
101375917--101376115	63	3.2	63	77	4	213	26	18	28	27	1.98
101377855--101377879	13	1.9	13	100	0	50	16	40	24	20	1.91
101377875--101377975	48	2.1	48	83	8	134	22	16	31	28	1.96
101380239--101380281	23	2.0	23	86	13	65	72	0	9	18	1.11
101388817--101388893	40	1.9	40	89	5	120	14	16	33	35	1.89
101393861--101393898	5	7.6	5	100	0	76	42	36	0	21	1.53
101393870--101393915	12	3.5	13	82	14	51	41	34	0	23	1.55
101405224--101405254	15	2.1	15	100	0	62	25	25	9	38	1.86
101405807--101405881	35	2.1	35	100	0	150	16	17	8	58	1.60
101409647--101409764	46	2.6	46	82	5	134	25	22	22	30	1.99
101409838--101410179	88	3.9	88	88	1	488	22	24	21	31	1.98
101410009--101410145	44	3.1	44	64	12	118	20	27	21	30	1.98
101410024--101410165	44	3.2	44	65	15	103	21	28	19	30	1.98
101417012--101417788	388	2.0	388	99	0	1536	27	20	18	33	1.96
101422084--101422123	18	2.2	19	86	4	55	27	0	10	62	1.27
101422939--101422985	25	1.9	24	83	12	60	29	10	0	59	1.31
101435393--101435983	180	3.3	180	89	1	866	29	16	24	29	1.97
101435871--101436084	112	1.9	112	94	0	374	29	14	29	26	1.95
101435691--101436264	292	2.0	292	90	1	909	30	15	26	28	1.96
101435984--101436483	180	2.8	179	82	6	553	29	15	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101437983--101438022	18	2.2	19	86	4	55	27	0	10	62	1.27
101438838--101438884	25	1.9	24	83	12	60	29	10	0	59	1.31
101443837--101443876	21	2.0	20	90	5	62	32	2	0	65	1.06
101448301--101448357	30	1.9	29	92	3	96	22	14	5	57	1.56
101449062--101449123	29	2.1	30	84	3	81	14	11	1	72	1.19
101449517--101449585	29	2.3	29	80	5	75	50	7	14	27	1.69
101450768--101451035	115	2.3	115	83	3	331	41	12	5	41	1.65
101453509--101453542	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
101454716--101454827	24	4.7	24	80	4	120	23	12	30	33	1.92
101454717--101454828	48	2.3	48	84	0	134	23	12	31	33	1.92
101455225--101455356	69	1.9	70	92	1	221	32	12	17	37	1.87
101455512--101455702	39	4.9	39	87	1	265	19	24	27	28	1.98
101455512--101455702	79	2.4	78	85	1	256	19	24	27	28	1.98
101455512--101455734	118	1.9	118	86	0	320	19	24	26	29	1.99
101457942--101458228	137	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
101459999--101460108	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
101465962--101466071	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
101467973--101468848	451	1.9	452	93	0	1520	26	20	12	40	1.88
101471026--101471057	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
101474716--101474764	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
101475581--101475747	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
101482710--101482758	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101483576--101483742	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
101485755--101485793	18	2.1	19	85	4	53	43	2	2	51	1.29
101488073--101488111	16	2.4	16	83	8	53	69	0	7	23	1.14
101488125--101488169	24	1.9	23	86	4	63	64	4	15	15	1.44
101505710--101505740	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
101506430--101506523	47	2.0	47	100	0	188	38	14	8	38	1.77
101508016--101508065	27	1.9	25	84	8	64	48	8	2	42	1.44
101508682--101508713	13	2.5	13	94	0	55	34	6	3	56	1.40
101509575--101509608	7	4.9	7	88	0	50	44	11	0	44	1.40
101509989--101510018	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
101511368--101511414	9	5.1	9	78	12	51	34	4	0	61	1.15
101511370--101511407	20	1.9	20	88	0	58	34	5	0	60	1.19
101514387--101514878	104	4.7	104	85	1	655	35	14	20	29	1.93
101517480--101517505	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
101529441--101530226	43	18.1	43	67	7	356	35	21	22	20	1.96
101529461--101530045	87	6.7	87	87	1	823	35	21	22	20	1.96
101530276--101530365	45	2.0	44	82	2	108	30	15	23	31	1.95
101552764--101552793	16	1.9	15	93	6	51	66	0	6	26	1.16
101554638--101554723	22	3.8	24	80	10	85	59	2	2	36	1.23
101554671--101554723	24	2.2	25	90	9	85	62	0	1	35	1.06
101554736--101554784	25	2.0	24	92	4	80	57	0	2	40	1.10
101555364--101555391	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101555370--101555403	18	1.9	18	88	5	52	52	2	0	44	1.16
101555925--101555951	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
101560377--101560408	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
101560377--101560407	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
101564614--101564741	66	1.9	66	88	0	193	39	25	19	15	1.91
101569199--101569249	25	2.0	25	92	0	84	19	11	19	49	1.79
101570530--101570561	6	5.5	6	92	7	57	84	0	15	0	0.63
101570530--101570561	11	2.8	12	90	9	57	84	0	15	0	0.63
101572703--101572761	25	2.4	25	85	5	75	66	1	3	28	1.18
101574875--101574912	7	5.7	7	93	6	62	15	7	0	76	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
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