genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19310724--19310793	33	2.2	30	82	9	86	38	5	2	52	1.40
19310779--19310805	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19320716--19320891	40	4.5	40	90	6	263	24	28	23	23	2.00
19320716--19320891	78	2.2	80	89	6	263	24	28	23	23	2.00
19328661--19328876	40	5.4	40	90	4	314	26	28	21	24	1.99
19333149--19333251	47	2.2	48	89	1	154	24	30	19	26	1.98
19333194--19333418	96	2.5	88	81	13	228	27	28	14	29	1.95
19333267--19333418	48	3.2	48	81	3	189	29	26	13	30	1.94
19342912--19342994	39	2.1	40	84	2	105	32	20	26	20	1.97
19342994--19343067	32	2.3	33	90	2	123	56	12	1	29	1.44
19344954--19345028	28	2.7	28	80	0	78	22	4	10	62	1.44
19351366--19351443	34	2.3	34	82	4	95	24	17	8	48	1.76
19355397--19355524	66	1.9	66	85	3	177	32	17	29	20	1.96
19356628--19356672	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
19360401--19360467	28	2.4	28	87	0	98	37	10	22	29	1.88
19360584--19360696	40	2.8	41	70	12	97	20	18	30	30	1.96
19365534--19365613	33	2.4	32	79	8	79	25	22	26	26	2.00
19370502--19370529	11	2.5	11	100	0	56	0	14	25	60	1.34
19372414--19372456	6	7.2	6	97	0	77	83	0	13	2	0.74
19374117--19374341	40	5.7	39	88	3	290	24	28	23	23	2.00
19382171--19382376	40	5.2	39	81	4	200	25	27	22	24	2.00
19385750--19385939	79	2.4	79	83	8	226	25	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19385748--19385939	40	4.8	40	80	6	203	25	21	28	25	1.99
19385750--19385965	79	2.7	77	78	9	204	25	21	27	25	1.99
19394647--19394694	24	2.0	24	100	0	96	16	8	29	45	1.76
19397930--19398037	37	2.9	37	87	5	164	24	32	20	23	1.98
19398082--19398561	48	10.0	48	87	1	667	29	27	7	35	1.85
19398082--19398561	144	3.3	144	96	0	870	29	27	7	35	1.85
19402588--19402938	40	8.8	40	91	0	533	25	26	20	26	1.99
19404169--19404275	36	2.9	37	91	2	180	24	32	18	24	1.97
19404320--19404798	48	10.0	48	88	1	683	29	26	8	35	1.86
19404320--19404798	144	3.3	144	97	0	879	29	26	8	35	1.86
19410850--19411000	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
19418823--19418971	40	3.8	40	76	12	139	26	23	26	22	2.00
19418863--19418971	38	2.8	38	83	10	132	23	24	29	22	1.99
19424919--19425069	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
19424956--19425085	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
19427715--19427754	21	1.9	21	84	0	53	67	2	17	12	1.33
19427827--19427855	13	2.2	13	100	0	58	68	10	0	20	1.18
19427903--19427972	5	13.4	5	80	8	77	75	1	4	18	1.04
19427903--19427972	26	2.7	24	85	14	95	75	1	4	18	1.04
19427898--19427981	21	4.0	21	80	9	84	75	1	4	19	1.05
19427903--19427979	16	4.8	16	77	4	84	75	1	5	18	1.06
19427978--19428004	7	3.9	7	100	0	54	44	0	29	25	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19429696--19429914	40	5.5	40	82	3	235	26	26	22	25	2.00
19433498--19433670	93	1.9	93	95	0	310	27	29	21	21	1.98
19433491--19433666	46	3.8	46	82	12	225	28	28	21	21	1.98
19436038--19436125	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
19436038--19436116	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
19436049--19436125	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
19439032--19439205	46	3.8	46	79	13	205	28	29	20	20	1.98
19439040--19439210	93	1.8	92	93	1	297	28	30	21	20	1.98
19445858--19445949	45	2.0	45	97	0	175	48	18	11	20	1.79
19446700--19446741	22	1.9	22	85	9	59	66	0	14	19	1.25
19446721--19446833	49	2.2	51	79	14	128	70	6	6	16	1.28
19451152--19451275	43	2.9	43	86	2	151	34	26	13	25	1.93
19468197--19468231	17	2.1	17	89	5	54	65	0	34	0	0.93
19471705--19471763	30	2.0	30	82	0	73	40	5	27	27	1.77
19472163--19472217	24	2.3	24	75	15	60	25	9	14	50	1.72
19474680--19474737	28	2.1	28	100	0	116	43	13	0	43	1.44
19478119--19478237	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
19478119--19478237	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
19478287--19478347	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
19478390--19478437	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
19479676--19480150	27	17.6	27	85	5	586	41	9	21	27	1.84
19483181--19483323	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19483181--19483322	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
19483180--19483323	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
19483372--19483432	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
19483474--19483521	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
19484760--19485232	27	17.6	27	85	6	586	41	9	21	27	1.84
19488319--19488453	24	5.5	24	77	7	103	26	28	16	28	1.97
19488318--19488453	49	2.8	47	82	8	141	26	28	16	28	1.97
19489246--19489274	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
19492902--19493043	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
19492941--19493069	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
19494816--19494929	57	2.0	58	85	1	158	48	8	16	26	1.75
19503429--19503609	39	4.6	39	88	2	238	23	31	21	23	1.98
19503459--19503610	39	3.9	39	91	2	243	23	32	20	23	1.98
19503459--19503609	77	1.9	79	93	2	261	23	31	20	23	1.98
19511504--19511646	39	3.6	39	88	0	187	23	31	22	23	1.98
19516726--19516750	13	1.9	13	100	0	50	24	12	16	48	1.79
19517591--19517776	40	4.7	40	86	5	209	26	26	21	24	1.99
19520509--19520606	23	4.3	23	77	0	97	27	19	20	32	1.97
19526988--19527125	44	3.2	42	80	9	145	26	18	23	31	1.97
19526988--19527144	43	3.7	43	81	7	167	26	18	24	31	1.98
19531791--19532032	33	7.4	33	82	0	227	35	10	22	32	1.88
19531839--19531899	32	1.9	32	89	0	95	29	14	22	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19537923--19538217	143	2.1	141	98	1	563	21	10	29	38	1.87
19538862--19538954	29	3.2	29	89	0	132	33	17	27	21	1.96
19538862--19538967	29	3.7	29	83	5	124	30	16	31	21	1.96
19541775--19541884	48	2.4	43	82	16	150	27	14	31	26	1.95
19541789--19541885	48	2.0	48	97	0	185	25	14	32	26	1.94
19544296--19544327	13	2.3	15	89	10	50	43	9	28	18	1.81
19549504--19549534	12	2.6	12	89	0	53	29	0	48	22	1.51
19551259--19551359	34	3.0	34	95	0	184	26	23	18	30	1.98
19552274--19552317	17	2.6	17	96	0	79	29	18	22	29	1.97
19554828--19554881	26	2.1	26	100	0	108	31	22	18	27	1.97
19560494--19560551	29	2.0	29	100	0	116	31	27	6	34	1.83
19562477--19562534	28	2.1	28	100	0	116	32	17	3	46	1.65
19562585--19562620	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
19563820--19563895	33	2.3	33	93	0	125	15	10	32	40	1.82
19563834--19563909	33	2.3	33	86	0	98	19	11	32	35	1.88
19563834--19563919	33	2.6	33	83	3	84	20	11	33	33	1.89
19564558--19564602	23	2.0	23	86	8	65	26	2	20	51	1.59
19565517--19565550	9	3.9	9	84	7	52	44	0	2	52	1.16
19567622--19567729	26	4.2	26	95	0	198	30	5	26	37	1.79
19569311--19569475	27	6.1	26	82	7	186	16	24	23	36	1.94
19569311--19569475	54	3.1	54	91	1	242	16	24	23	36	1.94
19569311--19569475	81	2.0	81	84	4	217	16	24	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19569311--19569498	81	2.3	82	80	8	199	16	24	22	36	1.94
19571590--19571636	24	2.0	24	87	8	69	38	0	12	48	1.41
19578640--19578672	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
19578640--19578685	9	5.0	9	89	2	56	39	15	15	30	1.88
19579048--19579095	24	2.0	24	95	0	87	27	45	4	22	1.70
19591612--19591723	36	3.1	36	80	0	125	36	16	12	34	1.86
19591612--19591723	18	6.2	18	80	0	107	36	16	12	34	1.86
19592773--19592826	27	2.0	27	92	0	90	27	12	9	50	1.71
19592967--19593038	18	3.7	18	70	24	56	1	23	4	70	1.12
19593060--19593091	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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